Protein–RNA interactions for Protein: Q4QRL3

Ccdc88b, Coiled-coil domain-containing protein 88B, mousemouse

Predictions only

Length 1,481 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc88bQ4QRL3 Palm-202ENSMUST00000105379 2519 ntTSL 1 (best) BASIC29.5■■■□□ 2.31
Ccdc88bQ4QRL3 S1pr4-201ENSMUST00000053646 2386 ntAPPRIS P1 BASIC29.5■■■□□ 2.31
Ccdc88bQ4QRL3 U2af2-202ENSMUST00000165399 1810 ntTSL 5 BASIC29.49■■■□□ 2.31
Ccdc88bQ4QRL3 Gm16731-201ENSMUST00000132432 922 ntTSL 1 (best) BASIC29.49■■■□□ 2.31
Ccdc88bQ4QRL3 Gm5577-203ENSMUST00000153372 815 ntTSL 1 (best) BASIC29.49■■■□□ 2.31
Ccdc88bQ4QRL3 Prok1-201ENSMUST00000049852 813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.49■■■□□ 2.31
Ccdc88bQ4QRL3 Npw-201ENSMUST00000095544 638 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.49■■■□□ 2.31
Ccdc88bQ4QRL3 Gm38342-201ENSMUST00000195710 2980 ntBASIC29.49■■■□□ 2.31
Ccdc88bQ4QRL3 Trnt1-202ENSMUST00000113247 1934 ntTSL 1 (best) BASIC29.49■■■□□ 2.31
Ccdc88bQ4QRL3 Tbkbp1-203ENSMUST00000107614 2391 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.49■■■□□ 2.31
Ccdc88bQ4QRL3 Gas2-203ENSMUST00000107591 2232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.49■■■□□ 2.31
Ccdc88bQ4QRL3 F2rl3-201ENSMUST00000058099 1751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.49■■■□□ 2.31
Ccdc88bQ4QRL3 5430402O13Rik-201ENSMUST00000126537 869 ntTSL 1 (best) BASIC29.48■■■□□ 2.31
Ccdc88bQ4QRL3 Slc25a41-202ENSMUST00000169012 1172 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.48■■■□□ 2.31
Ccdc88bQ4QRL3 Phox2b-202ENSMUST00000174251 1177 ntTSL 1 (best) BASIC29.48■■■□□ 2.31
Ccdc88bQ4QRL3 Fgf8-201ENSMUST00000026240 1117 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC29.48■■■□□ 2.31
Ccdc88bQ4QRL3 Cnot11-201ENSMUST00000003219 3162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.48■■■□□ 2.31
Ccdc88bQ4QRL3 Gtf3a-201ENSMUST00000132102 1426 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.48■■■□□ 2.31
Ccdc88bQ4QRL3 Dbndd2-201ENSMUST00000017878 1338 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.48■■■□□ 2.31
Ccdc88bQ4QRL3 Qdpr-208ENSMUST00000197946 1206 ntTSL 5 BASIC29.48■■■□□ 2.31
Ccdc88bQ4QRL3 Arf1-202ENSMUST00000163300 1991 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.48■■■□□ 2.31
Ccdc88bQ4QRL3 Tpbgl-201ENSMUST00000178124 3022 ntAPPRIS P1 BASIC29.47■■■□□ 2.31
Ccdc88bQ4QRL3 Spata25-201ENSMUST00000017911 786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.47■■■□□ 2.31
Ccdc88bQ4QRL3 Ripply2-201ENSMUST00000058846 503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.47■■■□□ 2.31
Ccdc88bQ4QRL3 AW047730-202ENSMUST00000181406 2579 ntTSL 1 (best) BASIC29.46■■■□□ 2.31
Ccdc88bQ4QRL3 Shkbp1-201ENSMUST00000003857 2358 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.46■■■□□ 2.31
Ccdc88bQ4QRL3 Efcab11-201ENSMUST00000046485 2068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.46■■■□□ 2.31
Ccdc88bQ4QRL3 Pdlim5-211ENSMUST00000198381 1555 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.46■■■□□ 2.31
Ccdc88bQ4QRL3 Ppp1r21-201ENSMUST00000038551 3141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.46■■■□□ 2.31
Ccdc88bQ4QRL3 Smim1-205ENSMUST00000131325 842 ntTSL 5 BASIC29.46■■■□□ 2.31
Ccdc88bQ4QRL3 Prss16-204ENSMUST00000150547 1159 ntTSL 3 BASIC29.46■■■□□ 2.31
Ccdc88bQ4QRL3 Utf1-201ENSMUST00000168457 1227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.46■■■□□ 2.31
