Protein–RNA interactions for Protein: Q4QRL3

Ccdc88b, Coiled-coil domain-containing protein 88B, mousemouse

Predictions only

Length 1,481 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc88bQ4QRL3 Epdr1-201ENSMUST00000002885 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.08■■■□□ 2.41
Ccdc88bQ4QRL3 Leng1-201ENSMUST00000019878 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.08■■■□□ 2.41
Ccdc88bQ4QRL3 Siglecf-202ENSMUST00000121494 1572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.08■■■□□ 2.41
Ccdc88bQ4QRL3 Auh-203ENSMUST00000119311 2627 ntTSL 1 (best) BASIC30.07■■■□□ 2.4
Ccdc88bQ4QRL3 Myef2-209ENSMUST00000152367 2071 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC30.07■■■□□ 2.4
Ccdc88bQ4QRL3 Gm3764-202ENSMUST00000180582 440 ntTSL 5 BASIC30.07■■■□□ 2.4
Ccdc88bQ4QRL3 H2afz-201ENSMUST00000041045 1069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.07■■■□□ 2.4
Ccdc88bQ4QRL3 Capg-202ENSMUST00000114071 1400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.07■■■□□ 2.4
Ccdc88bQ4QRL3 Dvl1-201ENSMUST00000030948 3358 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.07■■■□□ 2.4
Ccdc88bQ4QRL3 Mtcp1-201ENSMUST00000033542 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.07■■■□□ 2.4
Ccdc88bQ4QRL3 1700008J07Rik-201ENSMUST00000185351 2432 ntBASIC30.07■■■□□ 2.4
Ccdc88bQ4QRL3 Gm43799-201ENSMUST00000201845 579 ntBASIC30.06■■■□□ 2.4
Ccdc88bQ4QRL3 Lce1m-201ENSMUST00000029520 874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.06■■■□□ 2.4
Ccdc88bQ4QRL3 Oxct2b-201ENSMUST00000102648 1735 ntAPPRIS P1 BASIC30.06■■■□□ 2.4
Ccdc88bQ4QRL3 4930432B10Rik-202ENSMUST00000181330 1612 ntTSL 1 (best) BASIC30.06■■■□□ 2.4
Ccdc88bQ4QRL3 Exoc5-206ENSMUST00000161504 2582 ntTSL 5 BASIC30.06■■■□□ 2.4
Ccdc88bQ4QRL3 AC123857.1-201ENSMUST00000181053 2312 ntTSL 1 (best) BASIC30.06■■■□□ 2.4
Ccdc88bQ4QRL3 Rbmxl1-201ENSMUST00000049245 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.06■■■□□ 2.4
Ccdc88bQ4QRL3 Swsap1-201ENSMUST00000053583 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.06■■■□□ 2.4
Ccdc88bQ4QRL3 AC153881.2-201ENSMUST00000214877 204 ntBASIC30.06■■■□□ 2.4
Ccdc88bQ4QRL3 Cldn24-201ENSMUST00000079639 663 ntAPPRIS P1 BASIC30.06■■■□□ 2.4
Ccdc88bQ4QRL3 Gm5417-201ENSMUST00000079706 384 ntBASIC30.06■■■□□ 2.4
Ccdc88bQ4QRL3 Luc7l2-201ENSMUST00000057692 2702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.05■■■□□ 2.4
Ccdc88bQ4QRL3 Ncmap-205ENSMUST00000105860 2000 ntTSL 1 (best) BASIC30.05■■■□□ 2.4
Ccdc88bQ4QRL3 Slc25a39-202ENSMUST00000107098 1606 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC30.05■■■□□ 2.4
Ccdc88bQ4QRL3 Ube2cbp-201ENSMUST00000034986 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.05■■■□□ 2.4
Ccdc88bQ4QRL3 Pick1-201ENSMUST00000018295 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.05■■■□□ 2.4
Ccdc88bQ4QRL3 Fstl3-201ENSMUST00000020575 1955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.05■■■□□ 2.4
Ccdc88bQ4QRL3 Rtcb-201ENSMUST00000001834 2009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.05■■■□□ 2.4
Ccdc88bQ4QRL3 Agxt-201ENSMUST00000027491 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.05■■■□□ 2.4
Ccdc88bQ4QRL3 Nkx2-2-203ENSMUST00000109970 1053 ntTSL 1 (best) BASIC30.05■■■□□ 2.4
Ccdc88bQ4QRL3 Arl4aos-201ENSMUST00000135883 748 ntTSL 1 (best) BASIC30.05■■■□□ 2.4
