Protein–RNA interactions for Protein: P39061

Col18a1, Collagen alpha-1(XVIII) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,774 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col18a1P39061 Gm28659-201ENSMUST00000188013 759 ntBASIC24.26■■□□□ 1.47
Col18a1P39061 Mal2-201ENSMUST00000025356 2950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
Col18a1P39061 Gm16861-201ENSMUST00000181498 1647 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
Col18a1P39061 Rnf26-206ENSMUST00000216511 2257 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
Col18a1P39061 Mroh6-201ENSMUST00000184858 2216 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
Col18a1P39061 Gnpnat1-201ENSMUST00000046191 2788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
Col18a1P39061 Gm27459-201ENSMUST00000184860 107 ntBASIC24.26■■□□□ 1.47
Col18a1P39061 Dlg1-203ENSMUST00000100001 4711 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
Col18a1P39061 Gm13884-201ENSMUST00000118103 829 ntBASIC24.25■■□□□ 1.47
Col18a1P39061 Whrn-202ENSMUST00000063672 2804 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
Col18a1P39061 Ndufv1-202ENSMUST00000128787 1436 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
Col18a1P39061 Ndufv1-207ENSMUST00000134479 1438 ntTSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
Col18a1P39061 Prss53-202ENSMUST00000205300 1662 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
Col18a1P39061 Gm15510-201ENSMUST00000123644 1172 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
Col18a1P39061 Ndufab1-ps-201ENSMUST00000166096 468 ntBASIC24.24■■□□□ 1.47
Col18a1P39061 Gm28577-201ENSMUST00000176106 741 ntTSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
Col18a1P39061 Gm37722-201ENSMUST00000193757 208 ntBASIC24.24■■□□□ 1.47
Col18a1P39061 Eva1c-202ENSMUST00000099543 1554 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
Col18a1P39061 Slc35f3-201ENSMUST00000108759 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
Col18a1P39061 6430573P05Rik-203ENSMUST00000195547 2457 ntBASIC24.24■■□□□ 1.47
Col18a1P39061 Wnt10b-202ENSMUST00000166022 1594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
Col18a1P39061 Soat2-201ENSMUST00000023806 2213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
Col18a1P39061 Zfp133-ps-202ENSMUST00000124788 1079 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
Col18a1P39061 Triobp-202ENSMUST00000109688 2553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
Col18a1P39061 Cacnb1-204ENSMUST00000107561 1778 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
Col18a1P39061 Tekt1-201ENSMUST00000021155 1447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
Col18a1P39061 Babam1-201ENSMUST00000002473 1433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
Col18a1P39061 Cnih3-202ENSMUST00000161880 1995 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
Col18a1P39061 Mrpl9-201ENSMUST00000029786 1612 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
Col18a1P39061 Zfp523-201ENSMUST00000002318 2710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
Col18a1P39061 Gpr142-202ENSMUST00000106584 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
Col18a1P39061 Olfr129-201ENSMUST00000122318 993 ntBASIC24.23■■□□□ 1.47
Col18a1P39061 Gpr142-201ENSMUST00000045319 1098 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
Col18a1P39061 4932702P03Rik-201ENSMUST00000138447 1482 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
Col18a1P39061 Dusp7-201ENSMUST00000172306 3213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
Col18a1P39061 Gpr162-201ENSMUST00000046893 2676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
Col18a1P39061 Kcnn4-202ENSMUST00000205428 1945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
Col18a1P39061 Bag5-201ENSMUST00000054636 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
Col18a1P39061 Srsf12-201ENSMUST00000067864 2939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
Col18a1P39061 Tra2a-204ENSMUST00000204189 1777 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
Col18a1P39061 Rhox13-201ENSMUST00000152730 876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
Col18a1P39061 H2-T-ps-201ENSMUST00000172538 1067 ntBASIC24.22■■□□□ 1.47
Col18a1P39061 Mir8098-201ENSMUST00000184011 137 ntBASIC24.22■■□□□ 1.47
Col18a1P39061 Ino80dos-204ENSMUST00000188602 678 ntTSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
Col18a1P39061 Marc1-202ENSMUST00000110992 2152 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
Col18a1P39061 Slc17a7-201ENSMUST00000085374 2915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
Col18a1P39061 Klc3-203ENSMUST00000108458 1823 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
Col18a1P39061 Rerg-204ENSMUST00000149100 635 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
Col18a1P39061 Tmem80-201ENSMUST00000026578 1800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
