Protein–RNA interactions for Protein: Q9ER60

Scn4a, Sodium channel protein type 4 subunit alpha, mousemouse

Predictions only

Length 1,841 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Scn4aQ9ER60 Morf4l1-202ENSMUST00000169860 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
Scn4aQ9ER60 Sstr4-201ENSMUST00000109962 1424 ntAPPRIS P1 BASIC27.12■■□□□ 1.93
Scn4aQ9ER60 Chrna7-201ENSMUST00000032738 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
Scn4aQ9ER60 Prss32-201ENSMUST00000061725 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
Scn4aQ9ER60 Alg5-201ENSMUST00000044567 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
Scn4aQ9ER60 Yif1b-203ENSMUST00000108238 1126 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
Scn4aQ9ER60 Grp-201ENSMUST00000025395 862 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
Scn4aQ9ER60 Ly6h-202ENSMUST00000065417 985 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC27.12■■□□□ 1.93
Scn4aQ9ER60 Grasp-201ENSMUST00000000543 2013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
Scn4aQ9ER60 Krt8-201ENSMUST00000023952 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
Scn4aQ9ER60 St6galnac6-203ENSMUST00000095044 2394 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
Scn4aQ9ER60 Fgfbp3-201ENSMUST00000057337 1772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
Scn4aQ9ER60 Gm15847-201ENSMUST00000121417 1065 ntBASIC27.11■■□□□ 1.93
Scn4aQ9ER60 Gm44549-201ENSMUST00000208351 577 ntBASIC27.11■■□□□ 1.93
Scn4aQ9ER60 Tspan9-201ENSMUST00000032503 1405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
Scn4aQ9ER60 C230037L18Rik-201ENSMUST00000136218 1886 ntTSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
Scn4aQ9ER60 Mrps10-204ENSMUST00000120737 1017 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
Scn4aQ9ER60 Tnfaip8l2-201ENSMUST00000013851 1122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
Scn4aQ9ER60 1300014J16Rik-201ENSMUST00000219015 1337 ntBASIC27.11■■□□□ 1.93
Scn4aQ9ER60 Dmrta2os-202ENSMUST00000141893 691 ntTSL 3 BASIC27.1■■□□□ 1.93
Scn4aQ9ER60 H2-K2-201ENSMUST00000174250 1049 ntBASIC27.1■■□□□ 1.93
Scn4aQ9ER60 Gm4316-202ENSMUST00000212490 1115 ntTSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
Scn4aQ9ER60 Bax-201ENSMUST00000033093 867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
Scn4aQ9ER60 Mnx1-202ENSMUST00000165512 2245 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
Scn4aQ9ER60 Fam220a-205ENSMUST00000169329 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
Scn4aQ9ER60 Sfrp5-201ENSMUST00000018966 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
Scn4aQ9ER60 K230015D01Rik-201ENSMUST00000211969 1516 ntBASIC27.1■■□□□ 1.93
Scn4aQ9ER60 Eef1a2-201ENSMUST00000055990 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
Scn4aQ9ER60 Pigp-202ENSMUST00000113906 745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
Scn4aQ9ER60 Wdr74-202ENSMUST00000210512 1078 ntTSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
Scn4aQ9ER60 Csnk1a1-207ENSMUST00000166990 1860 ntTSL 5 BASIC27.09■■□□□ 1.93
Scn4aQ9ER60 A830035O19Rik-201ENSMUST00000216147 1898 ntBASIC27.09■■□□□ 1.93
Scn4aQ9ER60 Tirap-207ENSMUST00000177129 2366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
Scn4aQ9ER60 Gm7860-201ENSMUST00000121190 879 ntBASIC27.09■■□□□ 1.93
Scn4aQ9ER60 Gm18101-201ENSMUST00000215769 548 ntBASIC27.09■■□□□ 1.93
Scn4aQ9ER60 Arid3c-202ENSMUST00000150809 1327 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
Scn4aQ9ER60 Psen2-202ENSMUST00000111104 1475 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
Scn4aQ9ER60 AA543186-201ENSMUST00000180841 1696 ntTSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
Scn4aQ9ER60 Zmynd19-202ENSMUST00000148042 1103 ntTSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
Scn4aQ9ER60 1810012K08Rik-201ENSMUST00000155199 574 ntTSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
Scn4aQ9ER60 Cnn1-203ENSMUST00000214601 1225 ntTSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
Scn4aQ9ER60 Gpatch2-201ENSMUST00000044812 1639 ntTSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
Scn4aQ9ER60 Gfra4-202ENSMUST00000066958 783 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
Scn4aQ9ER60 3010003L21Rik-201ENSMUST00000047953 1729 ntTSL 5 BASIC27.07■■□□□ 1.92
Scn4aQ9ER60 Scn1b-203ENSMUST00000211945 1501 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.07■■□□□ 1.92
Scn4aQ9ER60 Zfp771-201ENSMUST00000052509 1484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
Scn4aQ9ER60 Gm33142-201ENSMUST00000193913 867 ntBASIC27.07■■□□□ 1.92
Scn4aQ9ER60 AC153962.1-201ENSMUST00000218530 1948 ntBASIC27.07■■□□□ 1.92
