Protein–RNA interactions for Protein: P48377

Rfx1, MHC class II regulatory factor RFX1, mousemouse

Predictions only

Length 963 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Rfx1P48377 Pomgnt2-201ENSMUST00000084743 2365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
Rfx1P48377 Mpp3-203ENSMUST00000107167 2066 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
Rfx1P48377 Gm3020-202ENSMUST00000167430 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
Rfx1P48377 Gm10409-201ENSMUST00000170123 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
Rfx1P48377 Fam46a-202ENSMUST00000187711 5648 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
Rfx1P48377 Stmn4-201ENSMUST00000074523 1303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
Rfx1P48377 Dbr1-201ENSMUST00000066650 2261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
Rfx1P48377 Bcl9l-206ENSMUST00000220303 5760 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.15
Rfx1P48377 Anks3-201ENSMUST00000023157 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
Rfx1P48377 Slc35d2-201ENSMUST00000099441 2303 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
Rfx1P48377 Gm5464-201ENSMUST00000100453 2156 ntAPPRIS P1 BASIC22.26■■□□□ 1.15
Rfx1P48377 B4gat1-201ENSMUST00000053705 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
Rfx1P48377 Anapc16-204ENSMUST00000182898 1852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
Rfx1P48377 Gls-204ENSMUST00000114513 4966 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
Rfx1P48377 Adgrv1-211ENSMUST00000146749 1592 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
Rfx1P48377 Gm20522-201ENSMUST00000173576 784 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
Rfx1P48377 Mark3-202ENSMUST00000084953 3365 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
Rfx1P48377 Lrfn1-201ENSMUST00000055110 1479 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
Rfx1P48377 Tyw5-209ENSMUST00000162686 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
Rfx1P48377 Grk6-201ENSMUST00000001115 2994 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
Rfx1P48377 Gm11373-201ENSMUST00000129791 2819 ntTSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
Rfx1P48377 1600012H06Rik-202ENSMUST00000164837 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
Rfx1P48377 Foxo3-204ENSMUST00000175881 2535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
Rfx1P48377 1600012H06Rik-201ENSMUST00000052691 2506 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
Rfx1P48377 Sptbn4-207ENSMUST00000172269 8737 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
Rfx1P48377 Atxn7-203ENSMUST00000223880 2946 ntAPPRIS P2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
Rfx1P48377 Ispd-207ENSMUST00000223205 2361 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
Rfx1P48377 Gm3448-203ENSMUST00000179539 787 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
Rfx1P48377 Gm3448-201ENSMUST00000097399 787 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
Rfx1P48377 Ankrd17-214ENSMUST00000218526 4938 ntTSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
Rfx1P48377 Gm37811-201ENSMUST00000192416 2601 ntBASIC22.25■■□□□ 1.15
Rfx1P48377 Deptor-203ENSMUST00000100660 1377 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
Rfx1P48377 Nhlh1-201ENSMUST00000059794 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
Rfx1P48377 Espn-203ENSMUST00000070018 1618 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
Rfx1P48377 Smad7-201ENSMUST00000026999 4278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
Rfx1P48377 Coq10a-201ENSMUST00000043211 1421 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
Rfx1P48377 Creg1-202ENSMUST00000111432 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
Rfx1P48377 Exoc3l2-202ENSMUST00000137613 4016 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
Rfx1P48377 Pnkd-204ENSMUST00000113805 740 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
Rfx1P48377 Ostc-201ENSMUST00000043937 1067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
Rfx1P48377 Gm9922-201ENSMUST00000066461 435 ntAPPRIS P1 BASIC22.24■■□□□ 1.15
Rfx1P48377 Cdc42ep5-201ENSMUST00000076831 1025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
Rfx1P48377 Gmcl1-201ENSMUST00000001185 2949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
Rfx1P48377 Dpys-202ENSMUST00000110306 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
Rfx1P48377 5330438I03Rik-201ENSMUST00000168347 2845 ntBASIC22.23■■□□□ 1.15
Rfx1P48377 2810004N23Rik-201ENSMUST00000034465 2340 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
Rfx1P48377 Smco4-203ENSMUST00000215907 994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
Rfx1P48377 G730003C15Rik-202ENSMUST00000189096 2309 ntBASIC22.23■■□□□ 1.15
Rfx1P48377 Tuba3b-201ENSMUST00000087445 1775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
