Protein–RNA interactions for Protein: Q4QRL3

Ccdc88b, Coiled-coil domain-containing protein 88B, mousemouse

Predictions only

Length 1,481 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc88bQ4QRL3 Tmem86a-201ENSMUST00000010451 1831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.49■■■□□ 2.79
Ccdc88bQ4QRL3 Derl2-207ENSMUST00000171041 1466 ntTSL 1 (best) BASIC32.49■■■□□ 2.79
Ccdc88bQ4QRL3 Hoxa5-201ENSMUST00000048794 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.49■■■□□ 2.79
Ccdc88bQ4QRL3 Lrrc4b-201ENSMUST00000058667 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.49■■■□□ 2.79
Ccdc88bQ4QRL3 Cnih2-201ENSMUST00000025805 1237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.48■■■□□ 2.79
Ccdc88bQ4QRL3 Jkamp-201ENSMUST00000057257 1292 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.48■■■□□ 2.79
Ccdc88bQ4QRL3 Gfi1-202ENSMUST00000065478 2639 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.48■■■□□ 2.79
Ccdc88bQ4QRL3 Clta-202ENSMUST00000107846 1710 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.48■■■□□ 2.79
Ccdc88bQ4QRL3 Acvrl1-206ENSMUST00000121718 1906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.48■■■□□ 2.79
Ccdc88bQ4QRL3 Cdkn3-203ENSMUST00000227149 1952 ntBASIC32.48■■■□□ 2.79
Ccdc88bQ4QRL3 Mpz-202ENSMUST00000111334 1278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.48■■■□□ 2.79
Ccdc88bQ4QRL3 Pdpk1-205ENSMUST00000115411 1724 ntTSL 1 (best) BASIC32.48■■■□□ 2.79
Ccdc88bQ4QRL3 Adssl1-202ENSMUST00000180015 1819 ntTSL 1 (best) BASIC32.47■■■□□ 2.79
Ccdc88bQ4QRL3 Hpdl-201ENSMUST00000055436 1804 ntAPPRIS P1 BASIC32.47■■■□□ 2.79
Ccdc88bQ4QRL3 AC152827.1-201ENSMUST00000221143 2189 ntBASIC32.47■■■□□ 2.79
Ccdc88bQ4QRL3 Gm9817-201ENSMUST00000054395 2531 ntAPPRIS P1 BASIC32.47■■■□□ 2.79
Ccdc88bQ4QRL3 Gm43909-201ENSMUST00000203443 1876 ntBASIC32.47■■■□□ 2.79
Ccdc88bQ4QRL3 C230096K16Rik-201ENSMUST00000198074 1722 ntBASIC32.47■■■□□ 2.79
Ccdc88bQ4QRL3 Tmem54-203ENSMUST00000106064 1066 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.47■■■□□ 2.79
Ccdc88bQ4QRL3 Krtcap3-205ENSMUST00000201625 902 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.47■■■□□ 2.79
Ccdc88bQ4QRL3 Il23a-201ENSMUST00000026449 1360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.46■■■□□ 2.79
Ccdc88bQ4QRL3 Baiap2-205ENSMUST00000106233 2442 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC32.46■■■□□ 2.79
Ccdc88bQ4QRL3 Gm12660-201ENSMUST00000123764 664 ntTSL 3 BASIC32.46■■■□□ 2.79
Ccdc88bQ4QRL3 Sap30-201ENSMUST00000034022 1178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.46■■■□□ 2.79
Ccdc88bQ4QRL3 Klhl25-203ENSMUST00000205612 1343 ntTSL 1 (best) BASIC32.46■■■□□ 2.79
Ccdc88bQ4QRL3 Sox17-208ENSMUST00000195555 1977 ntTSL 5 BASIC32.46■■■□□ 2.79
Ccdc88bQ4QRL3 Hey1-201ENSMUST00000042412 2423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.45■■■□□ 2.79
Ccdc88bQ4QRL3 Tssk2-201ENSMUST00000055374 1387 ntAPPRIS P1 BASIC32.45■■■□□ 2.79
Ccdc88bQ4QRL3 Otud5-204ENSMUST00000115667 2708 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC32.45■■■□□ 2.79
Ccdc88bQ4QRL3 Gm9934-201ENSMUST00000098303 2077 ntTSL 1 (best) BASIC32.45■■■□□ 2.79
Ccdc88bQ4QRL3 Faap24-201ENSMUST00000032704 1857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.45■■■□□ 2.79
Ccdc88bQ4QRL3 Tmem203-201ENSMUST00000104998 854 ntAPPRIS P1 BASIC32.45■■■□□ 2.79
Ccdc88bQ4QRL3 Gm44965-201ENSMUST00000204121 360 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC32.45■■■□□ 2.79
