Protein–RNA interactions for Protein: Q04857

Col6a1, Collagen alpha-1(VI) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,025 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col6a1Q04857 Pacsin3-201ENSMUST00000028694 1862 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
Col6a1Q04857 Vmn1r17-205ENSMUST00000228342 2230 ntAPPRIS P2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
Col6a1Q04857 Lmtk3-201ENSMUST00000072580 4807 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
Col6a1Q04857 Zfp710-204ENSMUST00000206039 2194 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
Col6a1Q04857 B430219N15Rik-201ENSMUST00000147230 835 ntTSL 2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
Col6a1Q04857 Gm43799-201ENSMUST00000201845 579 ntBASIC20.47■□□□□ 0.87
Col6a1Q04857 Spock1-204ENSMUST00000186271 2005 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
Col6a1Q04857 Casp6-201ENSMUST00000029626 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
Col6a1Q04857 Scamp3-201ENSMUST00000029684 1489 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
Col6a1Q04857 Scrn2-201ENSMUST00000021249 1530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
Col6a1Q04857 Lmbr1l-201ENSMUST00000023736 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
Col6a1Q04857 Slc35b2-201ENSMUST00000041353 2326 ntTSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
Col6a1Q04857 Gatad1-201ENSMUST00000007559 2545 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
Col6a1Q04857 Car11-201ENSMUST00000003360 1585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
Col6a1Q04857 Rbm7-201ENSMUST00000170000 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
Col6a1Q04857 Eif2b4-202ENSMUST00000114603 1966 ntTSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
Col6a1Q04857 Gm38399-201ENSMUST00000112103 1645 ntTSL 2 BASIC20.46■□□□□ 0.87
Col6a1Q04857 Gpr137-202ENSMUST00000099774 1434 ntTSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
Col6a1Q04857 Hrh3-201ENSMUST00000056480 2706 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
Col6a1Q04857 Tsc22d1-214ENSMUST00000177207 1476 ntTSL 3 BASIC20.46■□□□□ 0.87
Col6a1Q04857 Mob2-201ENSMUST00000084418 1490 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
Col6a1Q04857 Gm26643-201ENSMUST00000180854 1274 ntTSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
Col6a1Q04857 Hsf1-204ENSMUST00000226872 2104 ntBASIC20.46■□□□□ 0.87
Col6a1Q04857 Mcam-201ENSMUST00000034650 2989 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
Col6a1Q04857 Tor2a-201ENSMUST00000009707 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
Col6a1Q04857 Nectin1-201ENSMUST00000034510 5653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
Col6a1Q04857 Adap2-201ENSMUST00000021050 1785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
Col6a1Q04857 Rela-201ENSMUST00000025867 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
Col6a1Q04857 Bspry-202ENSMUST00000107449 2167 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
Col6a1Q04857 Pomgnt1-203ENSMUST00000106498 2719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
Col6a1Q04857 Celf6-203ENSMUST00000118549 2973 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.45■□□□□ 0.86
Col6a1Q04857 Gm13158-201ENSMUST00000122007 736 ntBASIC20.45■□□□□ 0.86
Col6a1Q04857 Qdpr-208ENSMUST00000197946 1206 ntTSL 5 BASIC20.45■□□□□ 0.86
Col6a1Q04857 Eif3h-201ENSMUST00000022925 1295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
Col6a1Q04857 Nudt8-202ENSMUST00000025802 787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
Col6a1Q04857 Cenps-201ENSMUST00000030813 1110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
Col6a1Q04857 Pdcd2-201ENSMUST00000054450 1120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
Col6a1Q04857 Grrp1-201ENSMUST00000060050 1226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
Col6a1Q04857 Gm9725-202ENSMUST00000166229 2326 ntTSL 5 BASIC20.45■□□□□ 0.86
Col6a1Q04857 Ythdf1-201ENSMUST00000037299 3184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
Col6a1Q04857 Spry1-202ENSMUST00000108107 2773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
Col6a1Q04857 Fkbp1a-201ENSMUST00000044011 1658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
Col6a1Q04857 Gm45472-201ENSMUST00000211295 1426 ntTSL 5 BASIC20.44■□□□□ 0.86
Col6a1Q04857 Tcf7-202ENSMUST00000109071 1742 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
Col6a1Q04857 Etnk1-203ENSMUST00000204947 1791 ntTSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
Col6a1Q04857 Hpdl-201ENSMUST00000055436 1804 ntAPPRIS P1 BASIC20.44■□□□□ 0.86
Col6a1Q04857 Sirt1-207ENSMUST00000177694 3353 ntTSL 5 BASIC20.44■□□□□ 0.86
Col6a1Q04857 Gm21362-201ENSMUST00000194272 928 ntBASIC20.44■□□□□ 0.86
Col6a1Q04857 Mrps28-201ENSMUST00000042148 783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
