Protein–RNA interactions for Protein: Q62226

Shh, Sonic hedgehog protein, mousemouse

Predictions only

Length 437 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ShhQ62226 Pold2-201ENSMUST00000102922 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
ShhQ62226 Asph-217ENSMUST00000146441 2576 ntTSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
ShhQ62226 Fam19a5-201ENSMUST00000068088 2575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
ShhQ62226 Lacc1-201ENSMUST00000062789 2444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
ShhQ62226 Gdf15-202ENSMUST00000110103 1380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
ShhQ62226 Wtap-204ENSMUST00000159986 3187 ntTSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
ShhQ62226 Agfg1-202ENSMUST00000113444 3142 ntTSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
ShhQ62226 Exoc3l2-201ENSMUST00000011407 2200 ntTSL 5 BASIC18.09■□□□□ 0.49
ShhQ62226 Sp3os-201ENSMUST00000123087 583 ntTSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
ShhQ62226 Gm13063-201ENSMUST00000132247 669 ntTSL 3 BASIC18.09■□□□□ 0.49
ShhQ62226 Gm44965-201ENSMUST00000204121 360 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.09■□□□□ 0.49
ShhQ62226 Akr7a5-201ENSMUST00000073787 1288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
ShhQ62226 Theg-202ENSMUST00000077433 1275 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
ShhQ62226 Kansl1-204ENSMUST00000106972 5427 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.09■□□□□ 0.49
ShhQ62226 Gdf11-201ENSMUST00000026408 4062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
ShhQ62226 B630019K06Rik-201ENSMUST00000064196 2583 ntAPPRIS P1 BASIC18.09■□□□□ 0.49
ShhQ62226 Rell2-212ENSMUST00000177058 1762 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.09■□□□□ 0.49
ShhQ62226 Trim3-203ENSMUST00000106791 2466 ntTSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
ShhQ62226 Nrg3-203ENSMUST00000173780 2137 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.08■□□□□ 0.49
ShhQ62226 Ttc9b-201ENSMUST00000008088 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.49
ShhQ62226 1110004F10Rik-201ENSMUST00000032899 1479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.49
ShhQ62226 Lrfn1-201ENSMUST00000055110 1479 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.08■□□□□ 0.49
ShhQ62226 Hacd1-203ENSMUST00000114753 993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
ShhQ62226 Morf4l1-211ENSMUST00000191189 1223 ntTSL 5 BASIC18.08■□□□□ 0.48
ShhQ62226 Gm43530-201ENSMUST00000195920 274 ntBASIC18.08■□□□□ 0.48
ShhQ62226 Rps7-203ENSMUST00000221871 820 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
ShhQ62226 Ugdh-201ENSMUST00000031103 2550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
ShhQ62226 Ghitm-201ENSMUST00000042564 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
ShhQ62226 Dcbld1-201ENSMUST00000069004 3024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
ShhQ62226 Stac3-202ENSMUST00000160019 1581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
ShhQ62226 Slc26a10-201ENSMUST00000095270 2215 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.07■□□□□ 0.48
ShhQ62226 Zbtb11os1-201ENSMUST00000186480 1350 ntBASIC18.07■□□□□ 0.48
ShhQ62226 Scube1-202ENSMUST00000043634 5161 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
ShhQ62226 3110082J24Rik-201ENSMUST00000127749 327 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.07■□□□□ 0.48
ShhQ62226 Gssos2-201ENSMUST00000130859 727 ntTSL 3 BASIC18.07■□□□□ 0.48
ShhQ62226 Gm30085-201ENSMUST00000209694 594 ntTSL 3 BASIC18.07■□□□□ 0.48
ShhQ62226 Gm10033-202ENSMUST00000211874 928 ntBASIC18.07■□□□□ 0.48
ShhQ62226 Gm45894-201ENSMUST00000211940 651 ntTSL 2 BASIC18.07■□□□□ 0.48
ShhQ62226 Ksr1-202ENSMUST00000108264 2748 ntTSL 5 BASIC18.07■□□□□ 0.48
ShhQ62226 Hpse-202ENSMUST00000112908 1958 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
ShhQ62226 Jkamp-202ENSMUST00000117449 1874 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
ShhQ62226 Rspo1-201ENSMUST00000030687 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
ShhQ62226 Sept5-201ENSMUST00000096987 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
ShhQ62226 Aplp1-201ENSMUST00000006828 2343 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
ShhQ62226 Zfp467-201ENSMUST00000101443 599 ntTSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
ShhQ62226 0610010K14Rik-208ENSMUST00000108578 880 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
ShhQ62226 Hotairm1-201ENSMUST00000129546 409 ntTSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
ShhQ62226 Prodh-206ENSMUST00000139861 677 ntTSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
ShhQ62226 Gm17041-201ENSMUST00000163196 479 ntTSL 3 BASIC18.06■□□□□ 0.48
ShhQ62226 Gm44899-202ENSMUST00000209433 511 ntTSL 5 BASIC18.06■□□□□ 0.48
