Protein–RNA interactions for Protein: Q9CQ56

Use1, Vesicle transport protein USE1, mousemouse

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Use1Q9CQ56 Sra1-201ENSMUST00000001415 2061 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
Use1Q9CQ56 Gm3667-201ENSMUST00000171906 2053 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
Use1Q9CQ56 Gm12524-201ENSMUST00000143109 1583 ntTSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
Use1Q9CQ56 Relb-202ENSMUST00000094762 2209 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
Use1Q9CQ56 Relb-203ENSMUST00000098754 2203 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
Use1Q9CQ56 Ppp2ca-201ENSMUST00000020608 7102 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
Use1Q9CQ56 Mindy2-201ENSMUST00000049031 8081 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
Use1Q9CQ56 Bcl9l-206ENSMUST00000220303 5760 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
Use1Q9CQ56 Ptgfrn-201ENSMUST00000102694 5902 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
Use1Q9CQ56 Hgsnat-201ENSMUST00000037609 2694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
Use1Q9CQ56 Slc2a13-202ENSMUST00000109283 6536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
Use1Q9CQ56 Zfp644-205ENSMUST00000112698 5689 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
Use1Q9CQ56 Surf4-201ENSMUST00000015011 3281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
Use1Q9CQ56 Ciapin1-201ENSMUST00000034233 1807 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.48
Use1Q9CQ56 AB124611-202ENSMUST00000086361 1310 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
Use1Q9CQ56 Irx3-202ENSMUST00000175795 2748 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
Use1Q9CQ56 Atrnl1-201ENSMUST00000077282 6581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
Use1Q9CQ56 Gas2-203ENSMUST00000107591 2232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
Use1Q9CQ56 Clcn4-206ENSMUST00000210594 2539 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.48
Use1Q9CQ56 Gm5784-201ENSMUST00000179344 2478 ntBASIC18.02■□□□□ 0.48
Use1Q9CQ56 Cyc1-201ENSMUST00000023210 1194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
Use1Q9CQ56 Bag1-201ENSMUST00000030125 1295 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
Use1Q9CQ56 Lrrc58-201ENSMUST00000078717 8604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
Use1Q9CQ56 Sbspon-201ENSMUST00000040695 2748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
Use1Q9CQ56 Arhgap44-202ENSMUST00000093001 2256 ntTSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.47
Use1Q9CQ56 Ppp1r21-201ENSMUST00000038551 3141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
Use1Q9CQ56 Sox12-201ENSMUST00000063332 4169 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.01■□□□□ 0.47
Use1Q9CQ56 Col4a3bp-202ENSMUST00000109444 5285 ntTSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
Use1Q9CQ56 Acot2-201ENSMUST00000021649 2196 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
Use1Q9CQ56 Dio3-202ENSMUST00000173014 2030 ntAPPRIS P1 BASIC18.01■□□□□ 0.47
Use1Q9CQ56 Exoc5-206ENSMUST00000161504 2582 ntTSL 5 BASIC18.01■□□□□ 0.47
Use1Q9CQ56 Rhbdf1-201ENSMUST00000020524 2946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
Use1Q9CQ56 Tnpo2-207ENSMUST00000211601 2941 ntTSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
Use1Q9CQ56 Zfp335os-201ENSMUST00000129364 1127 ntTSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
Use1Q9CQ56 Sdsl-202ENSMUST00000052258 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
Use1Q9CQ56 Vgll2-202ENSMUST00000163017 1650 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
Use1Q9CQ56 Znrf1-205ENSMUST00000172856 4600 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.01■□□□□ 0.47
Use1Q9CQ56 Trim72-202ENSMUST00000106248 2134 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.01■□□□□ 0.47
Use1Q9CQ56 Gse1-202ENSMUST00000118136 4492 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
Use1Q9CQ56 Gm15202-201ENSMUST00000154188 393 ntTSL 3 BASIC18■□□□□ 0.47
Use1Q9CQ56 Kcnma1-215ENSMUST00000190339 890 ntTSL 5 BASIC18■□□□□ 0.47
Use1Q9CQ56 Gm9207-201ENSMUST00000198773 1115 ntBASIC18■□□□□ 0.47
Use1Q9CQ56 Gm42911-201ENSMUST00000199360 1630 ntBASIC18■□□□□ 0.47
Use1Q9CQ56 Wdsub1-201ENSMUST00000028368 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
Use1Q9CQ56 Gab1-202ENSMUST00000210676 4985 ntTSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
Use1Q9CQ56 Smtnl2-201ENSMUST00000050226 2624 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
Use1Q9CQ56 Usp36-201ENSMUST00000092382 5609 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18■□□□□ 0.47
Use1Q9CQ56 Sqstm1-202ENSMUST00000102774 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
Use1Q9CQ56 Htra2-202ENSMUST00000113962 1305 ntTSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
