Protein–RNA interactions for Protein: Q9JKU8

Lmx1a, LIM homeobox transcription factor 1-alpha, mousemouse

Predictions only

Length 382 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Lmx1aQ9JKU8 Lrrc4b-201ENSMUST00000058667 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
Lmx1aQ9JKU8 Ubtf-213ENSMUST00000178839 4580 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
Lmx1aQ9JKU8 Ccdc149-202ENSMUST00000198008 2470 ntTSL 5 BASIC19.26■□□□□ 0.67
Lmx1aQ9JKU8 Rpl26-202ENSMUST00000101014 657 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.26■□□□□ 0.67
Lmx1aQ9JKU8 Zfp467-209ENSMUST00000114566 543 ntTSL 3 BASIC19.26■□□□□ 0.67
Lmx1aQ9JKU8 A830035A12Rik-201ENSMUST00000147445 861 ntTSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
Lmx1aQ9JKU8 Zfp523-201ENSMUST00000002318 2710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
Lmx1aQ9JKU8 3830408C21Rik-205ENSMUST00000225426 1898 ntBASIC19.26■□□□□ 0.67
Lmx1aQ9JKU8 Ap1ar-201ENSMUST00000051737 2662 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.26■□□□□ 0.67
Lmx1aQ9JKU8 Slc35a2-203ENSMUST00000115663 1527 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC19.25■□□□□ 0.67
Lmx1aQ9JKU8 Gtpbp2-217ENSMUST00000172170 2587 ntTSL 5 BASIC19.25■□□□□ 0.67
Lmx1aQ9JKU8 Ankrd33b-203ENSMUST00000110410 2070 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
Lmx1aQ9JKU8 Cklf-203ENSMUST00000211809 525 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
Lmx1aQ9JKU8 Olfr322-201ENSMUST00000072030 984 ntAPPRIS P1 BASIC19.25■□□□□ 0.67
Lmx1aQ9JKU8 Nup153-201ENSMUST00000021803 6109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
Lmx1aQ9JKU8 Gm16505-202ENSMUST00000220976 1626 ntTSL 5 BASIC19.25■□□□□ 0.67
Lmx1aQ9JKU8 Ppp1r36-201ENSMUST00000063977 1515 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.25■□□□□ 0.67
Lmx1aQ9JKU8 Otud5-203ENSMUST00000115666 2471 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
Lmx1aQ9JKU8 Sstr4-201ENSMUST00000109962 1424 ntAPPRIS P1 BASIC19.25■□□□□ 0.67
Lmx1aQ9JKU8 Slc9a2-201ENSMUST00000027231 5019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
Lmx1aQ9JKU8 Ctdsp1-201ENSMUST00000027367 2876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
Lmx1aQ9JKU8 Elf2-212ENSMUST00000194641 5919 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC19.24■□□□□ 0.67
Lmx1aQ9JKU8 Zfp771-201ENSMUST00000052509 1484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
Lmx1aQ9JKU8 Pabpn1-205ENSMUST00000141446 912 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC19.24■□□□□ 0.67
Lmx1aQ9JKU8 Gm7977-201ENSMUST00000193787 748 ntBASIC19.24■□□□□ 0.67
Lmx1aQ9JKU8 Stard10-211ENSMUST00000210192 1258 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.24■□□□□ 0.67
Lmx1aQ9JKU8 Tsen54-201ENSMUST00000021134 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
Lmx1aQ9JKU8 Aifm2-204ENSMUST00000105455 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
Lmx1aQ9JKU8 Hoxc11-201ENSMUST00000001701 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
Lmx1aQ9JKU8 Matk-205ENSMUST00000121205 1841 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
Lmx1aQ9JKU8 Fam49b-207ENSMUST00000228226 1896 ntAPPRIS P1 BASIC19.23■□□□□ 0.67
Lmx1aQ9JKU8 Rex1bd-206ENSMUST00000136913 671 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.23■□□□□ 0.67
