Protein–RNA interactions for Protein: Q4QRL3

Ccdc88b, Coiled-coil domain-containing protein 88B, mousemouse

Predictions only

Length 1,481 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc88bQ4QRL3 Nme4-201ENSMUST00000025007 912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.84■■■□□ 2.37
Ccdc88bQ4QRL3 Smim10l2a-201ENSMUST00000068106 2393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.84■■■□□ 2.37
Ccdc88bQ4QRL3 4930471E19Rik-201ENSMUST00000219022 1514 ntTSL 1 (best) BASIC29.83■■■□□ 2.37
Ccdc88bQ4QRL3 Sox10-201ENSMUST00000040019 2713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.83■■■□□ 2.37
Ccdc88bQ4QRL3 Carm1-202ENSMUST00000115394 3320 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.83■■■□□ 2.37
Ccdc88bQ4QRL3 Ubtf-210ENSMUST00000174302 4692 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC29.83■■■□□ 2.37
Ccdc88bQ4QRL3 Gm13559-201ENSMUST00000120476 863 ntBASIC29.83■■■□□ 2.37
Ccdc88bQ4QRL3 Ikzf5-203ENSMUST00000128432 714 ntTSL 3 BASIC29.83■■■□□ 2.37
Ccdc88bQ4QRL3 Lysmd2-201ENSMUST00000034702 1189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.83■■■□□ 2.37
Ccdc88bQ4QRL3 Cdk8-201ENSMUST00000031640 2973 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.83■■■□□ 2.37
Ccdc88bQ4QRL3 Cdca4-201ENSMUST00000062092 2425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.82■■■□□ 2.36
Ccdc88bQ4QRL3 Ddit4-201ENSMUST00000020308 1755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.82■■■□□ 2.36
Ccdc88bQ4QRL3 Supv3l1-201ENSMUST00000020273 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.82■■■□□ 2.36
Ccdc88bQ4QRL3 Bsg-202ENSMUST00000105381 1240 ntTSL 1 (best) BASIC29.82■■■□□ 2.36
Ccdc88bQ4QRL3 Pdxdc1-203ENSMUST00000115803 1268 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.82■■■□□ 2.36
Ccdc88bQ4QRL3 Ccdc58-202ENSMUST00000163352 970 ntTSL 3 BASIC29.82■■■□□ 2.36
Ccdc88bQ4QRL3 Ccdc58-203ENSMUST00000164916 1096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.82■■■□□ 2.36
Ccdc88bQ4QRL3 Rfesd-202ENSMUST00000167271 595 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.82■■■□□ 2.36
Ccdc88bQ4QRL3 Comtd1-204ENSMUST00000177527 714 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.82■■■□□ 2.36
Ccdc88bQ4QRL3 Faap20-201ENSMUST00000097747 1479 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.82■■■□□ 2.36
Ccdc88bQ4QRL3 Gm16054-201ENSMUST00000139469 1819 ntTSL 1 (best) BASIC29.82■■■□□ 2.36
Ccdc88bQ4QRL3 Bcat2-201ENSMUST00000033098 1772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.82■■■□□ 2.36
Ccdc88bQ4QRL3 Gm26643-201ENSMUST00000180854 1274 ntTSL 1 (best) BASIC29.81■■■□□ 2.36
Ccdc88bQ4QRL3 Gm30025-201ENSMUST00000218555 728 ntBASIC29.81■■■□□ 2.36
Ccdc88bQ4QRL3 Timm23-208ENSMUST00000226683 750 ntBASIC29.81■■■□□ 2.36
Ccdc88bQ4QRL3 Gm10273-201ENSMUST00000092511 1126 ntAPPRIS P1 BASIC29.81■■■□□ 2.36
Ccdc88bQ4QRL3 Mrpl10-201ENSMUST00000001485 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.81■■■□□ 2.36
Ccdc88bQ4QRL3 Tor3a-207ENSMUST00000188964 1750 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.81■■■□□ 2.36
Ccdc88bQ4QRL3 Wnt10b-202ENSMUST00000166022 1594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.81■■■□□ 2.36
Ccdc88bQ4QRL3 Pgam5-202ENSMUST00000112505 2098 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.81■■■□□ 2.36
Ccdc88bQ4QRL3 Atxn7l2-202ENSMUST00000117409 2321 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.81■■■□□ 2.36
Ccdc88bQ4QRL3 Mast4-202ENSMUST00000164111 2350 ntTSL 2 BASIC29.81■■■□□ 2.36
