Protein–RNA interactions for Protein: Q00780

Col8a1, Collagen alpha-1(VIII) chain, mousemouse

Predictions only

Length 744 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col8a1Q00780 Espn-208ENSMUST00000105654 1566 ntTSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
Col8a1Q00780 Snrnp35-202ENSMUST00000111453 1181 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.72■□□□□ 0.11
Col8a1Q00780 Atf7ip2-204ENSMUST00000119023 1048 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
Col8a1Q00780 Tppp3-201ENSMUST00000014990 1127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
Col8a1Q00780 Smim22-201ENSMUST00000178155 429 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
Col8a1Q00780 Alkbh1-212ENSMUST00000185301 408 ntBASIC15.72■□□□□ 0.11
Col8a1Q00780 Lsm1-203ENSMUST00000211168 343 ntTSL 3 BASIC15.72■□□□□ 0.11
Col8a1Q00780 Gsx2-201ENSMUST00000040477 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
Col8a1Q00780 Mindy2-201ENSMUST00000049031 8081 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
Col8a1Q00780 Tmem132d-201ENSMUST00000044441 6139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
Col8a1Q00780 Trak1-208ENSMUST00000210636 2197 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
Col8a1Q00780 Tspan4-201ENSMUST00000026585 1466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
Col8a1Q00780 Meg3-207ENSMUST00000143836 1896 ntTSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
Col8a1Q00780 Tead2-201ENSMUST00000033060 2140 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
Col8a1Q00780 Agpat3-202ENSMUST00000105387 1316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
Col8a1Q00780 Psmd4-202ENSMUST00000107237 1332 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
Col8a1Q00780 Mgea5-201ENSMUST00000026243 5024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
Col8a1Q00780 Tmem263-201ENSMUST00000095383 3616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
Col8a1Q00780 Rora-202ENSMUST00000113624 2591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
Col8a1Q00780 Alad-202ENSMUST00000107444 1247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
Col8a1Q00780 Tmem80-202ENSMUST00000126510 959 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.71■□□□□ 0.11
Col8a1Q00780 Snx15-207ENSMUST00000154601 767 ntTSL 5 BASIC15.71■□□□□ 0.11
Col8a1Q00780 Gm20033-201ENSMUST00000180470 572 ntTSL 3 BASIC15.71■□□□□ 0.11
Col8a1Q00780 Gm37939-201ENSMUST00000192309 447 ntTSL 5 BASIC15.71■□□□□ 0.11
Col8a1Q00780 Gm10517-202ENSMUST00000192970 758 ntBASIC15.71■□□□□ 0.11
Col8a1Q00780 Fuz-209ENSMUST00000208179 1164 ntTSL 5 BASIC15.71■□□□□ 0.11
Col8a1Q00780 Wdr74-202ENSMUST00000210512 1078 ntTSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
Col8a1Q00780 AC175538.1-201ENSMUST00000225343 1269 ntBASIC15.71■□□□□ 0.11
Col8a1Q00780 Hsbp1-201ENSMUST00000034300 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
Col8a1Q00780 Grrp1-201ENSMUST00000060050 1226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
Col8a1Q00780 3110070M22Rik-201ENSMUST00000099148 1123 ntAPPRIS P1 BASIC15.71■□□□□ 0.11
Col8a1Q00780 B430319F04Rik-201ENSMUST00000209731 2669 ntBASIC15.71■□□□□ 0.11
Col8a1Q00780 Zfp105-201ENSMUST00000051667 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
Col8a1Q00780 Cav2-201ENSMUST00000000058 2733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
Col8a1Q00780 Alg5-201ENSMUST00000044567 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.1
Col8a1Q00780 Gm9934-201ENSMUST00000098303 2077 ntTSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.1
Col8a1Q00780 Slc39a10-201ENSMUST00000027131 5498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.1
Col8a1Q00780 4930461C15Rik-201ENSMUST00000133622 1302 ntTSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
Col8a1Q00780 Pkmyt1-201ENSMUST00000024701 2039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
Col8a1Q00780 Inppl1-202ENSMUST00000165052 4730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
Col8a1Q00780 Zfp523-202ENSMUST00000073534 2654 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.7■□□□□ 0.1
Col8a1Q00780 Sox17-208ENSMUST00000195555 1977 ntTSL 5 BASIC15.7■□□□□ 0.1
Col8a1Q00780 Rcbtb2-217ENSMUST00000167401 868 ntTSL 5 BASIC15.7■□□□□ 0.1
Col8a1Q00780 Uchl3-201ENSMUST00000002289 903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
Col8a1Q00780 Exosc3-201ENSMUST00000030003 1077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
Col8a1Q00780 Uchl1-201ENSMUST00000031131 1177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
Col8a1Q00780 Atf5-202ENSMUST00000107893 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
Col8a1Q00780 Gm43672-201ENSMUST00000199072 1731 ntBASIC15.7■□□□□ 0.1
Col8a1Q00780 Stx4a-201ENSMUST00000033075 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
Col8a1Q00780 Dmwd-202ENSMUST00000108479 2388 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.7■□□□□ 0.1