Lmx1aQ9JKU8 Mir9-3hg-206ENSMUST00000182937 636 ntTSL 3 BASIC19.23■□□□□ 0.67
Lmx1aQ9JKU8 Cck-201ENSMUST00000035120 691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
Lmx1aQ9JKU8 3110062M04Rik-202ENSMUST00000115006 1501 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
Lmx1aQ9JKU8 3110053B16Rik-202ENSMUST00000140360 2004 ntTSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
Lmx1aQ9JKU8 Wdr20-205ENSMUST00000193053 1351 ntTSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
Lmx1aQ9JKU8 6430573P05Rik-203ENSMUST00000195547 2457 ntBASIC19.22■□□□□ 0.67
Lmx1aQ9JKU8 Ssu72-202ENSMUST00000105595 874 ntTSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
Lmx1aQ9JKU8 Smim1-212ENSMUST00000146543 839 ntTSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
Lmx1aQ9JKU8 Gm45148-201ENSMUST00000208578 513 ntTSL 5 BASIC19.22■□□□□ 0.67
Lmx1aQ9JKU8 Nat8-201ENSMUST00000032073 1123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
Lmx1aQ9JKU8 Hist2h2ac-201ENSMUST00000090782 520 ntAPPRIS P1 BASIC19.22■□□□□ 0.67
Lmx1aQ9JKU8 Gm10638-201ENSMUST00000098532 905 ntAPPRIS P1 BASIC19.22■□□□□ 0.67
Lmx1aQ9JKU8 Gramd1a-202ENSMUST00000085636 2543 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.22■□□□□ 0.67
Lmx1aQ9JKU8 Aire-203ENSMUST00000105396 1749 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
Lmx1aQ9JKU8 Aire-214ENSMUST00000154374 1712 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
Lmx1aQ9JKU8 Aire-215ENSMUST00000155021 1737 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
Lmx1aQ9JKU8 Hsf1-201ENSMUST00000072838 2018 ntTSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
Lmx1aQ9JKU8 Ppm1n-201ENSMUST00000032560 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
Lmx1aQ9JKU8 Gm9934-201ENSMUST00000098303 2077 ntTSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
Lmx1aQ9JKU8 Exoc3l2-201ENSMUST00000011407 2200 ntTSL 5 BASIC19.21■□□□□ 0.67
Lmx1aQ9JKU8 Zfp821-201ENSMUST00000034163 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
Lmx1aQ9JKU8 Icam2-201ENSMUST00000001055 1282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
Lmx1aQ9JKU8 Pdpk1-205ENSMUST00000115411 1724 ntTSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
Lmx1aQ9JKU8 Zmym3-202ENSMUST00000117637 1593 ntTSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
Lmx1aQ9JKU8 Gm29241-201ENSMUST00000189260 1096 ntBASIC19.21■□□□□ 0.67
Lmx1aQ9JKU8 Rsu1-209ENSMUST00000191959 720 ntTSL 3 BASIC19.21■□□□□ 0.67
Lmx1aQ9JKU8 Zfp710-204ENSMUST00000206039 2194 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
Lmx1aQ9JKU8 Gm45890-201ENSMUST00000212043 1026 ntTSL 5 BASIC19.21■□□□□ 0.67
Lmx1aQ9JKU8 Map7-205ENSMUST00000214231 675 ntTSL 3 BASIC19.21■□□□□ 0.67
Lmx1aQ9JKU8 AC152827.1-201ENSMUST00000221143 2189 ntBASIC19.21■□□□□ 0.67
Lmx1aQ9JKU8 Hist2h2aa2-201ENSMUST00000074976 528 ntAPPRIS P1 BASIC19.21■□□□□ 0.67
Lmx1aQ9JKU8 Hist2h2aa1-201ENSMUST00000078756 586 ntAPPRIS P1 BASIC19.21■□□□□ 0.67
Lmx1aQ9JKU8 Osbpl2-201ENSMUST00000040668 2805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
Lmx1aQ9JKU8 Pelo-201ENSMUST00000109226 1600 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
Lmx1aQ9JKU8 Cox18-201ENSMUST00000048363 1333 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
