Protein–RNA interactions for Protein: P08121

Col3a1, Collagen alpha-1(III) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,464 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col3a1P08121 Gon7-202ENSMUST00000179263 525 ntTSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
Col3a1P08121 Camkk2-202ENSMUST00000196742 1084 ntTSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
Col3a1P08121 Spsb3-203ENSMUST00000117890 1641 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
Col3a1P08121 Acvrl1-206ENSMUST00000121718 1906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
Col3a1P08121 Cacnb1-203ENSMUST00000103144 2236 ntTSL 5 BASIC23.64■■□□□ 1.38
Col3a1P08121 Gnai2-203ENSMUST00000192837 421 ntTSL 5 BASIC23.64■■□□□ 1.38
Col3a1P08121 Gm4881-201ENSMUST00000206705 1152 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.64■■□□□ 1.38
Col3a1P08121 C230062I16Rik-202ENSMUST00000207746 1022 ntTSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.38
Col3a1P08121 Tceanc2-201ENSMUST00000030362 935 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.64■■□□□ 1.38
Col3a1P08121 Ksr1-202ENSMUST00000108264 2748 ntTSL 5 BASIC23.64■■□□□ 1.37
Col3a1P08121 Msx1-201ENSMUST00000063116 1935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
Col3a1P08121 Hoxb6-202ENSMUST00000173432 1964 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.64■■□□□ 1.37
Col3a1P08121 Olfm2-204ENSMUST00000217198 2005 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.64■■□□□ 1.37
Col3a1P08121 Cystm1-201ENSMUST00000050584 831 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
Col3a1P08121 Rufy1-201ENSMUST00000020643 2688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
Col3a1P08121 Bfsp1-201ENSMUST00000028907 2372 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
Col3a1P08121 Tmem203-201ENSMUST00000104998 854 ntAPPRIS P1 BASIC23.62■■□□□ 1.37
Col3a1P08121 Zfp444-202ENSMUST00000108565 849 ntTSL 3 BASIC23.62■■□□□ 1.37
Col3a1P08121 Uncx-202ENSMUST00000174792 1196 ntTSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
Col3a1P08121 Gm38205-201ENSMUST00000192243 258 ntBASIC23.62■■□□□ 1.37
Col3a1P08121 Zfp692-202ENSMUST00000153510 1887 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.62■■□□□ 1.37
Col3a1P08121 Zfp710-204ENSMUST00000206039 2194 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
Col3a1P08121 Irx5-202ENSMUST00000210246 2550 ntTSL 5 BASIC23.62■■□□□ 1.37
Col3a1P08121 Tssk2-201ENSMUST00000055374 1387 ntAPPRIS P1 BASIC23.62■■□□□ 1.37
Col3a1P08121 Gm21992-201ENSMUST00000172000 1434 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
Col3a1P08121 Gm21992-206ENSMUST00000179909 1435 ntTSL 5 BASIC23.62■■□□□ 1.37
Col3a1P08121 Vstm4-201ENSMUST00000053175 2745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
Col3a1P08121 Hes1-201ENSMUST00000023171 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
Col3a1P08121 Fbxo27-203ENSMUST00000108281 1948 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
Col3a1P08121 Kcnip2-202ENSMUST00000079431 2302 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
Col3a1P08121 Gm7514-201ENSMUST00000209475 934 ntBASIC23.62■■□□□ 1.37
Col3a1P08121 Ubl3-201ENSMUST00000079324 2537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
Col3a1P08121 Ogfod2-202ENSMUST00000119269 1474 ntTSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
Col3a1P08121 Vegfa-207ENSMUST00000142351 1973 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
Col3a1P08121 Letm2-201ENSMUST00000079160 2126 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
Col3a1P08121 Lhx1-204ENSMUST00000184646 1201 ntTSL 5 BASIC23.61■■□□□ 1.37
Col3a1P08121 Spcs1-201ENSMUST00000186131 1005 ntTSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
Col3a1P08121 AC121965.1-201ENSMUST00000221422 861 ntTSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
Col3a1P08121 Zfand3-202ENSMUST00000226208 923 ntAPPRIS P1 BASIC23.61■■□□□ 1.37
Col3a1P08121 Mall-201ENSMUST00000028856 2006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
Col3a1P08121 Lsr-203ENSMUST00000108116 2071 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
Col3a1P08121 Dynll2-201ENSMUST00000020775 2476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
Col3a1P08121 Adssl1-202ENSMUST00000180015 1819 ntTSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
Col3a1P08121 Rcl1-201ENSMUST00000064393 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
Col3a1P08121 Efcc1-201ENSMUST00000032132 2729 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
Col3a1P08121 Gm39115-201ENSMUST00000211350 699 ntAPPRIS P1 BASIC23.6■■□□□ 1.37
Col3a1P08121 Ap4s1-201ENSMUST00000021338 1035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
Col3a1P08121 Fbxo6-202ENSMUST00000056965 1163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
Col3a1P08121 Cxxc4-203ENSMUST00000181904 5694 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
