Protein–RNA interactions for Protein: Q04857

Col6a1, Collagen alpha-1(VI) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,025 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col6a1Q04857 Bax-201ENSMUST00000033093 867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
Col6a1Q04857 Atp5l-201ENSMUST00000043675 544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
Col6a1Q04857 AC165249.1-201ENSMUST00000220031 1599 ntTSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
Col6a1Q04857 Capg-202ENSMUST00000114071 1400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
Col6a1Q04857 Epdr1-201ENSMUST00000002885 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
Col6a1Q04857 Stard6-203ENSMUST00000168249 1167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
Col6a1Q04857 Zfp428-203ENSMUST00000177205 1159 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
Col6a1Q04857 Metrn-201ENSMUST00000002344 987 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.29■□□□□ 0.84
Col6a1Q04857 Gm7367-201ENSMUST00000057611 492 ntBASIC20.29■□□□□ 0.84
Col6a1Q04857 Uckl1os-201ENSMUST00000122831 2018 ntTSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
Col6a1Q04857 Wnt10b-203ENSMUST00000226610 2217 ntAPPRIS P1 BASIC20.29■□□□□ 0.84
Col6a1Q04857 Wnt10b-201ENSMUST00000023732 2226 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.29■□□□□ 0.84
Col6a1Q04857 Sema6d-202ENSMUST00000076335 6276 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
Col6a1Q04857 Sox17-208ENSMUST00000195555 1977 ntTSL 5 BASIC20.28■□□□□ 0.84
Col6a1Q04857 Zar1-201ENSMUST00000073528 1429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
Col6a1Q04857 K230015D01Rik-201ENSMUST00000211969 1516 ntBASIC20.28■□□□□ 0.84
Col6a1Q04857 Gab2-201ENSMUST00000004622 6168 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
Col6a1Q04857 Tmem250-ps-201ENSMUST00000133808 2483 ntTSL 2 BASIC20.28■□□□□ 0.84
Col6a1Q04857 2210408F21Rik-211ENSMUST00000151800 750 ntTSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
Col6a1Q04857 Gm11973-203ENSMUST00000155498 867 ntTSL 3 BASIC20.28■□□□□ 0.84
Col6a1Q04857 Gm28374-201ENSMUST00000162374 728 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.28■□□□□ 0.84
Col6a1Q04857 Cst3-201ENSMUST00000028938 860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
Col6a1Q04857 Mgat4b-201ENSMUST00000041725 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
Col6a1Q04857 9430060I03Rik-201ENSMUST00000191563 1689 ntTSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
Col6a1Q04857 Gm43672-201ENSMUST00000199072 1731 ntBASIC20.27■□□□□ 0.84
Col6a1Q04857 Slc35f4-201ENSMUST00000074368 1931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
Col6a1Q04857 Prpf19-201ENSMUST00000025642 2134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
Col6a1Q04857 Gprc5c-201ENSMUST00000021071 2200 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
Col6a1Q04857 5730507C01Rik-202ENSMUST00000177778 2542 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
Col6a1Q04857 Bmp2k-202ENSMUST00000112974 3244 ntTSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
Col6a1Q04857 Cdk11b-202ENSMUST00000105598 2673 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
Col6a1Q04857 Gm21814-202ENSMUST00000203277 873 ntBASIC20.27■□□□□ 0.84
Col6a1Q04857 Rpl21-202ENSMUST00000075453 899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
Col6a1Q04857 Patz1-203ENSMUST00000094471 2930 ntTSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
Col6a1Q04857 Meis3-201ENSMUST00000002495 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.83
Col6a1Q04857 Pthlh-201ENSMUST00000052296 1603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.83
Col6a1Q04857 Dtnb-225ENSMUST00000174663 2381 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.27■□□□□ 0.83
Col6a1Q04857 Nexmif-201ENSMUST00000056502 5211 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.83
Col6a1Q04857 Lmtk3-204ENSMUST00000209617 5051 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
Col6a1Q04857 6820408C15Rik-201ENSMUST00000039961 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
Col6a1Q04857 Hdgfl3-202ENSMUST00000107305 5887 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
Col6a1Q04857 Rcan3-201ENSMUST00000030606 5111 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
Col6a1Q04857 Rint1-204ENSMUST00000117783 560 ntTSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
Col6a1Q04857 Dusp13-213ENSMUST00000184703 902 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.26■□□□□ 0.83
Col6a1Q04857 Gm27741-201ENSMUST00000185060 237 ntBASIC20.26■□□□□ 0.83
Col6a1Q04857 Gfi1-203ENSMUST00000159164 2648 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
Col6a1Q04857 Lfng-201ENSMUST00000031555 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
Col6a1Q04857 Rapgef1-203ENSMUST00000102872 6402 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
Col6a1Q04857 Ankrd40-203ENSMUST00000107818 3487 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.26■□□□□ 0.83
