Protein–RNA interactions for Protein: Q62226

Shh, Sonic hedgehog protein, mousemouse

Predictions only

Length 437 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ShhQ62226 Hist1h2bp-201ENSMUST00000102982 469 ntAPPRIS P1 BASIC18.34■□□□□ 0.53
ShhQ62226 AC099934.2-201ENSMUST00000196389 70 ntBASIC18.34■□□□□ 0.53
ShhQ62226 AC156953.1-201ENSMUST00000196953 70 ntBASIC18.34■□□□□ 0.53
ShhQ62226 AC157822.2-201ENSMUST00000200291 70 ntBASIC18.34■□□□□ 0.53
ShhQ62226 Gm43060-201ENSMUST00000200621 289 ntBASIC18.34■□□□□ 0.53
ShhQ62226 Fbxw2-203ENSMUST00000113075 2260 ntTSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
ShhQ62226 Kifc3-201ENSMUST00000034240 3277 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
ShhQ62226 Eif2ak4-207ENSMUST00000110877 2134 ntTSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
ShhQ62226 Ccnd3-201ENSMUST00000037333 1999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.53
ShhQ62226 Best2-201ENSMUST00000059072 1971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.53
ShhQ62226 Meg3-207ENSMUST00000143836 1896 ntTSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.53
ShhQ62226 Slc35f5-201ENSMUST00000027580 2733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.53
ShhQ62226 Sap30-201ENSMUST00000034022 1178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
ShhQ62226 Chn2-201ENSMUST00000046856 2418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
ShhQ62226 Tead4-202ENSMUST00000112157 1909 ntTSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
ShhQ62226 Trak1-208ENSMUST00000210636 2197 ntTSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
ShhQ62226 Gm572-201ENSMUST00000105698 1385 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.32■□□□□ 0.52
ShhQ62226 Ubl3-202ENSMUST00000164904 2001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
ShhQ62226 Utp11-201ENSMUST00000030738 1603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
ShhQ62226 Ache-209ENSMUST00000196208 1911 ntTSL 5 BASIC18.32■□□□□ 0.52
ShhQ62226 Ctdsp1-201ENSMUST00000027367 2876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
ShhQ62226 Gm10849-201ENSMUST00000100397 618 ntBASIC18.32■□□□□ 0.52
ShhQ62226 Hoxd1-201ENSMUST00000047793 1862 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
ShhQ62226 Glipr2-201ENSMUST00000030202 2320 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
ShhQ62226 Coq10a-201ENSMUST00000043211 1421 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.32■□□□□ 0.52
ShhQ62226 Tinagl1-202ENSMUST00000105998 1976 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
ShhQ62226 Uqcrfs1-201ENSMUST00000042834 1363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
ShhQ62226 Gm8773-201ENSMUST00000101627 1268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
ShhQ62226 Cav2-201ENSMUST00000000058 2733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
ShhQ62226 Fah-201ENSMUST00000032865 1585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
ShhQ62226 Crlf3-203ENSMUST00000103233 2230 ntTSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
ShhQ62226 Trp73os-201ENSMUST00000143429 2192 ntTSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
ShhQ62226 Rfc5-202ENSMUST00000111953 772 ntTSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
ShhQ62226 Gm8770-201ENSMUST00000121113 1109 ntBASIC18.3■□□□□ 0.52
ShhQ62226 Cox16-207ENSMUST00000169124 685 ntTSL 2 BASIC18.3■□□□□ 0.52
ShhQ62226 Gm43759-201ENSMUST00000196925 1261 ntBASIC18.3■□□□□ 0.52
ShhQ62226 Gbx2-201ENSMUST00000036954 2135 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
ShhQ62226 Rdh14-201ENSMUST00000020947 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
ShhQ62226 Etv4-202ENSMUST00000107176 2377 ntTSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
ShhQ62226 Etv4-201ENSMUST00000017868 2395 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.3■□□□□ 0.52
ShhQ62226 Ntn5-202ENSMUST00000182750 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
ShhQ62226 Fezf2-203ENSMUST00000224714 2429 ntAPPRIS P1 BASIC18.29■□□□□ 0.52
ShhQ62226 Serbp1-207ENSMUST00000203436 1667 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
ShhQ62226 Gm15270-201ENSMUST00000125158 870 ntTSL 3 BASIC18.29■□□□□ 0.52
ShhQ62226 Gm11650-201ENSMUST00000141271 1145 ntTSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
ShhQ62226 Gm44731-201ENSMUST00000203086 542 ntTSL 3 BASIC18.29■□□□□ 0.52
ShhQ62226 Gar1-201ENSMUST00000029643 1271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
ShhQ62226 Olig1-201ENSMUST00000056882 2162 ntAPPRIS P1 BASIC18.29■□□□□ 0.52
ShhQ62226 Nipsnap2-201ENSMUST00000086046 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
ShhQ62226 Brd1-201ENSMUST00000088911 4702 ntTSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
ShhQ62226 Eml2-202ENSMUST00000117338 2765 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.29■□□□□ 0.52
