Protein–RNA interactions for Protein: Q4QRL3

Ccdc88b, Coiled-coil domain-containing protein 88B, mousemouse

Predictions only

Length 1,481 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc88bQ4QRL3 Dcxr-201ENSMUST00000026144 892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.74■■■□□ 2.35
Ccdc88bQ4QRL3 Celf6-203ENSMUST00000118549 2973 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.73■■■□□ 2.35
Ccdc88bQ4QRL3 Tekt1-201ENSMUST00000021155 1447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.73■■■□□ 2.35
Ccdc88bQ4QRL3 Gm43213-201ENSMUST00000151866 1790 ntBASIC29.73■■■□□ 2.35
Ccdc88bQ4QRL3 Acot7-203ENSMUST00000105652 1393 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.73■■■□□ 2.35
Ccdc88bQ4QRL3 5730507C01Rik-202ENSMUST00000177778 2542 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.73■■■□□ 2.35
Ccdc88bQ4QRL3 Slc25a31-201ENSMUST00000091184 2128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.73■■■□□ 2.35
Ccdc88bQ4QRL3 Mpst-203ENSMUST00000169133 1309 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.73■■■□□ 2.35
Ccdc88bQ4QRL3 Lrrfip1-201ENSMUST00000068116 2050 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.73■■■□□ 2.35
Ccdc88bQ4QRL3 Uchl1-201ENSMUST00000031131 1177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.73■■■□□ 2.35
Ccdc88bQ4QRL3 Gm5901-201ENSMUST00000106805 1140 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.72■■■□□ 2.35
Ccdc88bQ4QRL3 Izumo1r-204ENSMUST00000121116 726 ntTSL 2 BASIC29.72■■■□□ 2.35
Ccdc88bQ4QRL3 Rps2-ps2-201ENSMUST00000194305 881 ntBASIC29.72■■■□□ 2.35
Ccdc88bQ4QRL3 Pfdn4-201ENSMUST00000063682 935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.72■■■□□ 2.35
Ccdc88bQ4QRL3 3110070M22Rik-201ENSMUST00000099148 1123 ntAPPRIS P1 BASIC29.72■■■□□ 2.35
Ccdc88bQ4QRL3 Chtop-203ENSMUST00000076639 1842 ntTSL 1 (best) BASIC29.72■■■□□ 2.35
Ccdc88bQ4QRL3 Trpc1-201ENSMUST00000053785 2912 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.72■■■□□ 2.35
Ccdc88bQ4QRL3 Iars2-203ENSMUST00000110975 2801 ntTSL 5 BASIC29.72■■■□□ 2.35
Ccdc88bQ4QRL3 Tnfsf13-201ENSMUST00000018896 1407 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.71■■■□□ 2.35
Ccdc88bQ4QRL3 Pxdc1-202ENSMUST00000053459 2684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.71■■■□□ 2.35
Ccdc88bQ4QRL3 Dusp12-201ENSMUST00000027970 1374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.71■■■□□ 2.35
Ccdc88bQ4QRL3 Aup1-201ENSMUST00000092618 1769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.71■■■□□ 2.35
Ccdc88bQ4QRL3 Tmem123-201ENSMUST00000052865 2907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.71■■■□□ 2.35
Ccdc88bQ4QRL3 Uqcr11-201ENSMUST00000020372 445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.71■■■□□ 2.35
Ccdc88bQ4QRL3 Gm32151-201ENSMUST00000223521 915 ntTSL 5 BASIC29.71■■■□□ 2.35
Ccdc88bQ4QRL3 Arl2-201ENSMUST00000025893 1144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.71■■■□□ 2.35
Ccdc88bQ4QRL3 Fndc11-201ENSMUST00000050026 1387 ntTSL 1 (best) BASIC29.71■■■□□ 2.35
Ccdc88bQ4QRL3 Dynll2-202ENSMUST00000107923 2443 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.7■■■□□ 2.35
Ccdc88bQ4QRL3 Krt80-201ENSMUST00000077196 1774 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.7■■■□□ 2.35
Ccdc88bQ4QRL3 Cyp2r1-201ENSMUST00000032908 1627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.7■■■□□ 2.34
Ccdc88bQ4QRL3 Socs2-213ENSMUST00000170690 2195 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.7■■■□□ 2.34