Col6a1Q04857 Aadat-201ENSMUST00000079472 1972 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
Col6a1Q04857 Hoxc6-201ENSMUST00000001711 1581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
Col6a1Q04857 Pgam5-201ENSMUST00000059229 2044 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
Col6a1Q04857 Neto2-205ENSMUST00000216286 2932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
Col6a1Q04857 Rps5-202ENSMUST00000108539 794 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.43■□□□□ 0.86
Col6a1Q04857 Dmrta2os-202ENSMUST00000141893 691 ntTSL 3 BASIC20.43■□□□□ 0.86
Col6a1Q04857 Pthlh-202ENSMUST00000204197 1281 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.43■□□□□ 0.86
Col6a1Q04857 Avp-201ENSMUST00000046001 577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
Col6a1Q04857 Nrn1l-201ENSMUST00000060167 617 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
Col6a1Q04857 Noa1-201ENSMUST00000047860 2288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
Col6a1Q04857 Sema6d-204ENSMUST00000078621 6372 ntTSL 5 BASIC20.43■□□□□ 0.86
Col6a1Q04857 Snapc3-201ENSMUST00000030206 1405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
Col6a1Q04857 Smim10l2a-201ENSMUST00000068106 2393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
Col6a1Q04857 Sfmbt2-204ENSMUST00000114864 1901 ntTSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
Col6a1Q04857 Pdpk1-205ENSMUST00000115411 1724 ntTSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
Col6a1Q04857 Coq9-201ENSMUST00000034234 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
Col6a1Q04857 Arfrp1-203ENSMUST00000127988 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
Col6a1Q04857 Smim14-202ENSMUST00000121661 1056 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.42■□□□□ 0.86
Col6a1Q04857 Comtd1-204ENSMUST00000177527 714 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.42■□□□□ 0.86
Col6a1Q04857 Grhpr-201ENSMUST00000045078 1280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
Col6a1Q04857 1700020N01Rik-201ENSMUST00000057341 1062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
Col6a1Q04857 Limd2-202ENSMUST00000064545 798 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.42■□□□□ 0.86
Col6a1Q04857 Paqr3-201ENSMUST00000069453 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
Col6a1Q04857 Fgfrl1-201ENSMUST00000013633 2329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
Col6a1Q04857 Hcn2-201ENSMUST00000020581 3089 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.41■□□□□ 0.86
Col6a1Q04857 2210408F21Rik-208ENSMUST00000144612 450 ntTSL 3 BASIC20.41■□□□□ 0.86
Col6a1Q04857 Gm42477-201ENSMUST00000202427 469 ntTSL 3 BASIC20.41■□□□□ 0.86
Col6a1Q04857 Gm10459-201ENSMUST00000202708 1155 ntBASIC20.41■□□□□ 0.86
Col6a1Q04857 Kcnn4-203ENSMUST00000205626 461 ntTSL 5 BASIC20.41■□□□□ 0.86
Col6a1Q04857 AC163280.1-201ENSMUST00000228194 1100 ntBASIC20.41■□□□□ 0.86
Col6a1Q04857 Nme2-202ENSMUST00000072566 734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
Col6a1Q04857 Npw-201ENSMUST00000095544 638 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
Col6a1Q04857 Gdf1-201ENSMUST00000207684 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
Col6a1Q04857 Aqp5-201ENSMUST00000088200 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
Col6a1Q04857 Lrrc73-201ENSMUST00000095262 1384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
Col6a1Q04857 Stk35-201ENSMUST00000165413 2882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
Col6a1Q04857 Slc9a2-203ENSMUST00000192345 2507 ntTSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
Col6a1Q04857 Kcnn4-202ENSMUST00000205428 1945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
Col6a1Q04857 Lrfn4-201ENSMUST00000053597 3194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
Col6a1Q04857 Ahcyl1-201ENSMUST00000029490 3863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
Col6a1Q04857 Uba2-201ENSMUST00000102746 2579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
Col6a1Q04857 Otud5-203ENSMUST00000115666 2471 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.86
Col6a1Q04857 Gm6802-201ENSMUST00000167843 1983 ntBASIC20.39■□□□□ 0.86
Col6a1Q04857 Ak2-202ENSMUST00000102604 1781 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.86
Col6a1Q04857 Gfer-201ENSMUST00000046839 1775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.86
Col6a1Q04857 Med16-204ENSMUST00000165684 2950 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
Col6a1Q04857 Znhit1-203ENSMUST00000111090 698 ntTSL 2 BASIC20.39■□□□□ 0.85
Col6a1Q04857 Ccnd3-ps-201ENSMUST00000117963 881 ntBASIC20.39■□□□□ 0.85
Col6a1Q04857 Ramp2-202ENSMUST00000122006 899 ntTSL 2 BASIC20.39■□□□□ 0.85
Col6a1Q04857 AI480526-205ENSMUST00000160255 1095 ntTSL 5 BASIC20.39■□□□□ 0.85
Col6a1Q04857 Gm5417-201ENSMUST00000079706 384 ntBASIC20.39■□□□□ 0.85
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 20.6 ms