Protein–RNA interactions for Protein: Q8C9S8

Atg4a, Cysteine protease ATG4A, mousemouse

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Length 396 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Atg4aQ8C9S8 Mmp24-201ENSMUST00000029141 4306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
Atg4aQ8C9S8 Tmem245-202ENSMUST00000107609 2643 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
Atg4aQ8C9S8 Dpf1-203ENSMUST00000108230 1553 ntTSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
Atg4aQ8C9S8 Ndel1-203ENSMUST00000108672 1653 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
Atg4aQ8C9S8 Esco1-202ENSMUST00000097670 2088 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.23
Atg4aQ8C9S8 Pparg-202ENSMUST00000171644 2125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.23
Atg4aQ8C9S8 Thra-201ENSMUST00000064187 2452 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
Atg4aQ8C9S8 Klhdc10-202ENSMUST00000068259 5901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
Atg4aQ8C9S8 Mark2-203ENSMUST00000051711 2867 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
Atg4aQ8C9S8 Gm15298-201ENSMUST00000145916 1212 ntTSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
Atg4aQ8C9S8 Mpig6b-202ENSMUST00000174190 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
Atg4aQ8C9S8 Galk1-201ENSMUST00000021114 1406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
Atg4aQ8C9S8 Gm42922-201ENSMUST00000195887 2078 ntBASIC22.7■■□□□ 1.22
Atg4aQ8C9S8 Paics-201ENSMUST00000031160 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
Atg4aQ8C9S8 Gspt1-201ENSMUST00000080030 2898 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
Atg4aQ8C9S8 Prkaca-201ENSMUST00000005606 2276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
Atg4aQ8C9S8 Igsf8-202ENSMUST00000085912 2182 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
Atg4aQ8C9S8 Prr22-201ENSMUST00000168666 1350 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.69■■□□□ 1.22
Atg4aQ8C9S8 Gdf1-201ENSMUST00000207684 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
Atg4aQ8C9S8 E130307A14Rik-208ENSMUST00000145971 830 ntTSL 3 BASIC22.69■■□□□ 1.22
Atg4aQ8C9S8 Psmb5-201ENSMUST00000022803 899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
Atg4aQ8C9S8 B4galt6-201ENSMUST00000070080 5808 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
Atg4aQ8C9S8 Thumpd2-201ENSMUST00000025093 1856 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
Atg4aQ8C9S8 Iqsec1-210ENSMUST00000212100 3500 ntTSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
Atg4aQ8C9S8 Idnk-202ENSMUST00000109868 1462 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
Atg4aQ8C9S8 Dmtn-210ENSMUST00000228824 2377 ntBASIC22.68■■□□□ 1.22
Atg4aQ8C9S8 Gm13441-201ENSMUST00000140104 1168 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
Atg4aQ8C9S8 Gm27405-201ENSMUST00000184201 112 ntBASIC22.68■■□□□ 1.22
Atg4aQ8C9S8 AC142113.1-201ENSMUST00000214931 801 ntTSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
Atg4aQ8C9S8 Cxxc1-201ENSMUST00000025444 2618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
Atg4aQ8C9S8 Dtwd2-201ENSMUST00000025383 2476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
Atg4aQ8C9S8 Sh2b3-203ENSMUST00000118580 2393 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
Atg4aQ8C9S8 Ipmk-201ENSMUST00000079252 5447 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
Atg4aQ8C9S8 Aamp-201ENSMUST00000006462 1817 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
Atg4aQ8C9S8 Bhlhe22-201ENSMUST00000026120 3344 ntAPPRIS P1 BASIC22.67■■□□□ 1.22
Atg4aQ8C9S8 Jsrp1-201ENSMUST00000020435 955 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
Atg4aQ8C9S8 Cst3-201ENSMUST00000028938 860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
Atg4aQ8C9S8 Tmem53-201ENSMUST00000062824 991 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
Atg4aQ8C9S8 Gm43672-201ENSMUST00000199072 1731 ntBASIC22.67■■□□□ 1.22
Atg4aQ8C9S8 9330171B17Rik-201ENSMUST00000035939 2073 ntBASIC22.67■■□□□ 1.22
Atg4aQ8C9S8 Lrfn4-202ENSMUST00000113822 2918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
Atg4aQ8C9S8 Map6-202ENSMUST00000107100 2335 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
Atg4aQ8C9S8 Cacng4-201ENSMUST00000021066 3500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
Atg4aQ8C9S8 Neurl4-213ENSMUST00000177476 4952 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
Atg4aQ8C9S8 Gm11627-201ENSMUST00000107080 585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
Atg4aQ8C9S8 Vax2-201ENSMUST00000037807 1242 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
Atg4aQ8C9S8 Rraga-201ENSMUST00000091064 1618 ntAPPRIS P1 BASIC22.66■■□□□ 1.22
Atg4aQ8C9S8 Ehmt2-201ENSMUST00000013931 4026 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
Atg4aQ8C9S8 Ism1-201ENSMUST00000099307 2944 ntTSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
