Protein–RNA interactions for Protein: Q6P9L4

Usp49, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 49, mousemouse

Predictions only

Length 685 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Usp49Q6P9L4 Gfra4-205ENSMUST00000110239 810 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
Usp49Q6P9L4 Fbxl21-202ENSMUST00000121095 798 ntTSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
Usp49Q6P9L4 Gamt-201ENSMUST00000020359 979 ntTSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
Usp49Q6P9L4 Gfra4-201ENSMUST00000028787 909 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
Usp49Q6P9L4 Ferd3l-201ENSMUST00000061035 886 ntAPPRIS P1 BASIC21.15■□□□□ 0.98
Usp49Q6P9L4 Actl6a-201ENSMUST00000029214 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
Usp49Q6P9L4 Golga7-201ENSMUST00000051094 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
Usp49Q6P9L4 Pkd2-201ENSMUST00000086831 5219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
Usp49Q6P9L4 Gm6627-201ENSMUST00000218299 2386 ntBASIC21.15■□□□□ 0.98
Usp49Q6P9L4 Snx20-201ENSMUST00000034087 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
Usp49Q6P9L4 Mark2-203ENSMUST00000051711 2867 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
Usp49Q6P9L4 Reep4-203ENSMUST00000226563 1444 ntBASIC21.14■□□□□ 0.98
Usp49Q6P9L4 Kif27-203ENSMUST00000225388 5121 ntAPPRIS P1 BASIC21.14■□□□□ 0.97
Usp49Q6P9L4 Zyg11a-202ENSMUST00000106690 2421 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.14■□□□□ 0.97
Usp49Q6P9L4 Tmem44-204ENSMUST00000140402 2405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
Usp49Q6P9L4 Klhl2-201ENSMUST00000034017 3412 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
Usp49Q6P9L4 Dnaja4-202ENSMUST00000120452 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
Usp49Q6P9L4 Gclm-206ENSMUST00000178826 1002 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.14■□□□□ 0.97
Usp49Q6P9L4 Ap4s1-201ENSMUST00000021338 1035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
Usp49Q6P9L4 Gar1-201ENSMUST00000029643 1271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
Usp49Q6P9L4 Zcchc24-201ENSMUST00000069180 4556 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
Usp49Q6P9L4 Sigmar1-202ENSMUST00000071561 1547 ntTSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
Usp49Q6P9L4 Creld1-201ENSMUST00000032422 2306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
Usp49Q6P9L4 Acot7-201ENSMUST00000030779 1425 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
Usp49Q6P9L4 Tcf7-202ENSMUST00000109071 1742 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
Usp49Q6P9L4 Gm20421-201ENSMUST00000153344 672 ntTSL 3 BASIC21.13■□□□□ 0.97
Usp49Q6P9L4 Gm44238-201ENSMUST00000203300 353 ntTSL 3 BASIC21.13■□□□□ 0.97
Usp49Q6P9L4 CT010467.1-202ENSMUST00000205406 714 ntBASIC21.13■□□□□ 0.97
Usp49Q6P9L4 Mrpl2-201ENSMUST00000002844 1031 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
Usp49Q6P9L4 Mtmr14-201ENSMUST00000113146 2676 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
Usp49Q6P9L4 Igfbpl1-201ENSMUST00000044297 2864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
Usp49Q6P9L4 Cenpb-201ENSMUST00000089510 4886 ntAPPRIS P1 BASIC21.13■□□□□ 0.97
Usp49Q6P9L4 Cnot11-201ENSMUST00000003219 3162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
Usp49Q6P9L4 Rbm43-201ENSMUST00000102767 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
Usp49Q6P9L4 Pgam5-202ENSMUST00000112505 2098 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
Usp49Q6P9L4 Ubp1-201ENSMUST00000009885 3742 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.12■□□□□ 0.97
Usp49Q6P9L4 Klhl25-203ENSMUST00000205612 1343 ntTSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
Usp49Q6P9L4 Bicdl1-203ENSMUST00000118576 1874 ntTSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
Usp49Q6P9L4 Rnf32-204ENSMUST00000160246 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
Usp49Q6P9L4 Slc35b2-207ENSMUST00000226086 850 ntBASIC21.12■□□□□ 0.97
Usp49Q6P9L4 Krt4-201ENSMUST00000023797 2132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
Usp49Q6P9L4 Lbx2-201ENSMUST00000041265 817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
Usp49Q6P9L4 Gm10306-201ENSMUST00000094969 533 ntAPPRIS P1 BASIC21.12■□□□□ 0.97
Usp49Q6P9L4 Fbxo44-201ENSMUST00000057907 1829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
Usp49Q6P9L4 Ism1-201ENSMUST00000099307 2944 ntTSL 5 BASIC21.12■□□□□ 0.97
Usp49Q6P9L4 Mdfi-201ENSMUST00000035375 1371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
Usp49Q6P9L4 Gspt1-201ENSMUST00000080030 2898 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
Usp49Q6P9L4 Slc35a2-203ENSMUST00000115663 1527 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
Usp49Q6P9L4 Gcgr-201ENSMUST00000026119 1957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
