Protein–RNA interactions for Protein: P28481

Col2a1, Collagen alpha-1(II) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,487 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col2a1P28481 D930007J09Rik-201ENSMUST00000057911 393 ntAPPRIS P1 BASIC21.58■■□□□ 1.05
Col2a1P28481 Nrn1l-201ENSMUST00000060167 617 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
Col2a1P28481 Prr29-201ENSMUST00000009354 1112 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
Col2a1P28481 Gm2399-201ENSMUST00000104944 225 ntBASIC21.58■■□□□ 1.04
Col2a1P28481 Dmrta2os-202ENSMUST00000141893 691 ntTSL 3 BASIC21.58■■□□□ 1.04
Col2a1P28481 Gm11527-201ENSMUST00000153795 596 ntTSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.04
Col2a1P28481 Cox8a-201ENSMUST00000039758 545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
Col2a1P28481 Mreg-201ENSMUST00000048860 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
Col2a1P28481 Epb41l4b-203ENSMUST00000095076 6746 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.57■■□□□ 1.04
Col2a1P28481 Paqr3-201ENSMUST00000069453 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
Col2a1P28481 Map7-205ENSMUST00000214231 675 ntTSL 3 BASIC21.57■■□□□ 1.04
Col2a1P28481 Gm10812-201ENSMUST00000099864 546 ntBASIC21.57■■□□□ 1.04
Col2a1P28481 C230037L18Rik-201ENSMUST00000136218 1886 ntTSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
Col2a1P28481 P2ry2-202ENSMUST00000178340 2137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
Col2a1P28481 Paip1-201ENSMUST00000026520 2551 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
Col2a1P28481 Donson-203ENSMUST00000117159 2215 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
Col2a1P28481 Gm19531-201ENSMUST00000216737 1377 ntTSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
Col2a1P28481 Cpne7-201ENSMUST00000037900 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
Col2a1P28481 2700033N17Rik-201ENSMUST00000140185 721 ntTSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
Col2a1P28481 Cmc1-201ENSMUST00000044220 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
Col2a1P28481 Rab3il1-201ENSMUST00000113161 2225 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
Col2a1P28481 Coq10b-201ENSMUST00000027125 1733 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
Col2a1P28481 Zdhhc1-201ENSMUST00000044286 1737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
Col2a1P28481 Vstm2b-203ENSMUST00000205845 1455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
Col2a1P28481 Kirrel3-202ENSMUST00000115148 2851 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
Col2a1P28481 Kif1bp-202ENSMUST00000159704 2622 ntTSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
Col2a1P28481 Prmt9-201ENSMUST00000056237 2781 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
Col2a1P28481 Gm3667-201ENSMUST00000171906 2053 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.55■■□□□ 1.04
Col2a1P28481 Depdc7-201ENSMUST00000028595 1801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
Col2a1P28481 Hmga1-202ENSMUST00000117254 1328 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
Col2a1P28481 Slc25a4-201ENSMUST00000034049 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
Col2a1P28481 Smim1-212ENSMUST00000146543 839 ntTSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
Col2a1P28481 Vps51-209ENSMUST00000160590 840 ntTSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
Col2a1P28481 Kcnip2-202ENSMUST00000079431 2302 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
Col2a1P28481 Man2c1os-201ENSMUST00000125333 1910 ntTSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
Col2a1P28481 Kras-201ENSMUST00000032399 4678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
Col2a1P28481 Zfp598-201ENSMUST00000047179 3286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
Col2a1P28481 Cfap206-202ENSMUST00000108136 1688 ntTSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
Col2a1P28481 Irx3-201ENSMUST00000093312 2610 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
Col2a1P28481 Icam2-201ENSMUST00000001055 1282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
Col2a1P28481 Gm15556-201ENSMUST00000122904 663 ntTSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
Col2a1P28481 Gm22325-201ENSMUST00000158904 308 ntBASIC21.53■■□□□ 1.04
Col2a1P28481 4931413I07Rik-201ENSMUST00000173637 764 ntTSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
Col2a1P28481 Clybl-201ENSMUST00000026625 1231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
Col2a1P28481 Fkbp9-201ENSMUST00000031795 3009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
Col2a1P28481 Nr5a1-202ENSMUST00000112883 2994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
Col2a1P28481 Gm18688-201ENSMUST00000204695 1859 ntBASIC21.53■■□□□ 1.04
Col2a1P28481 Ccdc59-201ENSMUST00000020049 1813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