Ccdc88bQ4QRL3 Fxr2-201ENSMUST00000018909 2951 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.7■■■□□ 2.34
Ccdc88bQ4QRL3 Lgmn-201ENSMUST00000021607 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.69■■■□□ 2.34
Ccdc88bQ4QRL3 Olfr94-203ENSMUST00000222190 1611 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.69■■■□□ 2.34
Ccdc88bQ4QRL3 Prkaca-201ENSMUST00000005606 2276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.69■■■□□ 2.34
Ccdc88bQ4QRL3 Tspan9-201ENSMUST00000032503 1405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.69■■■□□ 2.34
Ccdc88bQ4QRL3 Golga7-202ENSMUST00000121783 1945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.69■■■□□ 2.34
Ccdc88bQ4QRL3 Gm37820-201ENSMUST00000194021 2147 ntBASIC29.69■■■□□ 2.34
Ccdc88bQ4QRL3 Ddah2-204ENSMUST00000174493 1254 ntTSL 1 (best) BASIC29.68■■■□□ 2.34
Ccdc88bQ4QRL3 AC108858.1-201ENSMUST00000228461 1498 ntBASIC29.68■■■□□ 2.34
Ccdc88bQ4QRL3 Mettl4-ps1-202ENSMUST00000130218 1323 ntTSL 1 (best) BASIC29.68■■■□□ 2.34
Ccdc88bQ4QRL3 Tgds-204ENSMUST00000228543 1594 ntBASIC29.68■■■□□ 2.34
Ccdc88bQ4QRL3 Rps5-202ENSMUST00000108539 794 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.68■■■□□ 2.34
Ccdc88bQ4QRL3 4930579K19Rik-202ENSMUST00000190541 632 ntTSL 2 BASIC29.68■■■□□ 2.34
Ccdc88bQ4QRL3 Fbxo7-203ENSMUST00000120344 1655 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.68■■■□□ 2.34
Ccdc88bQ4QRL3 Snapc3-201ENSMUST00000030206 1405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.67■■■□□ 2.34
Ccdc88bQ4QRL3 Tsc22d1-204ENSMUST00000110888 4999 ntTSL 1 (best) BASIC29.67■■■□□ 2.34
Ccdc88bQ4QRL3 Dll3-201ENSMUST00000108315 2618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.67■■■□□ 2.34
Ccdc88bQ4QRL3 Phgr1-202ENSMUST00000130293 542 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC29.67■■■□□ 2.34
Ccdc88bQ4QRL3 Gm16192-201ENSMUST00000148357 937 ntTSL 1 (best) BASIC29.67■■■□□ 2.34
Ccdc88bQ4QRL3 Fuz-209ENSMUST00000208179 1164 ntTSL 5 BASIC29.67■■■□□ 2.34
Ccdc88bQ4QRL3 Fbxo30-201ENSMUST00000070300 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.66■■■□□ 2.34
Ccdc88bQ4QRL3 AI115009-201ENSMUST00000181093 1853 ntTSL 1 (best) BASIC29.66■■■□□ 2.34
Ccdc88bQ4QRL3 Cdk5r2-201ENSMUST00000160379 2799 ntAPPRIS P1 BASIC29.66■■■□□ 2.34
Ccdc88bQ4QRL3 Nbn-201ENSMUST00000029879 2533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.66■■■□□ 2.34
Ccdc88bQ4QRL3 Trim58-201ENSMUST00000075084 2192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.66■■■□□ 2.34
Ccdc88bQ4QRL3 Bola2-203ENSMUST00000130498 1266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.66■■■□□ 2.34
Ccdc88bQ4QRL3 Gm27741-201ENSMUST00000185060 237 ntBASIC29.66■■■□□ 2.34
Ccdc88bQ4QRL3 Ssr2-207ENSMUST00000195014 1059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.66■■■□□ 2.34
Ccdc88bQ4QRL3 Bcl7c-205ENSMUST00000205977 891 ntTSL 2 BASIC29.66■■■□□ 2.34
Ccdc88bQ4QRL3 Pxk-202ENSMUST00000112689 2840 ntTSL 1 (best) BASIC29.65■■■□□ 2.34
Ccdc88bQ4QRL3 Tcf7l1-201ENSMUST00000069536 3042 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.65■■■□□ 2.34
Ccdc88bQ4QRL3 Ppp1r3g-203ENSMUST00000225537 2389 ntAPPRIS P1 BASIC29.65■■■□□ 2.34
Ccdc88bQ4QRL3 A530010L16Rik-201ENSMUST00000212007 2336 ntTSL 1 (best) BASIC29.65■■■□□ 2.34
Ccdc88bQ4QRL3 Chka-201ENSMUST00000025760 2319 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.65■■■□□ 2.34
Ccdc88bQ4QRL3 Ablim1-204ENSMUST00000111524 1251 ntTSL 1 (best) BASIC29.65■■■□□ 2.34