Col8a1Q00780 Dmrt1-201ENSMUST00000025755 2340 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
Col8a1Q00780 Grsf1-201ENSMUST00000078945 2538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
Col8a1Q00780 Rell2-210ENSMUST00000176104 2150 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.69■□□□□ 0.1
Col8a1Q00780 Hccs-202ENSMUST00000112115 2473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
Col8a1Q00780 Nxt1-202ENSMUST00000109961 1116 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.69■□□□□ 0.1
Col8a1Q00780 Nkx2-2-203ENSMUST00000109970 1053 ntTSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
Col8a1Q00780 Mal2-201ENSMUST00000025356 2950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
Col8a1Q00780 Nxt1-201ENSMUST00000047177 956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
Col8a1Q00780 5730488B01Rik-201ENSMUST00000192889 2311 ntBASIC15.69■□□□□ 0.1
Col8a1Q00780 Vstm2b-203ENSMUST00000205845 1455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
Col8a1Q00780 Mknk2-205ENSMUST00000200082 3439 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
Col8a1Q00780 Sost-201ENSMUST00000001534 2066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
Col8a1Q00780 Noa1-201ENSMUST00000047860 2288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
Col8a1Q00780 Usp36-202ENSMUST00000106296 5655 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.69■□□□□ 0.1
Col8a1Q00780 Jph1-201ENSMUST00000038382 4809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
Col8a1Q00780 Fmnl2-203ENSMUST00000090952 5414 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.69■□□□□ 0.1
Col8a1Q00780 Ergic3-202ENSMUST00000088650 1349 ntTSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
Col8a1Q00780 Lmo4-203ENSMUST00000121796 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
Col8a1Q00780 Wasf3-201ENSMUST00000016143 5196 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
Col8a1Q00780 Gm37711-201ENSMUST00000194907 1749 ntTSL 5 BASIC15.68■□□□□ 0.1
Col8a1Q00780 Smarcd3-208ENSMUST00000195943 1712 ntTSL 5 BASIC15.68■□□□□ 0.1
Col8a1Q00780 Smarcd3-201ENSMUST00000030791 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
Col8a1Q00780 Tril-201ENSMUST00000127748 5363 ntAPPRIS P1 BASIC15.68■□□□□ 0.1
Col8a1Q00780 Dennd6a-201ENSMUST00000037585 6638 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
Col8a1Q00780 Gab2-202ENSMUST00000206791 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
Col8a1Q00780 Grina-201ENSMUST00000023225 1693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
Col8a1Q00780 Tekt1-203ENSMUST00000108503 1397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
Col8a1Q00780 Atp5g1-203ENSMUST00000107686 691 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.68■□□□□ 0.1
Col8a1Q00780 9130019P16Rik-201ENSMUST00000135612 1019 ntTSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
Col8a1Q00780 Samd13-205ENSMUST00000197989 591 ntTSL 5 BASIC15.68■□□□□ 0.1
Col8a1Q00780 Gm9803-201ENSMUST00000057649 563 ntAPPRIS P1 BASIC15.68■□□□□ 0.1
Col8a1Q00780 Birc5-201ENSMUST00000081387 947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
Col8a1Q00780 Ago4-201ENSMUST00000084289 6537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
Col8a1Q00780 Ubxn2a-203ENSMUST00000142867 2146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
Col8a1Q00780 Gm10616-201ENSMUST00000205285 2127 ntBASIC15.68■□□□□ 0.1
Col8a1Q00780 3110053B16Rik-202ENSMUST00000140360 2004 ntTSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
Col8a1Q00780 Mpg-201ENSMUST00000020528 1737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
Col8a1Q00780 Htra2-203ENSMUST00000113963 1629 ntTSL 5 BASIC15.68■□□□□ 0.1
Col8a1Q00780 Tspan9-201ENSMUST00000032503 1405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
Col8a1Q00780 Rfx7-201ENSMUST00000093820 7988 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.67■□□□□ 0.1
Col8a1Q00780 Itsn1-206ENSMUST00000113999 5393 ntTSL 5 BASIC15.67■□□□□ 0.1
Col8a1Q00780 Galnt11-201ENSMUST00000045737 2552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.67■□□□□ 0.1
Col8a1Q00780 Fam229a-201ENSMUST00000106043 558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.67■□□□□ 0.1
Col8a1Q00780 H2-Q6-201ENSMUST00000113879 981 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.67■□□□□ 0.1
Col8a1Q00780 Rpl18-ps2-201ENSMUST00000118863 567 ntBASIC15.67■□□□□ 0.1
Col8a1Q00780 Gm11539-201ENSMUST00000119837 557 ntBASIC15.67■□□□□ 0.1
Col8a1Q00780 Gm13436-201ENSMUST00000120418 567 ntBASIC15.67■□□□□ 0.1
Col8a1Q00780 Gm13559-201ENSMUST00000120476 863 ntBASIC15.67■□□□□ 0.1
Col8a1Q00780 Gm20635-201ENSMUST00000176473 1287 ntTSL 1 (best) BASIC15.67■□□□□ 0.1
Col8a1Q00780 A430033K04Rik-204ENSMUST00000200521 1110 ntTSL 1 (best) BASIC15.67■□□□□ 0.1
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 18.9 ms