Protein–RNA interactions for Protein: Q4QRL3

Ccdc88b, Coiled-coil domain-containing protein 88B, mousemouse

Predictions only

Length 1,481 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc88bQ4QRL3 Spock1-201ENSMUST00000172326 1320 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC30.19■■■□□ 2.42
Ccdc88bQ4QRL3 2210408F21Rik-213ENSMUST00000153057 652 ntTSL 3 BASIC30.19■■■□□ 2.42
Ccdc88bQ4QRL3 Gm28374-201ENSMUST00000162374 728 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC30.19■■■□□ 2.42
Ccdc88bQ4QRL3 Gm37292-201ENSMUST00000192062 758 ntBASIC30.19■■■□□ 2.42
Ccdc88bQ4QRL3 Gm42545-201ENSMUST00000202755 922 ntBASIC30.19■■■□□ 2.42
Ccdc88bQ4QRL3 Espn-202ENSMUST00000049305 1142 ntTSL 1 (best) BASIC30.19■■■□□ 2.42
Ccdc88bQ4QRL3 Nme2-202ENSMUST00000072566 734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.19■■■□□ 2.42
Ccdc88bQ4QRL3 Fpgs-201ENSMUST00000028148 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.19■■■□□ 2.42
Ccdc88bQ4QRL3 Amigo1-201ENSMUST00000050909 5030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.19■■■□□ 2.42
Ccdc88bQ4QRL3 Pthlh-201ENSMUST00000052296 1603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.19■■■□□ 2.42
Ccdc88bQ4QRL3 Pon1-201ENSMUST00000002663 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.19■■■□□ 2.42
Ccdc88bQ4QRL3 Cbln2-202ENSMUST00000122079 2549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.19■■■□□ 2.42
Ccdc88bQ4QRL3 Dpys-202ENSMUST00000110306 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.19■■■□□ 2.42
Ccdc88bQ4QRL3 1700020N01Rik-201ENSMUST00000057341 1062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.19■■■□□ 2.42
Ccdc88bQ4QRL3 Smurf1-201ENSMUST00000085684 5343 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC30.18■■■□□ 2.42
Ccdc88bQ4QRL3 Slc39a5-202ENSMUST00000167859 2025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.18■■■□□ 2.42
Ccdc88bQ4QRL3 Nr1h3-204ENSMUST00000111356 1955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.18■■■□□ 2.42
Ccdc88bQ4QRL3 Atp6v1b1-206ENSMUST00000206911 1591 ntTSL 1 (best) BASIC30.18■■■□□ 2.42
Ccdc88bQ4QRL3 Scrn2-201ENSMUST00000021249 1530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.18■■■□□ 2.42
Ccdc88bQ4QRL3 Gfra3-201ENSMUST00000025224 1992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.18■■■□□ 2.42
Ccdc88bQ4QRL3 Acvr1-201ENSMUST00000056376 2394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.18■■■□□ 2.42
Ccdc88bQ4QRL3 Atf7ip2-204ENSMUST00000119023 1048 ntTSL 1 (best) BASIC30.18■■■□□ 2.42
Ccdc88bQ4QRL3 Gm11643-201ENSMUST00000119578 864 ntBASIC30.18■■■□□ 2.42
Ccdc88bQ4QRL3 Nudt22-203ENSMUST00000180765 1073 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.18■■■□□ 2.42
Ccdc88bQ4QRL3 Tfdp2-209ENSMUST00000188750 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.18■■■□□ 2.42
Ccdc88bQ4QRL3 Mtx1-201ENSMUST00000073572 1617 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.17■■■□□ 2.42
Ccdc88bQ4QRL3 Samd8-201ENSMUST00000022292 1574 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.17■■■□□ 2.42
Ccdc88bQ4QRL3 Gm26634-201ENSMUST00000181146 1511 ntTSL 5 BASIC30.17■■■□□ 2.42
Ccdc88bQ4QRL3 Aamp-201ENSMUST00000006462 1817 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.17■■■□□ 2.42
Ccdc88bQ4QRL3 Cmtm7-201ENSMUST00000035009 993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.17■■■□□ 2.42
Ccdc88bQ4QRL3 Gm9803-201ENSMUST00000057649 563 ntAPPRIS P1 BASIC30.17■■■□□ 2.42