Usp49Q6P9L4 Gm26881-201ENSMUST00000180426 593 ntTSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
Usp49Q6P9L4 Gm9988-201ENSMUST00000069786 435 ntBASIC21.11■□□□□ 0.97
Usp49Q6P9L4 Krtap5-3-201ENSMUST00000084414 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.11■□□□□ 0.97
Usp49Q6P9L4 Hist1h2ag-201ENSMUST00000091741 485 ntAPPRIS P1 BASIC21.11■□□□□ 0.97
Usp49Q6P9L4 Ube2h-202ENSMUST00000102993 4657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
Usp49Q6P9L4 Tmem245-202ENSMUST00000107609 2643 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
Usp49Q6P9L4 Gpr137-203ENSMUST00000099776 1569 ntTSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
Usp49Q6P9L4 Scn1b-203ENSMUST00000211945 1501 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
Usp49Q6P9L4 Gm27032-201ENSMUST00000183124 1116 ntBASIC21.1■□□□□ 0.97
Usp49Q6P9L4 C230062I16Rik-202ENSMUST00000207746 1022 ntTSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
Usp49Q6P9L4 Tmem171-201ENSMUST00000064347 1161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
Usp49Q6P9L4 Cxxc1-201ENSMUST00000025444 2618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
Usp49Q6P9L4 Aars-201ENSMUST00000034441 5750 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
Usp49Q6P9L4 Arx-201ENSMUST00000046565 2881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
Usp49Q6P9L4 Tmem121-201ENSMUST00000058491 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
Usp49Q6P9L4 Tgif1-209ENSMUST00000166395 1714 ntTSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
Usp49Q6P9L4 Cdo1-201ENSMUST00000035804 1530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
Usp49Q6P9L4 Brsk2-201ENSMUST00000018971 4049 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
Usp49Q6P9L4 Snrpd3-203ENSMUST00000220229 442 ntTSL 3 BASIC21.09■□□□□ 0.97
Usp49Q6P9L4 Hikeshi-201ENSMUST00000075010 715 ntTSL 3 BASIC21.09■□□□□ 0.97
Usp49Q6P9L4 Unc50-201ENSMUST00000027285 1414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
Usp49Q6P9L4 Gm3020-202ENSMUST00000167430 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
Usp49Q6P9L4 Gm10409-201ENSMUST00000170123 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
Usp49Q6P9L4 Trib3-201ENSMUST00000040312 2026 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
Usp49Q6P9L4 Mms22l-205ENSMUST00000138567 1350 ntTSL 2 BASIC21.09■□□□□ 0.97
Usp49Q6P9L4 Ntmt1-201ENSMUST00000041830 1387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
Usp49Q6P9L4 Nol7-201ENSMUST00000071926 1800 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
Usp49Q6P9L4 Hes3-201ENSMUST00000094438 1829 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
Usp49Q6P9L4 Gm10129-202ENSMUST00000193100 1316 ntBASIC21.08■□□□□ 0.97
Usp49Q6P9L4 Dstn-201ENSMUST00000103172 1911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
Usp49Q6P9L4 Galnt3-201ENSMUST00000028378 3885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
Usp49Q6P9L4 Gins3-202ENSMUST00000212434 654 ntTSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.97
Usp49Q6P9L4 Areg-201ENSMUST00000031325 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
Usp49Q6P9L4 Rab3ip-201ENSMUST00000020375 2690 ntTSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.96
Usp49Q6P9L4 Prmt3-201ENSMUST00000032715 2507 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.96
Usp49Q6P9L4 Kalrn-208ENSMUST00000114961 6128 ntTSL 5 BASIC21.08■□□□□ 0.96
Usp49Q6P9L4 Plk3-201ENSMUST00000076859 2378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.96
Usp49Q6P9L4 Leng1-201ENSMUST00000019878 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.96
Usp49Q6P9L4 Fam105a-203ENSMUST00000226170 3043 ntBASIC21.07■□□□□ 0.96
Usp49Q6P9L4 Mlf2-201ENSMUST00000032214 1451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
Usp49Q6P9L4 Miga1-201ENSMUST00000068243 2689 ntTSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
Usp49Q6P9L4 Pacsin3-203ENSMUST00000111349 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
Usp49Q6P9L4 Runx1-203ENSMUST00000168195 1985 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
Usp49Q6P9L4 Gnai2-203ENSMUST00000192837 421 ntTSL 5 BASIC21.07■□□□□ 0.96
Usp49Q6P9L4 Dmrt1-201ENSMUST00000025755 2340 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
Usp49Q6P9L4 Dlg3-202ENSMUST00000087984 4956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
Usp49Q6P9L4 Depdc7-201ENSMUST00000028595 1801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
Usp49Q6P9L4 Fam71b-201ENSMUST00000063166 2185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
Usp49Q6P9L4 Cd37-209ENSMUST00000211373 1428 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
Usp49Q6P9L4 Tmem114-201ENSMUST00000023400 1406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
Usp49Q6P9L4 Nbl1-201ENSMUST00000042844 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 20.5 ms