ShhQ62226 Lmo2-208ENSMUST00000170926 1529 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
ShhQ62226 Baiap2-203ENSMUST00000103021 3398 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
ShhQ62226 Stx2-202ENSMUST00000100680 2769 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
ShhQ62226 Zcchc24-201ENSMUST00000069180 4556 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
ShhQ62226 Rbm15b-201ENSMUST00000055843 6511 ntAPPRIS P1 BASIC18.06■□□□□ 0.48
ShhQ62226 Fam105a-201ENSMUST00000100739 2867 ntTSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
ShhQ62226 Trp53rka-201ENSMUST00000039007 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
ShhQ62226 Dpf1-201ENSMUST00000049977 2309 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
ShhQ62226 Ptger3-202ENSMUST00000173533 2097 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
ShhQ62226 Znrf1-204ENSMUST00000171182 5466 ntTSL 3 BASIC18.05■□□□□ 0.48
ShhQ62226 Arl2bp-202ENSMUST00000109527 1133 ntTSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
ShhQ62226 Gm14486-201ENSMUST00000144704 644 ntTSL 3 BASIC18.05■□□□□ 0.48
ShhQ62226 Dtnbp1-208ENSMUST00000222805 1231 ntTSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
ShhQ62226 Gab2-201ENSMUST00000004622 6168 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
ShhQ62226 Dus1l-203ENSMUST00000106135 1863 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.05■□□□□ 0.48
ShhQ62226 Pank2-204ENSMUST00000150843 4266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
ShhQ62226 Aif1l-201ENSMUST00000001920 3117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
ShhQ62226 Hoxc11-201ENSMUST00000001701 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
ShhQ62226 Rbm38-201ENSMUST00000029014 1768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
ShhQ62226 Cirbp-202ENSMUST00000105365 1321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
ShhQ62226 Parl-201ENSMUST00000048642 1348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
ShhQ62226 Noa1-201ENSMUST00000047860 2288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
ShhQ62226 Ly6h-206ENSMUST00000156032 752 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC18.04■□□□□ 0.48
ShhQ62226 Plac9b-203ENSMUST00000184142 1040 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
ShhQ62226 Cck-203ENSMUST00000215228 783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
ShhQ62226 Gtsf1-201ENSMUST00000023129 819 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
ShhQ62226 Ly6h-201ENSMUST00000023241 906 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.04■□□□□ 0.48
ShhQ62226 Grifin-201ENSMUST00000042993 613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
ShhQ62226 Crb3-202ENSMUST00000097299 1206 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
ShhQ62226 Tmem234-201ENSMUST00000102591 1437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
ShhQ62226 Polr3gl-201ENSMUST00000091924 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
ShhQ62226 Slc9a2-203ENSMUST00000192345 2507 ntTSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
ShhQ62226 Otud5-203ENSMUST00000115666 2471 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
ShhQ62226 Usp2-202ENSMUST00000065461 2057 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
ShhQ62226 Matr3-209ENSMUST00000188275 1951 ntTSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
ShhQ62226 H2-Ke6-201ENSMUST00000045467 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
ShhQ62226 Sap18b-201ENSMUST00000074053 789 ntAPPRIS P1 BASIC18.03■□□□□ 0.48
ShhQ62226 Adamts18-201ENSMUST00000093113 5642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
ShhQ62226 Arhgap23-201ENSMUST00000093940 2409 ntTSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
ShhQ62226 Oaf-201ENSMUST00000034512 2526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
ShhQ62226 Pacsin2-201ENSMUST00000056177 2795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
ShhQ62226 Pink1-201ENSMUST00000030536 2375 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
ShhQ62226 Snx12-204ENSMUST00000156473 1114 ntTSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
ShhQ62226 Bag5-202ENSMUST00000160576 1852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
ShhQ62226 AC167978.1-201ENSMUST00000182488 456 ntTSL 3 BASIC18.02■□□□□ 0.48
ShhQ62226 AC166356.1-201ENSMUST00000228236 1426 ntBASIC18.02■□□□□ 0.48
ShhQ62226 Nabp2-201ENSMUST00000026439 1130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
ShhQ62226 D11Wsu47e-201ENSMUST00000042227 2196 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
ShhQ62226 Kremen2-201ENSMUST00000046525 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
ShhQ62226 Arrb2-203ENSMUST00000102563 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 17.6 ms