Use1Q9CQ56 Plekhg3-207ENSMUST00000219063 4535 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
Use1Q9CQ56 Abr-202ENSMUST00000072740 5394 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
Use1Q9CQ56 Negr1-202ENSMUST00000074015 4983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
Use1Q9CQ56 Cebpa-201ENSMUST00000042985 2626 ntAPPRIS P1 BASIC17.99■□□□□ 0.47
Use1Q9CQ56 Fam129b-201ENSMUST00000028135 3714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
Use1Q9CQ56 Gm10941-201ENSMUST00000105408 708 ntTSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
Use1Q9CQ56 Sarnp-203ENSMUST00000219512 953 ntTSL 3 BASIC17.99■□□□□ 0.47
Use1Q9CQ56 Ostc-201ENSMUST00000043937 1067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
Use1Q9CQ56 Khk-204ENSMUST00000201621 1583 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
Use1Q9CQ56 Nptxr-201ENSMUST00000023057 5004 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
Use1Q9CQ56 Enah-203ENSMUST00000111025 3385 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
Use1Q9CQ56 Zfp282-201ENSMUST00000061890 5573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
Use1Q9CQ56 Stmn4-201ENSMUST00000074523 1303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
Use1Q9CQ56 Gnpda1-201ENSMUST00000063814 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
Use1Q9CQ56 Kcnq2-203ENSMUST00000081528 2382 ntTSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
Use1Q9CQ56 Gm10571-201ENSMUST00000097869 1638 ntBASIC17.98■□□□□ 0.47
Use1Q9CQ56 Lingo1-203ENSMUST00000114256 2782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
Use1Q9CQ56 Fam105a-202ENSMUST00000226145 2950 ntAPPRIS P1 BASIC17.98■□□□□ 0.47
Use1Q9CQ56 Krt87-201ENSMUST00000081945 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
Use1Q9CQ56 Tifa-201ENSMUST00000054483 2245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
Use1Q9CQ56 Bex1-202ENSMUST00000113118 754 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.98■□□□□ 0.47
Use1Q9CQ56 Pnkd-204ENSMUST00000113805 740 ntTSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
Use1Q9CQ56 2310061I04Rik-203ENSMUST00000148482 1193 ntTSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
Use1Q9CQ56 AC124603.1-201ENSMUST00000223843 308 ntBASIC17.98■□□□□ 0.47
Use1Q9CQ56 Pxmp2-201ENSMUST00000031472 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
Use1Q9CQ56 Nsmf-206ENSMUST00000114388 2781 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
Use1Q9CQ56 Alg9-201ENSMUST00000034561 2873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
Use1Q9CQ56 Fem1c-201ENSMUST00000036226 5726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
Use1Q9CQ56 Gm15645-201ENSMUST00000131504 2208 ntTSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.47
Use1Q9CQ56 Zbtb7c-202ENSMUST00000167921 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
Use1Q9CQ56 Uck1-201ENSMUST00000002625 2005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
Use1Q9CQ56 Tmem11-203ENSMUST00000168218 1511 ntTSL 2 BASIC17.98■□□□□ 0.47
Use1Q9CQ56 Crlf2-203ENSMUST00000200284 1405 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
Use1Q9CQ56 Setd3-201ENSMUST00000071095 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
Use1Q9CQ56 Adamtsl5-201ENSMUST00000095446 1957 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.97■□□□□ 0.47
Use1Q9CQ56 1810055G02Rik-201ENSMUST00000039048 1882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
Use1Q9CQ56 Golga5-202ENSMUST00000179218 2827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
Use1Q9CQ56 Dtymk-202ENSMUST00000112890 1055 ntTSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
Use1Q9CQ56 H3f3a-207ENSMUST00000162814 724 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC17.97■□□□□ 0.47
Use1Q9CQ56 D630036H23Rik-201ENSMUST00000171007 940 ntAPPRIS P1 BASIC17.97■□□□□ 0.47
Use1Q9CQ56 Slc25a41-201ENSMUST00000058661 1225 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
Use1Q9CQ56 Nr2c2ap-201ENSMUST00000095273 1161 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
Use1Q9CQ56 Foxp1-220ENSMUST00000176565 3727 ntTSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
Use1Q9CQ56 Tekt5-201ENSMUST00000043415 1803 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
Use1Q9CQ56 Sort1-201ENSMUST00000102632 6796 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
Use1Q9CQ56 Creb3l1-201ENSMUST00000028663 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
Use1Q9CQ56 D630002J18Rik-201ENSMUST00000181854 1115 ntBASIC17.96■□□□□ 0.47
Use1Q9CQ56 Smco4-203ENSMUST00000215907 994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
Use1Q9CQ56 Paics-203ENSMUST00000120912 2345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
Use1Q9CQ56 Hoxb3os-201ENSMUST00000131275 2315 ntTSL 3 BASIC17.96■□□□□ 0.47
Use1Q9CQ56 Adrm1-201ENSMUST00000061437 1535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 17.8 ms