Protein–RNA interactions for Protein: Q9D5Y1

Ccdc39, Coiled-coil domain-containing protein 39, mousemouse

Predictions only

Length 937 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc39Q9D5Y1 Mthfs-203ENSMUST00000118870 705 ntTSL 3 BASIC21.22■□□□□ 0.99
Ccdc39Q9D5Y1 Ndufa6-201ENSMUST00000023085 560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
Ccdc39Q9D5Y1 Mthfs-201ENSMUST00000085256 816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
Ccdc39Q9D5Y1 Azi2-207ENSMUST00000134433 2499 ntTSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
Ccdc39Q9D5Y1 Ncmap-205ENSMUST00000105860 2000 ntTSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
Ccdc39Q9D5Y1 Ccser1-203ENSMUST00000126214 5657 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.22■□□□□ 0.99
Ccdc39Q9D5Y1 Mgea5-201ENSMUST00000026243 5024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
Ccdc39Q9D5Y1 Ssx2ip-201ENSMUST00000039021 3410 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
Ccdc39Q9D5Y1 Zswim8-208ENSMUST00000224751 5951 ntAPPRIS ALT2 BASIC21.22■□□□□ 0.99
Ccdc39Q9D5Y1 Trib3-201ENSMUST00000040312 2026 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
Ccdc39Q9D5Y1 Lrfn4-202ENSMUST00000113822 2918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
Ccdc39Q9D5Y1 Zdhhc12-202ENSMUST00000102865 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
Ccdc39Q9D5Y1 Eda-204ENSMUST00000113777 1056 ntTSL 5 BASIC21.21■□□□□ 0.99
Ccdc39Q9D5Y1 Mir1199-201ENSMUST00000117015 119 ntBASIC21.21■□□□□ 0.99
Ccdc39Q9D5Y1 Ikzf5-203ENSMUST00000128432 714 ntTSL 3 BASIC21.21■□□□□ 0.99
Ccdc39Q9D5Y1 Gm42545-201ENSMUST00000202755 922 ntBASIC21.21■□□□□ 0.99
Ccdc39Q9D5Y1 Eda-201ENSMUST00000071453 1152 ntTSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
Ccdc39Q9D5Y1 Agxt-201ENSMUST00000027491 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
Ccdc39Q9D5Y1 Nipa2-202ENSMUST00000117812 3039 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.21■□□□□ 0.99
Ccdc39Q9D5Y1 Chtop-203ENSMUST00000076639 1842 ntTSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
Ccdc39Q9D5Y1 Cnot11-201ENSMUST00000003219 3162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
Ccdc39Q9D5Y1 Lpin2-213ENSMUST00000156570 1586 ntTSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
Ccdc39Q9D5Y1 Prkaca-201ENSMUST00000005606 2276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
Ccdc39Q9D5Y1 Mplkip-201ENSMUST00000049744 2672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
Ccdc39Q9D5Y1 Gm14321-201ENSMUST00000127441 632 ntTSL 3 BASIC21.2■□□□□ 0.98
Ccdc39Q9D5Y1 Creb1-203ENSMUST00000171164 1287 ntTSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
Ccdc39Q9D5Y1 Dleu2-210ENSMUST00000183054 722 ntTSL 5 BASIC21.2■□□□□ 0.98
Ccdc39Q9D5Y1 Gm18025-201ENSMUST00000221733 862 ntBASIC21.2■□□□□ 0.98
Ccdc39Q9D5Y1 Prkci-201ENSMUST00000108249 4708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
Ccdc39Q9D5Y1 Rassf1-201ENSMUST00000010211 1727 ntTSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
Ccdc39Q9D5Y1 Ube2cbp-201ENSMUST00000034986 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
Ccdc39Q9D5Y1 Klhl2-201ENSMUST00000034017 3412 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
Ccdc39Q9D5Y1 Arhgap42-203ENSMUST00000183182 1458 ntTSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
