Protein–RNA interactions for Protein: Q00780

Col8a1, Collagen alpha-1(VIII) chain, mousemouse

Predictions only

Length 744 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col8a1Q00780 Nphp3-201ENSMUST00000035167 5899 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
Col8a1Q00780 Ier2-201ENSMUST00000060427 1522 ntAPPRIS P1 BASIC16.38■□□□□ 0.21
Col8a1Q00780 Srsf12-201ENSMUST00000067864 2939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
Col8a1Q00780 Lhx2-201ENSMUST00000000253 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
Col8a1Q00780 Pias2-202ENSMUST00000114777 4968 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
Col8a1Q00780 Prpsap2-204ENSMUST00000168115 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
Col8a1Q00780 Aifm2-204ENSMUST00000105455 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
Col8a1Q00780 Spata3-208ENSMUST00000149469 1110 ntTSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
Col8a1Q00780 Camkk2-202ENSMUST00000196742 1084 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
Col8a1Q00780 Cnnm1-202ENSMUST00000223787 2931 ntAPPRIS ALT2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
Col8a1Q00780 Rbfox3-206ENSMUST00000120061 2150 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
Col8a1Q00780 Tysnd1-201ENSMUST00000020284 2286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
Col8a1Q00780 Tpst2-202ENSMUST00000071455 1741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
Col8a1Q00780 AI314180-201ENSMUST00000055822 1478 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
Col8a1Q00780 Cacybp-201ENSMUST00000014370 2098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
Col8a1Q00780 Arid1b-201ENSMUST00000092723 7150 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
Col8a1Q00780 Gm12660-201ENSMUST00000123764 664 ntTSL 3 BASIC16.36■□□□□ 0.21
Col8a1Q00780 Alcam-206ENSMUST00000168071 878 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
Col8a1Q00780 Gm6576-201ENSMUST00000169678 883 ntBASIC16.36■□□□□ 0.21
Col8a1Q00780 Creb1-203ENSMUST00000171164 1287 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
Col8a1Q00780 Olfr322-201ENSMUST00000072030 984 ntAPPRIS P1 BASIC16.36■□□□□ 0.21
Col8a1Q00780 Gm10655-201ENSMUST00000098658 1397 ntBASIC16.36■□□□□ 0.21
Col8a1Q00780 Gas2l1-202ENSMUST00000056649 2847 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
Col8a1Q00780 Kmt2b-201ENSMUST00000006470 8469 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
Col8a1Q00780 Fmnl2-204ENSMUST00000127122 5508 ntTSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
Col8a1Q00780 Dusp26-205ENSMUST00000170204 1627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
Col8a1Q00780 Ankrd33b-202ENSMUST00000076942 1641 ntTSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
Col8a1Q00780 Chrna7-201ENSMUST00000032738 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
Col8a1Q00780 Tnnt2-202ENSMUST00000112085 1076 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
Col8a1Q00780 Tnnt2-203ENSMUST00000112086 1094 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
Col8a1Q00780 Tnnt2-204ENSMUST00000112087 1112 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
Col8a1Q00780 Tnnt2-206ENSMUST00000178854 1076 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
Col8a1Q00780 Tnnt2-211ENSMUST00000189355 1112 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
Col8a1Q00780 Tnnt2-212ENSMUST00000189732 1123 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
Col8a1Q00780 6530437J22Rik-201ENSMUST00000207515 773 ntTSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
Col8a1Q00780 Fxn-201ENSMUST00000081333 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
Col8a1Q00780 Rps16-201ENSMUST00000082134 1109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
Col8a1Q00780 Wnk2-205ENSMUST00000110097 6882 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
Col8a1Q00780 Wnk2-203ENSMUST00000091623 6897 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
Col8a1Q00780 Gimap1-201ENSMUST00000054368 1493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
Col8a1Q00780 Cep170b-202ENSMUST00000101018 6641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
Col8a1Q00780 Foxg1-201ENSMUST00000021333 2941 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
Col8a1Q00780 Prdm11-205ENSMUST00000178666 1870 ntTSL 5 BASIC16.34■□□□□ 0.21
Col8a1Q00780 Morf4l1-201ENSMUST00000085248 1882 ntTSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
Col8a1Q00780 Fam189a2-201ENSMUST00000096164 2547 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.34■□□□□ 0.21
Col8a1Q00780 Gm26879-201ENSMUST00000181127 1176 ntTSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
Col8a1Q00780 Rpl38-202ENSMUST00000082092 345 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.34■□□□□ 0.21
Col8a1Q00780 Gm10638-201ENSMUST00000098532 905 ntAPPRIS P1 BASIC16.34■□□□□ 0.21
