Protein–RNA interactions for Protein: Q07563

Col17a1, Collagen alpha-1(XVII) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,470 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col17a1Q07563 1700001G17Rik-201ENSMUST00000191779 889 ntBASIC28.26■■■□□ 2.11
Col17a1Q07563 Ap1ar-201ENSMUST00000051737 2662 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.26■■■□□ 2.11
Col17a1Q07563 Raph1-201ENSMUST00000027168 2241 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.25■■■□□ 2.11
Col17a1Q07563 Hapln2-201ENSMUST00000005014 1711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
Col17a1Q07563 Gm26752-201ENSMUST00000181086 1537 ntTSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
Col17a1Q07563 Adal-203ENSMUST00000110662 1231 ntTSL 5 BASIC28.25■■■□□ 2.11
Col17a1Q07563 Cd82-204ENSMUST00000111257 1003 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.25■■■□□ 2.11
Col17a1Q07563 P3h3-201ENSMUST00000023958 2850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
Col17a1Q07563 Snap91-203ENSMUST00000074501 2577 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
Col17a1Q07563 Lbx1-201ENSMUST00000099401 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
Col17a1Q07563 Hsf1-201ENSMUST00000072838 2018 ntTSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
Col17a1Q07563 Atg3-201ENSMUST00000023343 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
Col17a1Q07563 Cnn2-202ENSMUST00000105374 926 ntTSL 5 BASIC28.24■■■□□ 2.11
Col17a1Q07563 Gm20431-201ENSMUST00000125544 2367 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.24■■■□□ 2.11
Col17a1Q07563 Gm15582-201ENSMUST00000132849 1581 ntTSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
Col17a1Q07563 Gm16105-201ENSMUST00000156926 697 ntTSL 3 BASIC28.23■■■□□ 2.11
Col17a1Q07563 Syne4-208ENSMUST00000176304 1006 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.23■■■□□ 2.11
Col17a1Q07563 Ighv6-1-201ENSMUST00000193612 343 ntBASIC28.23■■■□□ 2.11
Col17a1Q07563 Fam159a-201ENSMUST00000053157 593 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.23■■■□□ 2.11
Col17a1Q07563 Tlk2-202ENSMUST00000092537 2743 ntTSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
Col17a1Q07563 Acot7-203ENSMUST00000105652 1393 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
Col17a1Q07563 Stk32c-201ENSMUST00000016125 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
Col17a1Q07563 Nr1h2-201ENSMUST00000073488 1999 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
Col17a1Q07563 E030030I06Rik-202ENSMUST00000179054 2081 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
Col17a1Q07563 Rbmx-206ENSMUST00000143310 1296 ntTSL 5 BASIC28.22■■■□□ 2.11
Col17a1Q07563 Snhg4-201ENSMUST00000181664 1190 ntTSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
Col17a1Q07563 Ighv1-15-201ENSMUST00000192077 351 ntAPPRIS P1 BASIC28.22■■■□□ 2.11
Col17a1Q07563 Gm2756-201ENSMUST00000195851 400 ntBASIC28.22■■■□□ 2.11
Col17a1Q07563 CT943659.1-201ENSMUST00000215459 326 ntBASIC28.22■■■□□ 2.11
Col17a1Q07563 Iscu-201ENSMUST00000026937 957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
Col17a1Q07563 Epc1-202ENSMUST00000050542 565 ntTSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
Col17a1Q07563 Gm8994-201ENSMUST00000077886 1236 ntAPPRIS P1 BASIC28.22■■■□□ 2.11
Col17a1Q07563 Rad1-201ENSMUST00000022856 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
Col17a1Q07563 Mgrn1-202ENSMUST00000070658 3290 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
Col17a1Q07563 Ap2m1-202ENSMUST00000090023 2080 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
Col17a1Q07563 Gjc2-201ENSMUST00000108790 2169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
Col17a1Q07563 Gjc2-202ENSMUST00000108793 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
Col17a1Q07563 Sdhb-201ENSMUST00000010007 1142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
Col17a1Q07563 Kcnk15-202ENSMUST00000109396 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
Col17a1Q07563 Etfrf1-204ENSMUST00000111723 842 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.21■■■□□ 2.11
Col17a1Q07563 Gm15794-201ENSMUST00000120182 631 ntBASIC28.21■■■□□ 2.11
Col17a1Q07563 Surf1-201ENSMUST00000015934 1173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
Col17a1Q07563 E2f7-205ENSMUST00000173634 827 ntTSL 2 BASIC28.21■■■□□ 2.11
Col17a1Q07563 2810030D12Rik-203ENSMUST00000190461 1039 ntBASIC28.21■■■□□ 2.11
Col17a1Q07563 Mtg1-201ENSMUST00000036977 1595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
Col17a1Q07563 Rnf19b-206ENSMUST00000168461 2532 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC28.21■■■□□ 2.11
Col17a1Q07563 Impdh1-201ENSMUST00000078155 2437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
Col17a1Q07563 Anapc16-204ENSMUST00000182898 1852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
Col17a1Q07563 Gm13285-201ENSMUST00000179725 1462 ntAPPRIS P1 BASIC28.21■■■□□ 2.11
