Protein–RNA interactions for Protein: Q5I043

Usp28, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 28, mousemouse

Predictions only

Length 1,051 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Usp28Q5I043 Naa50-202ENSMUST00000063542 2136 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
Usp28Q5I043 Echs1-201ENSMUST00000026538 1557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
Usp28Q5I043 P2rx4-202ENSMUST00000081554 1887 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
Usp28Q5I043 Lrrc43-201ENSMUST00000094327 2046 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
Usp28Q5I043 Krcc1-203ENSMUST00000204436 1687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
Usp28Q5I043 Sept4-206ENSMUST00000122067 1303 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
Usp28Q5I043 Gcgr-201ENSMUST00000026119 1957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
Usp28Q5I043 Tada2b-201ENSMUST00000031097 3791 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
Usp28Q5I043 Alg1-202ENSMUST00000100196 1755 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
Usp28Q5I043 Gm44238-201ENSMUST00000203300 353 ntTSL 3 BASIC21.34■■□□□ 1.01
Usp28Q5I043 Ism1-201ENSMUST00000099307 2944 ntTSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
Usp28Q5I043 Tmem39b-201ENSMUST00000102588 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
Usp28Q5I043 Hpn-202ENSMUST00000108102 1830 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
Usp28Q5I043 Cdca4-202ENSMUST00000220899 1994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
Usp28Q5I043 Dolk-201ENSMUST00000100219 2104 ntAPPRIS P1 BASIC21.34■■□□□ 1.01
Usp28Q5I043 Igsf9b-201ENSMUST00000115247 2857 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
Usp28Q5I043 Slc9a6-201ENSMUST00000077741 4976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
Usp28Q5I043 Nexmif-201ENSMUST00000056502 5211 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
Usp28Q5I043 Lca5l-201ENSMUST00000054855 2508 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
Usp28Q5I043 Elavl1-201ENSMUST00000098950 5743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
Usp28Q5I043 Nmnat3-202ENSMUST00000112937 1898 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
Usp28Q5I043 Spata2l-202ENSMUST00000166768 2707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
Usp28Q5I043 Fam91a1-201ENSMUST00000037270 5560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
Usp28Q5I043 Gm5577-201ENSMUST00000134600 1434 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
Usp28Q5I043 Cd37-209ENSMUST00000211373 1428 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
Usp28Q5I043 Xrcc6-202ENSMUST00000100399 3296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
Usp28Q5I043 Gm43017-201ENSMUST00000198296 752 ntBASIC21.33■■□□□ 1.01
Usp28Q5I043 Prmt1-210ENSMUST00000208829 621 ntTSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1.01
Usp28Q5I043 Capzb-204ENSMUST00000102508 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
Usp28Q5I043 Gm43213-201ENSMUST00000151866 1790 ntBASIC21.33■■□□□ 1
Usp28Q5I043 Il4i1-201ENSMUST00000033015 2048 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
Usp28Q5I043 M5C1000I18Rik-202ENSMUST00000186205 1414 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
Usp28Q5I043 Cdk19os-202ENSMUST00000143103 1124 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
Usp28Q5I043 Snhg20-202ENSMUST00000149822 593 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
Usp28Q5I043 Gm26833-201ENSMUST00000180899 440 ntBASIC21.32■■□□□ 1
Usp28Q5I043 Lhx1-204ENSMUST00000184646 1201 ntTSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
Usp28Q5I043 AV026068-208ENSMUST00000189098 286 ntTSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
Usp28Q5I043 Gm38205-201ENSMUST00000192243 258 ntBASIC21.32■■□□□ 1
Usp28Q5I043 Spaca1-201ENSMUST00000029927 1197 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
Usp28Q5I043 Rtn4rl2-201ENSMUST00000054514 1263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
Usp28Q5I043 Spaca1-202ENSMUST00000084734 1149 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
Usp28Q5I043 Cdo1-201ENSMUST00000035804 1530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
Usp28Q5I043 Xk-201ENSMUST00000015486 5076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
Usp28Q5I043 Nabp2-202ENSMUST00000164199 1371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
Usp28Q5I043 Klhdc1-201ENSMUST00000063445 2620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
Usp28Q5I043 Espn-205ENSMUST00000084114 1645 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
Usp28Q5I043 Sox30-201ENSMUST00000049038 2997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
Usp28Q5I043 Nsmf-205ENSMUST00000114386 2685 ntTSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
Usp28Q5I043 Fam43b-201ENSMUST00000105032 2437 ntAPPRIS P1 BASIC21.31■■□□□ 1
