Protein–RNA interactions for Protein: P08121

Col3a1, Collagen alpha-1(III) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,464 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col3a1P08121 4933428G20Rik-201ENSMUST00000056955 1425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.03
Col3a1P08121 Gm12085-201ENSMUST00000119263 940 ntBASIC21.52■■□□□ 1.03
Col3a1P08121 Khdc3-204ENSMUST00000173734 1228 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.03
Col3a1P08121 2310001K24Rik-202ENSMUST00000186760 740 ntTSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.03
Col3a1P08121 Gm29791-202ENSMUST00000207888 369 ntBASIC21.52■■□□□ 1.03
Col3a1P08121 Gadd45b-203ENSMUST00000220246 732 ntTSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.03
Col3a1P08121 Trim63-202ENSMUST00000105875 1886 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
Col3a1P08121 Rogdi-207ENSMUST00000202281 1355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
Col3a1P08121 2810408A11Rik-201ENSMUST00000018714 1485 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
Col3a1P08121 Adat2-201ENSMUST00000019944 1466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
Col3a1P08121 Klhdc1-201ENSMUST00000063445 2620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
Col3a1P08121 Tnpo2-207ENSMUST00000211601 2941 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
Col3a1P08121 Hgsnat-201ENSMUST00000037609 2694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
Col3a1P08121 Miga1-201ENSMUST00000068243 2689 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
Col3a1P08121 Echdc2-204ENSMUST00000116309 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
Col3a1P08121 Tmem80-202ENSMUST00000126510 959 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
Col3a1P08121 Gaa-202ENSMUST00000106258 1369 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
Col3a1P08121 Prss33-201ENSMUST00000059906 1360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
Col3a1P08121 Farsa-201ENSMUST00000003906 1826 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
Col3a1P08121 Chmp6-201ENSMUST00000026434 1557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
Col3a1P08121 Eva1c-202ENSMUST00000099543 1554 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
Col3a1P08121 Hrk-201ENSMUST00000054836 5382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
Col3a1P08121 Cnpy1-201ENSMUST00000117098 2661 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
Col3a1P08121 Gm17484-201ENSMUST00000167899 2322 ntTSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
Col3a1P08121 Vsig10-201ENSMUST00000086464 2052 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
Col3a1P08121 Eml4-201ENSMUST00000049503 5109 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
Col3a1P08121 Arhgef26-201ENSMUST00000079300 5638 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
Col3a1P08121 Nck2-201ENSMUST00000086421 2772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
Col3a1P08121 Stk11-210ENSMUST00000213772 1239 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
Col3a1P08121 Mrpl21-201ENSMUST00000025743 802 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
Col3a1P08121 Ewsr1-204ENSMUST00000093365 1290 ntTSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
Col3a1P08121 Casp6-201ENSMUST00000029626 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
Col3a1P08121 Kmt5b-204ENSMUST00000113970 2975 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
Col3a1P08121 Pxk-201ENSMUST00000036682 2812 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
Col3a1P08121 Pde1b-201ENSMUST00000023132 3218 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
Col3a1P08121 Snx3-202ENSMUST00000105499 1057 ntTSL 5 BASIC21.49■■□□□ 1.03
Col3a1P08121 Serf1-205ENSMUST00000152286 465 ntTSL 3 BASIC21.49■■□□□ 1.03
Col3a1P08121 Lmbrd1-202ENSMUST00000186096 688 ntTSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
Col3a1P08121 Ankrd39-202ENSMUST00000194894 664 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
Col3a1P08121 Gng11-201ENSMUST00000031670 919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
Col3a1P08121 Paox-202ENSMUST00000097967 1024 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
Col3a1P08121 Hsdl1-201ENSMUST00000036049 3141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
Col3a1P08121 Gnptg-202ENSMUST00000115154 2249 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
Col3a1P08121 Lsm6-201ENSMUST00000051867 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
Col3a1P08121 Coq5-201ENSMUST00000040421 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
Col3a1P08121 0610040J01Rik-201ENSMUST00000081747 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
Col3a1P08121 Noxa1-201ENSMUST00000044018 1617 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
Col3a1P08121 Thoc3-201ENSMUST00000026990 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
Col3a1P08121 Prickle4-201ENSMUST00000113299 990 ntTSL 5 BASIC21.48■■□□□ 1.03
