Protein–RNA interactions for Protein: P08121

Col3a1, Collagen alpha-1(III) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,464 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col3a1P08121 Sbspon-201ENSMUST00000040695 2748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
Col3a1P08121 Lin7a-203ENSMUST00000218031 1769 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
Col3a1P08121 Tmbim1-201ENSMUST00000016309 2378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
Col3a1P08121 C430049E01Rik-201ENSMUST00000207913 1820 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
Col3a1P08121 Tnfaip8l2-201ENSMUST00000013851 1122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
Col3a1P08121 Arpc4-202ENSMUST00000171058 695 ntTSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
Col3a1P08121 Gm37805-201ENSMUST00000192612 1094 ntBASIC22.36■■□□□ 1.17
Col3a1P08121 AC153881.1-201ENSMUST00000214448 284 ntBASIC22.36■■□□□ 1.17
Col3a1P08121 Ssbp3-201ENSMUST00000030367 3195 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
Col3a1P08121 Fgfr3-202ENSMUST00000087820 2630 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
Col3a1P08121 Kras-201ENSMUST00000032399 4678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
Col3a1P08121 R3hdm4-201ENSMUST00000045628 1898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
Col3a1P08121 Gm9725-202ENSMUST00000166229 2326 ntTSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
Col3a1P08121 D030062O11Rik-201ENSMUST00000192660 2806 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
Col3a1P08121 Ngb-201ENSMUST00000021420 1616 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
Col3a1P08121 Il15ra-201ENSMUST00000078834 1600 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
Col3a1P08121 Gm20634-201ENSMUST00000090779 2956 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
Col3a1P08121 Arhgap44-202ENSMUST00000093001 2256 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
Col3a1P08121 Crtap-201ENSMUST00000084881 1674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
Col3a1P08121 Ghrhr-202ENSMUST00000203241 1328 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
Col3a1P08121 Chd3os-201ENSMUST00000129321 2081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
Col3a1P08121 Mir6982-201ENSMUST00000184354 68 ntBASIC22.34■■□□□ 1.17
Col3a1P08121 Creb1-207ENSMUST00000187811 1255 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
Col3a1P08121 AC107452.1-201ENSMUST00000227963 481 ntBASIC22.34■■□□□ 1.17
Col3a1P08121 Mgat4b-201ENSMUST00000041725 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
Col3a1P08121 Commd7-202ENSMUST00000109782 1343 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
Col3a1P08121 Slc35f4-202ENSMUST00000123534 2748 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
Col3a1P08121 Rnf146-203ENSMUST00000160372 1948 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
Col3a1P08121 Shox2-201ENSMUST00000029422 3079 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
Col3a1P08121 Iscu-202ENSMUST00000112311 1395 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
Col3a1P08121 Ergic3-201ENSMUST00000006035 1377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
Col3a1P08121 Eif2b4-202ENSMUST00000114603 1966 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
Col3a1P08121 Rwdd1-201ENSMUST00000019917 1090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
Col3a1P08121 Gm16475-201ENSMUST00000207306 512 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
Col3a1P08121 Elof1-204ENSMUST00000214394 567 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
Col3a1P08121 Ckm-201ENSMUST00000003643 1235 ntTSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
Col3a1P08121 Mrpl3-205ENSMUST00000149243 2309 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
Col3a1P08121 P2rx4-202ENSMUST00000081554 1887 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
Col3a1P08121 Tmem91-201ENSMUST00000079439 877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
Col3a1P08121 Zfp783-201ENSMUST00000095946 670 ntBASIC22.33■■□□□ 1.16
Col3a1P08121 Lamp1-201ENSMUST00000033824 2229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
Col3a1P08121 Esco1-202ENSMUST00000097670 2088 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
Col3a1P08121 Klhdc4-205ENSMUST00000174192 1584 ntTSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
Col3a1P08121 Zmynd10-201ENSMUST00000010188 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
Col3a1P08121 Gp5-201ENSMUST00000061190 2196 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
Col3a1P08121 2700046G09Rik-201ENSMUST00000181612 1641 ntTSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
Col3a1P08121 Atox1-201ENSMUST00000108857 541 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
Col3a1P08121 H2-K2-201ENSMUST00000174250 1049 ntBASIC22.32■■□□□ 1.16
Col3a1P08121 Vps26a-201ENSMUST00000092473 2712 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