Ccdc88bQ4QRL3 Chmp2a-203ENSMUST00000210587 930 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.46■■■□□ 2.31
Ccdc88bQ4QRL3 Lsm1-203ENSMUST00000211168 343 ntTSL 3 BASIC29.46■■■□□ 2.31
Ccdc88bQ4QRL3 Golga5-202ENSMUST00000179218 2827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.46■■■□□ 2.31
Ccdc88bQ4QRL3 Phf14-202ENSMUST00000115510 3353 ntTSL 1 (best) BASIC29.46■■■□□ 2.31
Ccdc88bQ4QRL3 Sapcd2-202ENSMUST00000100323 1761 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.46■■■□□ 2.31
Ccdc88bQ4QRL3 Zc3h14-202ENSMUST00000057000 3046 ntTSL 1 (best) BASIC29.45■■■□□ 2.31
Ccdc88bQ4QRL3 Fam105a-202ENSMUST00000226145 2950 ntAPPRIS P1 BASIC29.45■■■□□ 2.31
Ccdc88bQ4QRL3 Hmga1-205ENSMUST00000118599 529 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC29.45■■■□□ 2.31
Ccdc88bQ4QRL3 Smim12-201ENSMUST00000142029 1022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.45■■■□□ 2.31
Ccdc88bQ4QRL3 Gm17182-201ENSMUST00000163795 860 ntTSL 1 (best) BASIC29.45■■■□□ 2.31
Ccdc88bQ4QRL3 Birc5-201ENSMUST00000081387 947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.45■■■□□ 2.31
Ccdc88bQ4QRL3 Cnpy1-201ENSMUST00000117098 2661 ntTSL 1 (best) BASIC29.45■■■□□ 2.31
Ccdc88bQ4QRL3 Ubxn2a-201ENSMUST00000020962 2696 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.45■■■□□ 2.3
Ccdc88bQ4QRL3 Zfp943-202ENSMUST00000153985 1598 ntTSL 1 (best) BASIC29.45■■■□□ 2.3
Ccdc88bQ4QRL3 Pdia6-201ENSMUST00000057288 2175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.45■■■□□ 2.3
Ccdc88bQ4QRL3 Gm4974-201ENSMUST00000209974 875 ntBASIC29.44■■■□□ 2.3
Ccdc88bQ4QRL3 4430402I18Rik-205ENSMUST00000162110 1559 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.44■■■□□ 2.3
Ccdc88bQ4QRL3 Dlk2-202ENSMUST00000166280 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.44■■■□□ 2.3
Ccdc88bQ4QRL3 Larp1b-206ENSMUST00000191872 1505 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.44■■■□□ 2.3
Ccdc88bQ4QRL3 Gm13816-201ENSMUST00000152230 715 ntTSL 1 (best) BASIC29.43■■■□□ 2.3
Ccdc88bQ4QRL3 Gm4217-201ENSMUST00000182243 1002 ntBASIC29.43■■■□□ 2.3
Ccdc88bQ4QRL3 Samd13-205ENSMUST00000197989 591 ntTSL 5 BASIC29.43■■■□□ 2.3
Ccdc88bQ4QRL3 Pthlh-202ENSMUST00000204197 1281 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.43■■■□□ 2.3
Ccdc88bQ4QRL3 Itm2c-203ENSMUST00000185569 1465 ntTSL 5 BASIC29.43■■■□□ 2.3
Ccdc88bQ4QRL3 Acp5-204ENSMUST00000213815 1419 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.43■■■□□ 2.3
Ccdc88bQ4QRL3 Acp5-206ENSMUST00000217643 1447 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.43■■■□□ 2.3
Ccdc88bQ4QRL3 Gm15558-201ENSMUST00000126849 2018 ntTSL 1 (best) BASIC29.43■■■□□ 2.3
Ccdc88bQ4QRL3 Bcs1l-202ENSMUST00000113732 1679 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.42■■■□□ 2.3
Ccdc88bQ4QRL3 Gm18032-201ENSMUST00000222541 538 ntBASIC29.42■■■□□ 2.3
Ccdc88bQ4QRL3 Blcap-201ENSMUST00000088494 2108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.42■■■□□ 2.3
Ccdc88bQ4QRL3 AC163637.2-201ENSMUST00000213826 1945 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.42■■■□□ 2.3
Ccdc88bQ4QRL3 Pacsin1-203ENSMUST00000114872 1647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.42■■■□□ 2.3
Ccdc88bQ4QRL3 Setdb2-202ENSMUST00000111253 1774 ntTSL 2 BASIC29.42■■■□□ 2.3
Ccdc88bQ4QRL3 Tmem196-201ENSMUST00000058644 1678 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.42■■■□□ 2.3
Ccdc88bQ4QRL3 Dolk-201ENSMUST00000100219 2104 ntAPPRIS P1 BASIC29.42■■■□□ 2.3