Col8a1Q00780 Kcnk1-201ENSMUST00000046765 2235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
Col8a1Q00780 Traf3-203ENSMUST00000117269 6972 ntTSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
Col8a1Q00780 Nol4l-201ENSMUST00000035346 6399 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
Col8a1Q00780 Krtap5-3-202ENSMUST00000187512 1652 ntAPPRIS P2 BASIC16.34■□□□□ 0.21
Col8a1Q00780 Morf4l1-202ENSMUST00000169860 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.21
Col8a1Q00780 Ergic1-206ENSMUST00000167662 2754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.21
Col8a1Q00780 A830035O19Rik-201ENSMUST00000216147 1898 ntBASIC16.33■□□□□ 0.21
Col8a1Q00780 Sh3bp1-203ENSMUST00000089378 2001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.21
Col8a1Q00780 Lrrc1-205ENSMUST00000183873 3121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.21
Col8a1Q00780 Brpf3-201ENSMUST00000004985 5766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
Col8a1Q00780 Gm15565-201ENSMUST00000118890 427 ntBASIC16.33■□□□□ 0.2
Col8a1Q00780 Ube2i-213ENSMUST00000174031 824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
Col8a1Q00780 Rprm-201ENSMUST00000100089 1460 ntAPPRIS P1 BASIC16.33■□□□□ 0.2
Col8a1Q00780 Mlf2-201ENSMUST00000032214 1451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
Col8a1Q00780 Srsf10-203ENSMUST00000102544 2225 ntTSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
Col8a1Q00780 Tlk2-202ENSMUST00000092537 2743 ntTSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
Col8a1Q00780 Cdh4-203ENSMUST00000108911 1208 ntTSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
Col8a1Q00780 Smox-207ENSMUST00000110186 2170 ntTSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
Col8a1Q00780 Mbp-208ENSMUST00000114676 1685 ntTSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
Col8a1Q00780 Gm715-201ENSMUST00000117865 831 ntBASIC16.32■□□□□ 0.2
Col8a1Q00780 Cpeb3-205ENSMUST00000126781 2095 ntTSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
Col8a1Q00780 Arhgap9-204ENSMUST00000219511 2217 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
Col8a1Q00780 Edn2-201ENSMUST00000030384 1462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
Col8a1Q00780 Fez1-201ENSMUST00000034630 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
Col8a1Q00780 H2-Q7-203ENSMUST00000078205 1419 ntTSL 5 BASIC16.32■□□□□ 0.2
Col8a1Q00780 Polr1c-201ENSMUST00000087026 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
Col8a1Q00780 Soga1-201ENSMUST00000069098 7864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
Col8a1Q00780 AC153962.1-201ENSMUST00000218530 1948 ntBASIC16.31■□□□□ 0.2
Col8a1Q00780 Tmprss5-205ENSMUST00000170246 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
Col8a1Q00780 Osbpl2-201ENSMUST00000040668 2805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
Col8a1Q00780 Dbndd1-202ENSMUST00000176286 1344 ntTSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
Col8a1Q00780 Yeats4-201ENSMUST00000020382 1327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
Col8a1Q00780 Zfp64-202ENSMUST00000109161 1009 ntTSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
Col8a1Q00780 Gm13534-201ENSMUST00000121169 513 ntBASIC16.31■□□□□ 0.2
Col8a1Q00780 Cdk19os-202ENSMUST00000143103 1124 ntTSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
Col8a1Q00780 Gas5-203ENSMUST00000159119 665 ntTSL 5 BASIC16.31■□□□□ 0.2
Col8a1Q00780 Lmbrd1-202ENSMUST00000186096 688 ntTSL 2 BASIC16.31■□□□□ 0.2
Col8a1Q00780 Gm26524-201ENSMUST00000192339 390 ntBASIC16.31■□□□□ 0.2
Col8a1Q00780 Rps2-ps11-201ENSMUST00000195283 868 ntBASIC16.31■□□□□ 0.2
Col8a1Q00780 Gm45890-201ENSMUST00000212043 1026 ntTSL 5 BASIC16.31■□□□□ 0.2
Col8a1Q00780 Ndufa5-201ENSMUST00000023851 875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
Col8a1Q00780 Hoxc12-201ENSMUST00000055562 1031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
Col8a1Q00780 Gm8909-202ENSMUST00000097335 1182 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.31■□□□□ 0.2
Col8a1Q00780 Bin1-201ENSMUST00000025239 2451 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.31■□□□□ 0.2
Col8a1Q00780 Rnf8-201ENSMUST00000024817 2077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
Col8a1Q00780 Mcam-201ENSMUST00000034650 2989 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
Col8a1Q00780 Shc4-202ENSMUST00000110477 1988 ntTSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
Col8a1Q00780 Gm43006-201ENSMUST00000197702 1602 ntBASIC16.3■□□□□ 0.2
Col8a1Q00780 Begain-203ENSMUST00000190647 2707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
Col8a1Q00780 Tcerg1l-201ENSMUST00000160436 2565 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.3■□□□□ 0.2
Col8a1Q00780 Rpl26-202ENSMUST00000101014 657 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.3■□□□□ 0.2
Col8a1Q00780 Gm12896-201ENSMUST00000118430 226 ntBASIC16.3■□□□□ 0.2
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 864.5 ms