Protein–RNA interactions for Protein: P39061

Col18a1, Collagen alpha-1(XVIII) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,774 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col18a1P39061 Mtx1-201ENSMUST00000073572 1617 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
Col18a1P39061 Schip1-205ENSMUST00000182532 2059 ntTSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
Col18a1P39061 Sae1-204ENSMUST00000211741 1663 ntTSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
Col18a1P39061 Tnfsf11-201ENSMUST00000022592 2236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
Col18a1P39061 Lrrc36-204ENSMUST00000213547 2396 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.56■■□□□ 1.52
Col18a1P39061 Klrg2-201ENSMUST00000096030 2276 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
Col18a1P39061 Gm24589-201ENSMUST00000116692 94 ntBASIC24.56■■□□□ 1.52
Col18a1P39061 Gm16105-201ENSMUST00000156926 697 ntTSL 3 BASIC24.56■■□□□ 1.52
Col18a1P39061 Hrh3-204ENSMUST00000165248 1224 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.56■■□□□ 1.52
Col18a1P39061 Hist1h2br-203ENSMUST00000180288 1256 ntTSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
Col18a1P39061 Spem1-201ENSMUST00000045771 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
Col18a1P39061 Krtcap3-201ENSMUST00000054829 904 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
Col18a1P39061 Olfr317-201ENSMUST00000075607 1128 ntAPPRIS P1 BASIC24.56■■□□□ 1.52
Col18a1P39061 Hist1h2bq-202ENSMUST00000091749 1254 ntTSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
Col18a1P39061 Rnf208-202ENSMUST00000114355 1333 ntAPPRIS P1 BASIC24.56■■□□□ 1.52
Col18a1P39061 Bpifb4-202ENSMUST00000109757 2420 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.56■■□□□ 1.52
Col18a1P39061 Actr5-201ENSMUST00000045644 2402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
Col18a1P39061 Syt5-201ENSMUST00000065957 1750 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
Col18a1P39061 Flot2-203ENSMUST00000100784 2699 ntTSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
Col18a1P39061 Lsp1-202ENSMUST00000038946 1828 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
Col18a1P39061 Zfp382-201ENSMUST00000098596 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
Col18a1P39061 Slbp-205ENSMUST00000139518 1191 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.55■■□□□ 1.52
Col18a1P39061 Tpm2-203ENSMUST00000107914 1164 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
Col18a1P39061 Zkscan8-202ENSMUST00000110481 728 ntTSL 2 BASIC24.54■■□□□ 1.52
Col18a1P39061 Mcmbp-202ENSMUST00000119081 2347 ntTSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
Col18a1P39061 Hoxa10-201ENSMUST00000121043 1436 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.54■■□□□ 1.52
Col18a1P39061 Gm27389-201ENSMUST00000183622 195 ntBASIC24.54■■□□□ 1.52
Col18a1P39061 Pantr1-210ENSMUST00000185599 343 ntTSL 3 BASIC24.54■■□□□ 1.52
Col18a1P39061 Hes6-201ENSMUST00000086851 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
Col18a1P39061 Ttpal-202ENSMUST00000109408 1999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
Col18a1P39061 Oxct2b-201ENSMUST00000102648 1735 ntAPPRIS P1 BASIC24.54■■□□□ 1.52
Col18a1P39061 Sigmar1-201ENSMUST00000059354 1640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
Col18a1P39061 Tsacc-202ENSMUST00000107556 584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
Col18a1P39061 Gm11950-201ENSMUST00000121615 838 ntBASIC24.54■■□□□ 1.52
Col18a1P39061 D830030K20Rik-204ENSMUST00000225885 1142 ntBASIC24.54■■□□□ 1.52
Col18a1P39061 Exosc5-201ENSMUST00000079634 1020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
Col18a1P39061 Alas2-201ENSMUST00000066337 2037 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
Col18a1P39061 Tfdp2-209ENSMUST00000188750 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.53■■□□□ 1.52
Col18a1P39061 Klhdc4-205ENSMUST00000174192 1584 ntTSL 5 BASIC24.53■■□□□ 1.52
Col18a1P39061 Fam60a-202ENSMUST00000081956 2737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
Col18a1P39061 Gtf3c2-202ENSMUST00000200871 318 ntTSL 3 BASIC24.53■■□□□ 1.52
Col18a1P39061 Otx2os1-206ENSMUST00000228153 787 ntBASIC24.53■■□□□ 1.52
Col18a1P39061 Zyg11a-202ENSMUST00000106690 2421 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.53■■□□□ 1.52
Col18a1P39061 Pigw-202ENSMUST00000108080 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
Col18a1P39061 Ube2d1-201ENSMUST00000020085 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
Col18a1P39061 Cacnb3-202ENSMUST00000109150 2670 ntTSL 5 BASIC24.52■■□□□ 1.52
Col18a1P39061 1700007L15Rik-201ENSMUST00000180923 737 ntTSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
Col18a1P39061 Gm43514-201ENSMUST00000198852 424 ntBASIC24.52■■□□□ 1.52
Col18a1P39061 Olfr315-201ENSMUST00000081533 998 ntAPPRIS P1 BASIC24.52■■□□□ 1.52
