Protein–RNA interactions for Protein: P11260

Lire1, LINE-1 retrotransposable element ORF1 protein, mousemouse

Predictions only

Length 357 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Lire1P11260 Nbea-201ENSMUST00000029374 10986 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.06■□□□□ 0.48
Lire1P11260 Brms1l-201ENSMUST00000059250 2609 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
Lire1P11260 Dap3-201ENSMUST00000090938 4760 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
Lire1P11260 Map7d2-203ENSMUST00000112471 3670 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.05■□□□□ 0.48
Lire1P11260 Spg7-211ENSMUST00000153285 2481 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.05■□□□□ 0.48
Lire1P11260 5330438D12Rik-201ENSMUST00000064101 2229 ntBASIC18.05■□□□□ 0.48
Lire1P11260 Dach1-202ENSMUST00000071533 5219 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
Lire1P11260 Rps2-208ENSMUST00000170715 998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
Lire1P11260 Gm37564-201ENSMUST00000195000 330 ntTSL 5 BASIC18.05■□□□□ 0.48
Lire1P11260 Gm43759-201ENSMUST00000196925 1261 ntBASIC18.05■□□□□ 0.48
Lire1P11260 Serbp1-212ENSMUST00000204294 717 ntTSL 5 BASIC18.05■□□□□ 0.48
Lire1P11260 Wdr70-203ENSMUST00000227371 1130 ntBASIC18.05■□□□□ 0.48
Lire1P11260 Unc13a-208ENSMUST00000177517 5654 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.05■□□□□ 0.48
Lire1P11260 Trim67-201ENSMUST00000041106 5694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
Lire1P11260 Tedc1-201ENSMUST00000049271 2441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
Lire1P11260 Dock9-202ENSMUST00000100299 6476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
Lire1P11260 Nsun2-202ENSMUST00000109699 2834 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
Lire1P11260 Snap91-203ENSMUST00000074501 2577 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
Lire1P11260 Puf60-202ENSMUST00000100527 1878 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
Lire1P11260 Gm9828-202ENSMUST00000126622 1446 ntTSL 3 BASIC18.05■□□□□ 0.48
Lire1P11260 Wdr41-202ENSMUST00000159647 2289 ntTSL 5 BASIC18.05■□□□□ 0.48
Lire1P11260 Wdr41-206ENSMUST00000167155 2289 ntTSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
Lire1P11260 Gm5913-201ENSMUST00000119397 1399 ntBASIC18.04■□□□□ 0.48
Lire1P11260 Foxj1-201ENSMUST00000036215 2623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
Lire1P11260 Arhgap35-201ENSMUST00000075845 9147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
Lire1P11260 Grb14-201ENSMUST00000028252 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
Lire1P11260 Tle4-202ENSMUST00000167776 4545 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.04■□□□□ 0.48
Lire1P11260 Gm10612-201ENSMUST00000162198 1681 ntTSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
Lire1P11260 Gm28050-202ENSMUST00000131029 663 ntTSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
Lire1P11260 Gm14205-201ENSMUST00000138427 739 ntTSL 3 BASIC18.04■□□□□ 0.48
Lire1P11260 Tarbp1-201ENSMUST00000170518 6383 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.04■□□□□ 0.48
Lire1P11260 Gm10657-201ENSMUST00000193528 1031 ntBASIC18.04■□□□□ 0.48
Lire1P11260 Rbp4-201ENSMUST00000025951 1243 ntTSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
Lire1P11260 Gm5576-201ENSMUST00000075809 1236 ntBASIC18.04■□□□□ 0.48
Lire1P11260 Ypel1-202ENSMUST00000090199 631 ntTSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
Lire1P11260 Tada1-201ENSMUST00000027846 2215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
Lire1P11260 Tmem80-208ENSMUST00000145184 1805 ntTSL 5 BASIC18.04■□□□□ 0.48
Lire1P11260 Gm43548-201ENSMUST00000197139 2353 ntBASIC18.04■□□□□ 0.48
Lire1P11260 Gm26837-201ENSMUST00000180821 2110 ntTSL 5 BASIC18.04■□□□□ 0.48
Lire1P11260 Man2c1os-201ENSMUST00000125333 1910 ntTSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
Lire1P11260 Mrm1-201ENSMUST00000018549 2477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
Lire1P11260 Dedd2-202ENSMUST00000205271 1942 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.04■□□□□ 0.48
Lire1P11260 Ripply3-201ENSMUST00000023660 1531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
Lire1P11260 Rpf2-201ENSMUST00000045114 1853 ntTSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
Lire1P11260 Mmp14-201ENSMUST00000089688 2596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
Lire1P11260 Tada2b-201ENSMUST00000031097 3791 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
Lire1P11260 Bcl11b-203ENSMUST00000109891 2888 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
Lire1P11260 Brsk2-205ENSMUST00000172652 2501 ntTSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
Lire1P11260 Dnpep-204ENSMUST00000185797 2510 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
Lire1P11260 Lhx6-205ENSMUST00000112967 3378 ntTSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