Ccdc88bQ4QRL3 Necab3-202ENSMUST00000109716 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.81■■■□□ 2.36
Ccdc88bQ4QRL3 Smim14-202ENSMUST00000121661 1056 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.8■■■□□ 2.36
Ccdc88bQ4QRL3 Gm11973-203ENSMUST00000155498 867 ntTSL 3 BASIC29.8■■■□□ 2.36
Ccdc88bQ4QRL3 Igflr1-202ENSMUST00000172251 1224 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.8■■■□□ 2.36
Ccdc88bQ4QRL3 Gm45447-201ENSMUST00000209874 1805 ntTSL 5 BASIC29.8■■■□□ 2.36
Ccdc88bQ4QRL3 Med16-204ENSMUST00000165684 2950 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.8■■■□□ 2.36
Ccdc88bQ4QRL3 Nsmf-206ENSMUST00000114388 2781 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.8■■■□□ 2.36
Ccdc88bQ4QRL3 Lzic-201ENSMUST00000030842 1817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.8■■■□□ 2.36
Ccdc88bQ4QRL3 Hnrnpl-211ENSMUST00000174548 2679 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.8■■■□□ 2.36
Ccdc88bQ4QRL3 AC156016.1-201ENSMUST00000227190 1035 ntBASIC29.8■■■□□ 2.36
Ccdc88bQ4QRL3 Nudt8-202ENSMUST00000025802 787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.8■■■□□ 2.36
Ccdc88bQ4QRL3 Cct4-201ENSMUST00000020562 1634 ntTSL 5 BASIC29.79■■■□□ 2.36
Ccdc88bQ4QRL3 Smurf1-203ENSMUST00000110677 5420 ntTSL 5 BASIC29.79■■■□□ 2.36
Ccdc88bQ4QRL3 Ilk-212ENSMUST00000163389 1749 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.79■■■□□ 2.36
Ccdc88bQ4QRL3 4933428G20Rik-201ENSMUST00000056955 1425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.79■■■□□ 2.36
Ccdc88bQ4QRL3 Trmo-202ENSMUST00000086563 1554 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.79■■■□□ 2.36
Ccdc88bQ4QRL3 Slc2a8-204ENSMUST00000153484 1168 ntTSL 1 (best) BASIC29.79■■■□□ 2.36
Ccdc88bQ4QRL3 Aldh1a3-204ENSMUST00000174215 1066 ntTSL 1 (best) BASIC29.79■■■□□ 2.36
Ccdc88bQ4QRL3 Gm7889-201ENSMUST00000185591 958 ntBASIC29.79■■■□□ 2.36
Ccdc88bQ4QRL3 Gm45618-201ENSMUST00000209890 660 ntAPPRIS P1 BASIC29.79■■■□□ 2.36
Ccdc88bQ4QRL3 AC153845.2-202ENSMUST00000213372 807 ntTSL 3 BASIC29.79■■■□□ 2.36
Ccdc88bQ4QRL3 Psmd4-201ENSMUST00000071664 1276 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.79■■■□□ 2.36
Ccdc88bQ4QRL3 Izumo2-201ENSMUST00000085422 632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.79■■■□□ 2.36
Ccdc88bQ4QRL3 Zar1-201ENSMUST00000073528 1429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.78■■■□□ 2.36
Ccdc88bQ4QRL3 Ppp2r1b-209ENSMUST00000176349 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.78■■■□□ 2.36
Ccdc88bQ4QRL3 Eif2b4-202ENSMUST00000114603 1966 ntTSL 1 (best) BASIC29.78■■■□□ 2.36
Ccdc88bQ4QRL3 2900052L18Rik-201ENSMUST00000139014 1588 ntTSL 1 (best) BASIC29.78■■■□□ 2.36
Ccdc88bQ4QRL3 Ccnd2-204ENSMUST00000201637 1006 ntTSL 1 (best) BASIC29.78■■■□□ 2.36
Ccdc88bQ4QRL3 Dact2-201ENSMUST00000053218 2808 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.78■■■□□ 2.36
Ccdc88bQ4QRL3 Yipf2-203ENSMUST00000180365 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.78■■■□□ 2.36
Ccdc88bQ4QRL3 Podxl2-202ENSMUST00000061262 2195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.77■■■□□ 2.36
Ccdc88bQ4QRL3 Ankrd28-201ENSMUST00000014640 6712 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.77■■■□□ 2.36
Ccdc88bQ4QRL3 Hrh3-201ENSMUST00000056480 2706 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.77■■■□□ 2.36
Ccdc88bQ4QRL3 Dcbld1-203ENSMUST00000218582 2795 ntTSL 1 (best) BASIC29.77■■■□□ 2.36
Ccdc88bQ4QRL3 Stk35-201ENSMUST00000165413 2882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.77■■■□□ 2.36
