Protein–RNA interactions for Protein: Q9ER60

Scn4a, Sodium channel protein type 4 subunit alpha, mousemouse

Predictions only

Length 1,841 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Scn4aQ9ER60 Tpst2-202ENSMUST00000071455 1741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
Scn4aQ9ER60 Gnb2-201ENSMUST00000031726 1860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
Scn4aQ9ER60 Smpdl3a-201ENSMUST00000020022 1961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2
Scn4aQ9ER60 Areg-201ENSMUST00000031325 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
Scn4aQ9ER60 Spire2-201ENSMUST00000010298 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
Scn4aQ9ER60 Tm7sf2-202ENSMUST00000113543 1498 ntTSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
Scn4aQ9ER60 Gm16141-201ENSMUST00000152073 790 ntTSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
Scn4aQ9ER60 Comtd1-204ENSMUST00000177527 714 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.57■■■□□ 2
Scn4aQ9ER60 Avp-201ENSMUST00000046001 577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
Scn4aQ9ER60 H2-Eb1-201ENSMUST00000074557 1184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
Scn4aQ9ER60 Smn1-202ENSMUST00000091321 223 ntTSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
Scn4aQ9ER60 Clybl-201ENSMUST00000026625 1231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
Scn4aQ9ER60 Zgpat-202ENSMUST00000108807 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
Scn4aQ9ER60 Rbmxl1-201ENSMUST00000049245 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
Scn4aQ9ER60 Hexdc-201ENSMUST00000038831 2378 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.56■■■□□ 2
Scn4aQ9ER60 Unc50-203ENSMUST00000118059 1179 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.55■■■□□ 2
Scn4aQ9ER60 Bola2-203ENSMUST00000130498 1266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
Scn4aQ9ER60 Art5-204ENSMUST00000106937 1713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
Scn4aQ9ER60 Gm45869-201ENSMUST00000210335 1704 ntTSL 5 BASIC27.55■■■□□ 2
Scn4aQ9ER60 Clta-203ENSMUST00000107847 1121 ntTSL 5 BASIC27.55■■■□□ 2
Scn4aQ9ER60 Gm11249-201ENSMUST00000117071 859 ntBASIC27.55■■■□□ 2
Scn4aQ9ER60 Gm6433-201ENSMUST00000118634 875 ntBASIC27.55■■■□□ 2
Scn4aQ9ER60 Gm10517-202ENSMUST00000192970 758 ntBASIC27.55■■■□□ 2
Scn4aQ9ER60 Samd13-205ENSMUST00000197989 591 ntTSL 5 BASIC27.55■■■□□ 2
Scn4aQ9ER60 Npw-201ENSMUST00000095544 638 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
Scn4aQ9ER60 Ngb-203ENSMUST00000110177 1611 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
Scn4aQ9ER60 Gm10167-201ENSMUST00000150411 1479 ntBASIC27.54■■■□□ 2
Scn4aQ9ER60 Prrt1-201ENSMUST00000015620 1940 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.54■■■□□ 2
Scn4aQ9ER60 Ccnd3-ps-201ENSMUST00000117963 881 ntBASIC27.54■■■□□ 2
Scn4aQ9ER60 Zfp428-203ENSMUST00000177205 1159 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
Scn4aQ9ER60 Dhrs7-201ENSMUST00000021512 1385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
Scn4aQ9ER60 Gm11627-202ENSMUST00000107081 818 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.53■■■□□ 2
Scn4aQ9ER60 B4galt2-201ENSMUST00000030266 2312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
Scn4aQ9ER60 Scrn2-201ENSMUST00000021249 1530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
Scn4aQ9ER60 Mboat4-201ENSMUST00000095345 1836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
Scn4aQ9ER60 2410002F23Rik-201ENSMUST00000055858 1982 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
Scn4aQ9ER60 AC164883.3-201ENSMUST00000227396 1774 ntBASIC27.52■■■□□ 2
Scn4aQ9ER60 Cited2-203ENSMUST00000219558 2411 ntAPPRIS P1 BASIC27.52■■■□□ 2
Scn4aQ9ER60 Mir142hg-201ENSMUST00000123700 269 ntTSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
Scn4aQ9ER60 9130019P16Rik-201ENSMUST00000135612 1019 ntTSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
Scn4aQ9ER60 Gm13509-201ENSMUST00000119733 1308 ntBASIC27.52■■■□□ 2
Scn4aQ9ER60 Arx-202ENSMUST00000113947 2454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.51■■■□□ 2
Scn4aQ9ER60 Gm6728-201ENSMUST00000178117 1065 ntBASIC27.51■■□□□ 1.99
Scn4aQ9ER60 Olfm2-204ENSMUST00000217198 2005 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC27.51■■□□□ 1.99
Scn4aQ9ER60 Peg12-201ENSMUST00000094339 2640 ntAPPRIS P1 BASIC27.51■■□□□ 1.99
Scn4aQ9ER60 Gm16505-202ENSMUST00000220976 1626 ntTSL 5 BASIC27.51■■□□□ 1.99
Scn4aQ9ER60 Gm35240-201ENSMUST00000218335 661 ntTSL 2 BASIC27.51■■□□□ 1.99
Scn4aQ9ER60 Mdfi-202ENSMUST00000066368 1711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
Scn4aQ9ER60 Ddx39b-201ENSMUST00000068056 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
Scn4aQ9ER60 Cul4a-202ENSMUST00000121426 1044 ntTSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
