Protein–RNA interactions for Protein: Q00780

Col8a1, Collagen alpha-1(VIII) chain, mousemouse

Predictions only

Length 744 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col8a1Q00780 Pim3-201ENSMUST00000042818 2419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
Col8a1Q00780 Nrg3-203ENSMUST00000173780 2137 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.69■□□□□ 0.26
Col8a1Q00780 Klc3-201ENSMUST00000047170 1901 ntTSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
Col8a1Q00780 Amn-201ENSMUST00000021707 1701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
Col8a1Q00780 Zfp639-202ENSMUST00000191783 1988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
Col8a1Q00780 Mprip-201ENSMUST00000066330 7765 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
Col8a1Q00780 Stxbp3-202ENSMUST00000106596 553 ntTSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
Col8a1Q00780 Tgfbr3l-201ENSMUST00000110993 1075 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
Col8a1Q00780 Uncx-202ENSMUST00000174792 1196 ntTSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
Col8a1Q00780 A230083G16Rik-201ENSMUST00000069553 991 ntTSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
Col8a1Q00780 Slc25a1-201ENSMUST00000003622 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
Col8a1Q00780 Dus1l-209ENSMUST00000167023 1909 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
Col8a1Q00780 Dus1l-201ENSMUST00000026151 1930 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
Col8a1Q00780 Hpca-204ENSMUST00000116444 1847 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
Col8a1Q00780 Stn1-201ENSMUST00000049369 1992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
Col8a1Q00780 Dpysl3-201ENSMUST00000025379 2106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
Col8a1Q00780 B630019K06Rik-201ENSMUST00000064196 2583 ntAPPRIS P1 BASIC16.67■□□□□ 0.26
Col8a1Q00780 Gm13181-201ENSMUST00000120117 1069 ntBASIC16.67■□□□□ 0.26
Col8a1Q00780 1110046J04Rik-201ENSMUST00000147622 397 ntTSL 3 BASIC16.67■□□□□ 0.26
Col8a1Q00780 Boll-203ENSMUST00000159398 658 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
Col8a1Q00780 Gon7-202ENSMUST00000179263 525 ntTSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
Col8a1Q00780 Gm10065-201ENSMUST00000076238 345 ntAPPRIS P1 BASIC16.67■□□□□ 0.26
Col8a1Q00780 Nnat-201ENSMUST00000088484 458 ntTSL 2 BASIC16.67■□□□□ 0.26
Col8a1Q00780 Cacng7-201ENSMUST00000092891 2212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
Col8a1Q00780 D1Ertd622e-203ENSMUST00000149927 2703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
Col8a1Q00780 Ispd-204ENSMUST00000221452 1924 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
Col8a1Q00780 Sptbn4-207ENSMUST00000172269 8737 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.66■□□□□ 0.26
Col8a1Q00780 Memo1-201ENSMUST00000078459 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
Col8a1Q00780 Ube2b-202ENSMUST00000109086 585 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.66■□□□□ 0.26
Col8a1Q00780 Msantd1-203ENSMUST00000202205 744 ntTSL 2 BASIC16.66■□□□□ 0.26
Col8a1Q00780 Cmc1-202ENSMUST00000215799 531 ntTSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
Col8a1Q00780 Gm6365-201ENSMUST00000054711 744 ntBASIC16.66■□□□□ 0.26
Col8a1Q00780 Sfr1-201ENSMUST00000099353 1583 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
Col8a1Q00780 Rab28-201ENSMUST00000031011 1635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
Col8a1Q00780 Sept4-206ENSMUST00000122067 1303 ntTSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
Col8a1Q00780 Rnaset2b-202ENSMUST00000179728 2448 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
Col8a1Q00780 Uap1-201ENSMUST00000027981 2283 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
Col8a1Q00780 Rexo5-201ENSMUST00000033218 1966 ntTSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
Col8a1Q00780 Hyal2-201ENSMUST00000010191 1893 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
Col8a1Q00780 Exosc4-201ENSMUST00000059045 1796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
Col8a1Q00780 Gm12473-201ENSMUST00000137535 579 ntTSL 5 BASIC16.65■□□□□ 0.26
Col8a1Q00780 Gm37856-201ENSMUST00000191634 999 ntBASIC16.65■□□□□ 0.26
Col8a1Q00780 Prmt1-210ENSMUST00000208829 621 ntTSL 5 BASIC16.65■□□□□ 0.26
Col8a1Q00780 Peli3-201ENSMUST00000025834 1971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
Col8a1Q00780 Gga1-201ENSMUST00000041587 3034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
Col8a1Q00780 1600012H06Rik-203ENSMUST00000174004 1466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
Col8a1Q00780 AC164550.2-201ENSMUST00000219127 2086 ntTSL 5 BASIC16.65■□□□□ 0.26
Col8a1Q00780 Plekhh1-201ENSMUST00000039928 6439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
Col8a1Q00780 Xbp1-201ENSMUST00000063084 2129 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