Scn4aQ9ER60 P4htm-201ENSMUST00000006853 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
Scn4aQ9ER60 Ghrhr-202ENSMUST00000203241 1328 ntTSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
Scn4aQ9ER60 Gm30025-201ENSMUST00000218555 728 ntBASIC27.06■■□□□ 1.92
Scn4aQ9ER60 Ebf4-203ENSMUST00000110288 2982 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.06■■□□□ 1.92
Scn4aQ9ER60 Maz-204ENSMUST00000206254 2282 ntTSL 5 BASIC27.06■■□□□ 1.92
Scn4aQ9ER60 Smim14-202ENSMUST00000121661 1056 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.06■■□□□ 1.92
Scn4aQ9ER60 Tsc22d1-214ENSMUST00000177207 1476 ntTSL 3 BASIC27.05■■□□□ 1.92
Scn4aQ9ER60 Lsr-201ENSMUST00000001279 2167 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
Scn4aQ9ER60 Lmo4-203ENSMUST00000121796 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
Scn4aQ9ER60 Mef2a-203ENSMUST00000076325 2664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
Scn4aQ9ER60 Prickle4-201ENSMUST00000113299 990 ntTSL 5 BASIC27.05■■□□□ 1.92
Scn4aQ9ER60 Prickle4-202ENSMUST00000113300 1110 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.05■■□□□ 1.92
Scn4aQ9ER60 Gm25925-201ENSMUST00000158314 306 ntBASIC27.05■■□□□ 1.92
Scn4aQ9ER60 1110065P20Rik-204ENSMUST00000163946 762 ntTSL 2 BASIC27.05■■□□□ 1.92
Scn4aQ9ER60 Adat2-201ENSMUST00000019944 1466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
Scn4aQ9ER60 Kansl2-201ENSMUST00000023727 2311 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.05■■□□□ 1.92
Scn4aQ9ER60 Abhd17b-201ENSMUST00000052556 2475 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.05■■□□□ 1.92
Scn4aQ9ER60 Pus1-203ENSMUST00000086643 1868 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
Scn4aQ9ER60 Intu-201ENSMUST00000061590 1589 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.05■■□□□ 1.92
Scn4aQ9ER60 Gtf2a2-204ENSMUST00000119905 622 ntTSL 2 BASIC27.04■■□□□ 1.92
Scn4aQ9ER60 Dlx2-201ENSMUST00000024159 2473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
Scn4aQ9ER60 Barhl1-203ENSMUST00000113849 2102 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
Scn4aQ9ER60 Rpl18-ps2-201ENSMUST00000118863 567 ntBASIC27.04■■□□□ 1.92
Scn4aQ9ER60 Gm11539-201ENSMUST00000119837 557 ntBASIC27.04■■□□□ 1.92
Scn4aQ9ER60 Gm13436-201ENSMUST00000120418 567 ntBASIC27.04■■□□□ 1.92
Scn4aQ9ER60 Ptf1aos-201ENSMUST00000122978 916 ntTSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
Scn4aQ9ER60 Gm7102-201ENSMUST00000180168 1624 ntAPPRIS P1 BASIC27.04■■□□□ 1.92
Scn4aQ9ER60 Gm13559-201ENSMUST00000120476 863 ntBASIC27.03■■□□□ 1.92
Scn4aQ9ER60 Ak6-201ENSMUST00000022135 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
Scn4aQ9ER60 Espn-204ENSMUST00000080042 1402 ntTSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
Scn4aQ9ER60 Mpz-201ENSMUST00000070758 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
Scn4aQ9ER60 Zbtb7a-204ENSMUST00000121840 1676 ntTSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
Scn4aQ9ER60 Deaf1-201ENSMUST00000080553 2135 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
Scn4aQ9ER60 Uqcc2-203ENSMUST00000119227 452 ntTSL 3 BASIC27.02■■□□□ 1.92
Scn4aQ9ER60 Smim22-201ENSMUST00000178155 429 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
Scn4aQ9ER60 Hoxa11-201ENSMUST00000048026 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
Scn4aQ9ER60 Bean1-202ENSMUST00000164076 2423 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
Scn4aQ9ER60 Psmd4-202ENSMUST00000107237 1332 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
Scn4aQ9ER60 Reep6-207ENSMUST00000186864 2015 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
Scn4aQ9ER60 Car11-201ENSMUST00000003360 1585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
Scn4aQ9ER60 Izumo1r-204ENSMUST00000121116 726 ntTSL 2 BASIC27.02■■□□□ 1.92
Scn4aQ9ER60 Gm6345-202ENSMUST00000180900 204 ntBASIC27.02■■□□□ 1.92
Scn4aQ9ER60 Piga-208ENSMUST00000208697 947 ntTSL 5 BASIC27.02■■□□□ 1.92
Scn4aQ9ER60 Runx1-203ENSMUST00000168195 1985 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
Scn4aQ9ER60 Zbtb7a-203ENSMUST00000119606 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
Scn4aQ9ER60 Zdhhc12-202ENSMUST00000102865 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
Scn4aQ9ER60 Gm9103-201ENSMUST00000119371 405 ntBASIC27.01■■□□□ 1.91
Scn4aQ9ER60 Sct-202ENSMUST00000167790 507 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
Scn4aQ9ER60 C130032M10Rik-201ENSMUST00000180393 728 ntAPPRIS P1 BASIC27.01■■□□□ 1.91
Scn4aQ9ER60 Gm21814-202ENSMUST00000203277 873 ntBASIC27.01■■□□□ 1.91
Scn4aQ9ER60 Sct-201ENSMUST00000046156 534 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
Scn4aQ9ER60 Baiap2-201ENSMUST00000026436 2394 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 20.4 ms