Ccdc88bQ4QRL3 Ankrd39-202ENSMUST00000194894 664 ntTSL 1 (best) BASIC29.65■■■□□ 2.34
Ccdc88bQ4QRL3 Rps12-206ENSMUST00000218221 460 ntTSL 5 BASIC29.65■■■□□ 2.34
Ccdc88bQ4QRL3 Tpsg1-201ENSMUST00000024999 1186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.65■■■□□ 2.34
Ccdc88bQ4QRL3 Ntpcr-201ENSMUST00000034313 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.65■■■□□ 2.34
Ccdc88bQ4QRL3 Sel1l3-201ENSMUST00000031090 4512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.65■■■□□ 2.34
Ccdc88bQ4QRL3 Erlin1-202ENSMUST00000112028 3136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.64■■■□□ 2.34
Ccdc88bQ4QRL3 Car2-201ENSMUST00000029078 1788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.64■■■□□ 2.34
Ccdc88bQ4QRL3 Gm10459-201ENSMUST00000202708 1155 ntBASIC29.64■■■□□ 2.34
Ccdc88bQ4QRL3 Cdk2ap2-201ENSMUST00000025779 1080 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.64■■■□□ 2.34
Ccdc88bQ4QRL3 Bax-201ENSMUST00000033093 867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.64■■■□□ 2.34
Ccdc88bQ4QRL3 Rprml-201ENSMUST00000057870 1010 ntAPPRIS P1 BASIC29.64■■■□□ 2.34
Ccdc88bQ4QRL3 Schip1-203ENSMUST00000170788 1730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.64■■■□□ 2.34
Ccdc88bQ4QRL3 Stx2-201ENSMUST00000031378 2939 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.63■■■□□ 2.33
Ccdc88bQ4QRL3 Artn-202ENSMUST00000097913 1568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.63■■■□□ 2.33
Ccdc88bQ4QRL3 Hs3st5-202ENSMUST00000167191 2408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.63■■■□□ 2.33
Ccdc88bQ4QRL3 Snrnp48-202ENSMUST00000178564 847 ntTSL 5 BASIC29.63■■■□□ 2.33
Ccdc88bQ4QRL3 Flywch2-201ENSMUST00000024704 694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.63■■■□□ 2.33
Ccdc88bQ4QRL3 Gm10575-201ENSMUST00000097947 1671 ntTSL 1 (best) BASIC29.63■■■□□ 2.33
Ccdc88bQ4QRL3 Adat2-201ENSMUST00000019944 1466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.63■■■□□ 2.33
Ccdc88bQ4QRL3 Mark2-207ENSMUST00000165286 2975 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.63■■■□□ 2.33
Ccdc88bQ4QRL3 Tram1-201ENSMUST00000027068 2938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.62■■■□□ 2.33
Ccdc88bQ4QRL3 Gm13401-201ENSMUST00000117074 291 ntBASIC29.62■■■□□ 2.33
Ccdc88bQ4QRL3 1810012K08Rik-201ENSMUST00000155199 574 ntTSL 1 (best) BASIC29.62■■■□□ 2.33
Ccdc88bQ4QRL3 Gm26829-201ENSMUST00000180581 934 ntTSL 1 (best) BASIC29.62■■■□□ 2.33
Ccdc88bQ4QRL3 Fbxl5-204ENSMUST00000119523 2801 ntTSL 5 BASIC29.62■■■□□ 2.33
Ccdc88bQ4QRL3 Aif1l-201ENSMUST00000001920 3117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.62■■■□□ 2.33
Ccdc88bQ4QRL3 Prmt8-201ENSMUST00000032500 2724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.62■■■□□ 2.33
Ccdc88bQ4QRL3 Rbm43-201ENSMUST00000102767 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.62■■■□□ 2.33
Ccdc88bQ4QRL3 Spry1-202ENSMUST00000108107 2773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.62■■■□□ 2.33
Ccdc88bQ4QRL3 Znhit1-203ENSMUST00000111090 698 ntTSL 2 BASIC29.61■■■□□ 2.33
Ccdc88bQ4QRL3 Hilpda-202ENSMUST00000115289 658 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.61■■■□□ 2.33
Ccdc88bQ4QRL3 Ubtf-207ENSMUST00000128016 1062 ntTSL 2 BASIC29.61■■■□□ 2.33
Ccdc88bQ4QRL3 1700007L15Rik-201ENSMUST00000180923 737 ntTSL 1 (best) BASIC29.61■■■□□ 2.33
Ccdc88bQ4QRL3 Srsf4-202ENSMUST00000053819 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.61■■■□□ 2.33
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 27.4 ms