Protein–RNA interactions for Protein: P39428

Traf1, TNF receptor-associated factor 1, mousemouse

Predictions only

Length 409 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Traf1P39428 Mcam-201ENSMUST00000034650 2989 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
Traf1P39428 Clasp2-211ENSMUST00000216817 2234 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
Traf1P39428 Cldn23-201ENSMUST00000060128 1848 ntAPPRIS P1 BASIC22.22■■□□□ 1.15
Traf1P39428 Sfr1-201ENSMUST00000099353 1583 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
Traf1P39428 Maz-203ENSMUST00000205568 2650 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
Traf1P39428 C230096K16Rik-201ENSMUST00000198074 1722 ntBASIC22.21■■□□□ 1.15
Traf1P39428 Lpcat3-201ENSMUST00000004381 2281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
Traf1P39428 Zfp444-202ENSMUST00000108565 849 ntTSL 3 BASIC22.21■■□□□ 1.15
Traf1P39428 2510002D24Rik-202ENSMUST00000123146 361 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
Traf1P39428 Pcmtd1-201ENSMUST00000061280 5232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
Traf1P39428 Sost-201ENSMUST00000001534 2066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
Traf1P39428 Fezf2-201ENSMUST00000022262 2188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
Traf1P39428 Aire-203ENSMUST00000105396 1749 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
Traf1P39428 Gm11762-201ENSMUST00000135630 1705 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
Traf1P39428 Aire-214ENSMUST00000154374 1712 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
Traf1P39428 Aire-215ENSMUST00000155021 1737 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
Traf1P39428 Amdhd1-201ENSMUST00000016034 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
Traf1P39428 Alg9-201ENSMUST00000034561 2873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
Traf1P39428 Gfra4-205ENSMUST00000110239 810 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
Traf1P39428 Gm13146-201ENSMUST00000118508 780 ntBASIC22.2■■□□□ 1.14
Traf1P39428 Gm11691-201ENSMUST00000130963 658 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
Traf1P39428 Ap4s1-201ENSMUST00000021338 1035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
Traf1P39428 Dcbld1-201ENSMUST00000069004 3024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
Traf1P39428 Cnbp-208ENSMUST00000204653 2175 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
Traf1P39428 Cnbp-201ENSMUST00000032138 2178 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
Traf1P39428 Klhl25-203ENSMUST00000205612 1343 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
Traf1P39428 Tcp11-203ENSMUST00000114836 1726 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
Traf1P39428 Sox17-208ENSMUST00000195555 1977 ntTSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
Traf1P39428 Hoxc11-201ENSMUST00000001701 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
Traf1P39428 Magi2-206ENSMUST00000197443 6578 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
Traf1P39428 Mylip-201ENSMUST00000038275 3065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
Traf1P39428 Tmem54-203ENSMUST00000106064 1066 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
Traf1P39428 Gm11627-201ENSMUST00000107080 585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
Traf1P39428 Camkk2-202ENSMUST00000196742 1084 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
Traf1P39428 Psmb5-201ENSMUST00000022803 899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
Traf1P39428 Cadm1-201ENSMUST00000034581 1254 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
Traf1P39428 Kmt5b-216ENSMUST00000176926 1551 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
Traf1P39428 Slc16a10-201ENSMUST00000092566 5397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
Traf1P39428 Rab5c-201ENSMUST00000019317 1967 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
Traf1P39428 Tmem79-202ENSMUST00000107552 2063 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
Traf1P39428 D11Wsu47e-201ENSMUST00000042227 2196 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
Traf1P39428 Phox2b-201ENSMUST00000012664 3013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
Traf1P39428 Pink1-201ENSMUST00000030536 2375 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
Traf1P39428 Stmn4-203ENSMUST00000120229 1281 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
Traf1P39428 Kcnc3-207ENSMUST00000209177 2960 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
Traf1P39428 Rasa1-201ENSMUST00000109552 4563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
Traf1P39428 Vegfa-207ENSMUST00000142351 1973 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
Traf1P39428 Kmt2b-202ENSMUST00000108154 8454 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
Traf1P39428 Cbfb-202ENSMUST00000109392 2891 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