Col3a1P08121 6030445D17Rik-201ENSMUST00000084593 1728 ntAPPRIS P1 BASIC22.32■■□□□ 1.16
Col3a1P08121 Pno1-201ENSMUST00000020317 1544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
Col3a1P08121 Gm45736-201ENSMUST00000210592 1352 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
Col3a1P08121 Myef2-209ENSMUST00000152367 2071 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
Col3a1P08121 Donson-202ENSMUST00000114031 2147 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
Col3a1P08121 Gabarapl1-202ENSMUST00000204487 902 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
Col3a1P08121 Stard10-211ENSMUST00000210192 1258 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
Col3a1P08121 Gm6209-202ENSMUST00000194629 1506 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
Col3a1P08121 Gm16386-201ENSMUST00000181397 1423 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
Col3a1P08121 Strn3-201ENSMUST00000013130 3046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
Col3a1P08121 K230015D01Rik-201ENSMUST00000211969 1516 ntBASIC22.3■■□□□ 1.16
Col3a1P08121 Gm15378-201ENSMUST00000121894 207 ntBASIC22.3■■□□□ 1.16
Col3a1P08121 Ost4-201ENSMUST00000132034 576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
Col3a1P08121 6530437J22Rik-201ENSMUST00000207515 773 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
Col3a1P08121 AC154649.1-201ENSMUST00000227392 384 ntBASIC22.3■■□□□ 1.16
Col3a1P08121 Tifa-201ENSMUST00000054483 2245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
Col3a1P08121 Smad2-205ENSMUST00000168423 2857 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
Col3a1P08121 Bicdl1-203ENSMUST00000118576 1874 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
Col3a1P08121 Mfsd10-201ENSMUST00000001109 1907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
Col3a1P08121 Dcbld1-201ENSMUST00000069004 3024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
Col3a1P08121 Rps14-202ENSMUST00000118551 602 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
Col3a1P08121 Gtf2a2-204ENSMUST00000119905 622 ntTSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
Col3a1P08121 Tex30-204ENSMUST00000128190 1275 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
Col3a1P08121 Dohh-206ENSMUST00000131968 672 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.29■■□□□ 1.16
Col3a1P08121 Fev-202ENSMUST00000159232 928 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
Col3a1P08121 Moap1-202ENSMUST00000178384 1284 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
Col3a1P08121 Rrs1-201ENSMUST00000072079 2048 ntAPPRIS P1 BASIC22.29■■□□□ 1.16
Col3a1P08121 Dscc1-202ENSMUST00000110231 1499 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
Col3a1P08121 Stx18-201ENSMUST00000031008 1471 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
Col3a1P08121 Cpne2-201ENSMUST00000048653 2342 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
Col3a1P08121 Cdkl3-206ENSMUST00000109079 2051 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
Col3a1P08121 Cdkl3-208ENSMUST00000109081 2063 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
Col3a1P08121 Mthfsl-201ENSMUST00000113110 801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
Col3a1P08121 Mthfs-203ENSMUST00000118870 705 ntTSL 3 BASIC22.28■■□□□ 1.16
Col3a1P08121 Gm14321-201ENSMUST00000127441 632 ntTSL 3 BASIC22.28■■□□□ 1.16
Col3a1P08121 Cmc1-202ENSMUST00000215799 531 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
Col3a1P08121 Mthfs-201ENSMUST00000085256 816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
Col3a1P08121 Gm26694-201ENSMUST00000180868 1902 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
Col3a1P08121 Csrp2-201ENSMUST00000020403 1384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
Col3a1P08121 Crhr1-201ENSMUST00000093925 2460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
Col3a1P08121 Tm7sf2-202ENSMUST00000113543 1498 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
Col3a1P08121 Naa50-202ENSMUST00000063542 2136 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
Col3a1P08121 Tnfsf11-201ENSMUST00000022592 2236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
Col3a1P08121 Anks1b-225ENSMUST00000182966 1625 ntTSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
Col3a1P08121 Akp3-201ENSMUST00000044878 1680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
Col3a1P08121 Srp68-201ENSMUST00000021133 2526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
Col3a1P08121 Stard3-201ENSMUST00000018311 2070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
Col3a1P08121 Gm715-201ENSMUST00000117865 831 ntBASIC22.28■■□□□ 1.16
Col3a1P08121 Gm13836-201ENSMUST00000121159 501 ntBASIC22.28■■□□□ 1.16
Col3a1P08121 Gm6576-201ENSMUST00000169678 883 ntBASIC22.28■■□□□ 1.16
Col3a1P08121 B4galt4-205ENSMUST00000114712 2168 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 31.7 ms