Protein–RNA interactions for Protein: Q04857

Col6a1, Collagen alpha-1(VI) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,025 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col6a1Q04857 Dact2-201ENSMUST00000053218 2808 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
Col6a1Q04857 Tmem132b-201ENSMUST00000031446 7995 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.38■□□□□ 0.85
Col6a1Q04857 Fkbp9-201ENSMUST00000031795 3009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
Col6a1Q04857 Nsfl1c-203ENSMUST00000103160 1369 ntTSL 5 BASIC20.38■□□□□ 0.85
Col6a1Q04857 Vegfa-207ENSMUST00000142351 1973 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
Col6a1Q04857 Pigp-202ENSMUST00000113906 745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
Col6a1Q04857 Fxyd5-208ENSMUST00000161805 1166 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
Col6a1Q04857 Gm26971-201ENSMUST00000182423 1072 ntBASIC20.38■□□□□ 0.85
Col6a1Q04857 Gm42884-202ENSMUST00000202523 423 ntTSL 3 BASIC20.38■□□□□ 0.85
Col6a1Q04857 Gm45337-201ENSMUST00000210537 1267 ntAPPRIS P1 BASIC20.38■□□□□ 0.85
Col6a1Q04857 Calml4-206ENSMUST00000215870 803 ntTSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
Col6a1Q04857 Dcxr-201ENSMUST00000026144 892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
Col6a1Q04857 Tmem230-206ENSMUST00000180286 1531 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.37■□□□□ 0.85
Col6a1Q04857 Matr3-209ENSMUST00000188275 1951 ntTSL 5 BASIC20.37■□□□□ 0.85
Col6a1Q04857 Cdkn3-203ENSMUST00000227149 1952 ntBASIC20.37■□□□□ 0.85
Col6a1Q04857 Fbxo27-203ENSMUST00000108281 1948 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
Col6a1Q04857 Dhx33-204ENSMUST00000124464 1835 ntTSL 5 BASIC20.37■□□□□ 0.85
Col6a1Q04857 Rcl1-201ENSMUST00000064393 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
Col6a1Q04857 Ube4b-202ENSMUST00000103212 5626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
Col6a1Q04857 Gm15847-201ENSMUST00000121417 1065 ntBASIC20.37■□□□□ 0.85
Col6a1Q04857 Lacc1-201ENSMUST00000062789 2444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
Col6a1Q04857 Stx4a-201ENSMUST00000033075 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
Col6a1Q04857 Gab1-201ENSMUST00000034150 4870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
Col6a1Q04857 Zfp668-202ENSMUST00000106261 2410 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
Col6a1Q04857 Opa3-202ENSMUST00000161711 1390 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.36■□□□□ 0.85
Col6a1Q04857 Alg1-201ENSMUST00000049207 1669 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.36■□□□□ 0.85
Col6a1Q04857 Clta-203ENSMUST00000107847 1121 ntTSL 5 BASIC20.36■□□□□ 0.85
Col6a1Q04857 D930007J09Rik-201ENSMUST00000057911 393 ntAPPRIS P1 BASIC20.36■□□□□ 0.85
Col6a1Q04857 1700065D16Rik-204ENSMUST00000189348 1540 ntTSL 2 BASIC20.36■□□□□ 0.85
Col6a1Q04857 Kansl1-204ENSMUST00000106972 5427 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.36■□□□□ 0.85
Col6a1Q04857 Atp10a-201ENSMUST00000168747 5419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
Col6a1Q04857 Laptm4a-201ENSMUST00000020909 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
Col6a1Q04857 Agtpbp1-222ENSMUST00000171606 3037 ntTSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
Col6a1Q04857 5730507C01Rik-201ENSMUST00000063216 2431 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
Col6a1Q04857 Nr2f1-201ENSMUST00000091458 3207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
Col6a1Q04857 Tcf7l1-202ENSMUST00000114053 1888 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
Col6a1Q04857 Xk-201ENSMUST00000015486 5076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
Col6a1Q04857 Gtf2a2-204ENSMUST00000119905 622 ntTSL 2 BASIC20.35■□□□□ 0.85
Col6a1Q04857 Lce1m-201ENSMUST00000029520 874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
Col6a1Q04857 Wipi2-202ENSMUST00000110778 1959 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.35■□□□□ 0.85
Col6a1Q04857 Lhx2-203ENSMUST00000143783 1696 ntTSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
Col6a1Q04857 Gm8668-201ENSMUST00000120559 1447 ntBASIC20.35■□□□□ 0.85
Col6a1Q04857 Rasgef1a-201ENSMUST00000164960 3284 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.35■□□□□ 0.85
Col6a1Q04857 Hook2-203ENSMUST00000209764 2516 ntTSL 5 BASIC20.34■□□□□ 0.85
Col6a1Q04857 Gm16262-201ENSMUST00000162306 1751 ntTSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
Col6a1Q04857 Ghrhr-202ENSMUST00000203241 1328 ntTSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
Col6a1Q04857 Abhd8-201ENSMUST00000008094 1978 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
Col6a1Q04857 Ltbp3-201ENSMUST00000081496 5190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.34■□□□□ 0.85
Col6a1Q04857 Gm5901-201ENSMUST00000106805 1140 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.34■□□□□ 0.85
Col6a1Q04857 Elof1-204ENSMUST00000214394 567 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.34■□□□□ 0.85
