Protein–RNA interactions for Protein: Q9QXK7

Cpsf3, Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 3, mousemouse

Predictions only

Length 684 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Cpsf3Q9QXK7 Hdhd2-206ENSMUST00000145634 1585 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.01
Cpsf3Q9QXK7 Rrad-201ENSMUST00000034351 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
Cpsf3Q9QXK7 Cdkn1c-201ENSMUST00000037287 1901 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
Cpsf3Q9QXK7 Rnaseh2b-201ENSMUST00000022499 1494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
Cpsf3Q9QXK7 Pomgnt1-203ENSMUST00000106498 2719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
Cpsf3Q9QXK7 Mtfmt-201ENSMUST00000074792 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
Cpsf3Q9QXK7 Pcmtd1-201ENSMUST00000061280 5232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
Cpsf3Q9QXK7 Aktip-201ENSMUST00000109609 1171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
Cpsf3Q9QXK7 Dtymk-202ENSMUST00000112890 1055 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
Cpsf3Q9QXK7 Pdcd5-201ENSMUST00000118501 684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
Cpsf3Q9QXK7 Ntsr2-202ENSMUST00000220892 846 ntTSL 3 BASIC21.38■■□□□ 1.01
Cpsf3Q9QXK7 Krtap5-4-201ENSMUST00000061403 1046 ntAPPRIS P1 BASIC21.38■■□□□ 1.01
Cpsf3Q9QXK7 Lhx2-201ENSMUST00000000253 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
Cpsf3Q9QXK7 Cacnb1-202ENSMUST00000092736 1880 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
Cpsf3Q9QXK7 Nsfl1c-202ENSMUST00000089140 1486 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
Cpsf3Q9QXK7 Best2-201ENSMUST00000059072 1971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
Cpsf3Q9QXK7 Krtap5-3-202ENSMUST00000187512 1652 ntAPPRIS P2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
Cpsf3Q9QXK7 Rapgef1-201ENSMUST00000091146 6212 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
Cpsf3Q9QXK7 Krt1-201ENSMUST00000023790 2445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
Cpsf3Q9QXK7 Pus1-203ENSMUST00000086643 1868 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
Cpsf3Q9QXK7 Kmt2b-202ENSMUST00000108154 8454 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
Cpsf3Q9QXK7 Gm4285-201ENSMUST00000131222 902 ntTSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
Cpsf3Q9QXK7 Pigx-210ENSMUST00000155966 963 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
Cpsf3Q9QXK7 AC164441.1-202ENSMUST00000223430 442 ntTSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
Cpsf3Q9QXK7 Laptm4a-201ENSMUST00000020909 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
Cpsf3Q9QXK7 Thap4-206ENSMUST00000190116 5558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
Cpsf3Q9QXK7 Ubl3-201ENSMUST00000079324 2537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
Cpsf3Q9QXK7 Nabp2-202ENSMUST00000164199 1371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
Cpsf3Q9QXK7 Mras-201ENSMUST00000035045 4701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
Cpsf3Q9QXK7 Exoc3l2-201ENSMUST00000011407 2200 ntTSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
Cpsf3Q9QXK7 Parl-201ENSMUST00000048642 1348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
Cpsf3Q9QXK7 Cdkl3-210ENSMUST00000121591 2387 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
Cpsf3Q9QXK7 Tm2d1-202ENSMUST00000102793 1027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
Cpsf3Q9QXK7 Capn10-202ENSMUST00000117814 1268 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
Cpsf3Q9QXK7 Slc37a3-211ENSMUST00000202749 434 ntTSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
Cpsf3Q9QXK7 Gm20163-202ENSMUST00000212288 989 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
Cpsf3Q9QXK7 Rufy1-201ENSMUST00000020643 2688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
Cpsf3Q9QXK7 Pgam5-201ENSMUST00000059229 2044 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
Cpsf3Q9QXK7 Ubtf-201ENSMUST00000006754 3213 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
Cpsf3Q9QXK7 Deptor-203ENSMUST00000100660 1377 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
Cpsf3Q9QXK7 Efcc1-201ENSMUST00000032132 2729 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
Cpsf3Q9QXK7 Nfu1-202ENSMUST00000117583 950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
Cpsf3Q9QXK7 Gtsf1-201ENSMUST00000023129 819 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
Cpsf3Q9QXK7 Vmn1r17-205ENSMUST00000228342 2230 ntAPPRIS P2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
Cpsf3Q9QXK7 Matr3-209ENSMUST00000188275 1951 ntTSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
Cpsf3Q9QXK7 1700023F06Rik-202ENSMUST00000107026 1127 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
Cpsf3Q9QXK7 Kctd17-201ENSMUST00000089414 1180 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
Cpsf3Q9QXK7 Gm1673-201ENSMUST00000094869 477 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
