Protein–RNA interactions for Protein: P97436

Nkx3-1, Homeobox protein Nkx-3.1, mousemouse

Predictions only

Length 237 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Nkx3-1P97436 Polr1d-202ENSMUST00000110557 1137 ntTSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
Nkx3-1P97436 Vkorc1-202ENSMUST00000119922 387 ntTSL 3 BASIC16.48■□□□□ 0.23
Nkx3-1P97436 Arl6ip4-202ENSMUST00000122394 982 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.48■□□□□ 0.23
Nkx3-1P97436 Gm11691-201ENSMUST00000130963 658 ntTSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
Nkx3-1P97436 Immp2l-203ENSMUST00000134965 977 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.48■□□□□ 0.23
Nkx3-1P97436 1110004E09Rik-201ENSMUST00000023694 1143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
Nkx3-1P97436 Selenom-201ENSMUST00000094469 707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
Nkx3-1P97436 Polg2-201ENSMUST00000021060 1506 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
Nkx3-1P97436 Ube2h-202ENSMUST00000102993 4657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
Nkx3-1P97436 Caml-201ENSMUST00000021963 1382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
Nkx3-1P97436 Ppm1n-201ENSMUST00000032560 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
Nkx3-1P97436 Gm9934-201ENSMUST00000098303 2077 ntTSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
Nkx3-1P97436 AC152827.1-201ENSMUST00000221143 2189 ntBASIC16.47■□□□□ 0.23
Nkx3-1P97436 Gm8520-201ENSMUST00000186517 868 ntBASIC16.47■□□□□ 0.23
Nkx3-1P97436 Hnrnph3-202ENSMUST00000118898 2168 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.47■□□□□ 0.23
Nkx3-1P97436 Acvrl1-206ENSMUST00000121718 1906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
Nkx3-1P97436 Traf3-203ENSMUST00000117269 6972 ntTSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
Nkx3-1P97436 Zfp821-201ENSMUST00000034163 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
Nkx3-1P97436 Kremen2-201ENSMUST00000046525 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
Nkx3-1P97436 Efcc1-201ENSMUST00000032132 2729 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.46■□□□□ 0.23
Nkx3-1P97436 Mgll-203ENSMUST00000113582 1034 ntTSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
Nkx3-1P97436 Gm12473-201ENSMUST00000137535 579 ntTSL 5 BASIC16.46■□□□□ 0.23
Nkx3-1P97436 2300009A05Rik-201ENSMUST00000168665 595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
Nkx3-1P97436 Fgf22-203ENSMUST00000219981 1070 ntTSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
Nkx3-1P97436 a-201ENSMUST00000029123 731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
Nkx3-1P97436 Ccdc149-202ENSMUST00000198008 2470 ntTSL 5 BASIC16.46■□□□□ 0.23
Nkx3-1P97436 Tmem64-201ENSMUST00000062684 4670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
Nkx3-1P97436 Gbx2-201ENSMUST00000036954 2135 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
Nkx3-1P97436 Golga7-201ENSMUST00000051094 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.22
Nkx3-1P97436 Zfp692-202ENSMUST00000153510 1887 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.46■□□□□ 0.22
Nkx3-1P97436 Socs2-213ENSMUST00000170690 2195 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.45■□□□□ 0.22
Nkx3-1P97436 Nphp3-201ENSMUST00000035167 5899 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
Nkx3-1P97436 Ier2-201ENSMUST00000060427 1522 ntAPPRIS P1 BASIC16.45■□□□□ 0.22
Nkx3-1P97436 Msx1-201ENSMUST00000063116 1935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
Nkx3-1P97436 2900042K21Rik-201ENSMUST00000194444 653 ntBASIC16.45■□□□□ 0.22
Nkx3-1P97436 Gm20049-201ENSMUST00000219950 730 ntBASIC16.45■□□□□ 0.22
Nkx3-1P97436 Ankrd33b-203ENSMUST00000110410 2070 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
Nkx3-1P97436 Zfp105-201ENSMUST00000051667 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
Nkx3-1P97436 Cldn5-201ENSMUST00000043577 1414 ntAPPRIS P1 BASIC16.45■□□□□ 0.22
Nkx3-1P97436 Ctdsp1-201ENSMUST00000027367 2876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
Nkx3-1P97436 Tfap2e-201ENSMUST00000048194 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
Nkx3-1P97436 6820408C15Rik-201ENSMUST00000039961 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
Nkx3-1P97436 Zfp523-201ENSMUST00000002318 2710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
Nkx3-1P97436 Cacnb1-203ENSMUST00000103144 2236 ntTSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
Nkx3-1P97436 Fbxo22-204ENSMUST00000146201 2009 ntTSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
Nkx3-1P97436 Trak1-208ENSMUST00000210636 2197 ntTSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
Nkx3-1P97436 Rps6ka3-201ENSMUST00000033671 7244 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
Nkx3-1P97436 Unc50-201ENSMUST00000027285 1414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
Nkx3-1P97436 Smyd2-201ENSMUST00000027897 1680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