Col6a1Q04857 Pank2-204ENSMUST00000150843 4266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
Col6a1Q04857 Hs3st4-201ENSMUST00000106437 3189 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.26■□□□□ 0.83
Col6a1Q04857 Lpin2-213ENSMUST00000156570 1586 ntTSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
Col6a1Q04857 Gm28523-201ENSMUST00000190040 1588 ntTSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
Col6a1Q04857 Cd37-204ENSMUST00000209779 2541 ntTSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
Col6a1Q04857 1700008J07Rik-201ENSMUST00000185351 2432 ntBASIC20.25■□□□□ 0.83
Col6a1Q04857 Polr1d-202ENSMUST00000110557 1137 ntTSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
Col6a1Q04857 Gm6659-201ENSMUST00000174752 547 ntBASIC20.25■□□□□ 0.83
Col6a1Q04857 Smim22-201ENSMUST00000178155 429 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
Col6a1Q04857 Nfu1-201ENSMUST00000032060 948 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
Col6a1Q04857 Birc5-201ENSMUST00000081387 947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
Col6a1Q04857 Sstr1-201ENSMUST00000044299 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
Col6a1Q04857 Snx5-202ENSMUST00000110030 2512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
Col6a1Q04857 Agpat3-202ENSMUST00000105387 1316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
Col6a1Q04857 Dbndd2-201ENSMUST00000017878 1338 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.25■□□□□ 0.83
Col6a1Q04857 Proca1-203ENSMUST00000108317 1359 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.24■□□□□ 0.83
Col6a1Q04857 Tekt1-203ENSMUST00000108503 1397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
Col6a1Q04857 Luc7l2-201ENSMUST00000057692 2702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
Col6a1Q04857 Stard3-201ENSMUST00000018311 2070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
Col6a1Q04857 Mrpl9-202ENSMUST00000196143 1657 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
Col6a1Q04857 Hsbp1-201ENSMUST00000034300 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
Col6a1Q04857 Tk2-201ENSMUST00000050211 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
Col6a1Q04857 Zdhhc14-201ENSMUST00000089185 3115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
Col6a1Q04857 Samd10-201ENSMUST00000060173 2164 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
Col6a1Q04857 Ehmt2-201ENSMUST00000013931 4026 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
Col6a1Q04857 Zfp444-203ENSMUST00000108566 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
Col6a1Q04857 Gm3164-201ENSMUST00000168866 1945 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.23■□□□□ 0.83
Col6a1Q04857 Syt17-203ENSMUST00000203485 1932 ntTSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
Col6a1Q04857 Dnajb11-201ENSMUST00000004574 1927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
Col6a1Q04857 Mex3d-201ENSMUST00000105350 3266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
Col6a1Q04857 Alkbh1-212ENSMUST00000185301 408 ntBASIC20.23■□□□□ 0.83
Col6a1Q04857 Fgf8-201ENSMUST00000026240 1117 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
Col6a1Q04857 Gm9803-201ENSMUST00000057649 563 ntAPPRIS P1 BASIC20.23■□□□□ 0.83
Col6a1Q04857 Pstk-201ENSMUST00000075610 1135 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
Col6a1Q04857 Acvrl1-206ENSMUST00000121718 1906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
Col6a1Q04857 Tbc1d25-204ENSMUST00000172020 2441 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
Col6a1Q04857 Pde1b-201ENSMUST00000023132 3218 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
Col6a1Q04857 Rab1a-203ENSMUST00000109602 2626 ntTSL 5 BASIC20.23■□□□□ 0.83
Col6a1Q04857 Adpgk-201ENSMUST00000026266 2464 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
Col6a1Q04857 Hnrnpl-211ENSMUST00000174548 2679 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.22■□□□□ 0.83
Col6a1Q04857 Eif2b4-203ENSMUST00000166769 1878 ntTSL 5 BASIC20.22■□□□□ 0.83
Col6a1Q04857 Msx1-201ENSMUST00000063116 1935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
Col6a1Q04857 Aqp2-201ENSMUST00000023752 1416 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
Col6a1Q04857 D3Ertd751e-205ENSMUST00000120167 773 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.22■□□□□ 0.83
Col6a1Q04857 Dnajc19-204ENSMUST00000120805 551 ntTSL 2 BASIC20.22■□□□□ 0.83
Col6a1Q04857 Sct-202ENSMUST00000167790 507 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
Col6a1Q04857 Gabarapl1-202ENSMUST00000204487 902 ntTSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
Col6a1Q04857 Sct-201ENSMUST00000046156 534 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
Col6a1Q04857 Cd83-201ENSMUST00000015540 2477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
Col6a1Q04857 Hexa-201ENSMUST00000026262 1996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
Col6a1Q04857 Chtf8-201ENSMUST00000169312 2730 ntTSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 34 ms