Protein–RNA interactions for Protein: Q9ER60

Scn4a, Sodium channel protein type 4 subunit alpha, mousemouse

Predictions only

Length 1,841 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Scn4aQ9ER60 Klc3-201ENSMUST00000047170 1901 ntTSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
Scn4aQ9ER60 Acot3-202ENSMUST00000120927 1854 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
Scn4aQ9ER60 Mpc2-201ENSMUST00000027853 1025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
Scn4aQ9ER60 Plvap-201ENSMUST00000048452 1987 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
Scn4aQ9ER60 Rpl26-202ENSMUST00000101014 657 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.18■■■□□ 2.1
Scn4aQ9ER60 Xpa-201ENSMUST00000030013 955 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
Scn4aQ9ER60 H2-Q7-201ENSMUST00000071951 1406 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
Scn4aQ9ER60 Spata3-208ENSMUST00000149469 1110 ntTSL 5 BASIC28.18■■■□□ 2.1
Scn4aQ9ER60 Spsb3-203ENSMUST00000117890 1641 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
Scn4aQ9ER60 Tex264-203ENSMUST00000169068 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
Scn4aQ9ER60 Txnrd2-212ENSMUST00000177856 1878 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.17■■■□□ 2.1
Scn4aQ9ER60 Macrod2-202ENSMUST00000078027 1669 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC28.17■■■□□ 2.1
Scn4aQ9ER60 Gnb5-206ENSMUST00000215875 2105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
Scn4aQ9ER60 Git2-214ENSMUST00000155908 2338 ntTSL 5 BASIC28.17■■■□□ 2.1
Scn4aQ9ER60 Hpca-204ENSMUST00000116444 1847 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.16■■■□□ 2.1
Scn4aQ9ER60 Gnai2-203ENSMUST00000192837 421 ntTSL 5 BASIC28.16■■■□□ 2.1
Scn4aQ9ER60 Tbc1d7-201ENSMUST00000021797 1239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
Scn4aQ9ER60 Olfr322-201ENSMUST00000072030 984 ntAPPRIS P1 BASIC28.16■■■□□ 2.1
Scn4aQ9ER60 Tmem80-208ENSMUST00000145184 1805 ntTSL 5 BASIC28.16■■■□□ 2.1
Scn4aQ9ER60 Zfp579-201ENSMUST00000108572 2157 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.16■■■□□ 2.1
Scn4aQ9ER60 Calu-208ENSMUST00000173694 611 ntTSL 5 BASIC28.15■■■□□ 2.1
Scn4aQ9ER60 Gm44672-201ENSMUST00000206944 1098 ntBASIC28.15■■■□□ 2.1
Scn4aQ9ER60 Gm45709-201ENSMUST00000213052 1075 ntTSL 5 BASIC28.15■■■□□ 2.1
Scn4aQ9ER60 Ctf1-201ENSMUST00000047393 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
Scn4aQ9ER60 Gm5901-201ENSMUST00000106805 1140 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.15■■■□□ 2.1
Scn4aQ9ER60 Hoxa11os-201ENSMUST00000134512 1839 ntTSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
Scn4aQ9ER60 Dleu2-210ENSMUST00000183054 722 ntTSL 5 BASIC28.15■■■□□ 2.1
Scn4aQ9ER60 Ctbp1-211ENSMUST00000202868 2436 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
Scn4aQ9ER60 Il23a-201ENSMUST00000026449 1360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
Scn4aQ9ER60 Pwwp2b-202ENSMUST00000172136 2543 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
Scn4aQ9ER60 Aifm2-204ENSMUST00000105455 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
Scn4aQ9ER60 Dao-201ENSMUST00000086599 1525 ntTSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
Scn4aQ9ER60 Gm14207-203ENSMUST00000156538 988 ntTSL 2 BASIC28.14■■■□□ 2.1
Scn4aQ9ER60 D330020A13Rik-201ENSMUST00000181956 1069 ntAPPRIS P1 BASIC28.14■■■□□ 2.1
Scn4aQ9ER60 Gm10571-201ENSMUST00000097869 1638 ntBASIC28.14■■■□□ 2.09
Scn4aQ9ER60 A730015C16Rik-201ENSMUST00000164855 1221 ntAPPRIS P1 BASIC28.13■■■□□ 2.09
Scn4aQ9ER60 Gm20403-201ENSMUST00000173803 372 ntAPPRIS P1 BASIC28.13■■■□□ 2.09
Scn4aQ9ER60 Gm37055-201ENSMUST00000191866 133 ntBASIC28.13■■■□□ 2.09
Scn4aQ9ER60 Camk2b-201ENSMUST00000002817 1872 ntTSL 5 BASIC28.13■■■□□ 2.09
Scn4aQ9ER60 Ankrd9-201ENSMUST00000043459 1706 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
Scn4aQ9ER60 Nrl-203ENSMUST00000178694 1928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
Scn4aQ9ER60 Ube2i-213ENSMUST00000174031 824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
Scn4aQ9ER60 AL672049.1-201ENSMUST00000197943 91 ntBASIC28.13■■■□□ 2.09
Scn4aQ9ER60 Arhgef33-211ENSMUST00000225658 473 ntBASIC28.13■■■□□ 2.09
Scn4aQ9ER60 Gm10638-201ENSMUST00000098532 905 ntAPPRIS P1 BASIC28.13■■■□□ 2.09
Scn4aQ9ER60 Idnk-202ENSMUST00000109868 1462 ntTSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
Scn4aQ9ER60 Caml-201ENSMUST00000021963 1382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
Scn4aQ9ER60 Impa2-201ENSMUST00000025403 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
Scn4aQ9ER60 Gm9484-201ENSMUST00000195892 1159 ntBASIC28.12■■■□□ 2.09
Scn4aQ9ER60 Bex2-201ENSMUST00000049130 903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
