Protein–RNA interactions for Protein: Q9D5Y1

Ccdc39, Coiled-coil domain-containing protein 39, mousemouse

Predictions only

Length 937 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc39Q9D5Y1 Nol7-201ENSMUST00000071926 1800 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
Ccdc39Q9D5Y1 Gja3-201ENSMUST00000061614 2766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
Ccdc39Q9D5Y1 Fam3c-205ENSMUST00000165576 2826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
Ccdc39Q9D5Y1 Hcn2-201ENSMUST00000020581 3089 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
Ccdc39Q9D5Y1 E4f1-205ENSMUST00000226941 2642 ntAPPRIS ALT2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
Ccdc39Q9D5Y1 Slc25a4-201ENSMUST00000034049 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
Ccdc39Q9D5Y1 Bmpr1b-202ENSMUST00000098568 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
Ccdc39Q9D5Y1 Paqr6-204ENSMUST00000147991 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
Ccdc39Q9D5Y1 Ints6-201ENSMUST00000053959 4993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
Ccdc39Q9D5Y1 Khk-204ENSMUST00000201621 1583 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
Ccdc39Q9D5Y1 Gm43859-201ENSMUST00000200075 1412 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
Ccdc39Q9D5Y1 Gm12669-201ENSMUST00000122162 1009 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
Ccdc39Q9D5Y1 Jsrp1-201ENSMUST00000020435 955 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
Ccdc39Q9D5Y1 Gm10153-202ENSMUST00000210290 963 ntAPPRIS P1 BASIC22.18■■□□□ 1.14
Ccdc39Q9D5Y1 Ttc32-201ENSMUST00000085741 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
Ccdc39Q9D5Y1 Gm3164-201ENSMUST00000168866 1945 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
Ccdc39Q9D5Y1 Sdsl-201ENSMUST00000031594 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
Ccdc39Q9D5Y1 Aifm2-201ENSMUST00000067857 1442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
Ccdc39Q9D5Y1 Slc35d2-201ENSMUST00000099441 2303 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
Ccdc39Q9D5Y1 Serbp1-211ENSMUST00000204293 1336 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
Ccdc39Q9D5Y1 Tfam-203ENSMUST00000121685 899 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
Ccdc39Q9D5Y1 Rps2-ps11-201ENSMUST00000195283 868 ntBASIC22.17■■□□□ 1.14
Ccdc39Q9D5Y1 Oxsr1-201ENSMUST00000040853 4647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
Ccdc39Q9D5Y1 Arrb2-205ENSMUST00000108568 1777 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
Ccdc39Q9D5Y1 Rad1-201ENSMUST00000022856 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
Ccdc39Q9D5Y1 Gfi1-203ENSMUST00000159164 2648 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
Ccdc39Q9D5Y1 Cnn3-201ENSMUST00000029773 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
Ccdc39Q9D5Y1 Eif2b4-202ENSMUST00000114603 1966 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
Ccdc39Q9D5Y1 Gm12441-201ENSMUST00000121806 588 ntBASIC22.16■■□□□ 1.14
Ccdc39Q9D5Y1 Gm11713-201ENSMUST00000139941 523 ntTSL 3 BASIC22.16■■□□□ 1.14
Ccdc39Q9D5Y1 Tpsg1-204ENSMUST00000160920 867 ntTSL 3 BASIC22.16■■□□□ 1.14
Ccdc39Q9D5Y1 Gm4968-201ENSMUST00000071458 858 ntBASIC22.16■■□□□ 1.14
Ccdc39Q9D5Y1 Ick-201ENSMUST00000009972 873 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
Ccdc39Q9D5Y1 Gm16262-201ENSMUST00000162306 1751 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
Ccdc39Q9D5Y1 Fam53a-202ENSMUST00000065119 2009 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
Ccdc39Q9D5Y1 Sept7-201ENSMUST00000115272 2533 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
Ccdc39Q9D5Y1 Rpl26-202ENSMUST00000101014 657 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
Ccdc39Q9D5Y1 Nat9-201ENSMUST00000103038 1143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
Ccdc39Q9D5Y1 1700067K01Rik-203ENSMUST00000172548 986 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
Ccdc39Q9D5Y1 1810059H22Rik-205ENSMUST00000204570 690 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
Ccdc39Q9D5Y1 Mcrip2-201ENSMUST00000026828 816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
Ccdc39Q9D5Y1 Qrich1-206ENSMUST00000193258 2291 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
Ccdc39Q9D5Y1 Cdk8-201ENSMUST00000031640 2973 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
Ccdc39Q9D5Y1 Eml4-203ENSMUST00000112363 5238 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
Ccdc39Q9D5Y1 Ciapin1-201ENSMUST00000034233 1807 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
Ccdc39Q9D5Y1 Dcbld1-203ENSMUST00000218582 2795 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
Ccdc39Q9D5Y1 Tcf7-202ENSMUST00000109071 1742 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
Ccdc39Q9D5Y1 Lrig1-202ENSMUST00000101126 4951 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
Ccdc39Q9D5Y1 Ndufa12-204ENSMUST00000179990 566 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
Ccdc39Q9D5Y1 AI846148-201ENSMUST00000025924 3183 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
