Protein–RNA interactions for Protein: Q62226

Shh, Sonic hedgehog protein, mousemouse

Predictions only

Length 437 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ShhQ62226 Oxld1-201ENSMUST00000044007 813 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
ShhQ62226 Rpusd3-201ENSMUST00000060634 1224 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
ShhQ62226 Ntf5-201ENSMUST00000058879 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
ShhQ62226 Gab2-202ENSMUST00000206791 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
ShhQ62226 Bag1-202ENSMUST00000108089 1336 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
ShhQ62226 Retreg2-201ENSMUST00000097694 2561 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
ShhQ62226 Gm10125-201ENSMUST00000074702 2286 ntTSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
ShhQ62226 N4bp1-201ENSMUST00000034074 6469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
ShhQ62226 Krt1-201ENSMUST00000023790 2445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
ShhQ62226 Srp19-202ENSMUST00000119329 613 ntTSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
ShhQ62226 Gm13067-201ENSMUST00000134236 404 ntTSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
ShhQ62226 Tcte2-209ENSMUST00000143162 1221 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
ShhQ62226 Slc39a7-203ENSMUST00000169397 2107 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
ShhQ62226 Gm26571-201ENSMUST00000181399 666 ntBASIC18.48■□□□□ 0.55
ShhQ62226 Bax-205ENSMUST00000211365 801 ntTSL 3 BASIC18.48■□□□□ 0.55
ShhQ62226 Tmem42-202ENSMUST00000213514 631 ntTSL 3 BASIC18.48■□□□□ 0.55
ShhQ62226 AC133650.2-201ENSMUST00000217036 607 ntTSL 3 BASIC18.48■□□□□ 0.55
ShhQ62226 Fbxw2-202ENSMUST00000091020 1838 ntTSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
ShhQ62226 Kdm3b-201ENSMUST00000043775 6363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
ShhQ62226 Rims1-209ENSMUST00000218140 1434 ntTSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
ShhQ62226 Camk2b-201ENSMUST00000002817 1872 ntTSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
ShhQ62226 Slc12a8-204ENSMUST00000121925 2656 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
ShhQ62226 Cnp-201ENSMUST00000103120 2357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
ShhQ62226 Becn1-217ENSMUST00000172233 1493 ntTSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
ShhQ62226 Slc35a3-201ENSMUST00000029569 5725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
ShhQ62226 Gm45890-202ENSMUST00000212188 1052 ntTSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
ShhQ62226 Cmtm7-204ENSMUST00000216760 665 ntTSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
ShhQ62226 AC158777.2-201ENSMUST00000228787 398 ntAPPRIS P1 BASIC18.47■□□□□ 0.55
ShhQ62226 Gm5576-201ENSMUST00000075809 1236 ntBASIC18.47■□□□□ 0.55
ShhQ62226 Bcl3-201ENSMUST00000120537 1850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
ShhQ62226 Alx3-201ENSMUST00000014747 1874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
ShhQ62226 Dynll2-201ENSMUST00000020775 2476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
ShhQ62226 Tead2-201ENSMUST00000033060 2140 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
ShhQ62226 Klc3-201ENSMUST00000047170 1901 ntTSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
ShhQ62226 Ppm1b-201ENSMUST00000080217 2753 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
ShhQ62226 Stx3-202ENSMUST00000069285 2810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
ShhQ62226 Acsl3-203ENSMUST00000134566 2492 ntTSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
ShhQ62226 Kctd2-202ENSMUST00000106533 2649 ntTSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
ShhQ62226 Mms22l-205ENSMUST00000138567 1350 ntTSL 2 BASIC18.46■□□□□ 0.55
ShhQ62226 Slc35a2-209ENSMUST00000208397 1374 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.46■□□□□ 0.55
ShhQ62226 Snx16-203ENSMUST00000195822 1084 ntTSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
ShhQ62226 8430422M14Rik-201ENSMUST00000199608 822 ntBASIC18.46■□□□□ 0.55
ShhQ62226 Cox4i1-201ENSMUST00000034276 745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
