Protein–RNA interactions for Protein: Q4QRL3

Ccdc88b, Coiled-coil domain-containing protein 88B, mousemouse

Predictions only

Length 1,481 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc88bQ4QRL3 Ccdc50-201ENSMUST00000039443 2192 ntTSL 1 (best) BASIC29.27■■■□□ 2.28
Ccdc88bQ4QRL3 Ripk2-201ENSMUST00000037035 2692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.27■■■□□ 2.28
Ccdc88bQ4QRL3 Mylip-201ENSMUST00000038275 3065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.27■■■□□ 2.28
Ccdc88bQ4QRL3 Gm37374-201ENSMUST00000194954 1829 ntBASIC29.27■■■□□ 2.28
Ccdc88bQ4QRL3 Mpdu1-201ENSMUST00000018905 1321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.27■■■□□ 2.28
Ccdc88bQ4QRL3 4833413E03Rik-201ENSMUST00000013706 1091 ntTSL 5 BASIC29.27■■■□□ 2.28
Ccdc88bQ4QRL3 Gm16105-201ENSMUST00000156926 697 ntTSL 3 BASIC29.27■■■□□ 2.28
Ccdc88bQ4QRL3 Fam118a-201ENSMUST00000023069 2543 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.27■■■□□ 2.28
Ccdc88bQ4QRL3 Tra2a-204ENSMUST00000204189 1777 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.26■■■□□ 2.28
Ccdc88bQ4QRL3 Zfp385b-204ENSMUST00000111831 2734 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.26■■■□□ 2.27
Ccdc88bQ4QRL3 Hmg20b-201ENSMUST00000020454 1621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.26■■■□□ 2.27
Ccdc88bQ4QRL3 Psme3-201ENSMUST00000019470 2664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.26■■■□□ 2.27
Ccdc88bQ4QRL3 Gm35558-201ENSMUST00000222675 2219 ntBASIC29.25■■■□□ 2.27
Ccdc88bQ4QRL3 Sqor-201ENSMUST00000005953 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.25■■■□□ 2.27
Ccdc88bQ4QRL3 Acvr1c-204ENSMUST00000112608 1497 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.25■■■□□ 2.27
Ccdc88bQ4QRL3 Fndc4-202ENSMUST00000172435 2333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.25■■■□□ 2.27
Ccdc88bQ4QRL3 Krt86-201ENSMUST00000088049 1960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.25■■■□□ 2.27
Ccdc88bQ4QRL3 Bpnt1-202ENSMUST00000110965 1046 ntTSL 1 (best) BASIC29.25■■■□□ 2.27
Ccdc88bQ4QRL3 Pparg-202ENSMUST00000171644 2125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.25■■■□□ 2.27
Ccdc88bQ4QRL3 Dusp13-213ENSMUST00000184703 902 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC29.25■■■□□ 2.27
Ccdc88bQ4QRL3 Hpn-209ENSMUST00000168884 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.25■■■□□ 2.27
Ccdc88bQ4QRL3 0610012G03Rik-201ENSMUST00000202722 1445 ntAPPRIS P1 BASIC29.25■■■□□ 2.27
Ccdc88bQ4QRL3 Gabra4-205ENSMUST00000199357 2407 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.25■■■□□ 2.27
Ccdc88bQ4QRL3 Ggt6-202ENSMUST00000100903 1387 ntTSL 5 BASIC29.25■■■□□ 2.27
Ccdc88bQ4QRL3 Dlgap1-209ENSMUST00000140728 2173 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.25■■■□□ 2.27
Ccdc88bQ4QRL3 Mtch2-205ENSMUST00000136872 2596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.25■■■□□ 2.27
Ccdc88bQ4QRL3 Igfbp2-201ENSMUST00000047328 1307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.25■■■□□ 2.27
Ccdc88bQ4QRL3 Pigu-201ENSMUST00000077626 1636 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.25■■■□□ 2.27
Ccdc88bQ4QRL3 Syndig1-202ENSMUST00000109935 2050 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.24■■■□□ 2.27
Ccdc88bQ4QRL3 9030624G23Rik-201ENSMUST00000101538 2245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.24■■■□□ 2.27
Ccdc88bQ4QRL3 Miga1-201ENSMUST00000068243 2689 ntTSL 1 (best) BASIC29.24■■■□□ 2.27