Col17a1Q07563 Sumo3-204ENSMUST00000129492 487 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.21■■■□□ 2.11
Col17a1Q07563 Entpd4-205ENSMUST00000184314 989 ntTSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
Col17a1Q07563 Ifi27l2a-201ENSMUST00000055071 463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
Col17a1Q07563 Entpd4b-201ENSMUST00000064846 989 ntTSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
Col17a1Q07563 Ltk-206ENSMUST00000182203 2232 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
Col17a1Q07563 Arhgap42-203ENSMUST00000183182 1458 ntTSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
Col17a1Q07563 Drap1-202ENSMUST00000113673 744 ntTSL 2 BASIC28.2■■■□□ 2.1
Col17a1Q07563 Gm9694-201ENSMUST00000193347 1189 ntBASIC28.2■■■□□ 2.1
Col17a1Q07563 Gm32050-201ENSMUST00000209793 638 ntTSL 3 BASIC28.2■■■□□ 2.1
Col17a1Q07563 Bloc1s5-203ENSMUST00000224902 612 ntBASIC28.2■■■□□ 2.1
Col17a1Q07563 Tsfm-201ENSMUST00000040560 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
Col17a1Q07563 Fam172a-202ENSMUST00000099358 2242 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
Col17a1Q07563 P2rx2-203ENSMUST00000195985 2096 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
Col17a1Q07563 Calb2-201ENSMUST00000003754 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
Col17a1Q07563 Car2-201ENSMUST00000029078 1788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
Col17a1Q07563 Pih1d1-202ENSMUST00000107811 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
Col17a1Q07563 Olfr1564-201ENSMUST00000112162 1091 ntAPPRIS P2 BASIC28.19■■■□□ 2.1
Col17a1Q07563 Nmnat3-203ENSMUST00000112938 848 ntTSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
Col17a1Q07563 Gm7638-201ENSMUST00000121348 967 ntBASIC28.19■■■□□ 2.1
Col17a1Q07563 Cd70-201ENSMUST00000019633 842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
Col17a1Q07563 F420014N23Rik-202ENSMUST00000219079 659 ntTSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
Col17a1Q07563 AC153889.1-201ENSMUST00000219257 330 ntBASIC28.19■■■□□ 2.1
Col17a1Q07563 Flywch2-201ENSMUST00000024704 694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
Col17a1Q07563 Pafah1b3-201ENSMUST00000005583 901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
Col17a1Q07563 Aig1-201ENSMUST00000019942 1439 ntTSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
Col17a1Q07563 Slc35d2-201ENSMUST00000099441 2303 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
Col17a1Q07563 Isca1-201ENSMUST00000057115 1942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
Col17a1Q07563 Ctnnal1-202ENSMUST00000107612 850 ntTSL 3 BASIC28.18■■■□□ 2.1
Col17a1Q07563 Mis18bp1-202ENSMUST00000124201 717 ntTSL 3 BASIC28.18■■■□□ 2.1
Col17a1Q07563 Tdrkh-208ENSMUST00000200486 1231 ntTSL 3 BASIC28.18■■■□□ 2.1
Col17a1Q07563 Lat-206ENSMUST00000206793 1215 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.18■■■□□ 2.1
Col17a1Q07563 4931422A03Rik-201ENSMUST00000056170 1037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
Col17a1Q07563 Ctage5-203ENSMUST00000170992 2785 ntTSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
Col17a1Q07563 Hif1a-203ENSMUST00000110464 1759 ntTSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
Col17a1Q07563 Hlx-201ENSMUST00000048572 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
Col17a1Q07563 Lsp1-204ENSMUST00000105967 1395 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
Col17a1Q07563 Ercc6l2-208ENSMUST00000144763 1820 ntTSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
Col17a1Q07563 Ccl27a-217ENSMUST00000155240 343 ntTSL 2 BASIC28.17■■■□□ 2.1
Col17a1Q07563 Rpp40-202ENSMUST00000174230 1053 ntTSL 5 BASIC28.17■■■□□ 2.1
Col17a1Q07563 Rps4l-201ENSMUST00000071745 943 ntBASIC28.17■■■□□ 2.1
Col17a1Q07563 Slc18a3-201ENSMUST00000191501 2413 ntAPPRIS P1 BASIC28.17■■■□□ 2.1
Col17a1Q07563 L3mbtl4-201ENSMUST00000093007 2445 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.17■■■□□ 2.1
Col17a1Q07563 Tex264-202ENSMUST00000163441 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
Col17a1Q07563 Cdc16-201ENSMUST00000043962 2301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
Col17a1Q07563 Scamp4-201ENSMUST00000079883 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
Col17a1Q07563 Kcnn2-208ENSMUST00000211323 2046 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
Col17a1Q07563 Sh2b2-204ENSMUST00000196447 1783 ntTSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
Col17a1Q07563 Mettl4-ps1-202ENSMUST00000130218 1323 ntTSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
Col17a1Q07563 Banf1-202ENSMUST00000170010 742 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
Col17a1Q07563 Gm5364-201ENSMUST00000216789 889 ntBASIC28.16■■■□□ 2.1
Col17a1Q07563 Foxo6-201ENSMUST00000102656 2615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 28.2 ms