Col18a1P39061 Ssu72-201ENSMUST00000030905 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
Col18a1P39061 Gm18958-201ENSMUST00000174258 762 ntBASIC24.52■■□□□ 1.52
Col18a1P39061 Gm43791-201ENSMUST00000202914 468 ntTSL 5 BASIC24.52■■□□□ 1.52
Col18a1P39061 Kcnk4-201ENSMUST00000025908 1715 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
Col18a1P39061 Naglu-201ENSMUST00000001802 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
Col18a1P39061 Pdgfa-203ENSMUST00000110896 1363 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.51■■□□□ 1.51
Col18a1P39061 Fiz1-204ENSMUST00000207030 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
Col18a1P39061 Spsb2-203ENSMUST00000112473 1322 ntBASIC24.51■■□□□ 1.51
Col18a1P39061 Egln2-202ENSMUST00000108382 1756 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.5■■□□□ 1.51
Col18a1P39061 Barx2-201ENSMUST00000116615 1968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
Col18a1P39061 Bud23-202ENSMUST00000085984 1516 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
Col18a1P39061 Pih1d2-201ENSMUST00000000171 1256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
Col18a1P39061 Gm28914-201ENSMUST00000188115 667 ntTSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
Col18a1P39061 Jagn1-202ENSMUST00000204254 1147 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
Col18a1P39061 Thoc7-201ENSMUST00000065865 937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
Col18a1P39061 Scamp4-201ENSMUST00000079883 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
Col18a1P39061 Krt76-201ENSMUST00000100179 2312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
Col18a1P39061 Fgf20-202ENSMUST00000118639 587 ntTSL 3 BASIC24.49■■□□□ 1.51
Col18a1P39061 Dctn3-201ENSMUST00000030158 973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
Col18a1P39061 Rhou-201ENSMUST00000045487 3371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
Col18a1P39061 Nudt10-201ENSMUST00000103006 1775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
Col18a1P39061 Ddit4-201ENSMUST00000020308 1755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
Col18a1P39061 Krt27-201ENSMUST00000017732 1550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
Col18a1P39061 A930024E05Rik-201ENSMUST00000148466 1896 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
Col18a1P39061 Naa50-202ENSMUST00000063542 2136 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
Col18a1P39061 Flg-207ENSMUST00000180293 768 ntAPPRIS ALT2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
Col18a1P39061 Irak1bp1-201ENSMUST00000034783 1159 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
Col18a1P39061 Gm8994-201ENSMUST00000077886 1236 ntAPPRIS P1 BASIC24.49■■□□□ 1.51
Col18a1P39061 Spr-ps1-201ENSMUST00000089584 605 ntBASIC24.49■■□□□ 1.51
Col18a1P39061 P2rx4-202ENSMUST00000081554 1887 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
Col18a1P39061 Aig1-201ENSMUST00000019942 1439 ntTSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
Col18a1P39061 Nmnat3-203ENSMUST00000112938 848 ntTSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
Col18a1P39061 March2-206ENSMUST00000173329 2566 ntTSL 2 BASIC24.48■■□□□ 1.51
Col18a1P39061 Impdh1-201ENSMUST00000078155 2437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
Col18a1P39061 4930426L09Rik-201ENSMUST00000028069 1459 ntAPPRIS P1 BASIC24.48■■□□□ 1.51
Col18a1P39061 Gm19569-202ENSMUST00000184658 1305 ntTSL 2 BASIC24.48■■□□□ 1.51
Col18a1P39061 Gm7638-201ENSMUST00000121348 967 ntBASIC24.47■■□□□ 1.51
Col18a1P39061 Mir3081-201ENSMUST00000175305 84 ntBASIC24.47■■□□□ 1.51
Col18a1P39061 Nudt16-201ENSMUST00000035179 1631 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
Col18a1P39061 Foxe1-201ENSMUST00000095097 2804 ntAPPRIS P1 BASIC24.47■■□□□ 1.51
Col18a1P39061 Dhx15-205ENSMUST00000199321 2550 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
Col18a1P39061 Agtpbp1-222ENSMUST00000171606 3037 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
Col18a1P39061 Rab11b-203ENSMUST00000173860 1544 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
Col18a1P39061 Pabpc1l2b-ps-201ENSMUST00000124538 690 ntBASIC24.47■■□□□ 1.51
Col18a1P39061 Utp23-204ENSMUST00000161651 582 ntTSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
Col18a1P39061 Cenps-207ENSMUST00000177408 689 ntTSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
Col18a1P39061 Hist1h2bc-201ENSMUST00000018246 1156 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
Col18a1P39061 Upk3a-201ENSMUST00000023070 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
Col18a1P39061 Hist1h2ba-201ENSMUST00000052776 384 ntAPPRIS P1 BASIC24.47■■□□□ 1.51
Col18a1P39061 Tnfrsf25-201ENSMUST00000025706 1661 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
Col18a1P39061 Keap1-204ENSMUST00000193982 2163 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 28.7 ms