Ccdc88bQ4QRL3 Cldn18-203ENSMUST00000131922 860 ntTSL 1 (best) BASIC29.24■■■□□ 2.27
Ccdc88bQ4QRL3 Gm14114-201ENSMUST00000139345 287 ntTSL 3 BASIC29.24■■■□□ 2.27
Ccdc88bQ4QRL3 Cnih3-204ENSMUST00000209607 564 ntTSL 5 BASIC29.24■■■□□ 2.27
Ccdc88bQ4QRL3 Gm7791-201ENSMUST00000219066 539 ntBASIC29.24■■■□□ 2.27
Ccdc88bQ4QRL3 Foxj1-201ENSMUST00000036215 2623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.24■■■□□ 2.27
Ccdc88bQ4QRL3 Csf3-201ENSMUST00000038886 1413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.24■■■□□ 2.27
Ccdc88bQ4QRL3 Olfr464-201ENSMUST00000074874 1084 ntAPPRIS P1 BASIC29.24■■■□□ 2.27
Ccdc88bQ4QRL3 Adamtsl5-201ENSMUST00000095446 1957 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.24■■■□□ 2.27
Ccdc88bQ4QRL3 Hist1h2bf-201ENSMUST00000105106 461 ntAPPRIS P1 BASIC29.23■■■□□ 2.27
Ccdc88bQ4QRL3 Gm9694-201ENSMUST00000193347 1189 ntBASIC29.23■■■□□ 2.27
Ccdc88bQ4QRL3 Gm9745-201ENSMUST00000021573 684 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.23■■■□□ 2.27
Ccdc88bQ4QRL3 Lpcat2-205ENSMUST00000210099 2179 ntTSL 1 (best) BASIC29.23■■■□□ 2.27
Ccdc88bQ4QRL3 Fxyd6-203ENSMUST00000217381 1789 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.23■■■□□ 2.27
Ccdc88bQ4QRL3 Tha1-201ENSMUST00000033230 1770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.23■■■□□ 2.27
Ccdc88bQ4QRL3 Rhbdf1-201ENSMUST00000020524 2946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.23■■■□□ 2.27
Ccdc88bQ4QRL3 Fbxl15-201ENSMUST00000026256 1348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.23■■■□□ 2.27
Ccdc88bQ4QRL3 Zpbp2-202ENSMUST00000081033 1300 ntTSL 1 (best) BASIC29.23■■■□□ 2.27
Ccdc88bQ4QRL3 Eva1c-202ENSMUST00000099543 1554 ntTSL 1 (best) BASIC29.23■■■□□ 2.27
Ccdc88bQ4QRL3 Amdhd1-201ENSMUST00000016034 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.23■■■□□ 2.27
Ccdc88bQ4QRL3 Gfra1-208ENSMUST00000152507 1937 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.23■■■□□ 2.27
Ccdc88bQ4QRL3 A230050P20Rik-201ENSMUST00000043911 1683 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.23■■■□□ 2.27
Ccdc88bQ4QRL3 Pex14-201ENSMUST00000103217 2006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.23■■■□□ 2.27
Ccdc88bQ4QRL3 Stac-201ENSMUST00000035083 2644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.23■■■□□ 2.27
Ccdc88bQ4QRL3 Ppp2r1b-205ENSMUST00000175640 1523 ntTSL 5 BASIC29.23■■■□□ 2.27
Ccdc88bQ4QRL3 Gm10418-201ENSMUST00000100943 576 ntBASIC29.23■■■□□ 2.27
Ccdc88bQ4QRL3 Sae1-203ENSMUST00000210999 1254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.23■■■□□ 2.27
Ccdc88bQ4QRL3 Mpp3-203ENSMUST00000107167 2066 ntTSL 1 (best) BASIC29.22■■■□□ 2.27
Ccdc88bQ4QRL3 Map3k15-201ENSMUST00000033665 4348 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.22■■■□□ 2.27
Ccdc88bQ4QRL3 Arfrp1-209ENSMUST00000170190 2483 ntTSL 5 BASIC29.22■■■□□ 2.27
Ccdc88bQ4QRL3 Parp12-201ENSMUST00000038398 3231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.22■■■□□ 2.27
Ccdc88bQ4QRL3 Nos1ap-207ENSMUST00000161966 1607 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.22■■■□□ 2.27
Ccdc88bQ4QRL3 Mir142hg-201ENSMUST00000123700 269 ntTSL 1 (best) BASIC29.22■■■□□ 2.27
Ccdc88bQ4QRL3 Gm14453-201ENSMUST00000139677 553 ntTSL 3 BASIC29.22■■■□□ 2.27
Ccdc88bQ4QRL3 Gm20033-201ENSMUST00000180470 572 ntTSL 3 BASIC29.22■■■□□ 2.27
Ccdc88bQ4QRL3 Snx5-202ENSMUST00000110030 2512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.21■■■□□ 2.27