Usp28Q5I043 Actl6b-205ENSMUST00000139395 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
Usp28Q5I043 Trim47-202ENSMUST00000106441 2192 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
Usp28Q5I043 Dstn-201ENSMUST00000103172 1911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
Usp28Q5I043 Nbl1-201ENSMUST00000042844 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
Usp28Q5I043 Spsb3-203ENSMUST00000117890 1641 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
Usp28Q5I043 Tnks2-201ENSMUST00000025729 6481 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
Usp28Q5I043 Wtap-205ENSMUST00000160781 2442 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
Usp28Q5I043 Depdc7-201ENSMUST00000028595 1801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
Usp28Q5I043 Cdca4-201ENSMUST00000062092 2425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
Usp28Q5I043 Gm42922-201ENSMUST00000195887 2078 ntBASIC21.3■■□□□ 1
Usp28Q5I043 Anks1b-208ENSMUST00000182053 1649 ntTSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
Usp28Q5I043 0610040J01Rik-201ENSMUST00000081747 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
Usp28Q5I043 Cdh4-203ENSMUST00000108911 1208 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
Usp28Q5I043 Ap4s1-201ENSMUST00000021338 1035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
Usp28Q5I043 Marcks-201ENSMUST00000092584 4048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
Usp28Q5I043 4930560O18Rik-201ENSMUST00000207051 1595 ntBASIC21.3■■□□□ 1
Usp28Q5I043 Tfeb-203ENSMUST00000113284 1974 ntTSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
Usp28Q5I043 Mrm1-201ENSMUST00000018549 2477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
Usp28Q5I043 Vat1-201ENSMUST00000040430 2766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
Usp28Q5I043 Zfp78-205ENSMUST00000208030 2169 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
Usp28Q5I043 Ogfod2-202ENSMUST00000119269 1474 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
Usp28Q5I043 AC114678.1-201ENSMUST00000219640 622 ntTSL 3 BASIC21.29■■□□□ 1
Usp28Q5I043 F8a-201ENSMUST00000105111 2505 ntAPPRIS P1 BASIC21.29■■□□□ 1
Usp28Q5I043 0610038B21Rik-202ENSMUST00000184762 1524 ntBASIC21.29■■□□□ 1
Usp28Q5I043 Rhbdd3-202ENSMUST00000101610 2333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
Usp28Q5I043 Ttc19-201ENSMUST00000050646 3410 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
Usp28Q5I043 Scube1-202ENSMUST00000043634 5161 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
Usp28Q5I043 Pxdc1-202ENSMUST00000053459 2684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
Usp28Q5I043 Rpusd3-204ENSMUST00000129047 1045 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
Usp28Q5I043 Thap8-201ENSMUST00000014072 1182 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
Usp28Q5I043 Rpusd3-201ENSMUST00000060634 1224 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
Usp28Q5I043 Itgb5-201ENSMUST00000069345 3056 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
Usp28Q5I043 AC123834.2-201ENSMUST00000224038 2340 ntBASIC21.28■■□□□ 1
Usp28Q5I043 Gm42939-201ENSMUST00000197514 2205 ntBASIC21.28■■□□□ 1
Usp28Q5I043 Lrig1-202ENSMUST00000101126 4951 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
Usp28Q5I043 Mboat1-201ENSMUST00000047311 2905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
Usp28Q5I043 Sdcbp-201ENSMUST00000029912 2745 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
Usp28Q5I043 Nol7-201ENSMUST00000071926 1800 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
Usp28Q5I043 Fev-201ENSMUST00000068631 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
Usp28Q5I043 Nrxn2-208ENSMUST00000137166 6314 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
Usp28Q5I043 Mpp3-203ENSMUST00000107167 2066 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
Usp28Q5I043 Nudt11-201ENSMUST00000103007 3036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
Usp28Q5I043 Kdm3b-201ENSMUST00000043775 6363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
Usp28Q5I043 Il23a-201ENSMUST00000026449 1360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
Usp28Q5I043 Lifr-202ENSMUST00000164529 2844 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
Usp28Q5I043 Gm27032-201ENSMUST00000183124 1116 ntBASIC21.27■■□□□ 1
Usp28Q5I043 Myadml2-201ENSMUST00000026134 931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
Usp28Q5I043 Eif4g3-201ENSMUST00000058133 2663 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
Usp28Q5I043 Klhdc4-205ENSMUST00000174192 1584 ntTSL 5 BASIC21.27■□□□□ 0.99
Usp28Q5I043 Cox18-202ENSMUST00000118816 1307 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.27■□□□□ 0.99
Usp28Q5I043 Nadk2-201ENSMUST00000067760 3731 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC21.27■□□□□ 0.99
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