Protein–RNA interactions for Protein: Q04857

Col6a1, Collagen alpha-1(VI) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,025 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col6a1Q04857 6330403K07Rik-201ENSMUST00000156068 1494 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
Col6a1Q04857 Sebox-202ENSMUST00000125670 1300 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
Col6a1Q04857 Mir6236-201ENSMUST00000184437 123 ntBASIC21.41■■□□□ 1.02
Col6a1Q04857 Gm10830-201ENSMUST00000186379 636 ntTSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
Col6a1Q04857 Gm37856-201ENSMUST00000191634 999 ntBASIC21.41■■□□□ 1.02
Col6a1Q04857 Rps23-201ENSMUST00000051955 937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
Col6a1Q04857 E530011L22Rik-202ENSMUST00000216791 2007 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
Col6a1Q04857 Pi4kb-207ENSMUST00000167008 1962 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
Col6a1Q04857 Slc12a8-204ENSMUST00000121925 2656 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
Col6a1Q04857 Gbx2-201ENSMUST00000036954 2135 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
Col6a1Q04857 Krt79-201ENSMUST00000023799 2097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
Col6a1Q04857 Cdan1-201ENSMUST00000110700 5996 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
Col6a1Q04857 Slbp-201ENSMUST00000057551 1906 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
Col6a1Q04857 Gm13146-201ENSMUST00000118508 780 ntBASIC21.4■■□□□ 1.02
Col6a1Q04857 Kcnn2-203ENSMUST00000169783 1625 ntTSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
Col6a1Q04857 Set-201ENSMUST00000067996 2834 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
Col6a1Q04857 Ube2b-202ENSMUST00000109086 585 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.01
Col6a1Q04857 Tsc22d4-205ENSMUST00000110985 790 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.01
Col6a1Q04857 2610035F20Rik-202ENSMUST00000177306 1149 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
Col6a1Q04857 Gm6365-201ENSMUST00000054711 744 ntBASIC21.39■■□□□ 1.01
Col6a1Q04857 Nnat-201ENSMUST00000088484 458 ntTSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.01
Col6a1Q04857 Gm10571-201ENSMUST00000097869 1638 ntBASIC21.39■■□□□ 1.01
Col6a1Q04857 Fbxw2-203ENSMUST00000113075 2260 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
Col6a1Q04857 Smad6-201ENSMUST00000041029 2971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
Col6a1Q04857 Pou3f3-201ENSMUST00000054883 7409 ntAPPRIS P1 BASIC21.39■■□□□ 1.01
Col6a1Q04857 Txnl4a-204ENSMUST00000145963 1756 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
Col6a1Q04857 Shisa4-201ENSMUST00000041240 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
Col6a1Q04857 Zfp3-201ENSMUST00000060444 2061 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
Col6a1Q04857 Arl4d-201ENSMUST00000039388 1382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
Col6a1Q04857 Gm29241-201ENSMUST00000189260 1096 ntBASIC21.38■■□□□ 1.01
Col6a1Q04857 Gnai2-203ENSMUST00000192837 421 ntTSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
Col6a1Q04857 Sfr1-201ENSMUST00000099353 1583 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
Col6a1Q04857 Pgam1-201ENSMUST00000011896 1831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
Col6a1Q04857 Rxrb-201ENSMUST00000044858 2623 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
Col6a1Q04857 Cobll1-204ENSMUST00000112430 4917 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
Col6a1Q04857 Aars-201ENSMUST00000034441 5750 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
Col6a1Q04857 Tmub1-202ENSMUST00000115033 1598 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
Col6a1Q04857 Rbfox3-204ENSMUST00000106278 1542 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
Col6a1Q04857 Kcne1l-201ENSMUST00000134825 1543 ntAPPRIS P1 BASIC21.37■■□□□ 1.01
Col6a1Q04857 Neo1-202ENSMUST00000214547 5414 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
Col6a1Q04857 Neurog1-201ENSMUST00000058475 1686 ntAPPRIS P1 BASIC21.37■■□□□ 1.01
Col6a1Q04857 Ralgapa1-204ENSMUST00000219432 6631 ntTSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
Col6a1Q04857 Tial1-209ENSMUST00000141126 1344 ntTSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
Col6a1Q04857 Krt1-201ENSMUST00000023790 2445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
Col6a1Q04857 Bicdl2-201ENSMUST00000062967 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
Col6a1Q04857 Adad2-201ENSMUST00000098361 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
Col6a1Q04857 Gm13181-201ENSMUST00000120117 1069 ntBASIC21.36■■□□□ 1.01
Col6a1Q04857 Ptbp3-204ENSMUST00000140925 606 ntTSL 3 BASIC21.36■■□□□ 1.01
Col6a1Q04857 8430422M14Rik-201ENSMUST00000199608 822 ntBASIC21.36■■□□□ 1.01
Col6a1Q04857 1700067K01Rik-201ENSMUST00000060357 1291 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