Col18a1P39061 Tmbim1-201ENSMUST00000016309 2378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
Col18a1P39061 Zbed3-201ENSMUST00000045909 1894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
Col18a1P39061 Rraga-201ENSMUST00000091064 1618 ntAPPRIS P1 BASIC24.21■■□□□ 1.47
Col18a1P39061 Homer1-207ENSMUST00000109494 2468 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
Col18a1P39061 Fstl3-201ENSMUST00000020575 1955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
Col18a1P39061 Lmbr1l-201ENSMUST00000023736 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
Col18a1P39061 Mum1-201ENSMUST00000020365 2640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
Col18a1P39061 Pdia6-201ENSMUST00000057288 2175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
Col18a1P39061 Ankrd40-201ENSMUST00000021227 1215 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
Col18a1P39061 4930505A04Rik-201ENSMUST00000041763 904 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
Col18a1P39061 Lce3c-201ENSMUST00000055375 567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
Col18a1P39061 Gm37820-201ENSMUST00000194021 2147 ntBASIC24.2■■□□□ 1.47
Col18a1P39061 Kdelr2-201ENSMUST00000110731 1829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.47
Col18a1P39061 Cldn4-201ENSMUST00000051401 1816 ntAPPRIS P1 BASIC24.2■■□□□ 1.47
Col18a1P39061 Rapgef3os1-201ENSMUST00000149373 483 ntTSL 3 BASIC24.2■■□□□ 1.46
Col18a1P39061 Has3-202ENSMUST00000175987 1154 ntTSL 5 BASIC24.2■■□□□ 1.46
Col18a1P39061 AC148328.1-201ENSMUST00000216448 920 ntTSL 5 BASIC24.2■■□□□ 1.46
Col18a1P39061 Dars-202ENSMUST00000064309 645 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
Col18a1P39061 Samd10-201ENSMUST00000060173 2164 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
Col18a1P39061 Lrrc25-201ENSMUST00000052437 1313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
Col18a1P39061 Fgfr2-217ENSMUST00000124096 2425 ntTSL 5 BASIC24.2■■□□□ 1.46
Col18a1P39061 Actl6a-201ENSMUST00000029214 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
Col18a1P39061 Il9r-204ENSMUST00000142396 1542 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
Col18a1P39061 Ankle1-202ENSMUST00000120725 1641 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
Col18a1P39061 Tmem175-204ENSMUST00000146207 1686 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
Col18a1P39061 Gm37025-201ENSMUST00000195159 829 ntBASIC24.19■■□□□ 1.46
Col18a1P39061 Arf1-202ENSMUST00000163300 1991 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
Col18a1P39061 Cdkl3-206ENSMUST00000109079 2051 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.19■■□□□ 1.46
Col18a1P39061 Cdkl3-208ENSMUST00000109081 2063 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.19■■□□□ 1.46
Col18a1P39061 Hmces-202ENSMUST00000113606 1572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
Col18a1P39061 1700041G16Rik-202ENSMUST00000186344 1824 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
Col18a1P39061 Gm18688-201ENSMUST00000204695 1859 ntBASIC24.19■■□□□ 1.46
Col18a1P39061 Gpr180-201ENSMUST00000022728 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
Col18a1P39061 Golph3-202ENSMUST00000226517 2359 ntBASIC24.19■■□□□ 1.46
Col18a1P39061 Mansc4-201ENSMUST00000100780 1125 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
Col18a1P39061 Cd164l2-201ENSMUST00000105910 986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
Col18a1P39061 Fndc11-202ENSMUST00000108835 1154 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
Col18a1P39061 Gm28876-201ENSMUST00000188137 703 ntTSL 3 BASIC24.19■■□□□ 1.46
Col18a1P39061 Cd70-201ENSMUST00000019633 842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
Col18a1P39061 Dgcr6-202ENSMUST00000076757 894 ntTSL 5 BASIC24.19■■□□□ 1.46
Col18a1P39061 Pdp1-204ENSMUST00000108299 2588 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
Col18a1P39061 Ppp1r12c-201ENSMUST00000013886 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
Col18a1P39061 Gm12536-201ENSMUST00000129102 358 ntTSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
Col18a1P39061 Hmg20b-213ENSMUST00000167481 1321 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
Col18a1P39061 Olfr572-203ENSMUST00000215782 1233 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
Col18a1P39061 Tmem254b-201ENSMUST00000022418 1447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
Col18a1P39061 Gm7008-201ENSMUST00000038121 1366 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
Col18a1P39061 Pafah1b3-201ENSMUST00000005583 901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
Col18a1P39061 Siah2-201ENSMUST00000070368 2511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
Col18a1P39061 Calb2-201ENSMUST00000003754 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
Col18a1P39061 Mrpl36-203ENSMUST00000222030 680 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.17■■□□□ 1.46
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 20.2 ms