Ccdc88bQ4QRL3 2210408F21Rik-204ENSMUST00000136571 478 ntTSL 3 BASIC30.05■■■□□ 2.4
Ccdc88bQ4QRL3 Lrrc36-202ENSMUST00000109355 2411 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC30.05■■■□□ 2.4
Ccdc88bQ4QRL3 B3galnt2-207ENSMUST00000221974 2439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.05■■■□□ 2.4
Ccdc88bQ4QRL3 Creld1-201ENSMUST00000032422 2306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.04■■■□□ 2.4
Ccdc88bQ4QRL3 Tlcd1-202ENSMUST00000098545 2897 ntTSL 1 (best) BASIC30.04■■■□□ 2.4
Ccdc88bQ4QRL3 Golga7b-202ENSMUST00000122375 2836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.04■■■□□ 2.4
Ccdc88bQ4QRL3 Kras-201ENSMUST00000032399 4678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.03■■■□□ 2.4
Ccdc88bQ4QRL3 Acot2-201ENSMUST00000021649 2196 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.03■■■□□ 2.4
Ccdc88bQ4QRL3 Cd248-201ENSMUST00000070630 2560 ntAPPRIS P1 BASIC30.03■■■□□ 2.4
Ccdc88bQ4QRL3 Slc35g2-201ENSMUST00000093792 1590 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.03■■■□□ 2.4
Ccdc88bQ4QRL3 Ntng1-204ENSMUST00000106571 1446 ntTSL 5 BASIC30.02■■■□□ 2.4
Ccdc88bQ4QRL3 Tlcd1-204ENSMUST00000127587 1412 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.02■■■□□ 2.4
Ccdc88bQ4QRL3 Ndufv1-202ENSMUST00000128787 1436 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.02■■■□□ 2.4
Ccdc88bQ4QRL3 Ndufv1-207ENSMUST00000134479 1438 ntTSL 5 BASIC30.02■■■□□ 2.4
Ccdc88bQ4QRL3 Ntng1-210ENSMUST00000138953 1443 ntTSL 1 (best) BASIC30.02■■■□□ 2.4
Ccdc88bQ4QRL3 Lrrc43-203ENSMUST00000196809 2031 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.02■■■□□ 2.4
Ccdc88bQ4QRL3 Arhgef4-208ENSMUST00000211073 171 ntBASIC30.02■■■□□ 2.4
Ccdc88bQ4QRL3 Neil2-201ENSMUST00000038229 1932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.02■■■□□ 2.4
Ccdc88bQ4QRL3 Galnt11-201ENSMUST00000045737 2552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.02■■■□□ 2.4
Ccdc88bQ4QRL3 Gm38345-201ENSMUST00000192635 1748 ntBASIC30.02■■■□□ 2.4
Ccdc88bQ4QRL3 Mmp28-204ENSMUST00000119346 1517 ntTSL 1 (best) BASIC30.01■■■□□ 2.4
Ccdc88bQ4QRL3 9530068E07Rik-202ENSMUST00000109057 2472 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.01■■■□□ 2.4
Ccdc88bQ4QRL3 Lat-201ENSMUST00000032997 1235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.01■■■□□ 2.4
Ccdc88bQ4QRL3 Tbx3os2-201ENSMUST00000135385 1345 ntTSL 1 (best) BASIC30.01■■■□□ 2.39
Ccdc88bQ4QRL3 Gm16759-201ENSMUST00000126238 1393 ntTSL 1 (best) BASIC30.01■■■□□ 2.39
Ccdc88bQ4QRL3 Gm3375-201ENSMUST00000203929 796 ntBASIC30■■■□□ 2.39
Ccdc88bQ4QRL3 Nubp1-201ENSMUST00000023146 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30■■■□□ 2.39
Ccdc88bQ4QRL3 Rassf1-201ENSMUST00000010211 1727 ntTSL 1 (best) BASIC30■■■□□ 2.39
Ccdc88bQ4QRL3 Mir6349-201ENSMUST00000184059 97 ntBASIC29.99■■■□□ 2.39
Ccdc88bQ4QRL3 Gm26617-201ENSMUST00000180381 4429 ntTSL 3 BASIC29.99■■■□□ 2.39
Ccdc88bQ4QRL3 Gm26860-201ENSMUST00000181674 1489 ntTSL 5 BASIC29.99■■■□□ 2.39
Ccdc88bQ4QRL3 Ruvbl1-201ENSMUST00000032165 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.99■■■□□ 2.39
Ccdc88bQ4QRL3 Cdk4-201ENSMUST00000006911 2053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.99■■■□□ 2.39
Ccdc88bQ4QRL3 Zfp777-202ENSMUST00000114583 3111 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC29.99■■■□□ 2.39
Ccdc88bQ4QRL3 Gramd1a-201ENSMUST00000001280 2713 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.99■■■□□ 2.39
