Protein–RNA interactions for Protein: Q61069

Usf1, Upstream stimulatory factor 1, mousemouse

Predictions only

Length 310 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Usf1Q61069 Ilk-212ENSMUST00000163389 1749 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
Usf1Q61069 Hist1h2bf-201ENSMUST00000105106 461 ntAPPRIS P1 BASIC16.39■□□□□ 0.21
Usf1Q61069 Mir2861-201ENSMUST00000175539 82 ntBASIC16.39■□□□□ 0.21
Usf1Q61069 Gm9694-201ENSMUST00000193347 1189 ntBASIC16.39■□□□□ 0.21
Usf1Q61069 Pcyox1-206ENSMUST00000204116 546 ntTSL 5 BASIC16.39■□□□□ 0.21
Usf1Q61069 Efcab11-207ENSMUST00000223114 1122 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.39■□□□□ 0.21
Usf1Q61069 Rplp2-201ENSMUST00000084434 964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
Usf1Q61069 Arrb2-204ENSMUST00000102564 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
Usf1Q61069 Skor2-201ENSMUST00000166956 3141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
Usf1Q61069 Homer1-206ENSMUST00000109493 2580 ntTSL 5 BASIC16.39■□□□□ 0.21
Usf1Q61069 Nrxn2-204ENSMUST00000113461 5505 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.39■□□□□ 0.21
Usf1Q61069 Irx3-201ENSMUST00000093312 2610 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
Usf1Q61069 Gpr137b-ps-203ENSMUST00000220758 1942 ntTSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
Usf1Q61069 Nsfl1c-201ENSMUST00000028949 1364 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
Usf1Q61069 Rell2-202ENSMUST00000091932 1995 ntTSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
Usf1Q61069 Rtcb-201ENSMUST00000001834 2009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
Usf1Q61069 Syde1-201ENSMUST00000040580 3288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
Usf1Q61069 Arhgap42-203ENSMUST00000183182 1458 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
Usf1Q61069 Hmces-201ENSMUST00000032141 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
Usf1Q61069 Lmbr1l-201ENSMUST00000023736 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
Usf1Q61069 4930544D05Rik-204ENSMUST00000180052 755 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
Usf1Q61069 Gm3764-202ENSMUST00000180582 440 ntTSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
Usf1Q61069 Kcnn4-202ENSMUST00000205428 1945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
Usf1Q61069 Ghitm-201ENSMUST00000042564 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
Usf1Q61069 Znrf1-205ENSMUST00000172856 4600 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
Usf1Q61069 Fam172a-202ENSMUST00000099358 2242 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
Usf1Q61069 Gnb2-204ENSMUST00000111027 1610 ntTSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
Usf1Q61069 Tmem102-201ENSMUST00000051025 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
Usf1Q61069 Acvr1c-204ENSMUST00000112608 1497 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
Usf1Q61069 Smad6-201ENSMUST00000041029 2971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
Usf1Q61069 Phox2b-201ENSMUST00000012664 3013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
Usf1Q61069 Siah2-201ENSMUST00000070368 2511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
Usf1Q61069 Gm16192-201ENSMUST00000148357 937 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
Usf1Q61069 Tppp3-202ENSMUST00000176419 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
Usf1Q61069 2310001K24Rik-202ENSMUST00000186760 740 ntTSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
Usf1Q61069 Hint1-201ENSMUST00000020504 636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
Usf1Q61069 Gm26709-203ENSMUST00000223260 715 ntTSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
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Usf1Q61069 Il17a-201ENSMUST00000027061 1171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
Usf1Q61069 Ltbp4-205ENSMUST00000121175 5118 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
Usf1Q61069 1110032F04Rik-201ENSMUST00000054551 2578 ntAPPRIS P1 BASIC16.37■□□□□ 0.21
Usf1Q61069 Cpne7-201ENSMUST00000037900 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
Usf1Q61069 Zcchc24-201ENSMUST00000069180 4556 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
Usf1Q61069 B4galt4-205ENSMUST00000114712 2168 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
Usf1Q61069 4933428P19Rik-201ENSMUST00000199616 1376 ntBASIC16.37■□□□□ 0.21
Usf1Q61069 Myd88-201ENSMUST00000035092 1960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
Usf1Q61069 Pard3-219ENSMUST00000162309 5659 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
Usf1Q61069 Zfp689-202ENSMUST00000106299 1417 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
Usf1Q61069 Fam181a-201ENSMUST00000179363 1406 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
Usf1Q61069 Nudt10-201ENSMUST00000103006 1775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
Usf1Q61069 Aig1-205ENSMUST00000162610 1554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
Usf1Q61069 Mras-203ENSMUST00000122384 1122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
Usf1Q61069 Gm7284-201ENSMUST00000131667 944 ntBASIC16.36■□□□□ 0.21
Usf1Q61069 9130019P16Rik-201ENSMUST00000135612 1019 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
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Usf1Q61069 Ube2t-201ENSMUST00000027687 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
Usf1Q61069 Ripply2-201ENSMUST00000058846 503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
Usf1Q61069 Nol9-202ENSMUST00000103197 2271 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
Usf1Q61069 Fbxw2-203ENSMUST00000113075 2260 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
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Usf1Q61069 Tead1-204ENSMUST00000106638 3047 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
Usf1Q61069 Mknk2-205ENSMUST00000200082 3439 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
Usf1Q61069 Zbed3-202ENSMUST00000221807 1945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
Usf1Q61069 Riox1-201ENSMUST00000053744 2344 ntAPPRIS P1 BASIC16.35■□□□□ 0.21
Usf1Q61069 Gm3667-201ENSMUST00000171906 2053 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
Usf1Q61069 Cracr2b-201ENSMUST00000053670 1698 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
Usf1Q61069 Bpifa3-202ENSMUST00000109746 1102 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
Usf1Q61069 Gapdh-202ENSMUST00000117757 1273 ntTSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
Usf1Q61069 Fuz-206ENSMUST00000207485 1140 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
Usf1Q61069 Rpp25l-201ENSMUST00000038434 856 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
Usf1Q61069 Mrps6-201ENSMUST00000047429 846 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
Usf1Q61069 Mindy2-201ENSMUST00000049031 8081 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
Usf1Q61069 Shox2-201ENSMUST00000029422 3079 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
Usf1Q61069 Praf2-201ENSMUST00000033489 1339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
Usf1Q61069 Gsg1-201ENSMUST00000087729 1307 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
Usf1Q61069 Acvr1b-201ENSMUST00000000544 4413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
Usf1Q61069 Fgfr1-215ENSMUST00000179592 5041 ntTSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
Usf1Q61069 Rogdi-207ENSMUST00000202281 1355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
Usf1Q61069 Lsm14a-201ENSMUST00000085585 2944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
Usf1Q61069 Hccs-202ENSMUST00000112115 2473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
Usf1Q61069 Akt2-205ENSMUST00000108344 4544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
Usf1Q61069 Dmrta2-201ENSMUST00000061187 2922 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
Usf1Q61069 Arfrp1-203ENSMUST00000127988 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
Usf1Q61069 Olfm1-204ENSMUST00000113920 2513 ntTSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
Usf1Q61069 Bex3-202ENSMUST00000113112 826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
Usf1Q61069 Gm15952-201ENSMUST00000122858 490 ntTSL 3 BASIC16.34■□□□□ 0.21
Usf1Q61069 Gm14114-201ENSMUST00000139345 287 ntTSL 3 BASIC16.34■□□□□ 0.21
Usf1Q61069 Mocs1-202ENSMUST00000165390 729 ntTSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 88 ms