Col6a1Q04857 AC175538.1-201ENSMUST00000225343 1269 ntBASIC20.34■□□□□ 0.85
Col6a1Q04857 Dnajb2-201ENSMUST00000055223 1199 ntTSL 5 BASIC20.34■□□□□ 0.85
Col6a1Q04857 Gm10549-201ENSMUST00000097634 450 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.34■□□□□ 0.85
Col6a1Q04857 Rbm38-204ENSMUST00000173393 2071 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.34■□□□□ 0.85
Col6a1Q04857 Bend7-204ENSMUST00000184139 2251 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
Col6a1Q04857 Espn-208ENSMUST00000105654 1566 ntTSL 5 BASIC20.34■□□□□ 0.85
Col6a1Q04857 Il17re-205ENSMUST00000203661 2118 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
Col6a1Q04857 Wdr41-202ENSMUST00000159647 2289 ntTSL 5 BASIC20.33■□□□□ 0.85
Col6a1Q04857 Wdr41-206ENSMUST00000167155 2289 ntTSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
Col6a1Q04857 Psmd4-202ENSMUST00000107237 1332 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
Col6a1Q04857 Tsen2-203ENSMUST00000130425 638 ntTSL 3 BASIC20.33■□□□□ 0.85
Col6a1Q04857 Arl4aos-201ENSMUST00000135883 748 ntTSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
Col6a1Q04857 Bcl7c-205ENSMUST00000205977 891 ntTSL 2 BASIC20.33■□□□□ 0.85
Col6a1Q04857 Mcrip2-201ENSMUST00000026828 816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
Col6a1Q04857 Exosc3-201ENSMUST00000030003 1077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
Col6a1Q04857 Lat-201ENSMUST00000032997 1235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
Col6a1Q04857 Prrg2-201ENSMUST00000007981 1295 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
Col6a1Q04857 Lrig1-202ENSMUST00000101126 4951 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.84
Col6a1Q04857 Qrich1-206ENSMUST00000193258 2291 ntTSL 2 BASIC20.33■□□□□ 0.84
Col6a1Q04857 Tbc1d25-201ENSMUST00000039892 2648 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.84
Col6a1Q04857 Tesmin-204ENSMUST00000151341 2013 ntTSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
Col6a1Q04857 Sybu-208ENSMUST00000228057 3026 ntAPPRIS ALT2 BASIC20.32■□□□□ 0.84
Col6a1Q04857 5033417F24Rik-201ENSMUST00000181575 1787 ntTSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
Col6a1Q04857 Slc22a23-201ENSMUST00000040336 6251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
Col6a1Q04857 Snrnp35-202ENSMUST00000111453 1181 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.32■□□□□ 0.84
Col6a1Q04857 Atf7ip2-204ENSMUST00000119023 1048 ntTSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
Col6a1Q04857 Mrps10-204ENSMUST00000120737 1017 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
Col6a1Q04857 Coro7-202ENSMUST00000090480 1147 ntTSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
Col6a1Q04857 Gga2-201ENSMUST00000033160 4915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
Col6a1Q04857 Acvrl1-202ENSMUST00000117984 1852 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.32■□□□□ 0.84
Col6a1Q04857 Cisd2-202ENSMUST00000120988 1363 ntTSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
Col6a1Q04857 Tmem145-201ENSMUST00000108409 2298 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.32■□□□□ 0.84
Col6a1Q04857 Fam83d-201ENSMUST00000029183 2266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
Col6a1Q04857 Schip1-206ENSMUST00000182719 2156 ntTSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
Col6a1Q04857 C230037L18Rik-201ENSMUST00000136218 1886 ntTSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
Col6a1Q04857 Mpg-201ENSMUST00000020528 1737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
Col6a1Q04857 Cstf2-202ENSMUST00000113286 2717 ntTSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
Col6a1Q04857 Klhl32-201ENSMUST00000084781 2287 ntTSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
Col6a1Q04857 Fev-202ENSMUST00000159232 928 ntTSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
Col6a1Q04857 Fuz-209ENSMUST00000208179 1164 ntTSL 5 BASIC20.31■□□□□ 0.84
Col6a1Q04857 Mast4-202ENSMUST00000164111 2350 ntTSL 2 BASIC20.31■□□□□ 0.84
Col6a1Q04857 Nt5c3b-204ENSMUST00000107398 1635 ntTSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
Col6a1Q04857 Vstm2b-203ENSMUST00000205845 1455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
Col6a1Q04857 Hes1-201ENSMUST00000023171 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
Col6a1Q04857 2200002D01Rik-201ENSMUST00000032808 1466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
Col6a1Q04857 Stim2-201ENSMUST00000117661 4934 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
Col6a1Q04857 Atf5-202ENSMUST00000107893 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
Col6a1Q04857 Zmym3-202ENSMUST00000117637 1593 ntTSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
Col6a1Q04857 Sost-201ENSMUST00000001534 2066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
Col6a1Q04857 Slc2a8-204ENSMUST00000153484 1168 ntTSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 20.8 ms