Rfx1P48377 Gm7856-201ENSMUST00000117514 1493 ntBASIC22.22■■□□□ 1.15
Rfx1P48377 D1Ertd622e-204ENSMUST00000153115 3495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
Rfx1P48377 Hmgxb3-201ENSMUST00000091884 5101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
Rfx1P48377 Usf2-211ENSMUST00000172417 648 ntTSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
Rfx1P48377 Lbx2-201ENSMUST00000041265 817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
Rfx1P48377 Rps2-ps6-201ENSMUST00000095471 855 ntBASIC22.22■■□□□ 1.15
Rfx1P48377 Abcd4-210ENSMUST00000223107 2410 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
Rfx1P48377 Kcnip1-201ENSMUST00000065970 1749 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
Rfx1P48377 Mdfi-201ENSMUST00000035375 1371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
Rfx1P48377 Sertad4-204ENSMUST00000155579 3350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
Rfx1P48377 Etnk1-204ENSMUST00000205256 2647 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
Rfx1P48377 Agmat-201ENSMUST00000038161 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
Rfx1P48377 Krtap5-2-202ENSMUST00000190456 1471 ntAPPRIS P2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
Rfx1P48377 Cdv3-201ENSMUST00000035484 3387 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
Rfx1P48377 4930540M05Rik-201ENSMUST00000180527 2068 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
Rfx1P48377 Mtmr1-201ENSMUST00000015358 4634 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
Rfx1P48377 Atrn-201ENSMUST00000028781 8745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
Rfx1P48377 Bex1-202ENSMUST00000113118 754 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
Rfx1P48377 4930519A11Rik-202ENSMUST00000221053 667 ntTSL 3 BASIC22.21■■□□□ 1.15
Rfx1P48377 Tmco4-202ENSMUST00000050949 3318 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
Rfx1P48377 St3gal2-201ENSMUST00000034197 4396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
Rfx1P48377 1700123O20Rik-201ENSMUST00000038539 1843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
Rfx1P48377 Twist2-201ENSMUST00000007949 1329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
Rfx1P48377 Ccser1-203ENSMUST00000126214 5657 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
Rfx1P48377 Spint2-201ENSMUST00000098604 1384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
Rfx1P48377 Kcnk3-201ENSMUST00000066295 3811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
Rfx1P48377 Hoxd4-202ENSMUST00000111980 1494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
Rfx1P48377 B430218F22Rik-201ENSMUST00000181168 1495 ntAPPRIS P1 BASIC22.21■■□□□ 1.15
Rfx1P48377 Prmt9-201ENSMUST00000056237 2781 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
Rfx1P48377 1700086O06Rik-202ENSMUST00000181871 1564 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
Rfx1P48377 Ttc34-203ENSMUST00000207854 4733 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
Rfx1P48377 Ubtf-206ENSMUST00000107123 2759 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
Rfx1P48377 Gm12922-201ENSMUST00000120626 809 ntBASIC22.2■■□□□ 1.14
Rfx1P48377 Tmem196-202ENSMUST00000183694 845 ntTSL 3 BASIC22.2■■□□□ 1.14
Rfx1P48377 Arid1a-202ENSMUST00000105897 8175 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
Rfx1P48377 Sigmar1-202ENSMUST00000071561 1547 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
Rfx1P48377 Brpf1-204ENSMUST00000113122 4773 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
Rfx1P48377 D030056L22Rik-201ENSMUST00000055792 1631 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
Rfx1P48377 Nr1h2-202ENSMUST00000107910 1948 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
Rfx1P48377 Lrrc57-204ENSMUST00000102499 1961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
Rfx1P48377 Agap3-205ENSMUST00000199856 2685 ntTSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
Rfx1P48377 H3f3a-207ENSMUST00000162814 724 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC22.19■■□□□ 1.14
Rfx1P48377 Rimklb-201ENSMUST00000068242 4725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
Rfx1P48377 Otud7a-201ENSMUST00000058476 3483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
Rfx1P48377 Rnf112-203ENSMUST00000102661 3118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
Rfx1P48377 Rab40c-207ENSMUST00000167626 2506 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
Rfx1P48377 Tmem198-201ENSMUST00000050899 2456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
Rfx1P48377 Gm42900-201ENSMUST00000197184 2167 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
Rfx1P48377 Gm43213-201ENSMUST00000151866 1790 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
Rfx1P48377 Snx20-201ENSMUST00000034087 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
Rfx1P48377 Ltb4r2-201ENSMUST00000044554 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 63 ms