Ccdc88bQ4QRL3 Srsf1-201ENSMUST00000079866 2948 ntTSL 1 (best) BASIC29.21■■■□□ 2.27
Ccdc88bQ4QRL3 Tm6sf2-202ENSMUST00000110160 1446 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.21■■■□□ 2.27
Ccdc88bQ4QRL3 4930544I03Rik-201ENSMUST00000181184 1276 ntTSL 1 (best) BASIC29.21■■■□□ 2.27
Ccdc88bQ4QRL3 Gm7370-201ENSMUST00000219471 767 ntBASIC29.21■■■□□ 2.27
Ccdc88bQ4QRL3 Dctn3-201ENSMUST00000030158 973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.21■■■□□ 2.27
Ccdc88bQ4QRL3 Gm9774-202ENSMUST00000192538 1392 ntAPPRIS P1 BASIC29.21■■■□□ 2.27
Ccdc88bQ4QRL3 4930426L09Rik-201ENSMUST00000028069 1459 ntAPPRIS P1 BASIC29.21■■■□□ 2.27
Ccdc88bQ4QRL3 Gsg1-201ENSMUST00000087729 1307 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC29.2■■■□□ 2.27
Ccdc88bQ4QRL3 Pxk-201ENSMUST00000036682 2812 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.2■■■□□ 2.27
Ccdc88bQ4QRL3 Krt19-201ENSMUST00000007317 1576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.2■■■□□ 2.27
Ccdc88bQ4QRL3 4933428P19Rik-201ENSMUST00000199616 1376 ntBASIC29.2■■■□□ 2.27
Ccdc88bQ4QRL3 Mgst3-201ENSMUST00000028005 1097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.2■■■□□ 2.26
Ccdc88bQ4QRL3 Vps37d-202ENSMUST00000076203 1286 ntTSL 1 (best) BASIC29.2■■■□□ 2.26
Ccdc88bQ4QRL3 Otud1-201ENSMUST00000052168 2832 ntAPPRIS P1 BASIC29.2■■■□□ 2.26
Ccdc88bQ4QRL3 Trim54-201ENSMUST00000013771 1434 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.2■■■□□ 2.26
Ccdc88bQ4QRL3 Kmt5b-204ENSMUST00000113970 2975 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.19■■■□□ 2.26
Ccdc88bQ4QRL3 Tmem81-201ENSMUST00000058167 1742 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.19■■■□□ 2.26
Ccdc88bQ4QRL3 Tmem60-201ENSMUST00000115259 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.19■■■□□ 2.26
Ccdc88bQ4QRL3 Gm7638-201ENSMUST00000121348 967 ntBASIC29.19■■■□□ 2.26
Ccdc88bQ4QRL3 Banf1-201ENSMUST00000025762 735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.19■■■□□ 2.26
Ccdc88bQ4QRL3 Pldi-201ENSMUST00000036304 853 ntTSL 2 BASIC29.19■■■□□ 2.26
Ccdc88bQ4QRL3 Bex3-201ENSMUST00000053540 930 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.19■■■□□ 2.26
Ccdc88bQ4QRL3 Rpl21-202ENSMUST00000075453 899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.19■■■□□ 2.26
Ccdc88bQ4QRL3 Rd3-201ENSMUST00000175680 1969 ntTSL 1 (best) BASIC29.19■■■□□ 2.26
Ccdc88bQ4QRL3 Fst-202ENSMUST00000223640 2612 ntBASIC29.19■■■□□ 2.26
Ccdc88bQ4QRL3 Camk2b-202ENSMUST00000019133 2223 ntTSL 5 BASIC29.19■■■□□ 2.26
Ccdc88bQ4QRL3 Rab5a-201ENSMUST00000017975 2357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.18■■■□□ 2.26
Ccdc88bQ4QRL3 Eif3j2-201ENSMUST00000057110 2379 ntAPPRIS P1 BASIC29.18■■■□□ 2.26
Ccdc88bQ4QRL3 Gm6728-201ENSMUST00000178117 1065 ntBASIC29.18■■■□□ 2.26
Ccdc88bQ4QRL3 Inmt-201ENSMUST00000003569 1077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.18■■■□□ 2.26
Ccdc88bQ4QRL3 Gm11549-201ENSMUST00000124606 2829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.18■■■□□ 2.26
Ccdc88bQ4QRL3 Nfs1-201ENSMUST00000029147 2051 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.18■■■□□ 2.26
Ccdc88bQ4QRL3 Mark2-206ENSMUST00000164205 3104 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.18■■■□□ 2.26
Ccdc88bQ4QRL3 B3galnt2-204ENSMUST00000221300 2397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.18■■■□□ 2.26
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 18.3 ms