Ccdc39Q9D5Y1 1700003E16Rik-201ENSMUST00000032106 2020 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
Ccdc39Q9D5Y1 Otud1-201ENSMUST00000052168 2832 ntAPPRIS P1 BASIC22.14■■□□□ 1.13
Ccdc39Q9D5Y1 Sbspon-201ENSMUST00000040695 2748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
Ccdc39Q9D5Y1 Lhx8-201ENSMUST00000177846 2076 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
Ccdc39Q9D5Y1 Gatad1-201ENSMUST00000007559 2545 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
Ccdc39Q9D5Y1 Fgf3-201ENSMUST00000105898 2299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
Ccdc39Q9D5Y1 Snapc2-201ENSMUST00000011981 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
Ccdc39Q9D5Y1 Acot7-201ENSMUST00000030779 1425 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
Ccdc39Q9D5Y1 Cachd1-201ENSMUST00000030257 5765 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
Ccdc39Q9D5Y1 Fbxo44-201ENSMUST00000057907 1829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
Ccdc39Q9D5Y1 Wdr20-205ENSMUST00000193053 1351 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
Ccdc39Q9D5Y1 Gmpr-201ENSMUST00000000260 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
Ccdc39Q9D5Y1 Numbl-201ENSMUST00000079258 2760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
Ccdc39Q9D5Y1 Lfng-201ENSMUST00000031555 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
Ccdc39Q9D5Y1 Mylip-201ENSMUST00000038275 3065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
Ccdc39Q9D5Y1 Arhgap44-202ENSMUST00000093001 2256 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
Ccdc39Q9D5Y1 D11Wsu47e-202ENSMUST00000106621 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
Ccdc39Q9D5Y1 Ypel3-204ENSMUST00000106359 469 ntTSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
Ccdc39Q9D5Y1 Prmt1-205ENSMUST00000207659 945 ntTSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
Ccdc39Q9D5Y1 Prmt1-201ENSMUST00000045325 1071 ntTSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
Ccdc39Q9D5Y1 Theg-202ENSMUST00000077433 1275 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
Ccdc39Q9D5Y1 Kcnc3-207ENSMUST00000209177 2960 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
Ccdc39Q9D5Y1 Eid2b-201ENSMUST00000094651 1751 ntAPPRIS P1 BASIC22.12■■□□□ 1.13
Ccdc39Q9D5Y1 Ppp3ca-201ENSMUST00000056758 2194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
Ccdc39Q9D5Y1 Foxj2-201ENSMUST00000003238 5283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
Ccdc39Q9D5Y1 Trim72-202ENSMUST00000106248 2134 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
Ccdc39Q9D5Y1 Sp3os-201ENSMUST00000123087 583 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
Ccdc39Q9D5Y1 Gm40460-201ENSMUST00000211591 735 ntAPPRIS P1 BASIC22.11■■□□□ 1.13
Ccdc39Q9D5Y1 AC142113.1-201ENSMUST00000214931 801 ntTSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
Ccdc39Q9D5Y1 Park7-201ENSMUST00000030805 908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
Ccdc39Q9D5Y1 Avp-201ENSMUST00000046001 577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
Ccdc39Q9D5Y1 Wdr41-202ENSMUST00000159647 2289 ntTSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
Ccdc39Q9D5Y1 Wdr41-206ENSMUST00000167155 2289 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
Ccdc39Q9D5Y1 Smc6-201ENSMUST00000020931 5603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
Ccdc39Q9D5Y1 Ntmt1-201ENSMUST00000041830 1387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
Ccdc39Q9D5Y1 Bend3-202ENSMUST00000167488 6337 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
Ccdc39Q9D5Y1 Tmtc1-201ENSMUST00000060095 8383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
Ccdc39Q9D5Y1 Tlcd1-201ENSMUST00000092880 2700 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
Ccdc39Q9D5Y1 Aunip-201ENSMUST00000105866 1275 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
Ccdc39Q9D5Y1 Wnk2-204ENSMUST00000110096 6534 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
Ccdc39Q9D5Y1 Lbx2-201ENSMUST00000041265 817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
Ccdc39Q9D5Y1 1700018M17Rik-201ENSMUST00000052502 456 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
Ccdc39Q9D5Y1 Nags-201ENSMUST00000055409 2028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
Ccdc39Q9D5Y1 Rbm15b-201ENSMUST00000055843 6511 ntAPPRIS P1 BASIC22.1■■□□□ 1.13
Ccdc39Q9D5Y1 Rnf208-201ENSMUST00000060818 1137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
Ccdc39Q9D5Y1 Arpc5-202ENSMUST00000097536 1737 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
Ccdc39Q9D5Y1 Macrod2-202ENSMUST00000078027 1669 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
Ccdc39Q9D5Y1 Gm37563-201ENSMUST00000192580 1513 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
Ccdc39Q9D5Y1 Plekha1-211ENSMUST00000151119 2397 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
Ccdc39Q9D5Y1 Plin1-201ENSMUST00000032762 1916 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 20.1 ms