Traf1P39428 Kalrn-208ENSMUST00000114961 6128 ntTSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
Traf1P39428 Arl4d-201ENSMUST00000039388 1382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
Traf1P39428 Gm44732-201ENSMUST00000208055 635 ntTSL 3 BASIC22.17■■□□□ 1.14
Traf1P39428 Fbxw2-206ENSMUST00000113080 1923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
Traf1P39428 Neurog1-201ENSMUST00000058475 1686 ntAPPRIS P1 BASIC22.17■■□□□ 1.14
Traf1P39428 Spint1-203ENSMUST00000110817 2323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
Traf1P39428 Lrp3-202ENSMUST00000122409 4147 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
Traf1P39428 Ptger3-202ENSMUST00000173533 2097 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
Traf1P39428 Mall-201ENSMUST00000028856 2006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
Traf1P39428 Sstr4-201ENSMUST00000109962 1424 ntAPPRIS P1 BASIC22.16■■□□□ 1.14
Traf1P39428 Rcor1-201ENSMUST00000084968 5684 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
Traf1P39428 Matk-205ENSMUST00000121205 1841 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
Traf1P39428 C230062I16Rik-202ENSMUST00000207746 1022 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
Traf1P39428 Pts-208ENSMUST00000215416 439 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
Traf1P39428 Slc9a2-201ENSMUST00000027231 5019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
Traf1P39428 Slc3a2-201ENSMUST00000010239 1819 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
Traf1P39428 Gm12216-203ENSMUST00000121435 655 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
Traf1P39428 E130307A14Rik-208ENSMUST00000145971 830 ntTSL 3 BASIC22.15■■□□□ 1.14
Traf1P39428 Krtcap3-205ENSMUST00000201625 902 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
Traf1P39428 Gm39115-201ENSMUST00000211350 699 ntAPPRIS P1 BASIC22.15■■□□□ 1.14
Traf1P39428 Spsb3-203ENSMUST00000117890 1641 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
Traf1P39428 Gm16505-202ENSMUST00000220976 1626 ntTSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
Traf1P39428 Agfg1-202ENSMUST00000113444 3142 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
Traf1P39428 Fbxo22-204ENSMUST00000146201 2009 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
Traf1P39428 Olfm2-204ENSMUST00000217198 2005 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.14■■□□□ 1.14
Traf1P39428 Vstm2b-201ENSMUST00000044705 2627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.14
Traf1P39428 Donson-203ENSMUST00000117159 2215 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
Traf1P39428 Fbxo27-203ENSMUST00000108281 1948 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
Traf1P39428 Sae1-201ENSMUST00000094815 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
Traf1P39428 S100a6-201ENSMUST00000001051 731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
Traf1P39428 Lhx1-204ENSMUST00000184646 1201 ntTSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
Traf1P39428 Snrpd3-203ENSMUST00000220229 442 ntTSL 3 BASIC22.14■■□□□ 1.13
Traf1P39428 Tceanc2-201ENSMUST00000030362 935 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.14■■□□□ 1.13
Traf1P39428 Cbx4-201ENSMUST00000026665 5179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
Traf1P39428 Whamm-201ENSMUST00000165460 3069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
Traf1P39428 Tnks2-201ENSMUST00000025729 6481 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
Traf1P39428 Gm38205-201ENSMUST00000192243 258 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
Traf1P39428 Sohlh1-201ENSMUST00000076989 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
Traf1P39428 En2-201ENSMUST00000036177 3539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
Traf1P39428 Pcyt2-203ENSMUST00000106188 1486 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
Traf1P39428 Uqcrc1-201ENSMUST00000026743 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
Traf1P39428 6820408C15Rik-201ENSMUST00000039961 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
Traf1P39428 Mtfr1l-201ENSMUST00000102550 2025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
Traf1P39428 Fam105a-201ENSMUST00000100739 2867 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
Traf1P39428 Catsper2-201ENSMUST00000038073 2247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
Traf1P39428 Gm6802-201ENSMUST00000167843 1983 ntBASIC22.12■■□□□ 1.13
Traf1P39428 Asph-217ENSMUST00000146441 2576 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
Traf1P39428 Otud5-203ENSMUST00000115666 2471 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
Traf1P39428 Rfk-201ENSMUST00000025617 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
Traf1P39428 Zmym3-207ENSMUST00000120201 1859 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
Traf1P39428 Gm30085-201ENSMUST00000209694 594 ntTSL 3 BASIC22.12■■□□□ 1.13
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 23.9 ms