Protein–RNA interactions for Protein: Q9D5Y1

Ccdc39, Coiled-coil domain-containing protein 39, mousemouse

Predictions only

Length 937 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc39Q9D5Y1 Lemd3-201ENSMUST00000119093 4370 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
Ccdc39Q9D5Y1 Naglu-201ENSMUST00000001802 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
Ccdc39Q9D5Y1 Rbks-201ENSMUST00000031018 1042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
Ccdc39Q9D5Y1 Galnt11-201ENSMUST00000045737 2552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
Ccdc39Q9D5Y1 Pop5-201ENSMUST00000081497 1025 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
Ccdc39Q9D5Y1 Qpct-201ENSMUST00000040789 1924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
Ccdc39Q9D5Y1 Foxi3-202ENSMUST00000163089 1278 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
Ccdc39Q9D5Y1 C230062I16Rik-202ENSMUST00000207746 1022 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
Ccdc39Q9D5Y1 Ndufa5-201ENSMUST00000023851 875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
Ccdc39Q9D5Y1 Foxi3-201ENSMUST00000069634 1206 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
Ccdc39Q9D5Y1 Rtl8b-201ENSMUST00000088778 1232 ntAPPRIS P1 BASIC22.43■■□□□ 1.18
Ccdc39Q9D5Y1 Mreg-201ENSMUST00000048860 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
Ccdc39Q9D5Y1 Gm26708-203ENSMUST00000208236 1624 ntTSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
Ccdc39Q9D5Y1 Gm10655-201ENSMUST00000098658 1397 ntBASIC22.42■■□□□ 1.18
Ccdc39Q9D5Y1 Yeats4-201ENSMUST00000020382 1327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
Ccdc39Q9D5Y1 Ift57-201ENSMUST00000046777 2601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
Ccdc39Q9D5Y1 Gm53-201ENSMUST00000129907 1172 ntTSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
Ccdc39Q9D5Y1 En2-201ENSMUST00000036177 3539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
Ccdc39Q9D5Y1 Hnrnpf-202ENSMUST00000163168 2401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
Ccdc39Q9D5Y1 Smad2-205ENSMUST00000168423 2857 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
Ccdc39Q9D5Y1 Krt76-201ENSMUST00000100179 2312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
Ccdc39Q9D5Y1 Stx2-202ENSMUST00000100680 2769 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
Ccdc39Q9D5Y1 H19-202ENSMUST00000136359 2286 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
Ccdc39Q9D5Y1 S100a6-201ENSMUST00000001051 731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
Ccdc39Q9D5Y1 Siah2-201ENSMUST00000070368 2511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
Ccdc39Q9D5Y1 E030030I06Rik-202ENSMUST00000179054 2081 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
Ccdc39Q9D5Y1 Hoxd13-201ENSMUST00000001872 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
Ccdc39Q9D5Y1 Cbfb-201ENSMUST00000052209 2883 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
Ccdc39Q9D5Y1 Gm26837-201ENSMUST00000180821 2110 ntTSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
Ccdc39Q9D5Y1 Ezh2-204ENSMUST00000114618 2775 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
Ccdc39Q9D5Y1 Rbm38-204ENSMUST00000173393 2071 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
Ccdc39Q9D5Y1 Gdf11-201ENSMUST00000026408 4062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
Ccdc39Q9D5Y1 Golph3-202ENSMUST00000226517 2359 ntBASIC22.4■■□□□ 1.18
Ccdc39Q9D5Y1 Phox2b-201ENSMUST00000012664 3013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
Ccdc39Q9D5Y1 Hdgfl3-202ENSMUST00000107305 5887 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
Ccdc39Q9D5Y1 Ppm1n-201ENSMUST00000032560 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
Ccdc39Q9D5Y1 Gm27032-201ENSMUST00000183124 1116 ntBASIC22.4■■□□□ 1.18
Ccdc39Q9D5Y1 6430500D05Rik-201ENSMUST00000198286 1176 ntBASIC22.4■■□□□ 1.18
Ccdc39Q9D5Y1 Foxk1-202ENSMUST00000198422 687 ntTSL 3 BASIC22.4■■□□□ 1.18
Ccdc39Q9D5Y1 Zfand3-202ENSMUST00000226208 923 ntAPPRIS P1 BASIC22.4■■□□□ 1.18
Ccdc39Q9D5Y1 Klhl8-201ENSMUST00000031254 3193 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
Ccdc39Q9D5Y1 Gab2-201ENSMUST00000004622 6168 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
Ccdc39Q9D5Y1 Rapgef1-203ENSMUST00000102872 6402 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
Ccdc39Q9D5Y1 Ube2d-ps-204ENSMUST00000137510 1846 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
Ccdc39Q9D5Y1 Tesmin-204ENSMUST00000151341 2013 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
Ccdc39Q9D5Y1 Agfg1-202ENSMUST00000113444 3142 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
Ccdc39Q9D5Y1 Runx1-203ENSMUST00000168195 1985 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
Ccdc39Q9D5Y1 Cnbp-208ENSMUST00000204653 2175 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
Ccdc39Q9D5Y1 Cnbp-201ENSMUST00000032138 2178 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