Col6a1Q04857 Akr1a1-201ENSMUST00000030455 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
Col6a1Q04857 Htra3-201ENSMUST00000087629 2750 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
Col6a1Q04857 Gm9934-201ENSMUST00000098303 2077 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
Col6a1Q04857 Fam193b-201ENSMUST00000021957 4341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
Col6a1Q04857 Gpatch3-201ENSMUST00000030662 2004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
Col6a1Q04857 Rab28-205ENSMUST00000202913 863 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
Col6a1Q04857 Rpl18-202ENSMUST00000209287 1027 ntTSL 3 BASIC21.35■■□□□ 1.01
Col6a1Q04857 Olfm1-204ENSMUST00000113920 2513 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
Col6a1Q04857 Gm19531-201ENSMUST00000216737 1377 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
Col6a1Q04857 Socs2-201ENSMUST00000020215 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
Col6a1Q04857 Cops7a-201ENSMUST00000032220 1817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
Col6a1Q04857 Gnb5-206ENSMUST00000215875 2105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
Col6a1Q04857 Mrps18a-202ENSMUST00000123646 621 ntTSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
Col6a1Q04857 Dao-201ENSMUST00000086599 1525 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
Col6a1Q04857 Wtap-204ENSMUST00000159986 3187 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
Col6a1Q04857 Gsr-201ENSMUST00000033992 2673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
Col6a1Q04857 Commd7-202ENSMUST00000109782 1343 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
Col6a1Q04857 Sptssa-201ENSMUST00000056228 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
Col6a1Q04857 Snap91-203ENSMUST00000074501 2577 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
Col6a1Q04857 Uap1-201ENSMUST00000027981 2283 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
Col6a1Q04857 Tcap-201ENSMUST00000008021 948 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
Col6a1Q04857 Aif1l-201ENSMUST00000001920 3117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
Col6a1Q04857 Henmt1-202ENSMUST00000098680 1466 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
Col6a1Q04857 Eif2ak4-207ENSMUST00000110877 2134 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
Col6a1Q04857 Nrg3-203ENSMUST00000173780 2137 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
Col6a1Q04857 Ccnd3-201ENSMUST00000037333 1999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
Col6a1Q04857 Foxk1-202ENSMUST00000198422 687 ntTSL 3 BASIC21.32■■□□□ 1
Col6a1Q04857 Tmem126a-201ENSMUST00000032844 799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
Col6a1Q04857 Sox15-201ENSMUST00000047373 861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
Col6a1Q04857 Mrpl10-202ENSMUST00000054252 744 ntTSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
Col6a1Q04857 5730488B01Rik-201ENSMUST00000192889 2311 ntBASIC21.32■■□□□ 1
Col6a1Q04857 Atp2b2-208ENSMUST00000205052 5658 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
Col6a1Q04857 Trabd-206ENSMUST00000169891 1422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
Col6a1Q04857 H2-Q7-201ENSMUST00000071951 1406 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
Col6a1Q04857 Atp8a1-204ENSMUST00000113652 854 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
Col6a1Q04857 AV026068-208ENSMUST00000189098 286 ntTSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
Col6a1Q04857 Gm44878-201ENSMUST00000205812 1295 ntBASIC21.31■■□□□ 1
Col6a1Q04857 Gm10153-202ENSMUST00000210290 963 ntAPPRIS P1 BASIC21.31■■□□□ 1
Col6a1Q04857 Uqcc2-201ENSMUST00000025045 500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
Col6a1Q04857 Nudt14-201ENSMUST00000002881 734 ntTSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
Col6a1Q04857 Slc7a6os-201ENSMUST00000035925 1246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
Col6a1Q04857 C230096K16Rik-201ENSMUST00000198074 1722 ntBASIC21.31■■□□□ 1
Col6a1Q04857 Dlg3-201ENSMUST00000000901 4885 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
Col6a1Q04857 Tmem121-201ENSMUST00000058491 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
Col6a1Q04857 Fam19a5-201ENSMUST00000068088 2575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
Col6a1Q04857 Rab7-202ENSMUST00000113596 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
Col6a1Q04857 Nab2-202ENSMUST00000099157 2311 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
Col6a1Q04857 Klhl25-203ENSMUST00000205612 1343 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
Col6a1Q04857 Map2k1-201ENSMUST00000005066 2436 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
Col6a1Q04857 Bhlhe23-201ENSMUST00000108878 2520 ntAPPRIS P1 BASIC21.3■■□□□ 1
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 18.5 ms