Protein–RNA interactions for Protein: Q04857

Col6a1, Collagen alpha-1(VI) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,025 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col6a1Q04857 AC159205.3-201ENSMUST00000224614 874 ntBASIC19.84■□□□□ 0.77
Col6a1Q04857 Bex3-201ENSMUST00000053540 930 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
Col6a1Q04857 Mmp28-204ENSMUST00000119346 1517 ntTSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
Col6a1Q04857 Sbspon-201ENSMUST00000040695 2748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
Col6a1Q04857 Rchy1-201ENSMUST00000031345 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
Col6a1Q04857 Hist1h2bh-201ENSMUST00000224359 1679 ntAPPRIS P1 BASIC19.84■□□□□ 0.77
Col6a1Q04857 Ankle2-201ENSMUST00000031474 5215 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
Col6a1Q04857 Sept7-201ENSMUST00000115272 2533 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.83■□□□□ 0.77
Col6a1Q04857 Ergic3-201ENSMUST00000006035 1377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.77
Col6a1Q04857 Flot1-201ENSMUST00000001569 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.77
Col6a1Q04857 Fbxo44-201ENSMUST00000057907 1829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.77
Col6a1Q04857 Gabbr1-201ENSMUST00000025338 5248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.77
Col6a1Q04857 Fam213a-202ENSMUST00000118466 1567 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.77
Col6a1Q04857 Ascl4-202ENSMUST00000170396 2016 ntAPPRIS P1 BASIC19.83■□□□□ 0.77
Col6a1Q04857 Adrb3-202ENSMUST00000117565 1336 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.77
Col6a1Q04857 Igfbp2-201ENSMUST00000047328 1307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.77
Col6a1Q04857 Fbxl5-204ENSMUST00000119523 2801 ntTSL 5 BASIC19.83■□□□□ 0.77
Col6a1Q04857 Gls2-201ENSMUST00000044776 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.77
Col6a1Q04857 Eif4e2-205ENSMUST00000113232 1125 ntTSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.77
Col6a1Q04857 Ndufb11-201ENSMUST00000116621 908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.77
Col6a1Q04857 Gm3764-209ENSMUST00000181550 1093 ntTSL 3 BASIC19.83■□□□□ 0.77
Col6a1Q04857 Gm16475-201ENSMUST00000207306 512 ntTSL 2 BASIC19.83■□□□□ 0.77
Col6a1Q04857 Stx3-208ENSMUST00000211641 1018 ntTSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.77
Col6a1Q04857 Ndufa6-201ENSMUST00000023085 560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.77
Col6a1Q04857 Clcn4-206ENSMUST00000210594 2539 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.83■□□□□ 0.76
Col6a1Q04857 Clint1-201ENSMUST00000109260 3311 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
Col6a1Q04857 Pllp-201ENSMUST00000034227 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
Col6a1Q04857 Wnk2-210ENSMUST00000162403 6147 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.82■□□□□ 0.76
Col6a1Q04857 Zfyve9-202ENSMUST00000106657 6459 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.82■□□□□ 0.76
Col6a1Q04857 Auh-201ENSMUST00000021913 1320 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
Col6a1Q04857 Tesmin-201ENSMUST00000025840 2234 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
Col6a1Q04857 Tomm6-202ENSMUST00000113302 749 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
Col6a1Q04857 Phgr1-202ENSMUST00000130293 542 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.82■□□□□ 0.76
Col6a1Q04857 Gtf3a-204ENSMUST00000146511 1298 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
Col6a1Q04857 Ccdc125-202ENSMUST00000170347 1216 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
Col6a1Q04857 Esx1-201ENSMUST00000074698 1600 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
Col6a1Q04857 Dtx4-201ENSMUST00000045521 5765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
Col6a1Q04857 Tm6sf2-202ENSMUST00000110160 1446 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
Col6a1Q04857 Def6-201ENSMUST00000002327 2277 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
Col6a1Q04857 Cpeb3-202ENSMUST00000123727 2411 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
Col6a1Q04857 Fam118a-201ENSMUST00000023069 2543 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.81■□□□□ 0.76
Col6a1Q04857 Krt24-201ENSMUST00000017255 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.81■□□□□ 0.76
Col6a1Q04857 Ccdc59-201ENSMUST00000020049 1813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.81■□□□□ 0.76
Col6a1Q04857 Dll3-201ENSMUST00000108315 2618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.81■□□□□ 0.76
Col6a1Q04857 Slc25a39-202ENSMUST00000107098 1606 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.81■□□□□ 0.76
Col6a1Q04857 Gnpda1-201ENSMUST00000063814 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.81■□□□□ 0.76
Col6a1Q04857 Arnt-204ENSMUST00000107160 783 ntTSL 1 (best) BASIC19.81■□□□□ 0.76
Col6a1Q04857 Tpsg1-202ENSMUST00000160377 1040 ntTSL 1 (best) BASIC19.81■□□□□ 0.76
Col6a1Q04857 Trim72-202ENSMUST00000106248 2134 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.81■□□□□ 0.76
Col6a1Q04857 Gm3667-201ENSMUST00000171906 2053 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.8■□□□□ 0.76
