Protein–RNA interactions for Protein: Q4QRL3

Ccdc88b, Coiled-coil domain-containing protein 88B, mousemouse

Predictions only

Length 1,481 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc88bQ4QRL3 Mgll-205ENSMUST00000150180 1312 ntTSL 1 (best) BASIC32.14■■■□□ 2.74
Ccdc88bQ4QRL3 Kmt5b-216ENSMUST00000176926 1551 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC32.14■■■□□ 2.74
Ccdc88bQ4QRL3 Gm22325-201ENSMUST00000158904 308 ntBASIC32.14■■■□□ 2.74
Ccdc88bQ4QRL3 Arhgap8-201ENSMUST00000006029 1527 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.14■■■□□ 2.74
Ccdc88bQ4QRL3 Serbp1-211ENSMUST00000204293 1336 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.13■■■□□ 2.73
Ccdc88bQ4QRL3 2610528J11Rik-202ENSMUST00000106367 736 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.13■■■□□ 2.73
Ccdc88bQ4QRL3 Mcl1-202ENSMUST00000178686 858 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.13■■■□□ 2.73
Ccdc88bQ4QRL3 Rian-206ENSMUST00000182119 329 ntTSL 3 BASIC32.13■■■□□ 2.73
Ccdc88bQ4QRL3 Rtl8b-201ENSMUST00000088778 1232 ntAPPRIS P1 BASIC32.13■■■□□ 2.73
Ccdc88bQ4QRL3 Gm10655-201ENSMUST00000098658 1397 ntBASIC32.13■■■□□ 2.73
Ccdc88bQ4QRL3 Krt1-201ENSMUST00000023790 2445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.12■■■□□ 2.73
Ccdc88bQ4QRL3 Zfp771-201ENSMUST00000052509 1484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.12■■■□□ 2.73
Ccdc88bQ4QRL3 Gm15155-201ENSMUST00000112542 1009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.12■■■□□ 2.73
Ccdc88bQ4QRL3 Prmt1-205ENSMUST00000207659 945 ntTSL 5 BASIC32.12■■■□□ 2.73
Ccdc88bQ4QRL3 Prmt1-201ENSMUST00000045325 1071 ntTSL 5 BASIC32.12■■■□□ 2.73
Ccdc88bQ4QRL3 Krt5-201ENSMUST00000023709 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.12■■■□□ 2.73
Ccdc88bQ4QRL3 Gm6802-201ENSMUST00000167843 1983 ntBASIC32.11■■■□□ 2.73
Ccdc88bQ4QRL3 Rab34-209ENSMUST00000207728 567 ntTSL 2 BASIC32.11■■■□□ 2.73
Ccdc88bQ4QRL3 Hnrnph3-202ENSMUST00000118898 2168 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC32.11■■■□□ 2.73
Ccdc88bQ4QRL3 Ccnd3-201ENSMUST00000037333 1999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.11■■■□□ 2.73
Ccdc88bQ4QRL3 Catsper2-201ENSMUST00000038073 2247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.11■■■□□ 2.73
Ccdc88bQ4QRL3 Frat1-201ENSMUST00000087155 2614 ntAPPRIS P1 BASIC32.11■■■□□ 2.73
Ccdc88bQ4QRL3 H2-Q7-201ENSMUST00000071951 1406 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.1■■■□□ 2.73
Ccdc88bQ4QRL3 Tomm6-201ENSMUST00000113301 594 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.1■■■□□ 2.73
Ccdc88bQ4QRL3 Sp3os-201ENSMUST00000123087 583 ntTSL 1 (best) BASIC32.1■■■□□ 2.73
Ccdc88bQ4QRL3 Areg-201ENSMUST00000031325 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.1■■■□□ 2.73
Ccdc88bQ4QRL3 Slc9a2-203ENSMUST00000192345 2507 ntTSL 1 (best) BASIC32.1■■■□□ 2.73
Ccdc88bQ4QRL3 Nab1-201ENSMUST00000069792 3874 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.1■■■□□ 2.73
Ccdc88bQ4QRL3 BC037034-205ENSMUST00000159649 2093 ntTSL 1 (best) BASIC32.1■■■□□ 2.73
Ccdc88bQ4QRL3 Zfp653-201ENSMUST00000043922 2108 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.1■■■□□ 2.73
Ccdc88bQ4QRL3 Celf6-201ENSMUST00000034840 2765 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.1■■■□□ 2.73
Ccdc88bQ4QRL3 Lsr-203ENSMUST00000108116 2071 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.1■■■□□ 2.73