Cpsf3Q9QXK7 Gga1-201ENSMUST00000041587 3034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
Cpsf3Q9QXK7 Rce1-201ENSMUST00000025823 1402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
Cpsf3Q9QXK7 Fam207a-201ENSMUST00000045454 2394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
Cpsf3Q9QXK7 Magi3-201ENSMUST00000064371 6640 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
Cpsf3Q9QXK7 Stoml2-201ENSMUST00000030169 1874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
Cpsf3Q9QXK7 Phax-202ENSMUST00000130163 1386 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
Cpsf3Q9QXK7 Zfp821-201ENSMUST00000034163 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
Cpsf3Q9QXK7 Asphd1-203ENSMUST00000106340 1647 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
Cpsf3Q9QXK7 Cenpb-201ENSMUST00000089510 4886 ntAPPRIS P1 BASIC21.33■■□□□ 1.01
Cpsf3Q9QXK7 1700030C10Rik-201ENSMUST00000110971 1471 ntBASIC21.33■■□□□ 1.01
Cpsf3Q9QXK7 Gabpb1-203ENSMUST00000103226 1338 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
Cpsf3Q9QXK7 Espn-210ENSMUST00000105656 1593 ntTSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1.01
Cpsf3Q9QXK7 Tmem234-201ENSMUST00000102591 1437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
Cpsf3Q9QXK7 Gm21168-201ENSMUST00000199646 1096 ntBASIC21.33■■□□□ 1.01
Cpsf3Q9QXK7 Dynll2-201ENSMUST00000020775 2476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
Cpsf3Q9QXK7 Kansl1-204ENSMUST00000106972 5427 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1
Cpsf3Q9QXK7 Snx5-201ENSMUST00000028909 2419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
Cpsf3Q9QXK7 Picalm-205ENSMUST00000207225 3489 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
Cpsf3Q9QXK7 Gm5577-201ENSMUST00000134600 1434 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
Cpsf3Q9QXK7 Lacc1-201ENSMUST00000062789 2444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
Cpsf3Q9QXK7 Ypel3-210ENSMUST00000170882 1050 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.32■■□□□ 1
Cpsf3Q9QXK7 Gclm-206ENSMUST00000178826 1002 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
Cpsf3Q9QXK7 Smad6-203ENSMUST00000179458 273 ntBASIC21.32■■□□□ 1
Cpsf3Q9QXK7 AC165080.2-201ENSMUST00000217491 1530 ntBASIC21.32■■□□□ 1
Cpsf3Q9QXK7 Bfsp1-201ENSMUST00000028907 2372 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
Cpsf3Q9QXK7 Gm26682-201ENSMUST00000180850 1729 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
Cpsf3Q9QXK7 Spint1-202ENSMUST00000110816 1913 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
Cpsf3Q9QXK7 Zfp36l1-202ENSMUST00000165114 1934 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
Cpsf3Q9QXK7 Noa1-201ENSMUST00000047860 2288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
Cpsf3Q9QXK7 Rab28-203ENSMUST00000201422 1697 ntTSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
Cpsf3Q9QXK7 Hoxc11-201ENSMUST00000001701 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
Cpsf3Q9QXK7 Gm44731-201ENSMUST00000203086 542 ntTSL 3 BASIC21.31■■□□□ 1
Cpsf3Q9QXK7 Med31-201ENSMUST00000021157 1161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
Cpsf3Q9QXK7 Fam96b-201ENSMUST00000093234 639 ntTSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
Cpsf3Q9QXK7 Hpdl-201ENSMUST00000055436 1804 ntAPPRIS P1 BASIC21.31■■□□□ 1
Cpsf3Q9QXK7 Rapgefl1-202ENSMUST00000107479 4855 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
Cpsf3Q9QXK7 Uckl1os-201ENSMUST00000122831 2018 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
Cpsf3Q9QXK7 Arhgap23-201ENSMUST00000093940 2409 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
Cpsf3Q9QXK7 Syap1-201ENSMUST00000033723 2087 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
Cpsf3Q9QXK7 Ksr1-202ENSMUST00000108264 2748 ntTSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
Cpsf3Q9QXK7 Zfp467-202ENSMUST00000114556 2287 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
Cpsf3Q9QXK7 Rpusd3-204ENSMUST00000129047 1045 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
Cpsf3Q9QXK7 Gm13790-201ENSMUST00000156209 473 ntTSL 3 BASIC21.3■■□□□ 1
Cpsf3Q9QXK7 Gpx7-201ENSMUST00000030332 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
Cpsf3Q9QXK7 Rtn4rl2-201ENSMUST00000054514 1263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
Cpsf3Q9QXK7 1700012B09Rik-201ENSMUST00000060330 688 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
Cpsf3Q9QXK7 Rpusd3-201ENSMUST00000060634 1224 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
Cpsf3Q9QXK7 Dusp22-203ENSMUST00000110310 2319 ntTSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
Cpsf3Q9QXK7 Cbx4-201ENSMUST00000026665 5179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
Cpsf3Q9QXK7 Lsr-203ENSMUST00000108116 2071 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
Cpsf3Q9QXK7 Krt5-201ENSMUST00000023709 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
Cpsf3Q9QXK7 Reep6-207ENSMUST00000186864 2015 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 28.7 ms