Ccdc39Q9D5Y1 Plekhm2-202ENSMUST00000084203 4136 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.19■□□□□ 0.98
Ccdc39Q9D5Y1 Pick1-201ENSMUST00000018295 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
Ccdc39Q9D5Y1 Olig2-201ENSMUST00000035608 2437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
Ccdc39Q9D5Y1 Arx-201ENSMUST00000046565 2881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
Ccdc39Q9D5Y1 Hsdl1-201ENSMUST00000036049 3141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
Ccdc39Q9D5Y1 Pxdc1-202ENSMUST00000053459 2684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
Ccdc39Q9D5Y1 Mfsd14a-201ENSMUST00000029570 2782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
Ccdc39Q9D5Y1 Mpz-202ENSMUST00000111334 1278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
Ccdc39Q9D5Y1 Josd2-203ENSMUST00000118493 922 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.19■□□□□ 0.98
Ccdc39Q9D5Y1 Rsu1-209ENSMUST00000191959 720 ntTSL 3 BASIC21.19■□□□□ 0.98
Ccdc39Q9D5Y1 Gm43183-201ENSMUST00000200632 547 ntBASIC21.19■□□□□ 0.98
Ccdc39Q9D5Y1 Thap3-201ENSMUST00000036680 1124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
Ccdc39Q9D5Y1 Tle4-202ENSMUST00000167776 4545 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.19■□□□□ 0.98
Ccdc39Q9D5Y1 Gm11532-201ENSMUST00000128111 5272 ntTSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
Ccdc39Q9D5Y1 Lrch2-201ENSMUST00000112819 4892 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.19■□□□□ 0.98
Ccdc39Q9D5Y1 Nrxn2-204ENSMUST00000113461 5505 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.19■□□□□ 0.98
Ccdc39Q9D5Y1 Podxl2-202ENSMUST00000061262 2195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
Ccdc39Q9D5Y1 Trim67-201ENSMUST00000041106 5694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
Ccdc39Q9D5Y1 Atg16l2-202ENSMUST00000122116 2083 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
Ccdc39Q9D5Y1 Atp5c1-203ENSMUST00000114897 1166 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
Ccdc39Q9D5Y1 Gm15723-201ENSMUST00000139331 600 ntTSL 3 BASIC21.18■□□□□ 0.98
Ccdc39Q9D5Y1 2510002D24Rik-204ENSMUST00000191388 995 ntTSL 5 BASIC21.18■□□□□ 0.98
Ccdc39Q9D5Y1 AL672049.1-201ENSMUST00000197943 91 ntBASIC21.18■□□□□ 0.98
Ccdc39Q9D5Y1 Rwdd1-201ENSMUST00000019917 1090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
Ccdc39Q9D5Y1 Gm36736-201ENSMUST00000206060 646 ntTSL 3 BASIC21.18■□□□□ 0.98
Ccdc39Q9D5Y1 Bmyc-201ENSMUST00000061483 983 ntAPPRIS P1 BASIC21.18■□□□□ 0.98
Ccdc39Q9D5Y1 Slain2-202ENSMUST00000144843 4833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
Ccdc39Q9D5Y1 Rapgef3-207ENSMUST00000134885 1422 ntTSL 5 BASIC21.18■□□□□ 0.98
Ccdc39Q9D5Y1 Cdca4-201ENSMUST00000062092 2425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
Ccdc39Q9D5Y1 Wnt10b-202ENSMUST00000166022 1594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
Ccdc39Q9D5Y1 Klhdc1-201ENSMUST00000063445 2620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
Ccdc39Q9D5Y1 Snx15-201ENSMUST00000025702 1635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
Ccdc39Q9D5Y1 Oxct2b-201ENSMUST00000102648 1735 ntAPPRIS P1 BASIC21.18■□□□□ 0.98
Ccdc39Q9D5Y1 Eif3b-201ENSMUST00000100507 2945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
