Protein–RNA interactions for Protein: Q9QXK7

Cpsf3, Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 3, mousemouse

Predictions only

Length 684 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Cpsf3Q9QXK7 Clip1-205ENSMUST00000111566 6133 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
Cpsf3Q9QXK7 Hist1h2bp-201ENSMUST00000102982 469 ntAPPRIS P1 BASIC21.19■□□□□ 0.98
Cpsf3Q9QXK7 Selenos-205ENSMUST00000206575 1157 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.19■□□□□ 0.98
Cpsf3Q9QXK7 Fam58b-201ENSMUST00000059468 1224 ntAPPRIS P1 BASIC21.19■□□□□ 0.98
Cpsf3Q9QXK7 Picalm-212ENSMUST00000208730 3427 ntTSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
Cpsf3Q9QXK7 Neo1-202ENSMUST00000214547 5414 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
Cpsf3Q9QXK7 Gm5475-201ENSMUST00000132119 2608 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
Cpsf3Q9QXK7 Gab1-201ENSMUST00000034150 4870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
Cpsf3Q9QXK7 Chadl-201ENSMUST00000072910 2548 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.18■□□□□ 0.98
Cpsf3Q9QXK7 Retreg2-201ENSMUST00000097694 2561 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
Cpsf3Q9QXK7 Hpca-204ENSMUST00000116444 1847 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.18■□□□□ 0.98
Cpsf3Q9QXK7 Tmem51-201ENSMUST00000036572 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
Cpsf3Q9QXK7 Gnb5-206ENSMUST00000215875 2105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
Cpsf3Q9QXK7 Tfdp2-202ENSMUST00000165120 2341 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
Cpsf3Q9QXK7 Kcnip2-202ENSMUST00000079431 2302 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
Cpsf3Q9QXK7 Slc12a8-204ENSMUST00000121925 2656 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.17■□□□□ 0.98
Cpsf3Q9QXK7 Foxg1-201ENSMUST00000021333 2941 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
Cpsf3Q9QXK7 Gm11421-201ENSMUST00000122124 294 ntBASIC21.17■□□□□ 0.98
Cpsf3Q9QXK7 Gm43060-201ENSMUST00000200621 289 ntBASIC21.17■□□□□ 0.98
Cpsf3Q9QXK7 Ninj1-201ENSMUST00000049022 1187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
Cpsf3Q9QXK7 Snx21-206ENSMUST00000174070 1446 ntTSL 5 BASIC21.17■□□□□ 0.98
Cpsf3Q9QXK7 Derl2-207ENSMUST00000171041 1466 ntTSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
Cpsf3Q9QXK7 Pbx1-202ENSMUST00000072863 1709 ntTSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
Cpsf3Q9QXK7 Acvrl1-206ENSMUST00000121718 1906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
Cpsf3Q9QXK7 Hsf1-207ENSMUST00000228371 2102 ntBASIC21.17■□□□□ 0.98
Cpsf3Q9QXK7 Msl3l2-201ENSMUST00000063138 2140 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
Cpsf3Q9QXK7 Hccs-202ENSMUST00000112115 2473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
Cpsf3Q9QXK7 Crtc2-201ENSMUST00000029545 2747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
Cpsf3Q9QXK7 Brsk1-201ENSMUST00000048248 2996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
Cpsf3Q9QXK7 Msx1-201ENSMUST00000063116 1935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
Cpsf3Q9QXK7 Uqcrc1-201ENSMUST00000026743 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
Cpsf3Q9QXK7 Arhgap8-207ENSMUST00000172307 1544 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.16■□□□□ 0.98
Cpsf3Q9QXK7 Lrp3-202ENSMUST00000122409 4147 ntTSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
Cpsf3Q9QXK7 Gm26881-201ENSMUST00000180426 593 ntTSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
Cpsf3Q9QXK7 Jsrp1-203ENSMUST00000181039 1108 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
Cpsf3Q9QXK7 Gm6899-201ENSMUST00000089614 622 ntAPPRIS P1 BASIC21.16■□□□□ 0.98
Cpsf3Q9QXK7 Lgr4-202ENSMUST00000111037 4988 ntTSL 5 BASIC21.16■□□□□ 0.98
Cpsf3Q9QXK7 Mum1-201ENSMUST00000020365 2640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
Cpsf3Q9QXK7 Kctd20-204ENSMUST00000122163 2423 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.16■□□□□ 0.98
Cpsf3Q9QXK7 Ttc9b-201ENSMUST00000008088 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
Cpsf3Q9QXK7 4930524B15Rik-201ENSMUST00000102829 2000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
Cpsf3Q9QXK7 Gp1bb-202ENSMUST00000167388 1847 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.15■□□□□ 0.98
Cpsf3Q9QXK7 Hnrnpab-203ENSMUST00000109103 1437 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
Cpsf3Q9QXK7 Klhl15-205ENSMUST00000113916 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
Cpsf3Q9QXK7 Ssx2ip-203ENSMUST00000106151 3232 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
Cpsf3Q9QXK7 Rab7-205ENSMUST00000113600 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
Cpsf3Q9QXK7 Dtymk-201ENSMUST00000027503 1003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
Cpsf3Q9QXK7 Cisd1-201ENSMUST00000045887 1084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
Cpsf3Q9QXK7 Akr7a5-201ENSMUST00000073787 1288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