Nkx3-1P97436 Gtpbp2-217ENSMUST00000172170 2587 ntTSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
Nkx3-1P97436 Irx5-202ENSMUST00000210246 2550 ntTSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
Nkx3-1P97436 Cep170b-202ENSMUST00000101018 6641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
Nkx3-1P97436 Kctd2-202ENSMUST00000106533 2649 ntTSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
Nkx3-1P97436 Nr5a1-202ENSMUST00000112883 2994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
Nkx3-1P97436 Rps2-ps11-201ENSMUST00000195283 868 ntBASIC16.43■□□□□ 0.22
Nkx3-1P97436 Gm6802-201ENSMUST00000167843 1983 ntBASIC16.43■□□□□ 0.22
Nkx3-1P97436 Larp1-203ENSMUST00000178636 6617 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
Nkx3-1P97436 Homer1-206ENSMUST00000109493 2580 ntTSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
Nkx3-1P97436 Itga9-201ENSMUST00000044165 7020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
Nkx3-1P97436 Hira-201ENSMUST00000004222 4218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
Nkx3-1P97436 Cfap36-201ENSMUST00000020754 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
Nkx3-1P97436 Ubl3-201ENSMUST00000079324 2537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
Nkx3-1P97436 Kcnk15-202ENSMUST00000109396 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
Nkx3-1P97436 Ank1-207ENSMUST00000118733 8201 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
Nkx3-1P97436 K230010J24Rik-204ENSMUST00000187868 1810 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
Nkx3-1P97436 Gpatch2-201ENSMUST00000044812 1639 ntTSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
Nkx3-1P97436 Runx2-207ENSMUST00000160673 1791 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
Nkx3-1P97436 Pabpn1-205ENSMUST00000141446 912 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.42■□□□□ 0.22
Nkx3-1P97436 Eloc-203ENSMUST00000185771 742 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
Nkx3-1P97436 Nt5c-201ENSMUST00000021082 858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
Nkx3-1P97436 Gm45890-201ENSMUST00000212043 1026 ntTSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
Nkx3-1P97436 Hoxc12-201ENSMUST00000055562 1031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
Nkx3-1P97436 Rpl21-203ENSMUST00000099272 1067 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.42■□□□□ 0.22
Nkx3-1P97436 Lrig1-202ENSMUST00000101126 4951 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
Nkx3-1P97436 Paqr6-204ENSMUST00000147991 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
Nkx3-1P97436 Macrod2-202ENSMUST00000078027 1669 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
Nkx3-1P97436 Bola3-207ENSMUST00000136501 2312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
Nkx3-1P97436 Hipk1-201ENSMUST00000029438 4185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
Nkx3-1P97436 Kcnn4-201ENSMUST00000171904 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
Nkx3-1P97436 Henmt1-202ENSMUST00000098680 1466 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
Nkx3-1P97436 Map2k1-201ENSMUST00000005066 2436 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
Nkx3-1P97436 5730522E02Rik-201ENSMUST00000109511 1162 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
Nkx3-1P97436 Mrps18a-202ENSMUST00000123646 621 ntTSL 2 BASIC16.41■□□□□ 0.22
Nkx3-1P97436 Tspan2-203ENSMUST00000196611 682 ntTSL 5 BASIC16.41■□□□□ 0.22
Nkx3-1P97436 Gm44965-201ENSMUST00000204121 360 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.41■□□□□ 0.22
Nkx3-1P97436 Rps2-ps3-201ENSMUST00000213102 832 ntBASIC16.41■□□□□ 0.22
Nkx3-1P97436 AC135637.1-201ENSMUST00000227750 365 ntBASIC16.41■□□□□ 0.22
Nkx3-1P97436 AC122769.4-201ENSMUST00000228166 901 ntBASIC16.41■□□□□ 0.22
Nkx3-1P97436 Rchy1-204ENSMUST00000169948 1417 ntTSL 3 BASIC16.41■□□□□ 0.22
Nkx3-1P97436 Ccdc85c-202ENSMUST00000222310 4298 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.41■□□□□ 0.22
Nkx3-1P97436 Pdp1-204ENSMUST00000108299 2588 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.41■□□□□ 0.22
Nkx3-1P97436 Pkmyt1-201ENSMUST00000024701 2039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
Nkx3-1P97436 1600012H06Rik-203ENSMUST00000174004 1466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
Nkx3-1P97436 Olfm1-204ENSMUST00000113920 2513 ntTSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
Nkx3-1P97436 Arid1a-202ENSMUST00000105897 8175 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.41■□□□□ 0.22
Nkx3-1P97436 3110062M04Rik-202ENSMUST00000115006 1501 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
Nkx3-1P97436 AC131586.2-201ENSMUST00000228370 1512 ntBASIC16.4■□□□□ 0.22
Nkx3-1P97436 Gab2-201ENSMUST00000004622 6168 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
Nkx3-1P97436 Picalm-212ENSMUST00000208730 3427 ntTSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
Nkx3-1P97436 Brd1-201ENSMUST00000088911 4702 ntTSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 20.1 ms