Ccdc88bQ4QRL3 Bad-202ENSMUST00000113423 990 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.77■■■□□ 2.36
Ccdc88bQ4QRL3 Aga-203ENSMUST00000211424 1147 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.77■■■□□ 2.36
Ccdc88bQ4QRL3 Zfpl1-201ENSMUST00000025707 1287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.77■■■□□ 2.36
Ccdc88bQ4QRL3 H2-DMa-201ENSMUST00000042121 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.77■■■□□ 2.36
Ccdc88bQ4QRL3 Npepl1-201ENSMUST00000044415 2467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.76■■■□□ 2.36
Ccdc88bQ4QRL3 Gm20544-201ENSMUST00000174338 690 ntTSL 3 BASIC29.76■■■□□ 2.35
Ccdc88bQ4QRL3 Derl3-201ENSMUST00000009236 1321 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.76■■■□□ 2.35
Ccdc88bQ4QRL3 Ntng1-207ENSMUST00000131027 1485 ntTSL 1 (best) BASIC29.76■■■□□ 2.35
Ccdc88bQ4QRL3 Ntng1-209ENSMUST00000138344 1452 ntTSL 1 (best) BASIC29.76■■■□□ 2.35
Ccdc88bQ4QRL3 Atn1-201ENSMUST00000088357 4433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.76■■■□□ 2.35
Ccdc88bQ4QRL3 Serbp1-203ENSMUST00000203077 1617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.76■■■□□ 2.35
Ccdc88bQ4QRL3 Gja3-201ENSMUST00000061614 2766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.76■■■□□ 2.35
Ccdc88bQ4QRL3 Rpap3-201ENSMUST00000023104 2260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.75■■■□□ 2.35
Ccdc88bQ4QRL3 Tfap4-201ENSMUST00000005862 2113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.75■■■□□ 2.35
Ccdc88bQ4QRL3 AU022751-201ENSMUST00000101698 1838 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.75■■■□□ 2.35
Ccdc88bQ4QRL3 Rbbp7-202ENSMUST00000112326 1430 ntTSL 1 (best) BASIC29.75■■■□□ 2.35
Ccdc88bQ4QRL3 Cyb561-201ENSMUST00000019734 2741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.75■■■□□ 2.35
Ccdc88bQ4QRL3 Eif6-201ENSMUST00000029142 1500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.75■■■□□ 2.35
Ccdc88bQ4QRL3 Opa3-202ENSMUST00000161711 1390 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.75■■■□□ 2.35
Ccdc88bQ4QRL3 Trappc3-201ENSMUST00000030660 1336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.74■■■□□ 2.35
Ccdc88bQ4QRL3 Arrdc4-202ENSMUST00000118110 1129 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.74■■■□□ 2.35
Ccdc88bQ4QRL3 Ptf1aos-201ENSMUST00000122978 916 ntTSL 1 (best) BASIC29.74■■■□□ 2.35
Ccdc88bQ4QRL3 Cenps-201ENSMUST00000030813 1110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.74■■■□□ 2.35
Ccdc88bQ4QRL3 Coa6-201ENSMUST00000059093 747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.74■■■□□ 2.35
Ccdc88bQ4QRL3 Snx12-201ENSMUST00000077876 1002 ntTSL 1 (best) BASIC29.74■■■□□ 2.35
Ccdc88bQ4QRL3 Hmces-201ENSMUST00000032141 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.74■■■□□ 2.35
Ccdc88bQ4QRL3 Cyb5r4-201ENSMUST00000168529 2644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.74■■■□□ 2.35
Ccdc88bQ4QRL3 Maff-201ENSMUST00000096350 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.74■■■□□ 2.35
Ccdc88bQ4QRL3 1810043G02Rik-201ENSMUST00000105397 1818 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.74■■■□□ 2.35
Ccdc88bQ4QRL3 Nsl1-203ENSMUST00000139340 837 ntTSL 1 (best) BASIC29.74■■■□□ 2.35
Ccdc88bQ4QRL3 Gm14968-201ENSMUST00000155528 769 ntTSL 3 BASIC29.74■■■□□ 2.35
Ccdc88bQ4QRL3 Mrpl13-205ENSMUST00000172387 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.74■■■□□ 2.35
Ccdc88bQ4QRL3 Gm42738-201ENSMUST00000201813 439 ntTSL 3 BASIC29.74■■■□□ 2.35
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 18.4 ms