Ccdc88bQ4QRL3 Espn-209ENSMUST00000105655 1350 ntTSL 5 BASIC29.99■■■□□ 2.39
Ccdc88bQ4QRL3 Whamm-201ENSMUST00000165460 3069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.98■■■□□ 2.39
Ccdc88bQ4QRL3 Smad2-205ENSMUST00000168423 2857 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.98■■■□□ 2.39
Ccdc88bQ4QRL3 Mpc2-201ENSMUST00000027853 1025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.98■■■□□ 2.39
Ccdc88bQ4QRL3 Ly6g6d-201ENSMUST00000007259 546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.98■■■□□ 2.39
Ccdc88bQ4QRL3 Rcc1-202ENSMUST00000084250 2285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.98■■■□□ 2.39
Ccdc88bQ4QRL3 Gm5784-201ENSMUST00000179344 2478 ntBASIC29.97■■■□□ 2.39
Ccdc88bQ4QRL3 Prss16-201ENSMUST00000006341 2155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.97■■■□□ 2.39
Ccdc88bQ4QRL3 Gm38308-201ENSMUST00000194934 1809 ntBASIC29.97■■■□□ 2.39
Ccdc88bQ4QRL3 Gm45906-201ENSMUST00000208911 1430 ntBASIC29.97■■■□□ 2.39
Ccdc88bQ4QRL3 Gm12382-201ENSMUST00000122005 922 ntBASIC29.97■■■□□ 2.39
Ccdc88bQ4QRL3 Gm20403-201ENSMUST00000173803 372 ntAPPRIS P1 BASIC29.97■■■□□ 2.39
Ccdc88bQ4QRL3 4732471J01Rik-202ENSMUST00000205787 991 ntTSL 1 (best) BASIC29.97■■■□□ 2.39
Ccdc88bQ4QRL3 Hsbp1-202ENSMUST00000212468 638 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.97■■■□□ 2.39
Ccdc88bQ4QRL3 Fkbp3-201ENSMUST00000021332 1022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.97■■■□□ 2.39
Ccdc88bQ4QRL3 AC166341.7-201ENSMUST00000221698 126 ntBASIC29.97■■■□□ 2.39
Ccdc88bQ4QRL3 Yif1b-201ENSMUST00000032809 1111 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.97■■■□□ 2.39
Ccdc88bQ4QRL3 Tesmin-201ENSMUST00000025840 2234 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.97■■■□□ 2.39
Ccdc88bQ4QRL3 Tmem179-201ENSMUST00000066791 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.96■■■□□ 2.39
Ccdc88bQ4QRL3 Mchr1-201ENSMUST00000166855 2188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.96■■■□□ 2.39
Ccdc88bQ4QRL3 Dyrk1a-202ENSMUST00000119878 5759 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.96■■■□□ 2.39
Ccdc88bQ4QRL3 Btbd6-202ENSMUST00000165079 1975 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC29.96■■■□□ 2.39
Ccdc88bQ4QRL3 Cacng6-201ENSMUST00000108647 868 ntTSL 5 BASIC29.96■■■□□ 2.39
Ccdc88bQ4QRL3 2210408F21Rik-211ENSMUST00000151800 750 ntTSL 1 (best) BASIC29.96■■■□□ 2.39
Ccdc88bQ4QRL3 Pantr1-210ENSMUST00000185599 343 ntTSL 3 BASIC29.96■■■□□ 2.39
Ccdc88bQ4QRL3 Tomm20-202ENSMUST00000212771 458 ntTSL 2 BASIC29.96■■■□□ 2.39
Ccdc88bQ4QRL3 Otx2os1-204ENSMUST00000227221 751 ntBASIC29.96■■■□□ 2.39
Ccdc88bQ4QRL3 Xpa-201ENSMUST00000030013 955 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.96■■■□□ 2.39
Ccdc88bQ4QRL3 Grhpr-201ENSMUST00000045078 1280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.96■■■□□ 2.39
Ccdc88bQ4QRL3 Paox-202ENSMUST00000097967 1024 ntTSL 1 (best) BASIC29.96■■■□□ 2.39
Ccdc88bQ4QRL3 Pgrmc2-201ENSMUST00000058578 3007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.96■■■□□ 2.39
Ccdc88bQ4QRL3 Limd2-202ENSMUST00000064545 798 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.95■■■□□ 2.39
Ccdc88bQ4QRL3 Glrb-201ENSMUST00000029654 3029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.95■■■□□ 2.38
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 20.4 ms