Cpsf3Q9QXK7 Sema6d-202ENSMUST00000076335 6276 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
Cpsf3Q9QXK7 Ppm1b-201ENSMUST00000080217 2753 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
Cpsf3Q9QXK7 Gm4969-202ENSMUST00000141380 1892 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.15■□□□□ 0.98
Cpsf3Q9QXK7 Nectin1-201ENSMUST00000034510 5653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
Cpsf3Q9QXK7 Lsm14a-201ENSMUST00000085585 2944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
Cpsf3Q9QXK7 Lgr4-201ENSMUST00000046548 5060 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.14■□□□□ 0.98
Cpsf3Q9QXK7 Sebox-202ENSMUST00000125670 1300 ntTSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
Cpsf3Q9QXK7 Hgfac-206ENSMUST00000202573 434 ntTSL 5 BASIC21.14■□□□□ 0.97
Cpsf3Q9QXK7 AC114678.1-201ENSMUST00000219640 622 ntTSL 3 BASIC21.14■□□□□ 0.97
Cpsf3Q9QXK7 Rbp4-201ENSMUST00000025951 1243 ntTSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
Cpsf3Q9QXK7 Cmc4-201ENSMUST00000033543 992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
Cpsf3Q9QXK7 Noc2l-201ENSMUST00000179543 2785 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
Cpsf3Q9QXK7 Triobp-202ENSMUST00000109688 2553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
Cpsf3Q9QXK7 Fam20b-201ENSMUST00000086153 4414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
Cpsf3Q9QXK7 Sox17-208ENSMUST00000195555 1977 ntTSL 5 BASIC21.14■□□□□ 0.97
Cpsf3Q9QXK7 Ndufaf1-202ENSMUST00000110801 1478 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
Cpsf3Q9QXK7 Rnaseh1-201ENSMUST00000020959 1455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
Cpsf3Q9QXK7 Zdhhc5-201ENSMUST00000035840 4706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
Cpsf3Q9QXK7 Plac9b-203ENSMUST00000184142 1040 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
Cpsf3Q9QXK7 Dusp26-205ENSMUST00000170204 1627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.13■□□□□ 0.97
Cpsf3Q9QXK7 Wdsub1-202ENSMUST00000102751 1526 ntTSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
Cpsf3Q9QXK7 Kctd9-201ENSMUST00000078053 3157 ntTSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
Cpsf3Q9QXK7 Tmem114-201ENSMUST00000023400 1406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
Cpsf3Q9QXK7 Wbp1-201ENSMUST00000032111 1419 ntTSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
Cpsf3Q9QXK7 Gjc2-202ENSMUST00000108793 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
Cpsf3Q9QXK7 Zfp692-202ENSMUST00000153510 1887 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.12■□□□□ 0.97
Cpsf3Q9QXK7 Cnpy3-202ENSMUST00000121671 561 ntTSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
Cpsf3Q9QXK7 Gm12063-201ENSMUST00000148087 715 ntTSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
Cpsf3Q9QXK7 AC137127.1-201ENSMUST00000213466 1078 ntBASIC21.12■□□□□ 0.97
Cpsf3Q9QXK7 Kremen2-201ENSMUST00000046525 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
Cpsf3Q9QXK7 Hoxa5-201ENSMUST00000048794 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
Cpsf3Q9QXK7 Elf2-212ENSMUST00000194641 5919 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.11■□□□□ 0.97
Cpsf3Q9QXK7 Stau2-201ENSMUST00000027052 2763 ntTSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
Cpsf3Q9QXK7 Knstrn-202ENSMUST00000110842 925 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.11■□□□□ 0.97
Cpsf3Q9QXK7 Mrgbp-206ENSMUST00000169630 1192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
Cpsf3Q9QXK7 Cnih2-201ENSMUST00000025805 1237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
Cpsf3Q9QXK7 Arl6ip4-201ENSMUST00000031351 1192 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
Cpsf3Q9QXK7 Zfp428-201ENSMUST00000071361 1182 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
Cpsf3Q9QXK7 Pdpk1-205ENSMUST00000115411 1724 ntTSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
Cpsf3Q9QXK7 Ndufaf1-201ENSMUST00000028768 1451 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
Cpsf3Q9QXK7 Hopxos-201ENSMUST00000148568 1661 ntTSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
Cpsf3Q9QXK7 Glipr2-201ENSMUST00000030202 2320 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
Cpsf3Q9QXK7 Ipmk-201ENSMUST00000079252 5447 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
Cpsf3Q9QXK7 Mal2-201ENSMUST00000025356 2950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
Cpsf3Q9QXK7 Cdan1-202ENSMUST00000110701 6384 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
Cpsf3Q9QXK7 Foxf2-201ENSMUST00000042054 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
Cpsf3Q9QXK7 AA386476-201ENSMUST00000098781 1665 ntBASIC21.1■□□□□ 0.97
Cpsf3Q9QXK7 Anapc1-202ENSMUST00000110332 1214 ntTSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
Cpsf3Q9QXK7 Sumo2-205ENSMUST00000121185 911 ntTSL 3 BASIC21.1■□□□□ 0.97
Cpsf3Q9QXK7 Gm15270-201ENSMUST00000125158 870 ntTSL 3 BASIC21.1■□□□□ 0.97
Cpsf3Q9QXK7 Ppp4r1l-ps-204ENSMUST00000140992 367 ntTSL 3 BASIC21.1■□□□□ 0.97
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 78.4 ms