Col6a1Q04857 E030030I06Rik-202ENSMUST00000179054 2081 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.8■□□□□ 0.76
Col6a1Q04857 Nbl1-201ENSMUST00000042844 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.8■□□□□ 0.76
Col6a1Q04857 Minpp1-201ENSMUST00000025827 2619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.8■□□□□ 0.76
Col6a1Q04857 1700003E16Rik-201ENSMUST00000032106 2020 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.8■□□□□ 0.76
Col6a1Q04857 Cyp2u1-203ENSMUST00000200236 1716 ntTSL 1 (best) BASIC19.8■□□□□ 0.76
Col6a1Q04857 Acot7-201ENSMUST00000030779 1425 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.8■□□□□ 0.76
Col6a1Q04857 Spint2-202ENSMUST00000108236 1211 ntTSL 1 (best) BASIC19.8■□□□□ 0.76
Col6a1Q04857 Yif1b-203ENSMUST00000108238 1126 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.8■□□□□ 0.76
Col6a1Q04857 Gm12382-201ENSMUST00000122005 922 ntBASIC19.8■□□□□ 0.76
Col6a1Q04857 Mras-203ENSMUST00000122384 1122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.8■□□□□ 0.76
Col6a1Q04857 Gm12781-201ENSMUST00000146269 395 ntTSL 1 (best) BASIC19.8■□□□□ 0.76
Col6a1Q04857 Gm45058-201ENSMUST00000205810 766 ntBASIC19.8■□□□□ 0.76
Col6a1Q04857 Ppic-201ENSMUST00000025419 1286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.8■□□□□ 0.76
Col6a1Q04857 Meis3-205ENSMUST00000176506 1839 ntTSL 1 (best) BASIC19.8■□□□□ 0.76
Col6a1Q04857 Galnt3-201ENSMUST00000028378 3885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.8■□□□□ 0.76
Col6a1Q04857 Dio3-202ENSMUST00000173014 2030 ntAPPRIS P1 BASIC19.8■□□□□ 0.76
Col6a1Q04857 Csnk1a1-210ENSMUST00000170862 2259 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.79■□□□□ 0.76
Col6a1Q04857 Gpr137-203ENSMUST00000099776 1569 ntTSL 1 (best) BASIC19.79■□□□□ 0.76
Col6a1Q04857 Pou2f2-206ENSMUST00000108418 1934 ntTSL 1 (best) BASIC19.79■□□□□ 0.76
Col6a1Q04857 Trmt61a-201ENSMUST00000084947 2433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.79■□□□□ 0.76
Col6a1Q04857 Ubtf-207ENSMUST00000128016 1062 ntTSL 2 BASIC19.79■□□□□ 0.76
Col6a1Q04857 Rprml-201ENSMUST00000057870 1010 ntAPPRIS P1 BASIC19.79■□□□□ 0.76
Col6a1Q04857 Manbal-201ENSMUST00000081202 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.79■□□□□ 0.76
Col6a1Q04857 Cacng4-201ENSMUST00000021066 3500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.79■□□□□ 0.76
Col6a1Q04857 Zfp746-203ENSMUST00000203609 3648 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.79■□□□□ 0.76
Col6a1Q04857 Adamtsl5-201ENSMUST00000095446 1957 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.79■□□□□ 0.76
Col6a1Q04857 9530080O11Rik-201ENSMUST00000137239 1475 ntTSL 2 BASIC19.79■□□□□ 0.76
Col6a1Q04857 Sphk1-203ENSMUST00000100201 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.79■□□□□ 0.76
Col6a1Q04857 Rbbp7-202ENSMUST00000112326 1430 ntTSL 1 (best) BASIC19.78■□□□□ 0.76
Col6a1Q04857 Txndc15-201ENSMUST00000021959 1527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.78■□□□□ 0.76
Col6a1Q04857 Hat1-202ENSMUST00000112122 1899 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.78■□□□□ 0.76
Col6a1Q04857 Naa30-205ENSMUST00000153488 4446 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.78■□□□□ 0.76
Col6a1Q04857 Gfra3-201ENSMUST00000025224 1992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.78■□□□□ 0.76
Col6a1Q04857 Gcgr-201ENSMUST00000026119 1957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.78■□□□□ 0.76
Col6a1Q04857 Rps12-206ENSMUST00000218221 460 ntTSL 5 BASIC19.78■□□□□ 0.76
Col6a1Q04857 Syngr1-202ENSMUST00000009728 819 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.78■□□□□ 0.76
Col6a1Q04857 Zyg11a-202ENSMUST00000106690 2421 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.78■□□□□ 0.76
Col6a1Q04857 Espn-211ENSMUST00000105657 1375 ntTSL 1 (best) BASIC19.78■□□□□ 0.76
Col6a1Q04857 AC126028.2-201ENSMUST00000228100 1833 ntBASIC19.78■□□□□ 0.76
Col6a1Q04857 Pcnp-202ENSMUST00000114444 2295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.78■□□□□ 0.76
Col6a1Q04857 Chd5-205ENSMUST00000164662 9375 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.78■□□□□ 0.76
Col6a1Q04857 Anks3-201ENSMUST00000023157 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.78■□□□□ 0.76
Col6a1Q04857 Smap2-201ENSMUST00000043200 2905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.78■□□□□ 0.76
Col6a1Q04857 Cacul1-203ENSMUST00000166712 5700 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.78■□□□□ 0.76
Col6a1Q04857 Tifa-201ENSMUST00000054483 2245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.78■□□□□ 0.76
Col6a1Q04857 Lingo1-203ENSMUST00000114256 2782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.78■□□□□ 0.76
Col6a1Q04857 Galk1-201ENSMUST00000021114 1406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.77■□□□□ 0.76
Col6a1Q04857 Arpc5-202ENSMUST00000097536 1737 ntTSL 1 (best) BASIC19.77■□□□□ 0.76
Col6a1Q04857 Cd24a-201ENSMUST00000058714 1816 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.77■□□□□ 0.76
Col6a1Q04857 Rusc2-201ENSMUST00000035645 5300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.77■□□□□ 0.76
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 30.3 ms