Ccdc88bQ4QRL3 A930018P22Rik-201ENSMUST00000040374 822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.45■■■□□ 2.79
Ccdc88bQ4QRL3 Cystm1-201ENSMUST00000050584 831 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.45■■■□□ 2.79
Ccdc88bQ4QRL3 Gtpbp2-217ENSMUST00000172170 2587 ntTSL 5 BASIC32.45■■■□□ 2.78
Ccdc88bQ4QRL3 Pelo-201ENSMUST00000109226 1600 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.45■■■□□ 2.78
Ccdc88bQ4QRL3 Ctdsp1-201ENSMUST00000027367 2876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.45■■■□□ 2.78
Ccdc88bQ4QRL3 Zfp444-202ENSMUST00000108565 849 ntTSL 3 BASIC32.44■■■□□ 2.78
Ccdc88bQ4QRL3 Gm38205-201ENSMUST00000192243 258 ntBASIC32.44■■■□□ 2.78
Ccdc88bQ4QRL3 Otud5-203ENSMUST00000115666 2471 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.44■■■□□ 2.78
Ccdc88bQ4QRL3 3830408C21Rik-205ENSMUST00000225426 1898 ntBASIC32.43■■■□□ 2.78
Ccdc88bQ4QRL3 Vmn1r17-205ENSMUST00000228342 2230 ntAPPRIS P2 BASIC32.43■■■□□ 2.78
Ccdc88bQ4QRL3 Gm12933-201ENSMUST00000120203 872 ntBASIC32.43■■■□□ 2.78
Ccdc88bQ4QRL3 Aire-203ENSMUST00000105396 1749 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.42■■■□□ 2.78
Ccdc88bQ4QRL3 Aire-214ENSMUST00000154374 1712 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.42■■■□□ 2.78
Ccdc88bQ4QRL3 Aire-215ENSMUST00000155021 1737 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.42■■■□□ 2.78
Ccdc88bQ4QRL3 Exoc3l2-201ENSMUST00000011407 2200 ntTSL 5 BASIC32.42■■■□□ 2.78
Ccdc88bQ4QRL3 Tceanc2-201ENSMUST00000030362 935 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC32.42■■■□□ 2.78
Ccdc88bQ4QRL3 Rbks-201ENSMUST00000031018 1042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.42■■■□□ 2.78
Ccdc88bQ4QRL3 Zmym3-202ENSMUST00000117637 1593 ntTSL 1 (best) BASIC32.42■■■□□ 2.78
Ccdc88bQ4QRL3 Usp39-201ENSMUST00000070345 2244 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.42■■■□□ 2.78
Ccdc88bQ4QRL3 Lypd3-201ENSMUST00000080718 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.42■■■□□ 2.78
Ccdc88bQ4QRL3 Ttc7b-201ENSMUST00000062957 3446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.42■■■□□ 2.78
Ccdc88bQ4QRL3 Zfp692-202ENSMUST00000153510 1887 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.41■■■□□ 2.78
Ccdc88bQ4QRL3 Pcyt2-203ENSMUST00000106188 1486 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.41■■■□□ 2.78
Ccdc88bQ4QRL3 Gm15043-201ENSMUST00000118843 1543 ntBASIC32.41■■■□□ 2.78
Ccdc88bQ4QRL3 Vegfa-207ENSMUST00000142351 1973 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.41■■■□□ 2.78
Ccdc88bQ4QRL3 Hexdc-201ENSMUST00000038831 2378 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC32.4■■■□□ 2.78
Ccdc88bQ4QRL3 Mrpl52-201ENSMUST00000010550 418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.4■■■□□ 2.78
Ccdc88bQ4QRL3 Atraid-201ENSMUST00000013766 966 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.4■■■□□ 2.78
Ccdc88bQ4QRL3 1700125G02Rik-201ENSMUST00000154947 519 ntTSL 1 (best) BASIC32.4■■■□□ 2.78
Ccdc88bQ4QRL3 Camkk2-202ENSMUST00000196742 1084 ntTSL 1 (best) BASIC32.4■■■□□ 2.78
Ccdc88bQ4QRL3 Fam207a-201ENSMUST00000045454 2394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.39■■■□□ 2.78
Ccdc88bQ4QRL3 Pex16-201ENSMUST00000028650 1392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.39■■■□□ 2.78
Ccdc88bQ4QRL3 AC154266.1-201ENSMUST00000223190 503 ntBASIC32.39■■■□□ 2.78