Ccdc88bQ4QRL3 Gm6420-201ENSMUST00000193885 723 ntBASIC32.09■■■□□ 2.73
Ccdc88bQ4QRL3 1700003N22Rik-201ENSMUST00000194834 808 ntBASIC32.09■■■□□ 2.73
Ccdc88bQ4QRL3 Pdcd2-205ENSMUST00000154293 1924 ntTSL 1 (best) BASIC32.08■■■□□ 2.73
Ccdc88bQ4QRL3 Ntn5-201ENSMUST00000107742 1574 ntTSL 1 (best) BASIC32.08■■■□□ 2.73
Ccdc88bQ4QRL3 Capzb-204ENSMUST00000102508 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC32.08■■■□□ 2.73
Ccdc88bQ4QRL3 Zmym3-207ENSMUST00000120201 1859 ntTSL 1 (best) BASIC32.08■■■□□ 2.73
Ccdc88bQ4QRL3 Nespas-201ENSMUST00000143738 1083 ntBASIC32.08■■■□□ 2.73
Ccdc88bQ4QRL3 Tecr-203ENSMUST00000165740 1120 ntTSL 1 (best) BASIC32.08■■■□□ 2.73
Ccdc88bQ4QRL3 Nudt14-202ENSMUST00000221397 1241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.08■■■□□ 2.73
Ccdc88bQ4QRL3 Uqcc2-201ENSMUST00000025045 500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.08■■■□□ 2.73
Ccdc88bQ4QRL3 Vax2-201ENSMUST00000037807 1242 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.08■■■□□ 2.73
Ccdc88bQ4QRL3 2310034G01Rik-201ENSMUST00000189008 1373 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.08■■■□□ 2.73
Ccdc88bQ4QRL3 Dbf4-207ENSMUST00000171808 2402 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.08■■■□□ 2.73
Ccdc88bQ4QRL3 Gm20100-201ENSMUST00000209418 2272 ntBASIC32.08■■■□□ 2.73
Ccdc88bQ4QRL3 Gm43859-201ENSMUST00000200075 1412 ntBASIC32.07■■■□□ 2.72
Ccdc88bQ4QRL3 Slc35a2-203ENSMUST00000115663 1527 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC32.07■■■□□ 2.72
Ccdc88bQ4QRL3 Cpne2-202ENSMUST00000109537 2121 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.07■■■□□ 2.72
Ccdc88bQ4QRL3 Noc2l-202ENSMUST00000179886 2813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.07■■■□□ 2.72
Ccdc88bQ4QRL3 Etnk1-203ENSMUST00000204947 1791 ntTSL 1 (best) BASIC32.07■■■□□ 2.72
Ccdc88bQ4QRL3 Nkx2-1-202ENSMUST00000178477 2242 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.07■■■□□ 2.72
Ccdc88bQ4QRL3 Fbxo22-204ENSMUST00000146201 2009 ntTSL 1 (best) BASIC32.07■■■□□ 2.72
Ccdc88bQ4QRL3 Ttc39a-203ENSMUST00000106619 1778 ntTSL 1 (best) BASIC32.06■■■□□ 2.72
Ccdc88bQ4QRL3 Fdx1l-201ENSMUST00000010348 812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.06■■■□□ 2.72
Ccdc88bQ4QRL3 Zfp637-201ENSMUST00000112858 650 ntTSL 2 BASIC32.06■■■□□ 2.72
Ccdc88bQ4QRL3 Zfp637-203ENSMUST00000112860 1231 ntTSL 1 (best) BASIC32.06■■■□□ 2.72
Ccdc88bQ4QRL3 Foxi3-202ENSMUST00000163089 1278 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC32.06■■■□□ 2.72
Ccdc88bQ4QRL3 Mir5133-201ENSMUST00000174955 77 ntBASIC32.06■■■□□ 2.72
Ccdc88bQ4QRL3 Gm45894-201ENSMUST00000211940 651 ntTSL 2 BASIC32.06■■■□□ 2.72
Ccdc88bQ4QRL3 Ap4s1-201ENSMUST00000021338 1035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.06■■■□□ 2.72
Ccdc88bQ4QRL3 Foxi3-201ENSMUST00000069634 1206 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC32.06■■■□□ 2.72
Ccdc88bQ4QRL3 Stau2-201ENSMUST00000027052 2763 ntTSL 1 (best) BASIC32.06■■■□□ 2.72
Ccdc88bQ4QRL3 Bspry-202ENSMUST00000107449 2167 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.06■■■□□ 2.72
Ccdc88bQ4QRL3 Ptger3-202ENSMUST00000173533 2097 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.05■■■□□ 2.72
Ccdc88bQ4QRL3 Jkamp-202ENSMUST00000117449 1874 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.05■■■□□ 2.72