Ccdc88bQ4QRL3 Snx15-201ENSMUST00000025702 1635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.16■■■□□ 2.42
Ccdc88bQ4QRL3 Gm26657-201ENSMUST00000181745 1308 ntAPPRIS P1 BASIC30.16■■■□□ 2.42
Ccdc88bQ4QRL3 Cnbp-208ENSMUST00000204653 2175 ntTSL 1 (best) BASIC30.16■■■□□ 2.42
Ccdc88bQ4QRL3 Cnbp-201ENSMUST00000032138 2178 ntTSL 1 (best) BASIC30.16■■■□□ 2.42
Ccdc88bQ4QRL3 Gas5-203ENSMUST00000159119 665 ntTSL 5 BASIC30.16■■■□□ 2.42
Ccdc88bQ4QRL3 Fau-203ENSMUST00000179142 736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.16■■■□□ 2.42
Ccdc88bQ4QRL3 Tbc1d7-201ENSMUST00000021797 1239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.16■■■□□ 2.42
Ccdc88bQ4QRL3 Dynll2-204ENSMUST00000178105 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.16■■■□□ 2.42
Ccdc88bQ4QRL3 4930560O18Rik-201ENSMUST00000207051 1595 ntBASIC30.15■■■□□ 2.42
Ccdc88bQ4QRL3 Gm37939-201ENSMUST00000192309 447 ntTSL 5 BASIC30.15■■■□□ 2.42
Ccdc88bQ4QRL3 Gm16042-201ENSMUST00000204813 1247 ntBASIC30.15■■■□□ 2.42
Ccdc88bQ4QRL3 Gm36736-201ENSMUST00000206060 646 ntTSL 3 BASIC30.15■■■□□ 2.42
Ccdc88bQ4QRL3 Gm45709-201ENSMUST00000213052 1075 ntTSL 5 BASIC30.15■■■□□ 2.42
Ccdc88bQ4QRL3 4930554C24Rik-202ENSMUST00000216019 1159 ntTSL 5 BASIC30.15■■■□□ 2.42
Ccdc88bQ4QRL3 Tmem14c-201ENSMUST00000021790 914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.15■■■□□ 2.42
Ccdc88bQ4QRL3 Gm7579-201ENSMUST00000097943 732 ntAPPRIS P1 BASIC30.15■■■□□ 2.42
Ccdc88bQ4QRL3 Thegl-202ENSMUST00000117880 1641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.15■■■□□ 2.42
Ccdc88bQ4QRL3 Klc3-203ENSMUST00000108458 1823 ntTSL 1 (best) BASIC30.15■■■□□ 2.42
Ccdc88bQ4QRL3 Hapln2-201ENSMUST00000005014 1711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.14■■■□□ 2.42
Ccdc88bQ4QRL3 Scamp3-201ENSMUST00000029684 1489 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.14■■■□□ 2.42
Ccdc88bQ4QRL3 Sco1-202ENSMUST00000108690 2186 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.14■■■□□ 2.42
Ccdc88bQ4QRL3 Sft2d3-201ENSMUST00000054984 2810 ntAPPRIS P1 BASIC30.14■■■□□ 2.42
Ccdc88bQ4QRL3 Mgat4b-201ENSMUST00000041725 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.14■■■□□ 2.41
Ccdc88bQ4QRL3 Atf1-201ENSMUST00000023769 2365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.14■■■□□ 2.41
Ccdc88bQ4QRL3 Fbxo17-201ENSMUST00000032818 1958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.13■■■□□ 2.41
Ccdc88bQ4QRL3 Rraga-201ENSMUST00000091064 1618 ntAPPRIS P1 BASIC30.13■■■□□ 2.41
Ccdc88bQ4QRL3 Mir2861-201ENSMUST00000175539 82 ntBASIC30.13■■■□□ 2.41
Ccdc88bQ4QRL3 Gm21814-202ENSMUST00000203277 873 ntBASIC30.13■■■□□ 2.41
Ccdc88bQ4QRL3 Mrps28-201ENSMUST00000042148 783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.13■■■□□ 2.41
Ccdc88bQ4QRL3 Ift57-201ENSMUST00000046777 2601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.13■■■□□ 2.41
Ccdc88bQ4QRL3 Gm9885-202ENSMUST00000186234 2209 ntBASIC30.13■■■□□ 2.41
Ccdc88bQ4QRL3 Relb-202ENSMUST00000094762 2209 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.13■■■□□ 2.41
Ccdc88bQ4QRL3 Relb-203ENSMUST00000098754 2203 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.13■■■□□ 2.41
Ccdc88bQ4QRL3 Lingo1-203ENSMUST00000114256 2782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.13■■■□□ 2.41
Ccdc88bQ4QRL3 Eif4h-205ENSMUST00000202622 2726 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.13■■■□□ 2.41
Ccdc88bQ4QRL3 Egln2-202ENSMUST00000108382 1756 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.13■■■□□ 2.41