ShhQ62226 Slc30a4-201ENSMUST00000005952 5458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
ShhQ62226 Rfx8-202ENSMUST00000151913 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
ShhQ62226 Dda1-202ENSMUST00000124745 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
ShhQ62226 Rnf39-202ENSMUST00000173072 631 ntTSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
ShhQ62226 Gpx7-201ENSMUST00000030332 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
ShhQ62226 B230217C12Rik-201ENSMUST00000054783 1189 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
ShhQ62226 Tspan17-202ENSMUST00000099503 822 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
ShhQ62226 Stau2-201ENSMUST00000027052 2763 ntTSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
ShhQ62226 Akt1s1-204ENSMUST00000107885 1812 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
ShhQ62226 Setd4-202ENSMUST00000113951 1826 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
ShhQ62226 Nab2-201ENSMUST00000026469 2582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
ShhQ62226 Cdkl3-202ENSMUST00000063321 2008 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
ShhQ62226 Gtpbp2-217ENSMUST00000172170 2587 ntTSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.52
ShhQ62226 Rapgef1-203ENSMUST00000102872 6402 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
ShhQ62226 Gm7160-202ENSMUST00000188519 1027 ntBASIC18.27■□□□□ 0.52
ShhQ62226 Gm45168-202ENSMUST00000206461 1069 ntTSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.52
ShhQ62226 Gm7143-201ENSMUST00000222811 859 ntBASIC18.27■□□□□ 0.52
ShhQ62226 A930018P22Rik-201ENSMUST00000040374 822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
ShhQ62226 Tmem171-201ENSMUST00000064347 1161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
ShhQ62226 Selenoo-201ENSMUST00000082439 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
ShhQ62226 Rxrb-201ENSMUST00000044858 2623 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.51
ShhQ62226 Ccdc149-202ENSMUST00000198008 2470 ntTSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.51
ShhQ62226 Rnaseh1-201ENSMUST00000020959 1455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
ShhQ62226 Celf6-202ENSMUST00000118164 1583 ntTSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
ShhQ62226 Zmiz2-201ENSMUST00000012612 4199 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.26■□□□□ 0.51
ShhQ62226 Smarcad1-201ENSMUST00000031984 5168 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
ShhQ62226 Gm9780-201ENSMUST00000184272 350 ntTSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
ShhQ62226 Cacna2d1-207ENSMUST00000196750 1272 ntTSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
ShhQ62226 Cystm1-201ENSMUST00000050584 831 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
ShhQ62226 Kcnn2-203ENSMUST00000169783 1625 ntTSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
ShhQ62226 Mum1-201ENSMUST00000020365 2640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
ShhQ62226 Fam207a-201ENSMUST00000045454 2394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
ShhQ62226 Neurl4-213ENSMUST00000177476 4952 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
ShhQ62226 Stn1-201ENSMUST00000049369 1992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
ShhQ62226 Dnajb2-206ENSMUST00000187058 1732 ntTSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
ShhQ62226 Kcnk15-202ENSMUST00000109396 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
ShhQ62226 Kdelr3-201ENSMUST00000010974 1414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
ShhQ62226 Aplf-201ENSMUST00000032130 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
ShhQ62226 Gm28050-202ENSMUST00000131029 663 ntTSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
ShhQ62226 Tmbim4-201ENSMUST00000020446 904 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
ShhQ62226 Gm20163-202ENSMUST00000212288 989 ntTSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
ShhQ62226 Gsc-201ENSMUST00000021513 1268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
ShhQ62226 1700030C10Rik-203ENSMUST00000189625 1735 ntTSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
ShhQ62226 Sema6d-204ENSMUST00000078621 6372 ntTSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
ShhQ62226 Serpinh1-202ENSMUST00000169437 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
ShhQ62226 Cbfb-204ENSMUST00000109395 2709 ntTSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
ShhQ62226 Cdan1-202ENSMUST00000110701 6384 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
ShhQ62226 Slc35f3-201ENSMUST00000108759 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
ShhQ62226 Fam149b-204ENSMUST00000090503 2053 ntTSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 13.6 ms