Ccdc88bQ4QRL3 H2-Q7-203ENSMUST00000078205 1419 ntTSL 5 BASIC32.05■■■□□ 2.72
Ccdc88bQ4QRL3 Htatip2-202ENSMUST00000207895 1338 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.05■■■□□ 2.72
Ccdc88bQ4QRL3 Rab7-202ENSMUST00000113596 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.04■■■□□ 2.72
Ccdc88bQ4QRL3 Gm7860-201ENSMUST00000121190 879 ntBASIC32.04■■■□□ 2.72
Ccdc88bQ4QRL3 Lypla1-208ENSMUST00000150971 877 ntTSL 1 (best) BASIC32.04■■■□□ 2.72
Ccdc88bQ4QRL3 Gm4968-201ENSMUST00000071458 858 ntBASIC32.04■■■□□ 2.72
Ccdc88bQ4QRL3 Cldn3-201ENSMUST00000094245 1259 ntAPPRIS P1 BASIC32.04■■■□□ 2.72
Ccdc88bQ4QRL3 Epb41l4b-201ENSMUST00000030142 3247 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.04■■■□□ 2.72
Ccdc88bQ4QRL3 Cyp2r1-207ENSMUST00000211506 1887 ntTSL 5 BASIC32.04■■■□□ 2.72
Ccdc88bQ4QRL3 Cdc37l1-205ENSMUST00000224599 1769 ntBASIC32.04■■■□□ 2.72
Ccdc88bQ4QRL3 Atoh8-201ENSMUST00000042646 2355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.04■■■□□ 2.72
Ccdc88bQ4QRL3 Homer1-207ENSMUST00000109494 2468 ntTSL 1 (best) BASIC32.03■■■□□ 2.72
Ccdc88bQ4QRL3 Polr2c-201ENSMUST00000109521 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.03■■■□□ 2.72
Ccdc88bQ4QRL3 3110082J24Rik-201ENSMUST00000127749 327 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.03■■■□□ 2.72
Ccdc88bQ4QRL3 Zfp629-207ENSMUST00000134446 670 ntTSL 1 (best) BASIC32.03■■■□□ 2.72
Ccdc88bQ4QRL3 Park7-201ENSMUST00000030805 908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.03■■■□□ 2.72
Ccdc88bQ4QRL3 Syt17-203ENSMUST00000203485 1932 ntTSL 1 (best) BASIC32.03■■■□□ 2.72
Ccdc88bQ4QRL3 Slc9a3r2-201ENSMUST00000002572 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.03■■■□□ 2.72
Ccdc88bQ4QRL3 Inpp5a-201ENSMUST00000026550 2774 ntTSL 1 (best) BASIC32.03■■■□□ 2.72
Ccdc88bQ4QRL3 6820408C15Rik-201ENSMUST00000039961 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.03■■■□□ 2.72
Ccdc88bQ4QRL3 Chadl-201ENSMUST00000072910 2548 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.03■■■□□ 2.72
Ccdc88bQ4QRL3 Tfg-202ENSMUST00000121554 716 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC32.03■■■□□ 2.72
Ccdc88bQ4QRL3 Mettl25-201ENSMUST00000046638 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.02■■■□□ 2.72
Ccdc88bQ4QRL3 Osbpl2-201ENSMUST00000040668 2805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.02■■■□□ 2.72
Ccdc88bQ4QRL3 Klhl15-205ENSMUST00000113916 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.02■■■□□ 2.72
Ccdc88bQ4QRL3 Gm10653-202ENSMUST00000139570 835 ntBASIC32.02■■■□□ 2.72
Ccdc88bQ4QRL3 Gm44210-201ENSMUST00000205253 713 ntTSL 3 BASIC32.02■■■□□ 2.72
Ccdc88bQ4QRL3 Sdsl-201ENSMUST00000031594 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.02■■■□□ 2.72
Ccdc88bQ4QRL3 Efcc1-201ENSMUST00000032132 2729 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC32.02■■■□□ 2.72
Ccdc88bQ4QRL3 Mcmbp-202ENSMUST00000119081 2347 ntTSL 1 (best) BASIC32.02■■■□□ 2.72
Ccdc88bQ4QRL3 4930524B15Rik-201ENSMUST00000102829 2000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.01■■■□□ 2.72
Ccdc88bQ4QRL3 Gpatch2-201ENSMUST00000044812 1639 ntTSL 1 (best) BASIC32.01■■■□□ 2.72
Ccdc88bQ4QRL3 Sstr4-201ENSMUST00000109962 1424 ntAPPRIS P1 BASIC32.01■■■□□ 2.72
Ccdc88bQ4QRL3 Tcap-201ENSMUST00000008021 948 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32■■■□□ 2.71
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 16.7 ms