Protein–RNA interactions for Protein: Q04857

Col6a1, Collagen alpha-1(VI) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,025 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col6a1Q04857 Slc27a3-201ENSMUST00000029541 2259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
Col6a1Q04857 Gsto2-201ENSMUST00000056159 1351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
Col6a1Q04857 Dynll2-201ENSMUST00000020775 2476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
Col6a1Q04857 Atp23-202ENSMUST00000168520 1043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
Col6a1Q04857 Uncx-202ENSMUST00000174792 1196 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
Col6a1Q04857 BC107364-201ENSMUST00000093126 1159 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
Col6a1Q04857 BC107364-202ENSMUST00000098841 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
Col6a1Q04857 Nrl-203ENSMUST00000178694 1928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
Col6a1Q04857 Nab2-201ENSMUST00000026469 2582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
Col6a1Q04857 Hoxa2-201ENSMUST00000014848 1775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
Col6a1Q04857 Pth1r-201ENSMUST00000006005 2307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
Col6a1Q04857 Ppp2r5a-201ENSMUST00000067976 3088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
Col6a1Q04857 Fam20b-201ENSMUST00000086153 4414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
Col6a1Q04857 Notumos-201ENSMUST00000151998 2659 ntBASIC21.49■■□□□ 1.03
Col6a1Q04857 Rexo5-201ENSMUST00000033218 1966 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
Col6a1Q04857 Stn1-201ENSMUST00000049369 1992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
Col6a1Q04857 Bfsp1-202ENSMUST00000099296 2160 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
Col6a1Q04857 Tpsg1-204ENSMUST00000160920 867 ntTSL 3 BASIC21.49■■□□□ 1.03
Col6a1Q04857 1700101I19Rik-202ENSMUST00000186712 510 ntBASIC21.49■■□□□ 1.03
Col6a1Q04857 Prmt1-210ENSMUST00000208829 621 ntTSL 5 BASIC21.49■■□□□ 1.03
Col6a1Q04857 Fbxl17-201ENSMUST00000024761 4925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
Col6a1Q04857 Ankrd9-201ENSMUST00000043459 1706 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
Col6a1Q04857 Sncb-201ENSMUST00000036825 1351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
Col6a1Q04857 Gm5475-201ENSMUST00000132119 2608 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
Col6a1Q04857 Gm7290-201ENSMUST00000104990 617 ntBASIC21.48■■□□□ 1.03
Col6a1Q04857 Gm12918-201ENSMUST00000120234 636 ntBASIC21.48■■□□□ 1.03
Col6a1Q04857 Gm15710-201ENSMUST00000121821 636 ntBASIC21.48■■□□□ 1.03
Col6a1Q04857 Zfp560-202ENSMUST00000143992 608 ntTSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
Col6a1Q04857 Gm5075-201ENSMUST00000196916 622 ntBASIC21.48■■□□□ 1.03
Col6a1Q04857 Gm40460-201ENSMUST00000211591 735 ntAPPRIS P1 BASIC21.48■■□□□ 1.03
Col6a1Q04857 Rpl13-ps6-201ENSMUST00000079761 636 ntBASIC21.48■■□□□ 1.03
Col6a1Q04857 Rpl13-ps3-201ENSMUST00000079960 624 ntBASIC21.48■■□□□ 1.03
Col6a1Q04857 Dedd2-201ENSMUST00000058702 1828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
Col6a1Q04857 Fastk-201ENSMUST00000030800 1893 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
Col6a1Q04857 March11-201ENSMUST00000126304 2146 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
Col6a1Q04857 Cryzl1-203ENSMUST00000117644 1727 ntTSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
Col6a1Q04857 Spint1-201ENSMUST00000028783 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
Col6a1Q04857 2410004B18Rik-201ENSMUST00000039571 1547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
Col6a1Q04857 Zfp637-201ENSMUST00000112858 650 ntTSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
Col6a1Q04857 Zfp637-203ENSMUST00000112860 1231 ntTSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
Col6a1Q04857 Gm5408-201ENSMUST00000197998 747 ntBASIC21.47■■□□□ 1.03
Col6a1Q04857 Rwdd1-201ENSMUST00000019917 1090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
Col6a1Q04857 Ube2a-208ENSMUST00000202812 719 ntTSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
Col6a1Q04857 AC135637.1-201ENSMUST00000227750 365 ntBASIC21.47■■□□□ 1.03
Col6a1Q04857 Gm10812-201ENSMUST00000099864 546 ntBASIC21.47■■□□□ 1.03
Col6a1Q04857 Faap24-201ENSMUST00000032704 1857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
Col6a1Q04857 Rgs19-202ENSMUST00000108769 1460 ntTSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
Col6a1Q04857 Gimap1-201ENSMUST00000054368 1493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
Col6a1Q04857 Zdhhc5-201ENSMUST00000035840 4706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
Col6a1Q04857 B430319F04Rik-201ENSMUST00000209731 2669 ntBASIC21.46■■□□□ 1.03
Col6a1Q04857 Tgfbr3l-201ENSMUST00000110993 1075 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
