Protein–RNA interactions for Protein: Q2UY11

Col28a1, Collagen alpha-1(XXVIII) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,141 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col28a1Q2UY11 Atxn2-201ENSMUST00000051950 4472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
Col28a1Q2UY11 Htra2-202ENSMUST00000113962 1305 ntTSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
Col28a1Q2UY11 Cables2-201ENSMUST00000108891 2975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
Col28a1Q2UY11 Mfsd14a-201ENSMUST00000029570 2782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
Col28a1Q2UY11 Blcap-202ENSMUST00000109528 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
Col28a1Q2UY11 Plin5-202ENSMUST00000113072 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
Col28a1Q2UY11 Jagn1-201ENSMUST00000101070 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
Col28a1Q2UY11 Tmem59-202ENSMUST00000106753 1148 ntTSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
Col28a1Q2UY11 Cdv3-ps-201ENSMUST00000169632 827 ntBASIC18.48■□□□□ 0.55
Col28a1Q2UY11 Pet117-201ENSMUST00000183618 693 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
Col28a1Q2UY11 N4bp2os-203ENSMUST00000202673 699 ntTSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
Col28a1Q2UY11 Sirt1-202ENSMUST00000105442 3740 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
Col28a1Q2UY11 Btnl9-202ENSMUST00000066531 1945 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
Col28a1Q2UY11 Acvr1-201ENSMUST00000056376 2394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
Col28a1Q2UY11 Ttc9-202ENSMUST00000218362 4754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
Col28a1Q2UY11 Wipi2-202ENSMUST00000110778 1959 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
Col28a1Q2UY11 Fbxo24-202ENSMUST00000111002 2306 ntTSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
Col28a1Q2UY11 Nipa2-202ENSMUST00000117812 3039 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
Col28a1Q2UY11 Tpst2-202ENSMUST00000071455 1741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
Col28a1Q2UY11 Lrrc36-202ENSMUST00000109355 2411 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
Col28a1Q2UY11 2810001G20Rik-202ENSMUST00000146333 959 ntTSL 3 BASIC18.47■□□□□ 0.55
Col28a1Q2UY11 4930539J05Rik-202ENSMUST00000182865 511 ntTSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
Col28a1Q2UY11 Dscam-201ENSMUST00000056102 7498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
Col28a1Q2UY11 Cyp4f16-201ENSMUST00000003416 2227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
Col28a1Q2UY11 1810055G02Rik-201ENSMUST00000039048 1882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
Col28a1Q2UY11 Snx21-206ENSMUST00000174070 1446 ntTSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
Col28a1Q2UY11 Ism1-202ENSMUST00000184404 2964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
Col28a1Q2UY11 Yipf2-203ENSMUST00000180365 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
Col28a1Q2UY11 Neil2-201ENSMUST00000038229 1932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
Col28a1Q2UY11 Pqlc1-201ENSMUST00000070135 1911 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
Col28a1Q2UY11 Tial1-209ENSMUST00000141126 1344 ntTSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
Col28a1Q2UY11 Prkg2-201ENSMUST00000031277 2618 ntTSL 5 BASIC18.46■□□□□ 0.55
Col28a1Q2UY11 Hsdl1-201ENSMUST00000036049 3141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
Col28a1Q2UY11 Kcnq2-203ENSMUST00000081528 2382 ntTSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
Col28a1Q2UY11 Fgfr3-202ENSMUST00000087820 2630 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.46■□□□□ 0.55
Col28a1Q2UY11 Hrh3-203ENSMUST00000164442 1242 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.46■□□□□ 0.55
Col28a1Q2UY11 1700064M15Rik-201ENSMUST00000185726 645 ntTSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
Col28a1Q2UY11 6430500D05Rik-201ENSMUST00000198286 1176 ntBASIC18.46■□□□□ 0.55
Col28a1Q2UY11 Slc35b2-207ENSMUST00000226086 850 ntBASIC18.46■□□□□ 0.55
Col28a1Q2UY11 Spint1-202ENSMUST00000110816 1913 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.46■□□□□ 0.55
Col28a1Q2UY11 Foxp1-220ENSMUST00000176565 3727 ntTSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
Col28a1Q2UY11 AA386476-201ENSMUST00000098781 1665 ntBASIC18.46■□□□□ 0.55
Col28a1Q2UY11 Fam105a-203ENSMUST00000226170 3043 ntBASIC18.46■□□□□ 0.55
Col28a1Q2UY11 Foxa2-201ENSMUST00000047315 2128 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
Col28a1Q2UY11 Gng12-202ENSMUST00000114222 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
Col28a1Q2UY11 Tmod1-201ENSMUST00000107773 3158 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.45■□□□□ 0.54
Col28a1Q2UY11 Elac2-201ENSMUST00000071891 2771 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
Col28a1Q2UY11 Shc2-201ENSMUST00000020564 3243 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.45■□□□□ 0.54
Col28a1Q2UY11 Mrpl16-201ENSMUST00000167199 1122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
