Protein–RNA interactions for Protein: Q5I043

Usp28, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 28, mousemouse

Predictions only

Length 1,051 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Usp28Q5I043 Thap4-206ENSMUST00000190116 5558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
Usp28Q5I043 Tmem64-201ENSMUST00000062684 4670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
Usp28Q5I043 Cables2-201ENSMUST00000108891 2975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
Usp28Q5I043 Gatad2a-202ENSMUST00000116463 3363 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
Usp28Q5I043 Papola-212ENSMUST00000168186 2436 ntTSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
Usp28Q5I043 Foxp1-220ENSMUST00000176565 3727 ntTSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
Usp28Q5I043 Zfp580-202ENSMUST00000208570 693 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
Usp28Q5I043 Wdr41-208ENSMUST00000222995 1112 ntTSL 5 BASIC21.93■■□□□ 1.1
Usp28Q5I043 Hoxb7-201ENSMUST00000049352 1291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
Usp28Q5I043 Crhr1-201ENSMUST00000093925 2460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
Usp28Q5I043 Slc11a1-211ENSMUST00000187516 1893 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.92■■□□□ 1.1
Usp28Q5I043 Pou3f3-201ENSMUST00000054883 7409 ntAPPRIS P1 BASIC21.92■■□□□ 1.1
Usp28Q5I043 4930412F12Rik-201ENSMUST00000211700 1471 ntBASIC21.92■■□□□ 1.1
Usp28Q5I043 Gfi1-201ENSMUST00000031205 2860 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
Usp28Q5I043 Htra2-202ENSMUST00000113962 1305 ntTSL 5 BASIC21.92■■□□□ 1.1
Usp28Q5I043 Zfp335os-201ENSMUST00000129364 1127 ntTSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
Usp28Q5I043 Usf2-211ENSMUST00000172417 648 ntTSL 5 BASIC21.92■■□□□ 1.1
Usp28Q5I043 Spata33-201ENSMUST00000060133 491 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
Usp28Q5I043 Trim33-201ENSMUST00000029444 8875 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
Usp28Q5I043 Btnl9-202ENSMUST00000066531 1945 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
Usp28Q5I043 Plppr3-201ENSMUST00000092325 2766 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
Usp28Q5I043 BC021767-201ENSMUST00000126387 1716 ntBASIC21.92■■□□□ 1.1
Usp28Q5I043 Mycl-202ENSMUST00000106252 3293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
Usp28Q5I043 Paip2-203ENSMUST00000115735 1521 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.91■■□□□ 1.1
Usp28Q5I043 E030030I06Rik-202ENSMUST00000179054 2081 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
Usp28Q5I043 Spint2-201ENSMUST00000098604 1384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
Usp28Q5I043 Fzd8-201ENSMUST00000041080 3346 ntAPPRIS P1 BASIC21.91■■□□□ 1.1
Usp28Q5I043 Atf6b-201ENSMUST00000015605 2566 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
Usp28Q5I043 Dtymk-202ENSMUST00000112890 1055 ntTSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
Usp28Q5I043 D630002J18Rik-201ENSMUST00000181854 1115 ntBASIC21.91■■□□□ 1.1
Usp28Q5I043 Slc25a41-201ENSMUST00000058661 1225 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
Usp28Q5I043 Kcne1l-201ENSMUST00000134825 1543 ntAPPRIS P1 BASIC21.9■■□□□ 1.1
Usp28Q5I043 Cdk13-201ENSMUST00000042365 5202 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
Usp28Q5I043 Acvr1-201ENSMUST00000056376 2394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
Usp28Q5I043 Col23a1-201ENSMUST00000102765 5658 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.9■■□□□ 1.1
Usp28Q5I043 Fzd2-201ENSMUST00000057893 3663 ntAPPRIS P1 BASIC21.9■■□□□ 1.1
Usp28Q5I043 Casd1-204ENSMUST00000181734 1063 ntTSL 5 BASIC21.9■■□□□ 1.1
Usp28Q5I043 1110065P20Rik-206ENSMUST00000185036 1223 ntTSL 2 BASIC21.9■■□□□ 1.1
Usp28Q5I043 Cnih3-202ENSMUST00000161880 1995 ntTSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
Usp28Q5I043 C230037L18Rik-201ENSMUST00000136218 1886 ntTSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
Usp28Q5I043 Kmt5b-204ENSMUST00000113970 2975 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
Usp28Q5I043 Lrfn1-201ENSMUST00000055110 1479 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.9■■□□□ 1.1
Usp28Q5I043 Matk-205ENSMUST00000121205 1841 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
Usp28Q5I043 BC005561-201ENSMUST00000096452 5409 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.89■■□□□ 1.1
Usp28Q5I043 Gm7628-201ENSMUST00000134690 2010 ntTSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.1
Usp28Q5I043 Hopxos-201ENSMUST00000148568 1661 ntTSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.1
Usp28Q5I043 1700023F06Rik-202ENSMUST00000107026 1127 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
Usp28Q5I043 Pigp-204ENSMUST00000113914 912 ntTSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
Usp28Q5I043 Gemin7-203ENSMUST00000119912 653 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.89■■□□□ 1.09