Atg4aQ8C9S8 Arrb2-204ENSMUST00000102564 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
Atg4aQ8C9S8 Acot5-202ENSMUST00000072505 1401 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
Atg4aQ8C9S8 Cnpy1-201ENSMUST00000117098 2661 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
Atg4aQ8C9S8 Gfra3-201ENSMUST00000025224 1992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
Atg4aQ8C9S8 Gnptg-202ENSMUST00000115154 2249 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
Atg4aQ8C9S8 Smox-209ENSMUST00000110189 1919 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
Atg4aQ8C9S8 B3galnt2-207ENSMUST00000221974 2439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
Atg4aQ8C9S8 Speg-206ENSMUST00000122266 917 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
Atg4aQ8C9S8 Gm37805-201ENSMUST00000192612 1094 ntBASIC22.65■■□□□ 1.22
Atg4aQ8C9S8 A730056A06Rik-202ENSMUST00000206959 526 ntTSL 3 BASIC22.65■■□□□ 1.22
Atg4aQ8C9S8 Nr2c2ap-202ENSMUST00000211898 1078 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
Atg4aQ8C9S8 Gm45890-202ENSMUST00000212188 1052 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
Atg4aQ8C9S8 Blcap-201ENSMUST00000088494 2108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
Atg4aQ8C9S8 Tuba3a-201ENSMUST00000088246 1509 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
Atg4aQ8C9S8 Tmie-201ENSMUST00000050958 2802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
Atg4aQ8C9S8 Igfbpl1-201ENSMUST00000044297 2864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
Atg4aQ8C9S8 Pank2-204ENSMUST00000150843 4266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
Atg4aQ8C9S8 Prmt3-201ENSMUST00000032715 2507 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
Atg4aQ8C9S8 Kctd15-201ENSMUST00000032709 2480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
Atg4aQ8C9S8 3110062M04Rik-202ENSMUST00000115006 1501 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
Atg4aQ8C9S8 Prcd-201ENSMUST00000106381 724 ntTSL 3 BASIC22.64■■□□□ 1.21
Atg4aQ8C9S8 Stx6-209ENSMUST00000195302 955 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
Atg4aQ8C9S8 Foxj1-201ENSMUST00000036215 2623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
Atg4aQ8C9S8 Nkd1-203ENSMUST00000211113 1474 ntTSL 5 BASIC22.64■■□□□ 1.21
Atg4aQ8C9S8 Gm45906-201ENSMUST00000208911 1430 ntBASIC22.64■■□□□ 1.21
Atg4aQ8C9S8 Trmt61a-201ENSMUST00000084947 2433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
Atg4aQ8C9S8 Gpr137c-207ENSMUST00000227086 4997 ntAPPRIS ALT2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
Atg4aQ8C9S8 Pxdc1-202ENSMUST00000053459 2684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
Atg4aQ8C9S8 Akp3-201ENSMUST00000044878 1680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
Atg4aQ8C9S8 Atraid-201ENSMUST00000013766 966 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
Atg4aQ8C9S8 Map1lc3b-203ENSMUST00000181521 775 ntTSL 3 BASIC22.63■■□□□ 1.21
Atg4aQ8C9S8 Uqcc2-201ENSMUST00000025045 500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
Atg4aQ8C9S8 Chrac1-201ENSMUST00000089765 871 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
Atg4aQ8C9S8 Tm9sf3-201ENSMUST00000025989 6144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
Atg4aQ8C9S8 Gm43213-201ENSMUST00000151866 1790 ntBASIC22.63■■□□□ 1.21
Atg4aQ8C9S8 Agap2-201ENSMUST00000039259 5633 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
Atg4aQ8C9S8 Klhdc1-201ENSMUST00000063445 2620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
Atg4aQ8C9S8 Fbxo47-201ENSMUST00000093939 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
Atg4aQ8C9S8 2610528J11Rik-202ENSMUST00000106367 736 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
Atg4aQ8C9S8 Gm7291-201ENSMUST00000199147 382 ntBASIC22.62■■□□□ 1.21
Atg4aQ8C9S8 AC133650.2-201ENSMUST00000217036 607 ntTSL 3 BASIC22.62■■□□□ 1.21
Atg4aQ8C9S8 Fkbp11-201ENSMUST00000003445 731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
Atg4aQ8C9S8 Car11-201ENSMUST00000003360 1585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
Atg4aQ8C9S8 Insig2-201ENSMUST00000003818 2697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
Atg4aQ8C9S8 Atp2b2-208ENSMUST00000205052 5658 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
Atg4aQ8C9S8 Gpr162-204ENSMUST00000204667 2855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
Atg4aQ8C9S8 Csf1-203ENSMUST00000120243 2097 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
Atg4aQ8C9S8 Ap2m1-202ENSMUST00000090023 2080 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
Atg4aQ8C9S8 Gm9780-201ENSMUST00000184272 350 ntTSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
Atg4aQ8C9S8 Gm42555-201ENSMUST00000199304 1039 ntBASIC22.61■■□□□ 1.21
Atg4aQ8C9S8 AC107452.1-201ENSMUST00000227963 481 ntBASIC22.61■■□□□ 1.21
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 33 ms