Col3a1P08121 Prickle4-202ENSMUST00000113300 1110 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.48■■□□□ 1.03
Col3a1P08121 D330023K18Rik-201ENSMUST00000133550 920 ntTSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
Col3a1P08121 1810012K08Rik-201ENSMUST00000155199 574 ntTSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
Col3a1P08121 Gm27463-201ENSMUST00000183569 57 ntBASIC21.48■■□□□ 1.03
Col3a1P08121 Zfas1-205ENSMUST00000189909 738 ntTSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
Col3a1P08121 Chmp2a-203ENSMUST00000210587 930 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.48■■□□□ 1.03
Col3a1P08121 Aga-203ENSMUST00000211424 1147 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
Col3a1P08121 Cdca4-202ENSMUST00000220899 1994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
Col3a1P08121 Dlk2-202ENSMUST00000166280 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
Col3a1P08121 Anapc5-208ENSMUST00000197719 2383 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
Col3a1P08121 Tagln-201ENSMUST00000034590 1595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
Col3a1P08121 Cep57-209ENSMUST00000148086 2467 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
Col3a1P08121 4833413E03Rik-201ENSMUST00000013706 1091 ntTSL 5 BASIC21.47■■□□□ 1.03
Col3a1P08121 Slc25a41-202ENSMUST00000169012 1172 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
Col3a1P08121 Eif3h-201ENSMUST00000022925 1295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
Col3a1P08121 Ripply2-201ENSMUST00000058846 503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
Col3a1P08121 Mycbp-202ENSMUST00000106202 1536 ntTSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
Col3a1P08121 Tal1-204ENSMUST00000162489 2894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
Col3a1P08121 Tha1-201ENSMUST00000033230 1770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
Col3a1P08121 Mpst-201ENSMUST00000043865 1413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
Col3a1P08121 Bcs1l-202ENSMUST00000113732 1679 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.47■■□□□ 1.03
Col3a1P08121 Kctd13-201ENSMUST00000032924 1676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
Col3a1P08121 Bin2-204ENSMUST00000182775 1908 ntTSL 5 BASIC21.47■■□□□ 1.03
Col3a1P08121 Mpp3-203ENSMUST00000107167 2066 ntTSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
Col3a1P08121 Dtwd2-201ENSMUST00000025383 2476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
Col3a1P08121 1700096K18Rik-201ENSMUST00000188465 1454 ntBASIC21.47■■□□□ 1.03
Col3a1P08121 Rhoq-201ENSMUST00000024956 4151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
Col3a1P08121 Zc3h15-201ENSMUST00000081591 2111 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
Col3a1P08121 Tuba3b-201ENSMUST00000087445 1775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
Col3a1P08121 Aire-204ENSMUST00000128241 1938 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
Col3a1P08121 Aire-205ENSMUST00000130972 1923 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
Col3a1P08121 Aire-212ENSMUST00000145975 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
Col3a1P08121 Aire-201ENSMUST00000019257 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
Col3a1P08121 Arfrp1-209ENSMUST00000170190 2483 ntTSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
Col3a1P08121 Paics-201ENSMUST00000031160 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
Col3a1P08121 Spata25-201ENSMUST00000017911 786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
Col3a1P08121 Gm3764-209ENSMUST00000181550 1093 ntTSL 3 BASIC21.46■■□□□ 1.03
Col3a1P08121 Gm18032-201ENSMUST00000222541 538 ntBASIC21.46■■□□□ 1.03
Col3a1P08121 Fgf8-201ENSMUST00000026240 1117 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
Col3a1P08121 Hmg20b-201ENSMUST00000020454 1621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
Col3a1P08121 Dmtn-210ENSMUST00000228824 2377 ntBASIC21.46■■□□□ 1.03
Col3a1P08121 Ccdc3-201ENSMUST00000027988 2670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
Col3a1P08121 Fam229a-201ENSMUST00000106043 558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.03
Col3a1P08121 Bola2-203ENSMUST00000130498 1266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.03
Col3a1P08121 Gm16105-201ENSMUST00000156926 697 ntTSL 3 BASIC21.45■■□□□ 1.03
Col3a1P08121 Gm24841-201ENSMUST00000158676 357 ntBASIC21.45■■□□□ 1.03
Col3a1P08121 Anapc13-203ENSMUST00000188398 727 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.03
Col3a1P08121 Pdlim5-211ENSMUST00000198381 1555 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.03
Col3a1P08121 Lsm1-203ENSMUST00000211168 343 ntTSL 3 BASIC21.45■■□□□ 1.03
Col3a1P08121 Rgcc-201ENSMUST00000022595 918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.03
Col3a1P08121 Wisp2-201ENSMUST00000029188 1719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.03
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 15.5 ms