Lire1P11260 Paip2-205ENSMUST00000115737 713 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.03■□□□□ 0.48
Lire1P11260 Gm8493-201ENSMUST00000196881 489 ntBASIC18.03■□□□□ 0.48
Lire1P11260 Tnpo2-207ENSMUST00000211601 2941 ntTSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
Lire1P11260 Camsap2-201ENSMUST00000048309 7823 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
Lire1P11260 Sc5d-202ENSMUST00000169609 1677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
Lire1P11260 Srrm2-209ENSMUST00000190686 8864 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.48
Lire1P11260 Jmy-201ENSMUST00000065537 8776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
Lire1P11260 Ccdc6-203ENSMUST00000147545 5511 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.48
Lire1P11260 Capn10-202ENSMUST00000117814 1268 ntTSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
Lire1P11260 Gm6569-201ENSMUST00000154520 811 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.02■□□□□ 0.48
Lire1P11260 Serbp1-216ENSMUST00000205106 1288 ntTSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.48
Lire1P11260 Picalm-215ENSMUST00000209068 3511 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.48
Lire1P11260 Gm7143-201ENSMUST00000222811 859 ntBASIC18.02■□□□□ 0.48
Lire1P11260 Bdh1-201ENSMUST00000089759 1711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
Lire1P11260 Hoxd4-201ENSMUST00000047904 2560 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.47
Lire1P11260 Shc4-202ENSMUST00000110477 1988 ntTSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
Lire1P11260 Bsg-201ENSMUST00000067036 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
Lire1P11260 Gnptab-201ENSMUST00000020251 5390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
Lire1P11260 E530011L22Rik-202ENSMUST00000216791 2007 ntTSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
Lire1P11260 Psme3-201ENSMUST00000019470 2664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
Lire1P11260 Lzts2-202ENSMUST00000178087 2773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
Lire1P11260 Rbp4-202ENSMUST00000112335 930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
Lire1P11260 Pigp-204ENSMUST00000113914 912 ntTSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
Lire1P11260 Gm8770-201ENSMUST00000121113 1109 ntBASIC18.01■□□□□ 0.47
Lire1P11260 Amh-201ENSMUST00000036016 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
Lire1P11260 Dennd6a-202ENSMUST00000203874 2677 ntTSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
Lire1P11260 March11-201ENSMUST00000126304 2146 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
Lire1P11260 Nlgn2-202ENSMUST00000108634 5568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
Lire1P11260 Slc36a4-202ENSMUST00000115588 1745 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
Lire1P11260 Actr3b-201ENSMUST00000088244 1712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
Lire1P11260 Calml3-201ENSMUST00000077698 1421 ntAPPRIS P1 BASIC18■□□□□ 0.47
Lire1P11260 Mex3b-201ENSMUST00000082237 3355 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18■□□□□ 0.47
Lire1P11260 Gm15867-201ENSMUST00000159407 388 ntTSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
Lire1P11260 Ubxn1-202ENSMUST00000166407 1032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
Lire1P11260 Gm43017-201ENSMUST00000198296 752 ntBASIC18■□□□□ 0.47
Lire1P11260 Kctd17-201ENSMUST00000089414 1180 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18■□□□□ 0.47
Lire1P11260 Ankib1-201ENSMUST00000043551 6426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
Lire1P11260 Hoxb3os-201ENSMUST00000131275 2315 ntTSL 3 BASIC18■□□□□ 0.47
Lire1P11260 Nek9-201ENSMUST00000040992 5386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
Lire1P11260 Fgfbp3-201ENSMUST00000057337 1772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
Lire1P11260 Avl9-203ENSMUST00000177249 1614 ntTSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
Lire1P11260 Pcnp-202ENSMUST00000114444 2295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
Lire1P11260 Snx16-203ENSMUST00000195822 1084 ntTSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
Lire1P11260 Krtap5-5-201ENSMUST00000097942 1177 ntAPPRIS P1 BASIC17.99■□□□□ 0.47
Lire1P11260 Csf2ra-201ENSMUST00000076046 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
Lire1P11260 Nabp2-202ENSMUST00000164199 1371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
Lire1P11260 Larp6-201ENSMUST00000038407 2440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
Lire1P11260 Ints6-201ENSMUST00000053959 4993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
Lire1P11260 Lpcat3-201ENSMUST00000004381 2281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
Lire1P11260 Art1-201ENSMUST00000033300 1425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 22.2 ms