Ccdc88bQ4QRL3 Snrpc-201ENSMUST00000071006 870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.39■■■□□ 2.78
Ccdc88bQ4QRL3 Ap1ar-201ENSMUST00000051737 2662 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC32.39■■■□□ 2.78
Ccdc88bQ4QRL3 Homer3-206ENSMUST00000140212 2608 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.38■■■□□ 2.77
Ccdc88bQ4QRL3 Fbxo27-203ENSMUST00000108281 1948 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.38■■■□□ 2.77
Ccdc88bQ4QRL3 Gssos2-201ENSMUST00000130859 727 ntTSL 3 BASIC32.38■■■□□ 2.77
Ccdc88bQ4QRL3 Gm4881-201ENSMUST00000206705 1152 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.38■■■□□ 2.77
Ccdc88bQ4QRL3 C230062I16Rik-202ENSMUST00000207746 1022 ntTSL 1 (best) BASIC32.38■■■□□ 2.77
Ccdc88bQ4QRL3 Ngb-203ENSMUST00000110177 1611 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC32.38■■■□□ 2.77
Ccdc88bQ4QRL3 Jmjd7-201ENSMUST00000044675 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.37■■■□□ 2.77
Ccdc88bQ4QRL3 Prss32-201ENSMUST00000061725 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.37■■■□□ 2.77
Ccdc88bQ4QRL3 Gm7514-201ENSMUST00000209475 934 ntBASIC32.37■■■□□ 2.77
Ccdc88bQ4QRL3 AC121965.1-201ENSMUST00000221422 861 ntTSL 1 (best) BASIC32.37■■■□□ 2.77
Ccdc88bQ4QRL3 Zfand3-202ENSMUST00000226208 923 ntAPPRIS P1 BASIC32.37■■■□□ 2.77
Ccdc88bQ4QRL3 Smim1-209ENSMUST00000145527 562 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.36■■■□□ 2.77
Ccdc88bQ4QRL3 Sec22c-202ENSMUST00000111560 2669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.36■■■□□ 2.77
Ccdc88bQ4QRL3 Gm4969-202ENSMUST00000141380 1892 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.36■■■□□ 2.77
Ccdc88bQ4QRL3 Sost-201ENSMUST00000001534 2066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.36■■■□□ 2.77
Ccdc88bQ4QRL3 AC167978.1-201ENSMUST00000182488 456 ntTSL 3 BASIC32.35■■■□□ 2.77
Ccdc88bQ4QRL3 AA386476-201ENSMUST00000098781 1665 ntBASIC32.35■■■□□ 2.77
Ccdc88bQ4QRL3 6430573P05Rik-203ENSMUST00000195547 2457 ntBASIC32.35■■■□□ 2.77
Ccdc88bQ4QRL3 Zfp710-204ENSMUST00000206039 2194 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.35■■■□□ 2.77
Ccdc88bQ4QRL3 Ccdc149-202ENSMUST00000198008 2470 ntTSL 5 BASIC32.35■■■□□ 2.77
Ccdc88bQ4QRL3 Hsp25-ps1-201ENSMUST00000109187 630 ntBASIC32.35■■■□□ 2.77
Ccdc88bQ4QRL3 Olig1-201ENSMUST00000056882 2162 ntAPPRIS P1 BASIC32.34■■■□□ 2.77
Ccdc88bQ4QRL3 S100a6-201ENSMUST00000001051 731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.34■■■□□ 2.77
Ccdc88bQ4QRL3 Msantd1-203ENSMUST00000202205 744 ntTSL 2 BASIC32.34■■■□□ 2.77
Ccdc88bQ4QRL3 Ypel3-201ENSMUST00000038614 973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.34■■■□□ 2.77
Ccdc88bQ4QRL3 Gpr162-201ENSMUST00000046893 2676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.33■■■□□ 2.77
Ccdc88bQ4QRL3 Mall-201ENSMUST00000028856 2006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.33■■■□□ 2.77
Ccdc88bQ4QRL3 Prcd-205ENSMUST00000178875 1227 ntTSL 5 BASIC32.33■■■□□ 2.77
Ccdc88bQ4QRL3 Gm42555-201ENSMUST00000199304 1039 ntBASIC32.33■■■□□ 2.77
Ccdc88bQ4QRL3 Tmem121-201ENSMUST00000058491 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.33■■■□□ 2.77
Ccdc88bQ4QRL3 Arrb2-203ENSMUST00000102563 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.33■■■□□ 2.77
Ccdc88bQ4QRL3 Cdkl3-210ENSMUST00000121591 2387 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.33■■■□□ 2.77
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 17.6 ms