Ccdc39Q9D5Y1 1810043G02Rik-201ENSMUST00000105397 1818 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
Ccdc39Q9D5Y1 Golga7-202ENSMUST00000121783 1945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
Ccdc39Q9D5Y1 Syndig1-202ENSMUST00000109935 2050 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.17■□□□□ 0.98
Ccdc39Q9D5Y1 Mtmr14-201ENSMUST00000113146 2676 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
Ccdc39Q9D5Y1 Zfp467-208ENSMUST00000114564 626 ntTSL 2 BASIC21.17■□□□□ 0.98
Ccdc39Q9D5Y1 Gm20695-202ENSMUST00000176233 1012 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.17■□□□□ 0.98
Ccdc39Q9D5Y1 Cisd2-202ENSMUST00000120988 1363 ntTSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
Ccdc39Q9D5Y1 Cyb5a-204ENSMUST00000160180 1363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
Ccdc39Q9D5Y1 Slc35g2-201ENSMUST00000093792 1590 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.17■□□□□ 0.98
Ccdc39Q9D5Y1 4930432B10Rik-202ENSMUST00000181330 1612 ntTSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
Ccdc39Q9D5Y1 Grina-201ENSMUST00000023225 1693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
Ccdc39Q9D5Y1 Map6-202ENSMUST00000107100 2335 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
Ccdc39Q9D5Y1 Atxn7l2-202ENSMUST00000117409 2321 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.17■□□□□ 0.98
Ccdc39Q9D5Y1 Tpbgl-201ENSMUST00000178124 3022 ntAPPRIS P1 BASIC21.16■□□□□ 0.98
Ccdc39Q9D5Y1 Sh2b3-203ENSMUST00000118580 2393 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.16■□□□□ 0.98
Ccdc39Q9D5Y1 Phb-204ENSMUST00000125172 1799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
Ccdc39Q9D5Y1 Gm26860-201ENSMUST00000181674 1489 ntTSL 5 BASIC21.16■□□□□ 0.98
Ccdc39Q9D5Y1 Gm1673-203ENSMUST00000114383 511 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
Ccdc39Q9D5Y1 Naa10-205ENSMUST00000114390 797 ntTSL 5 BASIC21.16■□□□□ 0.98
Ccdc39Q9D5Y1 Gm715-201ENSMUST00000117865 831 ntBASIC21.16■□□□□ 0.98
Ccdc39Q9D5Y1 Chka-201ENSMUST00000025760 2319 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.16■□□□□ 0.98
Ccdc39Q9D5Y1 H2-DMa-201ENSMUST00000042121 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
Ccdc39Q9D5Y1 S1pr4-201ENSMUST00000053646 2386 ntAPPRIS P1 BASIC21.15■□□□□ 0.98
Ccdc39Q9D5Y1 Espn-209ENSMUST00000105655 1350 ntTSL 5 BASIC21.15■□□□□ 0.98
Ccdc39Q9D5Y1 Cacng6-201ENSMUST00000108647 868 ntTSL 5 BASIC21.15■□□□□ 0.98
Ccdc39Q9D5Y1 Pgap3-205ENSMUST00000128897 1264 ntTSL 5 BASIC21.15■□□□□ 0.98
Ccdc39Q9D5Y1 Zfp787-204ENSMUST00000207628 576 ntTSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
Ccdc39Q9D5Y1 Nnat-201ENSMUST00000088484 458 ntTSL 2 BASIC21.15■□□□□ 0.98
Ccdc39Q9D5Y1 Dynll2-202ENSMUST00000107923 2443 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.15■□□□□ 0.98
Ccdc39Q9D5Y1 Trmt61a-201ENSMUST00000084947 2433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
Ccdc39Q9D5Y1 Klhl36-201ENSMUST00000034287 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.98
Ccdc39Q9D5Y1 Rassf7-201ENSMUST00000046890 1525 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.98
Ccdc39Q9D5Y1 Tfap4-201ENSMUST00000005862 2113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.98
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 19.6 ms