Usp28Q5I043 Usf2-203ENSMUST00000162228 960 ntTSL 5 BASIC21.89■■□□□ 1.09
Usp28Q5I043 Arpp19-206ENSMUST00000168301 599 ntTSL 5 BASIC21.89■■□□□ 1.09
Usp28Q5I043 AC138214.1-201ENSMUST00000223838 420 ntAPPRIS P1 BASIC21.89■■□□□ 1.09
Usp28Q5I043 Gmpr-201ENSMUST00000000260 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
Usp28Q5I043 Dnaja4-202ENSMUST00000120452 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
Usp28Q5I043 Hoxa11os-201ENSMUST00000134512 1839 ntTSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
Usp28Q5I043 Fxr2-201ENSMUST00000018909 2951 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
Usp28Q5I043 Coq10a-201ENSMUST00000043211 1421 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.89■■□□□ 1.09
Usp28Q5I043 Gm38342-201ENSMUST00000195710 2980 ntBASIC21.88■■□□□ 1.09
Usp28Q5I043 Slc17a7-202ENSMUST00000209634 1860 ntTSL 5 BASIC21.88■■□□□ 1.09
Usp28Q5I043 Runx2-210ENSMUST00000162373 1565 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.88■■□□□ 1.09
Usp28Q5I043 Sphk1-203ENSMUST00000100201 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
Usp28Q5I043 Tmem79-203ENSMUST00000107553 2053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
Usp28Q5I043 Thoc3-201ENSMUST00000026990 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
Usp28Q5I043 Cenpb-201ENSMUST00000089510 4886 ntAPPRIS P1 BASIC21.88■■□□□ 1.09
Usp28Q5I043 Tmem120b-202ENSMUST00000111619 1256 ntTSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
Usp28Q5I043 Mrpl16-201ENSMUST00000167199 1122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
Usp28Q5I043 Gm20548-204ENSMUST00000174528 791 ntTSL 3 BASIC21.88■■□□□ 1.09
Usp28Q5I043 Hebp2-202ENSMUST00000213153 968 ntTSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
Usp28Q5I043 Pknox1-203ENSMUST00000175806 2272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
Usp28Q5I043 Pdp1-206ENSMUST00000108302 2525 ntTSL 3 BASIC21.88■■□□□ 1.09
Usp28Q5I043 Tnfsf11-201ENSMUST00000022592 2236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
Usp28Q5I043 Gm4779-203ENSMUST00000147742 1991 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.88■■□□□ 1.09
Usp28Q5I043 Dleu2-203ENSMUST00000182259 1437 ntTSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
Usp28Q5I043 Gm10571-201ENSMUST00000097869 1638 ntBASIC21.88■■□□□ 1.09
Usp28Q5I043 Aire-203ENSMUST00000105396 1749 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
Usp28Q5I043 Aire-214ENSMUST00000154374 1712 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
Usp28Q5I043 Aire-215ENSMUST00000155021 1737 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
Usp28Q5I043 Coq10b-201ENSMUST00000027125 1733 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
Usp28Q5I043 Fbxw2-206ENSMUST00000113080 1923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
Usp28Q5I043 Xkr4-201ENSMUST00000070533 3634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
Usp28Q5I043 Gm12251-201ENSMUST00000117893 792 ntBASIC21.87■■□□□ 1.09
Usp28Q5I043 Gm16192-201ENSMUST00000148357 937 ntTSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
Usp28Q5I043 Scand1-201ENSMUST00000079125 759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
Usp28Q5I043 Hp1bp3-205ENSMUST00000105827 5155 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.87■■□□□ 1.09
Usp28Q5I043 Nbn-201ENSMUST00000029879 2533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
Usp28Q5I043 Ccdc84-201ENSMUST00000053286 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
Usp28Q5I043 Zc3h14-202ENSMUST00000057000 3046 ntTSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
Usp28Q5I043 Pkd2-201ENSMUST00000086831 5219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
Usp28Q5I043 Zdhhc13-201ENSMUST00000118927 2410 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
Usp28Q5I043 Trmt61a-201ENSMUST00000084947 2433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
Usp28Q5I043 Cblc-201ENSMUST00000043822 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
Usp28Q5I043 Trmt11-201ENSMUST00000019927 2359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
Usp28Q5I043 Galnt14-202ENSMUST00000112591 1843 ntTSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
Usp28Q5I043 0610010K14Rik-209ENSMUST00000108579 667 ntTSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
Usp28Q5I043 Fiz1-204ENSMUST00000207030 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
Usp28Q5I043 Neurl4-213ENSMUST00000177476 4952 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
Usp28Q5I043 6030419C18Rik-201ENSMUST00000085658 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
Usp28Q5I043 1700086O06Rik-202ENSMUST00000181871 1564 ntTSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
Usp28Q5I043 Lmtk3-201ENSMUST00000072580 4807 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
Usp28Q5I043 Nkx2-1-202ENSMUST00000178477 2242 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
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