Protein–RNA interactions for Protein: Q9ERP3

Trim54, Tripartite motif-containing protein 54, mousemouse

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Length 366 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Trim54Q9ERP3 Tomm6-201ENSMUST00000113301 594 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.61■□□□□ 0.89
Trim54Q9ERP3 Zfp629-207ENSMUST00000134446 670 ntTSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
Trim54Q9ERP3 B930094E09Rik-201ENSMUST00000164667 1240 ntAPPRIS P1 BASIC20.61■□□□□ 0.89
Trim54Q9ERP3 Gm10153-202ENSMUST00000210290 963 ntAPPRIS P1 BASIC20.61■□□□□ 0.89
Trim54Q9ERP3 Ube4b-202ENSMUST00000103212 5626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
Trim54Q9ERP3 Ccnd3-201ENSMUST00000037333 1999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
Trim54Q9ERP3 Caml-201ENSMUST00000021963 1382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
Trim54Q9ERP3 Nab2-201ENSMUST00000026469 2582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
Trim54Q9ERP3 March11-202ENSMUST00000140840 1558 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.6■□□□□ 0.89
Trim54Q9ERP3 D130020L05Rik-202ENSMUST00000220889 769 ntTSL 3 BASIC20.6■□□□□ 0.89
Trim54Q9ERP3 Ttc32-201ENSMUST00000085741 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
Trim54Q9ERP3 Mpg-201ENSMUST00000020528 1737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
Trim54Q9ERP3 Cpne2-202ENSMUST00000109537 2121 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
Trim54Q9ERP3 Best2-201ENSMUST00000059072 1971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
Trim54Q9ERP3 Neurl4-213ENSMUST00000177476 4952 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
Trim54Q9ERP3 2310022B05Rik-201ENSMUST00000034464 3307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
Trim54Q9ERP3 Metap1-201ENSMUST00000029804 2686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
Trim54Q9ERP3 Dynll2-201ENSMUST00000020775 2476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
Trim54Q9ERP3 Cfap36-201ENSMUST00000020754 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
Trim54Q9ERP3 Mgll-203ENSMUST00000113582 1034 ntTSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
Trim54Q9ERP3 Vkorc1-202ENSMUST00000119922 387 ntTSL 3 BASIC20.59■□□□□ 0.89
Trim54Q9ERP3 2810405F15Rik-201ENSMUST00000195368 932 ntBASIC20.59■□□□□ 0.89
Trim54Q9ERP3 a-201ENSMUST00000029123 731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
Trim54Q9ERP3 Socs2-201ENSMUST00000020215 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
Trim54Q9ERP3 4930524B15Rik-201ENSMUST00000102829 2000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
Trim54Q9ERP3 Bspry-202ENSMUST00000107449 2167 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
Trim54Q9ERP3 Rab34-202ENSMUST00000056241 1558 ntTSL 5 BASIC20.59■□□□□ 0.89
Trim54Q9ERP3 Zbtb10-201ENSMUST00000155203 7414 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.59■□□□□ 0.89
Trim54Q9ERP3 Fbxw8-201ENSMUST00000049474 5000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
Trim54Q9ERP3 Sox12-202ENSMUST00000182625 4453 ntAPPRIS P1 BASIC20.59■□□□□ 0.89
Trim54Q9ERP3 Noc2l-201ENSMUST00000179543 2785 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
Trim54Q9ERP3 Mapre3-202ENSMUST00000200692 1816 ntTSL 5 BASIC20.58■□□□□ 0.89
Trim54Q9ERP3 Mcmbp-202ENSMUST00000119081 2347 ntTSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
Trim54Q9ERP3 Cacna2d1-207ENSMUST00000196750 1272 ntTSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
Trim54Q9ERP3 Hsf1-207ENSMUST00000228371 2102 ntBASIC20.58■□□□□ 0.89
Trim54Q9ERP3 Lmtk3-201ENSMUST00000072580 4807 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.88
Trim54Q9ERP3 Foxj3-209ENSMUST00000162267 1391 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.88
Trim54Q9ERP3 Socs2-213ENSMUST00000170690 2195 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.58■□□□□ 0.88
Trim54Q9ERP3 Uqcrc1-201ENSMUST00000026743 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.88
Trim54Q9ERP3 Alg1-201ENSMUST00000049207 1669 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.58■□□□□ 0.88
Trim54Q9ERP3 Snx5-201ENSMUST00000028909 2419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
Trim54Q9ERP3 Chn2-201ENSMUST00000046856 2418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
Trim54Q9ERP3 Wnt10b-201ENSMUST00000023732 2226 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.57■□□□□ 0.88
Trim54Q9ERP3 Mknk2-205ENSMUST00000200082 3439 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
Trim54Q9ERP3 Immp2l-203ENSMUST00000134965 977 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.57■□□□□ 0.88
Trim54Q9ERP3 2610035F20Rik-202ENSMUST00000177306 1149 ntTSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
Trim54Q9ERP3 Hoxc12-201ENSMUST00000055562 1031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
Trim54Q9ERP3 Rasef-203ENSMUST00000222414 2127 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.57■□□□□ 0.88
Trim54Q9ERP3 Sos2-206ENSMUST00000183277 4512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.57■□□□□ 0.88