Ccdc88bQ4QRL3 Naa10-205ENSMUST00000114390 797 ntTSL 5 BASIC30.12■■■□□ 2.41
Ccdc88bQ4QRL3 Cldn14-205ENSMUST00000177648 1266 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.12■■■□□ 2.41
Ccdc88bQ4QRL3 Ppm1j-201ENSMUST00000002298 1721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.12■■■□□ 2.41
Ccdc88bQ4QRL3 Slc10a4-201ENSMUST00000031127 2106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.12■■■□□ 2.41
Ccdc88bQ4QRL3 Slc29a1-201ENSMUST00000051574 1996 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.12■■■□□ 2.41
Ccdc88bQ4QRL3 Gm12979-201ENSMUST00000145488 405 ntTSL 2 BASIC30.12■■■□□ 2.41
Ccdc88bQ4QRL3 Dcbld1-201ENSMUST00000069004 3024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.11■■■□□ 2.41
Ccdc88bQ4QRL3 D030062O11Rik-201ENSMUST00000192660 2806 ntBASIC30.11■■■□□ 2.41
Ccdc88bQ4QRL3 Mrps10-204ENSMUST00000120737 1017 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC30.11■■■□□ 2.41
Ccdc88bQ4QRL3 Crabp1-201ENSMUST00000034830 802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.11■■■□□ 2.41
Ccdc88bQ4QRL3 Phf23-204ENSMUST00000133485 1607 ntTSL 5 BASIC30.11■■■□□ 2.41
Ccdc88bQ4QRL3 A330009N23Rik-201ENSMUST00000180639 1392 ntTSL 1 (best) BASIC30.11■■■□□ 2.41
Ccdc88bQ4QRL3 Nab2-202ENSMUST00000099157 2311 ntTSL 1 (best) BASIC30.11■■■□□ 2.41
Ccdc88bQ4QRL3 Gm10654-201ENSMUST00000098653 1633 ntBASIC30.1■■■□□ 2.41
Ccdc88bQ4QRL3 Bmp8a-202ENSMUST00000102641 1917 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.1■■■□□ 2.41
Ccdc88bQ4QRL3 B3gnt9-201ENSMUST00000093217 2325 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.1■■■□□ 2.41
Ccdc88bQ4QRL3 Lat2-202ENSMUST00000077636 1717 ntTSL 1 (best) BASIC30.09■■■□□ 2.41
Ccdc88bQ4QRL3 E030044B06Rik-201ENSMUST00000181195 1266 ntTSL 1 (best) BASIC30.09■■■□□ 2.41
Ccdc88bQ4QRL3 Myoz1-201ENSMUST00000090469 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.09■■■□□ 2.41
Ccdc88bQ4QRL3 Syt3-203ENSMUST00000120262 2096 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.09■■■□□ 2.41
Ccdc88bQ4QRL3 BC021767-201ENSMUST00000126387 1716 ntBASIC30.09■■■□□ 2.41
Ccdc88bQ4QRL3 Cd83-201ENSMUST00000015540 2477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.08■■■□□ 2.41
Ccdc88bQ4QRL3 Ccdc112-201ENSMUST00000072835 2801 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.08■■■□□ 2.41
Ccdc88bQ4QRL3 Gm9725-202ENSMUST00000166229 2326 ntTSL 5 BASIC30.08■■■□□ 2.41
Ccdc88bQ4QRL3 Fam172a-202ENSMUST00000099358 2242 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.08■■■□□ 2.41
Ccdc88bQ4QRL3 Tnnt2-202ENSMUST00000112085 1076 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.08■■■□□ 2.41
Ccdc88bQ4QRL3 Tnnt2-203ENSMUST00000112086 1094 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.08■■■□□ 2.41
Ccdc88bQ4QRL3 Tnnt2-204ENSMUST00000112087 1112 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.08■■■□□ 2.41
Ccdc88bQ4QRL3 Tnnt2-206ENSMUST00000178854 1076 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.08■■■□□ 2.41
Ccdc88bQ4QRL3 Tnnt2-211ENSMUST00000189355 1112 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.08■■■□□ 2.41
Ccdc88bQ4QRL3 Tnnt2-212ENSMUST00000189732 1123 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.08■■■□□ 2.41
Ccdc88bQ4QRL3 Sec11c-201ENSMUST00000025394 807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.08■■■□□ 2.41
Ccdc88bQ4QRL3 Rora-202ENSMUST00000113624 2591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.08■■■□□ 2.41
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 20.7 ms