Lmx1aQ9JKU8 Vegfa-207ENSMUST00000142351 1973 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
Lmx1aQ9JKU8 Rcl1-201ENSMUST00000064393 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
Lmx1aQ9JKU8 Tmem230-206ENSMUST00000180286 1531 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.2■□□□□ 0.66
Lmx1aQ9JKU8 Noc2l-202ENSMUST00000179886 2813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
Lmx1aQ9JKU8 Gm9817-201ENSMUST00000054395 2531 ntAPPRIS P1 BASIC19.2■□□□□ 0.66
Lmx1aQ9JKU8 Gm43909-201ENSMUST00000203443 1876 ntBASIC19.2■□□□□ 0.66
Lmx1aQ9JKU8 Gm11627-202ENSMUST00000107081 818 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.2■□□□□ 0.66
Lmx1aQ9JKU8 Atp8a1-204ENSMUST00000113652 854 ntTSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
Lmx1aQ9JKU8 Gm10830-201ENSMUST00000186379 636 ntTSL 5 BASIC19.2■□□□□ 0.66
Lmx1aQ9JKU8 Prss21-201ENSMUST00000024928 1094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
Lmx1aQ9JKU8 AI314180-201ENSMUST00000055822 1478 ntTSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
Lmx1aQ9JKU8 Tmem86a-201ENSMUST00000010451 1831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
Lmx1aQ9JKU8 Hpdl-201ENSMUST00000055436 1804 ntAPPRIS P1 BASIC19.2■□□□□ 0.66
Lmx1aQ9JKU8 Tfap2e-201ENSMUST00000048194 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
Lmx1aQ9JKU8 Map3k21-201ENSMUST00000034316 5693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
Lmx1aQ9JKU8 Gab2-201ENSMUST00000004622 6168 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
Lmx1aQ9JKU8 Stau2-201ENSMUST00000027052 2763 ntTSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
Lmx1aQ9JKU8 Alcam-206ENSMUST00000168071 878 ntTSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
Lmx1aQ9JKU8 Nt5c-201ENSMUST00000021082 858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
Lmx1aQ9JKU8 Wdr33-202ENSMUST00000082319 1152 ntTSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
Lmx1aQ9JKU8 Rpl21-203ENSMUST00000099272 1067 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.19■□□□□ 0.66
Lmx1aQ9JKU8 Cfap36-201ENSMUST00000020754 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
Lmx1aQ9JKU8 Prss32-201ENSMUST00000061725 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
Lmx1aQ9JKU8 Faap24-201ENSMUST00000032704 1857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
Lmx1aQ9JKU8 Commd7-202ENSMUST00000109782 1343 ntTSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
Lmx1aQ9JKU8 Dbndd1-202ENSMUST00000176286 1344 ntTSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
Lmx1aQ9JKU8 Homer3-206ENSMUST00000140212 2608 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
Lmx1aQ9JKU8 Tmem132b-201ENSMUST00000031446 7995 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.19■□□□□ 0.66
Lmx1aQ9JKU8 Kcnk15-202ENSMUST00000109396 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
Lmx1aQ9JKU8 Nat9-201ENSMUST00000103038 1143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
Lmx1aQ9JKU8 Spata3-208ENSMUST00000149469 1110 ntTSL 5 BASIC19.18■□□□□ 0.66
Lmx1aQ9JKU8 Smim15-206ENSMUST00000226042 1092 ntAPPRIS P1 BASIC19.18■□□□□ 0.66
Lmx1aQ9JKU8 Cfap20-201ENSMUST00000034249 1295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 22.1 ms