Col8a1Q00780 Shisa6-201ENSMUST00000066679 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
Col8a1Q00780 Fbxl3-204ENSMUST00000132004 2534 ntTSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
Col8a1Q00780 D030056L22Rik-201ENSMUST00000055792 1631 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
Col8a1Q00780 AA465934-203ENSMUST00000177150 383 ntTSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
Col8a1Q00780 Akip1-201ENSMUST00000033335 1028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
Col8a1Q00780 Rps23-201ENSMUST00000051955 937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
Col8a1Q00780 Mrpl10-202ENSMUST00000054252 744 ntTSL 5 BASIC16.64■□□□□ 0.25
Col8a1Q00780 Kif1bp-201ENSMUST00000065887 2472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
Col8a1Q00780 Lbp-202ENSMUST00000109491 1322 ntTSL 2 BASIC16.64■□□□□ 0.25
Col8a1Q00780 Hunk-201ENSMUST00000065856 5009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
Col8a1Q00780 Sos1-201ENSMUST00000068714 8919 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.64■□□□□ 0.25
Col8a1Q00780 Wnk2-204ENSMUST00000110096 6534 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.63■□□□□ 0.25
Col8a1Q00780 Cacnb3-202ENSMUST00000109150 2670 ntTSL 5 BASIC16.63■□□□□ 0.25
Col8a1Q00780 Ciapin1-201ENSMUST00000034233 1807 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.63■□□□□ 0.25
Col8a1Q00780 Bend6-201ENSMUST00000062289 2487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
Col8a1Q00780 Hoxa11-201ENSMUST00000048026 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
Col8a1Q00780 Rab7-202ENSMUST00000113596 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
Col8a1Q00780 Neurog1-201ENSMUST00000058475 1686 ntAPPRIS P1 BASIC16.63■□□□□ 0.25
Col8a1Q00780 Rgs6-202ENSMUST00000161801 2141 ntTSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
Col8a1Q00780 Barhl1-202ENSMUST00000113847 2160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
Col8a1Q00780 Svbp-203ENSMUST00000106345 684 ntTSL 2 BASIC16.63■□□□□ 0.25
Col8a1Q00780 Larp4b-204ENSMUST00000188939 2658 ntTSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
Col8a1Q00780 Gm19531-201ENSMUST00000216737 1377 ntTSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
Col8a1Q00780 Gm45869-201ENSMUST00000210335 1704 ntTSL 5 BASIC16.62■□□□□ 0.25
Col8a1Q00780 Rfx5-205ENSMUST00000107260 2355 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.62■□□□□ 0.25
Col8a1Q00780 Dedd2-201ENSMUST00000058702 1828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
Col8a1Q00780 Cavin3-201ENSMUST00000047040 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
Col8a1Q00780 Mageb3-201ENSMUST00000104936 2341 ntAPPRIS P1 BASIC16.62■□□□□ 0.25
Col8a1Q00780 Hnrnpd-211ENSMUST00000172361 6811 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
Col8a1Q00780 Mmp24-201ENSMUST00000029141 4306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
Col8a1Q00780 Peli2-201ENSMUST00000073150 5900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
Col8a1Q00780 Mbip-201ENSMUST00000021416 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
Col8a1Q00780 Ppm1g-205ENSMUST00000202294 1868 ntTSL 5 BASIC16.61■□□□□ 0.25
Col8a1Q00780 Gm11492-201ENSMUST00000060360 1972 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.61■□□□□ 0.25
Col8a1Q00780 Gm13836-201ENSMUST00000121159 501 ntBASIC16.61■□□□□ 0.25
Col8a1Q00780 Map1lc3b-203ENSMUST00000181521 775 ntTSL 3 BASIC16.61■□□□□ 0.25
Col8a1Q00780 Mir9-3hg-206ENSMUST00000182937 636 ntTSL 3 BASIC16.61■□□□□ 0.25
Col8a1Q00780 Gm29241-201ENSMUST00000189260 1096 ntBASIC16.61■□□□□ 0.25
Col8a1Q00780 Stard10-211ENSMUST00000210192 1258 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.61■□□□□ 0.25
Col8a1Q00780 Tmem126a-201ENSMUST00000032844 799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
Col8a1Q00780 Cyp4f13-204ENSMUST00000139353 1389 ntTSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
Col8a1Q00780 Sdccag3-204ENSMUST00000114102 2193 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
Col8a1Q00780 Cdkl3-205ENSMUST00000109078 2216 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
Col8a1Q00780 Hlx-201ENSMUST00000048572 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
Col8a1Q00780 Celf6-202ENSMUST00000118164 1583 ntTSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
Col8a1Q00780 Hdgfl3-202ENSMUST00000107305 5887 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
Col8a1Q00780 Pde7a-202ENSMUST00000099195 6298 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
Col8a1Q00780 Foxk1-202ENSMUST00000198422 687 ntTSL 3 BASIC16.6■□□□□ 0.25
Col8a1Q00780 Gnb5-206ENSMUST00000215875 2105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
Col8a1Q00780 Apaf1-205ENSMUST00000160788 1596 ntTSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
Col8a1Q00780 Purb-201ENSMUST00000179343 8319 ntAPPRIS P1 BASIC16.59■□□□□ 0.25
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 27.1 ms