Ccdc88bQ4QRL3 Bmp2k-202ENSMUST00000112974 3244 ntTSL 1 (best) BASIC29.42■■■□□ 2.3
Ccdc88bQ4QRL3 Ino80e-202ENSMUST00000106342 1840 ntTSL 3 BASIC29.42■■■□□ 2.3
Ccdc88bQ4QRL3 Farsa-201ENSMUST00000003906 1826 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.42■■■□□ 2.3
Ccdc88bQ4QRL3 AC124601.2-201ENSMUST00000222888 759 ntTSL 2 BASIC29.42■■■□□ 2.3
Ccdc88bQ4QRL3 Cebpa-201ENSMUST00000042985 2626 ntAPPRIS P1 BASIC29.41■■■□□ 2.3
Ccdc88bQ4QRL3 Zfas1-205ENSMUST00000189909 738 ntTSL 1 (best) BASIC29.41■■■□□ 2.3
Ccdc88bQ4QRL3 Atp5l-201ENSMUST00000043675 544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.41■■■□□ 2.3
Ccdc88bQ4QRL3 Il4i1-201ENSMUST00000033015 2048 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.41■■■□□ 2.3
Ccdc88bQ4QRL3 Cops8-201ENSMUST00000036153 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.41■■■□□ 2.3
Ccdc88bQ4QRL3 Agbl4-205ENSMUST00000106591 1406 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.41■■■□□ 2.3
Ccdc88bQ4QRL3 Tmem102-201ENSMUST00000051025 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.41■■■□□ 2.3
Ccdc88bQ4QRL3 Pqlc1-201ENSMUST00000070135 1911 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.4■■■□□ 2.3
Ccdc88bQ4QRL3 4930447C04Rik-201ENSMUST00000044000 2051 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.4■■■□□ 2.3
Ccdc88bQ4QRL3 Lyrm4-201ENSMUST00000053265 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.4■■■□□ 2.3
Ccdc88bQ4QRL3 Mthfd2-201ENSMUST00000005810 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.4■■■□□ 2.3
Ccdc88bQ4QRL3 Gm43353-201ENSMUST00000199224 1295 ntBASIC29.4■■■□□ 2.3
Ccdc88bQ4QRL3 Lancl2-201ENSMUST00000050077 2509 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.4■■■□□ 2.3
Ccdc88bQ4QRL3 Mpig6b-201ENSMUST00000097337 2252 ntTSL 1 (best) BASIC29.4■■■□□ 2.3
Ccdc88bQ4QRL3 Gm37711-201ENSMUST00000194907 1749 ntTSL 5 BASIC29.4■■■□□ 2.3
Ccdc88bQ4QRL3 Igsf8-202ENSMUST00000085912 2182 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.39■■■□□ 2.3
Ccdc88bQ4QRL3 Rogdi-207ENSMUST00000202281 1355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.39■■■□□ 2.3
Ccdc88bQ4QRL3 D3Ertd751e-205ENSMUST00000120167 773 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.39■■■□□ 2.3
Ccdc88bQ4QRL3 Gm6659-201ENSMUST00000174752 547 ntBASIC29.39■■■□□ 2.3
Ccdc88bQ4QRL3 Fam181a-201ENSMUST00000179363 1406 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.39■■■□□ 2.3
Ccdc88bQ4QRL3 Gm26938-201ENSMUST00000182839 744 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.39■■■□□ 2.3
Ccdc88bQ4QRL3 Gm28914-201ENSMUST00000188115 667 ntTSL 2 BASIC29.39■■■□□ 2.3
Ccdc88bQ4QRL3 Uchl3-201ENSMUST00000002289 903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.39■■■□□ 2.3
Ccdc88bQ4QRL3 Mrpl28-201ENSMUST00000025014 1048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.39■■■□□ 2.3
Ccdc88bQ4QRL3 Ralgps2-205ENSMUST00000185198 2229 ntTSL 1 (best) BASIC29.39■■■□□ 2.3
Ccdc88bQ4QRL3 E2f1-202ENSMUST00000103145 2732 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.39■■■□□ 2.29
Ccdc88bQ4QRL3 Papola-212ENSMUST00000168186 2436 ntTSL 1 (best) BASIC29.39■■■□□ 2.29
Ccdc88bQ4QRL3 Doc2a-201ENSMUST00000064110 2538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.38■■■□□ 2.29
Ccdc88bQ4QRL3 Cdk5-201ENSMUST00000030814 2059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.38■■■□□ 2.29
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 22.3 ms