Protein–RNA interactions for Protein: Q9ER60

Scn4a, Sodium channel protein type 4 subunit alpha, mousemouse

Predictions only

Length 1,841 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Scn4aQ9ER60 Ryk-201ENSMUST00000035142 2852 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
Scn4aQ9ER60 Anxa2-201ENSMUST00000034756 1447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
Scn4aQ9ER60 Cdc16-201ENSMUST00000043962 2301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
Scn4aQ9ER60 Socs2-214ENSMUST00000172070 2153 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.58■■□□□ 1.69
Scn4aQ9ER60 Srgn-205ENSMUST00000162161 694 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.58■■□□□ 1.69
Scn4aQ9ER60 Gm28659-201ENSMUST00000188013 759 ntBASIC25.58■■□□□ 1.69
Scn4aQ9ER60 Stard3nl-209ENSMUST00000221380 1268 ntTSL 5 BASIC25.58■■□□□ 1.69
Scn4aQ9ER60 Ltbr-201ENSMUST00000032489 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
Scn4aQ9ER60 5730488B01Rik-201ENSMUST00000192889 2311 ntBASIC25.58■■□□□ 1.69
Scn4aQ9ER60 Bspry-202ENSMUST00000107449 2167 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
Scn4aQ9ER60 Gpc3-202ENSMUST00000114857 1880 ntTSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
Scn4aQ9ER60 Gm15234-201ENSMUST00000141485 1058 ntTSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.68
Scn4aQ9ER60 Gm3764-202ENSMUST00000180582 440 ntTSL 5 BASIC25.58■■□□□ 1.68
Scn4aQ9ER60 Gm27525-201ENSMUST00000184465 107 ntBASIC25.58■■□□□ 1.68
Scn4aQ9ER60 Nptn-212ENSMUST00000177292 1390 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.58■■□□□ 1.68
Scn4aQ9ER60 Dmrt3-201ENSMUST00000048935 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
Scn4aQ9ER60 Bcl7b-203ENSMUST00000111188 1434 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.57■■□□□ 1.68
Scn4aQ9ER60 2700046G09Rik-201ENSMUST00000181612 1641 ntTSL 2 BASIC25.57■■□□□ 1.68
Scn4aQ9ER60 Cldn4-201ENSMUST00000051401 1816 ntAPPRIS P1 BASIC25.57■■□□□ 1.68
Scn4aQ9ER60 Rhox13-201ENSMUST00000152730 876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
Scn4aQ9ER60 Krtcap3-201ENSMUST00000054829 904 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
Scn4aQ9ER60 Spc24-205ENSMUST00000217382 1696 ntTSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
Scn4aQ9ER60 Brwd1-203ENSMUST00000113827 2382 ntTSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
Scn4aQ9ER60 Gm8309-201ENSMUST00000206627 1448 ntBASIC25.57■■□□□ 1.68
Scn4aQ9ER60 Catsper2-201ENSMUST00000038073 2247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
Scn4aQ9ER60 Chst7-201ENSMUST00000044138 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
Scn4aQ9ER60 Gpr142-202ENSMUST00000106584 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
Scn4aQ9ER60 Cnih3-204ENSMUST00000209607 564 ntTSL 5 BASIC25.56■■□□□ 1.68
Scn4aQ9ER60 Gpr142-201ENSMUST00000045319 1098 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
Scn4aQ9ER60 Dscc1-202ENSMUST00000110231 1499 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
Scn4aQ9ER60 AL591207.1-203ENSMUST00000222401 1380 ntTSL 5 BASIC25.56■■□□□ 1.68
Scn4aQ9ER60 Mrpl14-201ENSMUST00000024734 645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
Scn4aQ9ER60 Trp73os-201ENSMUST00000143429 2192 ntTSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
Scn4aQ9ER60 Zfp821-201ENSMUST00000034163 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
Scn4aQ9ER60 AB124611-202ENSMUST00000086361 1310 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
Scn4aQ9ER60 Gm11748-201ENSMUST00000153825 1498 ntTSL 2 BASIC25.55■■□□□ 1.68
Scn4aQ9ER60 Zdhhc1-201ENSMUST00000044286 1737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
Scn4aQ9ER60 Rab3d-202ENSMUST00000119055 694 ntTSL 3 BASIC25.55■■□□□ 1.68
Scn4aQ9ER60 Mpc1-205ENSMUST00000142594 961 ntTSL 5 BASIC25.55■■□□□ 1.68
Scn4aQ9ER60 Tmem145-202ENSMUST00000119703 1781 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.55■■□□□ 1.68
Scn4aQ9ER60 Aig1-205ENSMUST00000162610 1554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
Scn4aQ9ER60 Cdc34-202ENSMUST00000166603 1078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
Scn4aQ9ER60 Ifi27l2b-201ENSMUST00000044687 1093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
Scn4aQ9ER60 Dgcr6-202ENSMUST00000076757 894 ntTSL 5 BASIC25.54■■□□□ 1.68
Scn4aQ9ER60 Pick1-201ENSMUST00000018295 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
Scn4aQ9ER60 Otx2-204ENSMUST00000122009 1737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
Scn4aQ9ER60 Klc3-202ENSMUST00000108457 1632 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.54■■□□□ 1.68
Scn4aQ9ER60 Ybx2-202ENSMUST00000108601 1351 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
Scn4aQ9ER60 Gm7063-201ENSMUST00000186840 981 ntBASIC25.53■■□□□ 1.68
Scn4aQ9ER60 Ube2d1-201ENSMUST00000020085 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