Col3a1P08121 Fbxw2-206ENSMUST00000113080 1923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
Col3a1P08121 S100a6-201ENSMUST00000001051 731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
Col3a1P08121 Pcyt2-203ENSMUST00000106188 1486 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
Col3a1P08121 Dxo-201ENSMUST00000046244 1519 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
Col3a1P08121 Nab1-201ENSMUST00000069792 3874 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
Col3a1P08121 Gm42555-201ENSMUST00000199304 1039 ntBASIC23.58■■□□□ 1.37
Col3a1P08121 Rbks-201ENSMUST00000031018 1042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
Col3a1P08121 Hikeshi-201ENSMUST00000075010 715 ntTSL 3 BASIC23.58■■□□□ 1.37
Col3a1P08121 Hfe2-201ENSMUST00000049208 2028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.36
Col3a1P08121 Rab20-201ENSMUST00000033900 1392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
Col3a1P08121 Gm13534-201ENSMUST00000121169 513 ntBASIC23.57■■□□□ 1.36
Col3a1P08121 Sfr1-201ENSMUST00000099353 1583 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
Col3a1P08121 Ubtf-201ENSMUST00000006754 3213 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
Col3a1P08121 Osbpl2-201ENSMUST00000040668 2805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
Col3a1P08121 1700030C12Rik-201ENSMUST00000101462 858 ntTSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
Col3a1P08121 Hsf1-207ENSMUST00000228371 2102 ntBASIC23.56■■□□□ 1.36
Col3a1P08121 Kmt5b-216ENSMUST00000176926 1551 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
Col3a1P08121 Calml3-201ENSMUST00000077698 1421 ntAPPRIS P1 BASIC23.56■■□□□ 1.36
Col3a1P08121 Fkbp1a-201ENSMUST00000044011 1658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
Col3a1P08121 Hsp25-ps1-201ENSMUST00000109187 630 ntBASIC23.56■■□□□ 1.36
Col3a1P08121 Cdk19os-202ENSMUST00000143103 1124 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
Col3a1P08121 Sco2-201ENSMUST00000167643 1143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
Col3a1P08121 Snrpc-201ENSMUST00000071006 870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
Col3a1P08121 Gm16505-202ENSMUST00000220976 1626 ntTSL 5 BASIC23.55■■□□□ 1.36
Col3a1P08121 Dusp22-203ENSMUST00000110310 2319 ntTSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
Col3a1P08121 K230010J24Rik-204ENSMUST00000187868 1810 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.55■■□□□ 1.36
Col3a1P08121 Zfp771-201ENSMUST00000052509 1484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
Col3a1P08121 Mcmbp-202ENSMUST00000119081 2347 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
Col3a1P08121 Kif1bp-202ENSMUST00000159704 2622 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
Col3a1P08121 Dusp26-205ENSMUST00000170204 1627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.55■■□□□ 1.36
Col3a1P08121 Otud5-203ENSMUST00000115666 2471 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
Col3a1P08121 Hmgn2-204ENSMUST00000105893 973 ntTSL 3 BASIC23.55■■□□□ 1.36
Col3a1P08121 Gm12669-201ENSMUST00000122162 1009 ntBASIC23.55■■□□□ 1.36
Col3a1P08121 Wipi2-202ENSMUST00000110778 1959 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
Col3a1P08121 2310034G01Rik-201ENSMUST00000189008 1373 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
Col3a1P08121 Shq1-201ENSMUST00000089245 1638 ntTSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
Col3a1P08121 Slc3a2-201ENSMUST00000010239 1819 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
Col3a1P08121 1700026D11Rik-201ENSMUST00000126910 2033 ntTSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
Col3a1P08121 Nudt14-202ENSMUST00000221397 1241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
Col3a1P08121 Psmb5-201ENSMUST00000022803 899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
Col3a1P08121 C1qtnf12-201ENSMUST00000024338 1315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
Col3a1P08121 Pdcd2-205ENSMUST00000154293 1924 ntTSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
Col3a1P08121 Neurog1-201ENSMUST00000058475 1686 ntAPPRIS P1 BASIC23.53■■□□□ 1.36
Col3a1P08121 Gm46218-201ENSMUST00000215448 801 ntTSL 5 BASIC23.53■■□□□ 1.36
Col3a1P08121 A930018P22Rik-201ENSMUST00000040374 822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
Col3a1P08121 Gm10655-201ENSMUST00000098658 1397 ntBASIC23.53■■□□□ 1.36
Col3a1P08121 Chadl-201ENSMUST00000072910 2548 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.52■■□□□ 1.36
Col3a1P08121 Gm11627-201ENSMUST00000107080 585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
Col3a1P08121 A730056A06Rik-202ENSMUST00000206959 526 ntTSL 3 BASIC23.52■■□□□ 1.36
Col3a1P08121 Areg-201ENSMUST00000031325 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
Col3a1P08121 Pbx1-202ENSMUST00000072863 1709 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 19.7 ms