Scn4aQ9ER60 Rpl38-202ENSMUST00000082092 345 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.12■■■□□ 2.09
Scn4aQ9ER60 Gm15155-201ENSMUST00000112542 1009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
Scn4aQ9ER60 Immp2l-203ENSMUST00000134965 977 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.11■■■□□ 2.09
Scn4aQ9ER60 Rps2-ps11-201ENSMUST00000195283 868 ntBASIC28.11■■■□□ 2.09
Scn4aQ9ER60 Yif1b-201ENSMUST00000032809 1111 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
Scn4aQ9ER60 Bsg-201ENSMUST00000067036 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
Scn4aQ9ER60 Gm10655-201ENSMUST00000098658 1397 ntBASIC28.11■■■□□ 2.09
Scn4aQ9ER60 Etv2-201ENSMUST00000108147 1048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
Scn4aQ9ER60 Gm10612-201ENSMUST00000162198 1681 ntTSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
Scn4aQ9ER60 Slc9a7-202ENSMUST00000115393 2152 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
Scn4aQ9ER60 Srsf2-201ENSMUST00000092404 1899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
Scn4aQ9ER60 Rfng-201ENSMUST00000026156 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
Scn4aQ9ER60 Nxph3-201ENSMUST00000058866 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
Scn4aQ9ER60 Tcta-202ENSMUST00000192886 1094 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.09■■■□□ 2.09
Scn4aQ9ER60 Gm2788-202ENSMUST00000147173 1390 ntTSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
Scn4aQ9ER60 Traf3ip1-203ENSMUST00000189341 2257 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.09■■■□□ 2.09
Scn4aQ9ER60 Gm11769-201ENSMUST00000140273 1657 ntTSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
Scn4aQ9ER60 Prmt1-202ENSMUST00000107843 1508 ntTSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
Scn4aQ9ER60 Tuba3a-201ENSMUST00000088246 1509 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
Scn4aQ9ER60 AI314180-201ENSMUST00000055822 1478 ntTSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
Scn4aQ9ER60 Tfeb-202ENSMUST00000086932 2342 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.08
Scn4aQ9ER60 Gpr137-202ENSMUST00000099774 1434 ntTSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
Scn4aQ9ER60 Egr4-201ENSMUST00000095759 2148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
Scn4aQ9ER60 Zfp287-205ENSMUST00000150336 1605 ntTSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
Scn4aQ9ER60 Mpp6-209ENSMUST00000204545 2418 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.07■■■□□ 2.08
Scn4aQ9ER60 9130213A22Rik-201ENSMUST00000180487 1581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
Scn4aQ9ER60 Gm21992-201ENSMUST00000172000 1434 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.06■■■□□ 2.08
Scn4aQ9ER60 Gm21992-206ENSMUST00000179909 1435 ntTSL 5 BASIC28.06■■■□□ 2.08
Scn4aQ9ER60 Rprm-201ENSMUST00000100089 1460 ntAPPRIS P1 BASIC28.06■■■□□ 2.08
Scn4aQ9ER60 Shisa4-201ENSMUST00000041240 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
Scn4aQ9ER60 AC121577.1-201ENSMUST00000227302 707 ntBASIC28.05■■■□□ 2.08
Scn4aQ9ER60 Timp4-202ENSMUST00000205131 945 ntTSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
Scn4aQ9ER60 Pstk-201ENSMUST00000075610 1135 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
Scn4aQ9ER60 Arf4-201ENSMUST00000022429 2165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
Scn4aQ9ER60 Tbx3os2-201ENSMUST00000135385 1345 ntTSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
Scn4aQ9ER60 Hoxc8-201ENSMUST00000001703 1868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
Scn4aQ9ER60 Rian-206ENSMUST00000182119 329 ntTSL 3 BASIC28.04■■■□□ 2.08
Scn4aQ9ER60 AC153881.2-201ENSMUST00000214877 204 ntBASIC28.04■■■□□ 2.08
Scn4aQ9ER60 2510039O18Rik-201ENSMUST00000103232 2731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
Scn4aQ9ER60 Efcc1-202ENSMUST00000159570 2293 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC28.03■■■□□ 2.08
Scn4aQ9ER60 Gm5643-201ENSMUST00000117081 966 ntBASIC28.03■■■□□ 2.08
Scn4aQ9ER60 Serf1-205ENSMUST00000152286 465 ntTSL 3 BASIC28.03■■■□□ 2.08
Scn4aQ9ER60 2210408F21Rik-213ENSMUST00000153057 652 ntTSL 3 BASIC28.03■■■□□ 2.08
Scn4aQ9ER60 Prlh-201ENSMUST00000166281 276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
Scn4aQ9ER60 4930519A11Rik-201ENSMUST00000181381 1523 ntTSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
Scn4aQ9ER60 0610010K14Rik-207ENSMUST00000108577 659 ntTSL 5 BASIC28.02■■■□□ 2.08
Scn4aQ9ER60 Mpc1-208ENSMUST00000155364 958 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.02■■■□□ 2.08
Scn4aQ9ER60 Insig2-203ENSMUST00000159085 1252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
Scn4aQ9ER60 Gm38205-201ENSMUST00000192243 258 ntBASIC28.02■■■□□ 2.08
Scn4aQ9ER60 H2afz-201ENSMUST00000041045 1069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 40.4 ms