Col6a1Q04857 Ndufa12-204ENSMUST00000179990 566 ntTSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
Col6a1Q04857 Msantd1-203ENSMUST00000202205 744 ntTSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
Col6a1Q04857 Rab7-206ENSMUST00000203674 424 ntTSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
Col6a1Q04857 AC135963.1-201ENSMUST00000211640 717 ntBASIC21.46■■□□□ 1.03
Col6a1Q04857 Tnnt2-201ENSMUST00000027671 1064 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
Col6a1Q04857 Cops9-201ENSMUST00000097642 438 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
Col6a1Q04857 Lbp-202ENSMUST00000109491 1322 ntTSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
Col6a1Q04857 Raph1-202ENSMUST00000090293 2409 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
Col6a1Q04857 Slc35a2-201ENSMUST00000096514 1757 ntTSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
Col6a1Q04857 Klc3-201ENSMUST00000047170 1901 ntTSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
Col6a1Q04857 Sirt1-203ENSMUST00000120239 4430 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.02
Col6a1Q04857 Fbxw2-201ENSMUST00000028220 2030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
Col6a1Q04857 D030056L22Rik-201ENSMUST00000055792 1631 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
Col6a1Q04857 Lrp3-202ENSMUST00000122409 4147 ntTSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
Col6a1Q04857 Rgs6-202ENSMUST00000161801 2141 ntTSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
Col6a1Q04857 Coro1a-209ENSMUST00000173108 1170 ntTSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.02
Col6a1Q04857 Vax2-201ENSMUST00000037807 1242 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
Col6a1Q04857 A230083G16Rik-201ENSMUST00000069553 991 ntTSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
Col6a1Q04857 AC164883.3-201ENSMUST00000227396 1774 ntBASIC21.45■■□□□ 1.02
Col6a1Q04857 Rasl11b-201ENSMUST00000051937 1812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
Col6a1Q04857 1600012H06Rik-203ENSMUST00000174004 1466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
Col6a1Q04857 Skor2-201ENSMUST00000166956 3141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
Col6a1Q04857 Znrf3-201ENSMUST00000109867 6311 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
Col6a1Q04857 Exosc4-201ENSMUST00000059045 1796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
Col6a1Q04857 Pdcd7-201ENSMUST00000048184 2419 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
Col6a1Q04857 Vkorc1-202ENSMUST00000119922 387 ntTSL 3 BASIC21.44■■□□□ 1.02
Col6a1Q04857 1110046J04Rik-201ENSMUST00000147622 397 ntTSL 3 BASIC21.44■■□□□ 1.02
Col6a1Q04857 Mcl1-202ENSMUST00000178686 858 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
Col6a1Q04857 Gon7-202ENSMUST00000179263 525 ntTSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
Col6a1Q04857 Suz12-206ENSMUST00000163272 4303 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
Col6a1Q04857 Memo1-201ENSMUST00000078459 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
Col6a1Q04857 Cadps-202ENSMUST00000112657 5455 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
Col6a1Q04857 Thap4-206ENSMUST00000190116 5558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
Col6a1Q04857 Dennd6a-202ENSMUST00000203874 2677 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
Col6a1Q04857 Prdm11-205ENSMUST00000178666 1870 ntTSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
Col6a1Q04857 1700067K01Rik-203ENSMUST00000172548 986 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
Col6a1Q04857 Ezh2-201ENSMUST00000081721 2787 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
Col6a1Q04857 Bcl11b-202ENSMUST00000109887 2522 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
Col6a1Q04857 Gm53-201ENSMUST00000129907 1172 ntTSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
Col6a1Q04857 Mir6982-201ENSMUST00000184354 68 ntBASIC21.42■■□□□ 1.02
Col6a1Q04857 Tspan2-203ENSMUST00000196611 682 ntTSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
Col6a1Q04857 Tusc3-203ENSMUST00000209440 1535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
Col6a1Q04857 1110004E09Rik-201ENSMUST00000023694 1143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
Col6a1Q04857 Retreg2-201ENSMUST00000097694 2561 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
Col6a1Q04857 2310022B05Rik-201ENSMUST00000034464 3307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
Col6a1Q04857 Hpca-204ENSMUST00000116444 1847 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
Col6a1Q04857 Tmem164-206ENSMUST00000112896 5224 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
Col6a1Q04857 Cavin3-201ENSMUST00000047040 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
Col6a1Q04857 Macrod2-207ENSMUST00000110067 4730 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 18.7 ms