Scn4aQ9ER60 Pthlh-202ENSMUST00000204197 1281 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.5■■□□□ 1.99
Scn4aQ9ER60 Nt5c-201ENSMUST00000021082 858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
Scn4aQ9ER60 CT010444.2-201ENSMUST00000217877 1629 ntBASIC27.49■■□□□ 1.99
Scn4aQ9ER60 Gm8668-201ENSMUST00000120559 1447 ntBASIC27.49■■□□□ 1.99
Scn4aQ9ER60 Pigp-203ENSMUST00000113910 966 ntTSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
Scn4aQ9ER60 1110065P20Rik-203ENSMUST00000137769 659 ntTSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
Scn4aQ9ER60 Gm45890-201ENSMUST00000212043 1026 ntTSL 5 BASIC27.48■■□□□ 1.99
Scn4aQ9ER60 Tead1-203ENSMUST00000084705 2543 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
Scn4aQ9ER60 Phb-204ENSMUST00000125172 1799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
Scn4aQ9ER60 Ppp1r8-202ENSMUST00000105919 1090 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC27.48■■□□□ 1.99
Scn4aQ9ER60 Rpl27-202ENSMUST00000107249 732 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.48■■□□□ 1.99
Scn4aQ9ER60 Alad-202ENSMUST00000107444 1247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
Scn4aQ9ER60 Bnip1-201ENSMUST00000015725 1085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
Scn4aQ9ER60 Rex1bd-201ENSMUST00000075175 671 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
Scn4aQ9ER60 Fam49b-207ENSMUST00000228226 1896 ntAPPRIS P1 BASIC27.47■■□□□ 1.99
Scn4aQ9ER60 Gm29458-201ENSMUST00000187093 354 ntTSL 3 BASIC27.47■■□□□ 1.99
Scn4aQ9ER60 2510002D24Rik-204ENSMUST00000191388 995 ntTSL 5 BASIC27.47■■□□□ 1.99
Scn4aQ9ER60 Atp5l-201ENSMUST00000043675 544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
Scn4aQ9ER60 Limd2-202ENSMUST00000064545 798 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.47■■□□□ 1.99
Scn4aQ9ER60 Chtop-207ENSMUST00000107346 1321 ntTSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
Scn4aQ9ER60 Slc25a1-201ENSMUST00000003622 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
Scn4aQ9ER60 Wtap-203ENSMUST00000159551 2060 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.47■■□□□ 1.99
Scn4aQ9ER60 Rbfox3-204ENSMUST00000106278 1542 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
Scn4aQ9ER60 AC131586.2-201ENSMUST00000228370 1512 ntBASIC27.46■■□□□ 1.99
Scn4aQ9ER60 Utf1-201ENSMUST00000168457 1227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
Scn4aQ9ER60 Gm45822-201ENSMUST00000212231 259 ntTSL 3 BASIC27.46■■□□□ 1.99
Scn4aQ9ER60 Ndufa5-201ENSMUST00000023851 875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
Scn4aQ9ER60 Rpl21-202ENSMUST00000075453 899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
Scn4aQ9ER60 Ankrd33b-202ENSMUST00000076942 1641 ntTSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
Scn4aQ9ER60 Speg-203ENSMUST00000113588 1078 ntTSL 5 BASIC27.46■■□□□ 1.99
Scn4aQ9ER60 Zfp513-202ENSMUST00000114590 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
Scn4aQ9ER60 Lrrc73-201ENSMUST00000095262 1384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.99
Scn4aQ9ER60 1700020N01Rik-201ENSMUST00000057341 1062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.98
Scn4aQ9ER60 Bmyc-201ENSMUST00000061483 983 ntAPPRIS P1 BASIC27.45■■□□□ 1.98
Scn4aQ9ER60 Gm15688-201ENSMUST00000161394 2418 ntTSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.98
Scn4aQ9ER60 Otud5-205ENSMUST00000115668 2543 ntTSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.98
Scn4aQ9ER60 Capzb-203ENSMUST00000102507 1702 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.98
Scn4aQ9ER60 Zfp467-208ENSMUST00000114564 626 ntTSL 2 BASIC27.44■■□□□ 1.98
Scn4aQ9ER60 Gm18666-201ENSMUST00000190039 958 ntBASIC27.44■■□□□ 1.98
Scn4aQ9ER60 Crybb1-201ENSMUST00000031286 882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
Scn4aQ9ER60 Crabp1-201ENSMUST00000034830 802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
Scn4aQ9ER60 Tmprss5-205ENSMUST00000170246 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
Scn4aQ9ER60 Krtap5-3-202ENSMUST00000187512 1652 ntAPPRIS P2 BASIC27.44■■□□□ 1.98
Scn4aQ9ER60 Fbxw2-206ENSMUST00000113080 1923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
Scn4aQ9ER60 Gm26796-201ENSMUST00000181092 2276 ntTSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
Scn4aQ9ER60 Ttc32-202ENSMUST00000219470 1645 ntTSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
Scn4aQ9ER60 Atp5c1-201ENSMUST00000026887 1060 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.44■■□□□ 1.98
Scn4aQ9ER60 Inmt-201ENSMUST00000003569 1077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
Scn4aQ9ER60 Gm11273-201ENSMUST00000044043 390 ntAPPRIS P1 BASIC27.44■■□□□ 1.98
Scn4aQ9ER60 Mcoln1-201ENSMUST00000004683 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 29.6 ms