Col2a1P28481 Krt87-201ENSMUST00000081945 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
Col2a1P28481 Zfp467-209ENSMUST00000114566 543 ntTSL 3 BASIC21.52■■□□□ 1.04
Col2a1P28481 Gm15847-201ENSMUST00000121417 1065 ntBASIC21.52■■□□□ 1.04
Col2a1P28481 1110046J04Rik-201ENSMUST00000147622 397 ntTSL 3 BASIC21.52■■□□□ 1.04
Col2a1P28481 Gm18666-201ENSMUST00000190039 958 ntBASIC21.52■■□□□ 1.04
Col2a1P28481 AC163280.1-201ENSMUST00000228194 1100 ntBASIC21.52■■□□□ 1.04
Col2a1P28481 Lefty1-201ENSMUST00000037361 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
Col2a1P28481 Trim72-202ENSMUST00000106248 2134 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.52■■□□□ 1.04
Col2a1P28481 Rrp9-201ENSMUST00000047721 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
Col2a1P28481 Mboat4-201ENSMUST00000095345 1836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
Col2a1P28481 Cck-201ENSMUST00000035120 691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.03
Col2a1P28481 Tmem239-201ENSMUST00000055421 1291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.03
Col2a1P28481 Tpsb2-201ENSMUST00000069616 1081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.03
Col2a1P28481 Rtl8a-201ENSMUST00000088779 1195 ntAPPRIS P1 BASIC21.52■■□□□ 1.03
Col2a1P28481 Ppp1r16a-201ENSMUST00000037551 2692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.03
Col2a1P28481 Brsk2-205ENSMUST00000172652 2501 ntTSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
Col2a1P28481 Gm3020-202ENSMUST00000167430 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
Col2a1P28481 Gm10409-201ENSMUST00000170123 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
Col2a1P28481 Sae1-204ENSMUST00000211741 1663 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
Col2a1P28481 Tcf7l1-202ENSMUST00000114053 1888 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
Col2a1P28481 Alad-202ENSMUST00000107444 1247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
Col2a1P28481 Npm3-ps1-201ENSMUST00000119728 528 ntBASIC21.51■■□□□ 1.03
Col2a1P28481 Serf1-204ENSMUST00000151821 570 ntTSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
Col2a1P28481 Gm10252-201ENSMUST00000209541 832 ntBASIC21.51■■□□□ 1.03
Col2a1P28481 Npm3-201ENSMUST00000070215 888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
Col2a1P28481 Gfer-201ENSMUST00000046839 1775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
Col2a1P28481 Fam105a-201ENSMUST00000100739 2867 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
Col2a1P28481 Dtnb-210ENSMUST00000173199 2820 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
Col2a1P28481 Gabarapl1-201ENSMUST00000032264 1820 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
Col2a1P28481 Gm44899-201ENSMUST00000207451 391 ntTSL 3 BASIC21.5■■□□□ 1.03
Col2a1P28481 Hsbp1-201ENSMUST00000034300 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
Col2a1P28481 Bricd5-201ENSMUST00000054946 997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
Col2a1P28481 H2-Eb1-201ENSMUST00000074557 1184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
Col2a1P28481 Cwh43-202ENSMUST00000065543 2316 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
Col2a1P28481 Sept7-201ENSMUST00000115272 2533 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
Col2a1P28481 Cyp4f15-204ENSMUST00000168171 2168 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
Col2a1P28481 Csnk1a1-210ENSMUST00000170862 2259 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.49■■□□□ 1.03
Col2a1P28481 Arid3c-202ENSMUST00000150809 1327 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
Col2a1P28481 Bin1-201ENSMUST00000025239 2451 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
Col2a1P28481 Alg1-202ENSMUST00000100196 1755 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
Col2a1P28481 Nsfl1c-203ENSMUST00000103160 1369 ntTSL 5 BASIC21.49■■□□□ 1.03
Col2a1P28481 Atp5c1-201ENSMUST00000026887 1060 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.49■■□□□ 1.03
Col2a1P28481 Cfap20-201ENSMUST00000034249 1295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
Col2a1P28481 Tysnd1-201ENSMUST00000020284 2286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
Col2a1P28481 Mob2-201ENSMUST00000084418 1490 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
Col2a1P28481 Tpra1-201ENSMUST00000055022 1820 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
Col2a1P28481 Gm10698-201ENSMUST00000182663 604 ntBASIC21.48■■□□□ 1.03
Col2a1P28481 Gm44965-201ENSMUST00000204121 360 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.48■■□□□ 1.03
Col2a1P28481 Exosc3-201ENSMUST00000030003 1077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
Col2a1P28481 Ccdc107-201ENSMUST00000030181 817 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
Col2a1P28481 Tgif1-209ENSMUST00000166395 1714 ntTSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
Col2a1P28481 Gpr137-202ENSMUST00000099774 1434 ntTSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 15.4 ms