Trim54Q9ERP3 Ssbp2-202ENSMUST00000042122 1633 ntTSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
Trim54Q9ERP3 Ltbr-201ENSMUST00000032489 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
Trim54Q9ERP3 Rchy1-204ENSMUST00000169948 1417 ntTSL 3 BASIC20.56■□□□□ 0.88
Trim54Q9ERP3 2300009A05Rik-201ENSMUST00000168665 595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
Trim54Q9ERP3 Tmem54-201ENSMUST00000030575 1064 ntTSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
Trim54Q9ERP3 Hmx2-202ENSMUST00000183219 1546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
Trim54Q9ERP3 Ier2-201ENSMUST00000060427 1522 ntAPPRIS P1 BASIC20.56■□□□□ 0.88
Trim54Q9ERP3 Serpinh1-202ENSMUST00000169437 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
Trim54Q9ERP3 Foxa2-201ENSMUST00000047315 2128 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
Trim54Q9ERP3 Runx1-203ENSMUST00000168195 1985 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
Trim54Q9ERP3 Uba2-201ENSMUST00000102746 2579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
Trim54Q9ERP3 Sfrp5-201ENSMUST00000018966 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
Trim54Q9ERP3 Them6-201ENSMUST00000070923 1784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
Trim54Q9ERP3 Rxrb-201ENSMUST00000044858 2623 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
Trim54Q9ERP3 AC131586.2-201ENSMUST00000228370 1512 ntBASIC20.55■□□□□ 0.88
Trim54Q9ERP3 Nt5c-201ENSMUST00000021082 858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
Trim54Q9ERP3 Cck-204ENSMUST00000216138 799 ntTSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
Trim54Q9ERP3 Gm10065-201ENSMUST00000076238 345 ntAPPRIS P1 BASIC20.55■□□□□ 0.88
Trim54Q9ERP3 Selenom-201ENSMUST00000094469 707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
Trim54Q9ERP3 Rbmxl1-202ENSMUST00000211719 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
Trim54Q9ERP3 Atf5-202ENSMUST00000107893 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
Trim54Q9ERP3 Alg9-201ENSMUST00000034561 2873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
Trim54Q9ERP3 Stau2-217ENSMUST00000162751 3030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
Trim54Q9ERP3 Mrps23-203ENSMUST00000118784 1404 ntTSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
Trim54Q9ERP3 AC123857.1-201ENSMUST00000181053 2312 ntTSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
Trim54Q9ERP3 Vav3-201ENSMUST00000046864 5019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
Trim54Q9ERP3 Chadl-201ENSMUST00000072910 2548 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.54■□□□□ 0.88
Trim54Q9ERP3 Hist1h4c-201ENSMUST00000102967 820 ntAPPRIS P1 BASIC20.54■□□□□ 0.88
Trim54Q9ERP3 Arl6ip4-202ENSMUST00000122394 982 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.54■□□□□ 0.88
Trim54Q9ERP3 Snx12-204ENSMUST00000156473 1114 ntTSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
Trim54Q9ERP3 Gm27032-201ENSMUST00000183124 1116 ntBASIC20.54■□□□□ 0.88
Trim54Q9ERP3 Rps2-ps11-201ENSMUST00000195283 868 ntBASIC20.54■□□□□ 0.88
Trim54Q9ERP3 Gm45890-201ENSMUST00000212043 1026 ntTSL 5 BASIC20.54■□□□□ 0.88
Trim54Q9ERP3 Hfe2-201ENSMUST00000049208 2028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
Trim54Q9ERP3 Gm28523-201ENSMUST00000190040 1588 ntTSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
Trim54Q9ERP3 Rcor3-203ENSMUST00000192128 1578 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
Trim54Q9ERP3 Bmpr1a-201ENSMUST00000049005 5956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
Trim54Q9ERP3 Tmem250-ps-201ENSMUST00000133808 2483 ntTSL 2 BASIC20.53■□□□□ 0.88
Trim54Q9ERP3 3110062M04Rik-202ENSMUST00000115006 1501 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
Trim54Q9ERP3 Sqstm1-202ENSMUST00000102774 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
Trim54Q9ERP3 Crtc2-201ENSMUST00000029545 2747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
Trim54Q9ERP3 Josd2-204ENSMUST00000118628 864 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.53■□□□□ 0.88
Trim54Q9ERP3 Pabpn1-205ENSMUST00000141446 912 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC20.53■□□□□ 0.88
Trim54Q9ERP3 Lypla1-208ENSMUST00000150971 877 ntTSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
Trim54Q9ERP3 Gm20760-201ENSMUST00000179197 648 ntBASIC20.53■□□□□ 0.88
Trim54Q9ERP3 Zfp580-202ENSMUST00000208570 693 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
Trim54Q9ERP3 Josd2-201ENSMUST00000035844 930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
Trim54Q9ERP3 Trabd-206ENSMUST00000169891 1422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
Trim54Q9ERP3 Calml3-201ENSMUST00000077698 1421 ntAPPRIS P1 BASIC20.53■□□□□ 0.88
Trim54Q9ERP3 Maz-203ENSMUST00000205568 2650 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.52■□□□□ 0.88
Trim54Q9ERP3 Hat1-202ENSMUST00000112122 1899 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.52■□□□□ 0.88
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 54.9 ms