Ccdc39Q9D5Y1 Gm45640-201ENSMUST00000210665 1896 ntBASIC22.39■■□□□ 1.18
Ccdc39Q9D5Y1 Ly6h-204ENSMUST00000127095 1336 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
Ccdc39Q9D5Y1 Hoxb6-201ENSMUST00000000704 1321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
Ccdc39Q9D5Y1 Ntn5-201ENSMUST00000107742 1574 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
Ccdc39Q9D5Y1 Cyp4f15-201ENSMUST00000008801 2095 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
Ccdc39Q9D5Y1 Tecr-203ENSMUST00000165740 1120 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
Ccdc39Q9D5Y1 Cox16-207ENSMUST00000169124 685 ntTSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
Ccdc39Q9D5Y1 Mir5133-201ENSMUST00000174955 77 ntBASIC22.39■■□□□ 1.17
Ccdc39Q9D5Y1 CT025689.6-201ENSMUST00000224991 1104 ntBASIC22.39■■□□□ 1.17
Ccdc39Q9D5Y1 Vax2-201ENSMUST00000037807 1242 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
Ccdc39Q9D5Y1 Mael-201ENSMUST00000038782 1546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
Ccdc39Q9D5Y1 Coq9-201ENSMUST00000034234 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
Ccdc39Q9D5Y1 Mroh6-201ENSMUST00000184858 2216 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.17
Ccdc39Q9D5Y1 Wnt16-201ENSMUST00000031681 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
Ccdc39Q9D5Y1 Gsx2-201ENSMUST00000040477 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
Ccdc39Q9D5Y1 Dnpep-204ENSMUST00000185797 2510 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
Ccdc39Q9D5Y1 Neto2-205ENSMUST00000216286 2932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
Ccdc39Q9D5Y1 Ccdc85c-202ENSMUST00000222310 4298 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
Ccdc39Q9D5Y1 Arhgap8-201ENSMUST00000006029 1527 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
Ccdc39Q9D5Y1 1700030C12Rik-201ENSMUST00000101462 858 ntTSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
Ccdc39Q9D5Y1 Romo1-202ENSMUST00000109597 550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
Ccdc39Q9D5Y1 Tex30-212ENSMUST00000152239 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
Ccdc39Q9D5Y1 Sco2-201ENSMUST00000167643 1143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
Ccdc39Q9D5Y1 Map1lc3b-203ENSMUST00000181521 775 ntTSL 3 BASIC22.38■■□□□ 1.17
Ccdc39Q9D5Y1 Ddost-201ENSMUST00000030538 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
Ccdc39Q9D5Y1 Doc2a-201ENSMUST00000064110 2538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
Ccdc39Q9D5Y1 Rela-201ENSMUST00000025867 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
Ccdc39Q9D5Y1 Nfe2-201ENSMUST00000075192 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
Ccdc39Q9D5Y1 Akr1a1-201ENSMUST00000030455 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
Ccdc39Q9D5Y1 Zfp444-203ENSMUST00000108566 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
Ccdc39Q9D5Y1 Matk-204ENSMUST00000120265 1618 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
Ccdc39Q9D5Y1 Mtus2-205ENSMUST00000110515 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
Ccdc39Q9D5Y1 Pigt-202ENSMUST00000117066 1712 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
Ccdc39Q9D5Y1 Maml1-201ENSMUST00000059458 5528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
Ccdc39Q9D5Y1 9130221H12Rik-201ENSMUST00000169914 1465 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
Ccdc39Q9D5Y1 Cd82-201ENSMUST00000028644 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
Ccdc39Q9D5Y1 Nudt14-201ENSMUST00000002881 734 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
Ccdc39Q9D5Y1 Gm6365-201ENSMUST00000054711 744 ntBASIC22.37■■□□□ 1.17
Ccdc39Q9D5Y1 Sfrp5-201ENSMUST00000018966 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
Ccdc39Q9D5Y1 Kdm1a-203ENSMUST00000116273 3008 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
Ccdc39Q9D5Y1 Dcbld1-201ENSMUST00000069004 3024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
Ccdc39Q9D5Y1 Mapre3-202ENSMUST00000200692 1816 ntTSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
Ccdc39Q9D5Y1 AB124611-202ENSMUST00000086361 1310 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
Ccdc39Q9D5Y1 6030419C18Rik-201ENSMUST00000085658 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
Ccdc39Q9D5Y1 Zcchc24-201ENSMUST00000069180 4556 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
Ccdc39Q9D5Y1 Fdx1l-201ENSMUST00000010348 812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
Ccdc39Q9D5Y1 Psenen-201ENSMUST00000043898 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
Ccdc39Q9D5Y1 B130046B21Rik-201ENSMUST00000181510 2216 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
Ccdc39Q9D5Y1 Dxo-211ENSMUST00000180043 1447 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
Ccdc39Q9D5Y1 Kcnq2-203ENSMUST00000081528 2382 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
Ccdc39Q9D5Y1 Chtop-202ENSMUST00000049937 2012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 17.5 ms