Scn4aQ9ER60 Upk3a-201ENSMUST00000023070 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
Scn4aQ9ER60 Krt88-201ENSMUST00000023781 903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
Scn4aQ9ER60 4933428P19Rik-201ENSMUST00000199616 1376 ntBASIC25.53■■□□□ 1.68
Scn4aQ9ER60 Mir2861-201ENSMUST00000175539 82 ntBASIC25.53■■□□□ 1.68
Scn4aQ9ER60 Mir8098-201ENSMUST00000184011 137 ntBASIC25.53■■□□□ 1.68
Scn4aQ9ER60 Gm10358-201ENSMUST00000212864 1250 ntAPPRIS P1 BASIC25.53■■□□□ 1.68
Scn4aQ9ER60 CAAA01066804.1-201ENSMUST00000217800 611 ntTSL 3 BASIC25.53■■□□□ 1.68
Scn4aQ9ER60 Rnf208-202ENSMUST00000114355 1333 ntAPPRIS P1 BASIC25.53■■□□□ 1.68
Scn4aQ9ER60 Pon1-201ENSMUST00000002663 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
Scn4aQ9ER60 Gm6190-201ENSMUST00000220683 1374 ntBASIC25.52■■□□□ 1.68
Scn4aQ9ER60 Dpf1-201ENSMUST00000049977 2309 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
Scn4aQ9ER60 Gnb2-204ENSMUST00000111027 1610 ntTSL 5 BASIC25.52■■□□□ 1.68
Scn4aQ9ER60 Clasp2-211ENSMUST00000216817 2234 ntTSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
Scn4aQ9ER60 1700024G13Rik-201ENSMUST00000100723 850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
Scn4aQ9ER60 Bex3-204ENSMUST00000178632 933 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.52■■□□□ 1.68
Scn4aQ9ER60 Tssc4-208ENSMUST00000208779 647 ntTSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
Scn4aQ9ER60 Nr2c2ap-202ENSMUST00000211898 1078 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
Scn4aQ9ER60 Olfr572-203ENSMUST00000215782 1233 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.52■■□□□ 1.68
Scn4aQ9ER60 Ppt2-205ENSMUST00000169067 1392 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.52■■□□□ 1.68
Scn4aQ9ER60 Hfe2-201ENSMUST00000049208 2028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
Scn4aQ9ER60 Ihh-201ENSMUST00000164097 2468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
Scn4aQ9ER60 Ap2m1-202ENSMUST00000090023 2080 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
Scn4aQ9ER60 Cnrip1-201ENSMUST00000058159 1654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
Scn4aQ9ER60 Rfx5-205ENSMUST00000107260 2355 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.51■■□□□ 1.68
Scn4aQ9ER60 Rps27a-202ENSMUST00000102845 791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
Scn4aQ9ER60 Mir1668-201ENSMUST00000184114 107 ntBASIC25.51■■□□□ 1.67
Scn4aQ9ER60 Ntf5-201ENSMUST00000058879 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
Scn4aQ9ER60 Ubl3-202ENSMUST00000164904 2001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
Scn4aQ9ER60 Hes6-201ENSMUST00000086851 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
Scn4aQ9ER60 2010016I18Rik-204ENSMUST00000190356 1562 ntTSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
Scn4aQ9ER60 Smim1-210ENSMUST00000146054 707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
Scn4aQ9ER60 Flt3l-206ENSMUST00000210197 834 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.51■■□□□ 1.67
Scn4aQ9ER60 Tmsb10-202ENSMUST00000114049 690 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
Scn4aQ9ER60 Lce3c-201ENSMUST00000055375 567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
Scn4aQ9ER60 Hist1h2bq-202ENSMUST00000091749 1254 ntTSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
Scn4aQ9ER60 Rab11b-203ENSMUST00000173860 1544 ntTSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
Scn4aQ9ER60 Ilk-212ENSMUST00000163389 1749 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
Scn4aQ9ER60 Steap1-201ENSMUST00000015796 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
Scn4aQ9ER60 Cyhr1-204ENSMUST00000177359 1110 ntTSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
Scn4aQ9ER60 Gm27389-201ENSMUST00000183622 195 ntBASIC25.49■■□□□ 1.67
Scn4aQ9ER60 Zmym3-207ENSMUST00000120201 1859 ntTSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
Scn4aQ9ER60 Inip-202ENSMUST00000107526 1438 ntTSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
Scn4aQ9ER60 6030419C18Rik-201ENSMUST00000085658 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
Scn4aQ9ER60 Pmm1-201ENSMUST00000023112 1300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
Scn4aQ9ER60 Lrrc25-201ENSMUST00000052437 1313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
Scn4aQ9ER60 4930448E22Rik-201ENSMUST00000181712 1581 ntTSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
Scn4aQ9ER60 Pus1-201ENSMUST00000031481 1563 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
Scn4aQ9ER60 P2rx2-203ENSMUST00000195985 2096 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
Scn4aQ9ER60 Trappc6a-202ENSMUST00000108455 651 ntTSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
Scn4aQ9ER60 Celrr-203ENSMUST00000185678 937 ntTSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 34.5 ms