Col28a1Q2UY11 Gm20522-201ENSMUST00000173576 784 ntTSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
Col28a1Q2UY11 Ttyh3-201ENSMUST00000042661 4658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
Col28a1Q2UY11 Map6-206ENSMUST00000208605 2275 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
Col28a1Q2UY11 Ccdc84-201ENSMUST00000053286 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
Col28a1Q2UY11 Jph1-201ENSMUST00000038382 4809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
Col28a1Q2UY11 Mmp15-201ENSMUST00000034243 5135 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
Col28a1Q2UY11 Cdkn1c-201ENSMUST00000037287 1901 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
Col28a1Q2UY11 Rncr4-201ENSMUST00000194541 2234 ntBASIC18.45■□□□□ 0.54
Col28a1Q2UY11 Baiap2-201ENSMUST00000026436 2394 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
Col28a1Q2UY11 Foxf2-201ENSMUST00000042054 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
Col28a1Q2UY11 Nsmf-205ENSMUST00000114386 2685 ntTSL 5 BASIC18.45■□□□□ 0.54
Col28a1Q2UY11 Nadk2-201ENSMUST00000067760 3731 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC18.45■□□□□ 0.54
Col28a1Q2UY11 Nus1-201ENSMUST00000023830 4605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
Col28a1Q2UY11 Dap3-201ENSMUST00000090938 4760 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
Col28a1Q2UY11 Impa2-201ENSMUST00000025403 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
Col28a1Q2UY11 Hat1-202ENSMUST00000112122 1899 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.44■□□□□ 0.54
Col28a1Q2UY11 Nol7-205ENSMUST00000222499 756 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
Col28a1Q2UY11 Trmt112-201ENSMUST00000088257 957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
Col28a1Q2UY11 Agpat3-201ENSMUST00000001240 5980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
Col28a1Q2UY11 Prmt3-201ENSMUST00000032715 2507 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
Col28a1Q2UY11 Mpp6-201ENSMUST00000036225 1896 ntTSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
Col28a1Q2UY11 Tmem79-203ENSMUST00000107553 2053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
Col28a1Q2UY11 Lrrfip1-201ENSMUST00000068116 2050 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.43■□□□□ 0.54
Col28a1Q2UY11 AU019823-202ENSMUST00000145139 2805 ntTSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
Col28a1Q2UY11 Pxk-201ENSMUST00000036682 2812 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
Col28a1Q2UY11 Ndfip2-206ENSMUST00000181969 2532 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
Col28a1Q2UY11 Rab7-205ENSMUST00000113600 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
Col28a1Q2UY11 Tm2d1-202ENSMUST00000102793 1027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
Col28a1Q2UY11 Kiss1-203ENSMUST00000193888 624 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
Col28a1Q2UY11 Erh-201ENSMUST00000021559 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
Col28a1Q2UY11 Rps19bp1-201ENSMUST00000052499 830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
Col28a1Q2UY11 Ccdc74a-201ENSMUST00000056962 1273 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.43■□□□□ 0.54
Col28a1Q2UY11 1700007K13Rik-201ENSMUST00000086370 812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
Col28a1Q2UY11 Gm1673-201ENSMUST00000094869 477 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
Col28a1Q2UY11 Slc25a3-203ENSMUST00000164505 1483 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.43■□□□□ 0.54
Col28a1Q2UY11 Gm35558-201ENSMUST00000222675 2219 ntBASIC18.43■□□□□ 0.54
Col28a1Q2UY11 Paics-201ENSMUST00000031160 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
Col28a1Q2UY11 Lmo2-208ENSMUST00000170926 1529 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
Col28a1Q2UY11 Snx16-202ENSMUST00000099223 2512 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
Col28a1Q2UY11 Mrpl38-201ENSMUST00000106439 1411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
Col28a1Q2UY11 Rpap3-201ENSMUST00000023104 2260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
Col28a1Q2UY11 Ankrd9-204ENSMUST00000140788 1451 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC18.42■□□□□ 0.54
Col28a1Q2UY11 Flvcr1-202ENSMUST00000191946 1216 ntBASIC18.42■□□□□ 0.54
Col28a1Q2UY11 AC138214.1-201ENSMUST00000223838 420 ntAPPRIS P1 BASIC18.42■□□□□ 0.54
Col28a1Q2UY11 C1ql4-201ENSMUST00000064462 874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
Col28a1Q2UY11 Irx3-201ENSMUST00000093312 2610 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
Col28a1Q2UY11 Cnih3-202ENSMUST00000161880 1995 ntTSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
Col28a1Q2UY11 Gm38342-201ENSMUST00000195710 2980 ntBASIC18.42■□□□□ 0.54
Col28a1Q2UY11 Pdp1-206ENSMUST00000108302 2525 ntTSL 3 BASIC18.42■□□□□ 0.54
Col28a1Q2UY11 Lemd3-201ENSMUST00000119093 4370 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.42■□□□□ 0.54
Col28a1Q2UY11 E030030I06Rik-202ENSMUST00000179054 2081 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 26.6 ms