ShhQ62226 Krtap5-4-201ENSMUST00000061403 1046 ntAPPRIS P1 BASIC18.46■□□□□ 0.55
ShhQ62226 Hyi-201ENSMUST00000006562 910 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.46■□□□□ 0.55
ShhQ62226 Fcrlb-201ENSMUST00000094337 1284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
ShhQ62226 Gm9934-201ENSMUST00000098303 2077 ntTSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
ShhQ62226 Chadl-201ENSMUST00000072910 2548 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.46■□□□□ 0.55
ShhQ62226 Rufy1-201ENSMUST00000020643 2688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.54
ShhQ62226 Zfp653-202ENSMUST00000179605 1888 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.54
ShhQ62226 Mob2-205ENSMUST00000211000 1646 ntTSL 5 BASIC18.45■□□□□ 0.54
ShhQ62226 Hccs-202ENSMUST00000112115 2473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
ShhQ62226 Arhgap8-207ENSMUST00000172307 1544 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.45■□□□□ 0.54
ShhQ62226 Cdkl3-210ENSMUST00000121591 2387 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
ShhQ62226 Rasl11b-201ENSMUST00000051937 1812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
ShhQ62226 Aktip-201ENSMUST00000109609 1171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
ShhQ62226 Hrh3-203ENSMUST00000164442 1242 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.45■□□□□ 0.54
ShhQ62226 Ppp2r2c-203ENSMUST00000201156 461 ntTSL 5 BASIC18.45■□□□□ 0.54
ShhQ62226 Gm10493-201ENSMUST00000097270 612 ntBASIC18.45■□□□□ 0.54
ShhQ62226 Dbf4-201ENSMUST00000002368 2401 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
ShhQ62226 Slc36a4-202ENSMUST00000115588 1745 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
ShhQ62226 5031439G07Rik-203ENSMUST00000165743 5032 ntTSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
ShhQ62226 Tbxa2r-201ENSMUST00000105325 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
ShhQ62226 Ubxn2a-203ENSMUST00000142867 2146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
ShhQ62226 Kazald1-201ENSMUST00000026234 1380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
ShhQ62226 Noc2l-201ENSMUST00000179543 2785 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
ShhQ62226 Cbln2-201ENSMUST00000068423 2475 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
ShhQ62226 Slc9a7-201ENSMUST00000072451 2512 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
ShhQ62226 Tead1-204ENSMUST00000106638 3047 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
ShhQ62226 Tarbp2-202ENSMUST00000100168 1278 ntTSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
ShhQ62226 Ubxn1-202ENSMUST00000166407 1032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
ShhQ62226 Yjefn3-203ENSMUST00000180068 629 ntTSL 5 BASIC18.44■□□□□ 0.54
ShhQ62226 Crtc2-201ENSMUST00000029545 2747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
ShhQ62226 Bspry-201ENSMUST00000030088 1757 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
ShhQ62226 Lsm12-201ENSMUST00000021297 2256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
ShhQ62226 Smad6-201ENSMUST00000041029 2971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
ShhQ62226 4930507D05Rik-201ENSMUST00000181110 1834 ntAPPRIS P1 BASIC18.44■□□□□ 0.54
ShhQ62226 AC122428.2-201ENSMUST00000216321 1832 ntBASIC18.44■□□□□ 0.54
ShhQ62226 Dtnb-210ENSMUST00000173199 2820 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.44■□□□□ 0.54
ShhQ62226 Tmem178-201ENSMUST00000025092 1696 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
ShhQ62226 Tpm1-212ENSMUST00000113696 1714 ntTSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
ShhQ62226 Pkm-201ENSMUST00000034834 2432 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
ShhQ62226 Gm5577-201ENSMUST00000134600 1434 ntTSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
ShhQ62226 Larp4b-204ENSMUST00000188939 2658 ntTSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
ShhQ62226 Hmgn2-204ENSMUST00000105893 973 ntTSL 3 BASIC18.43■□□□□ 0.54
ShhQ62226 Gm6569-201ENSMUST00000154520 811 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.43■□□□□ 0.54
ShhQ62226 Gon7-201ENSMUST00000173969 1152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
ShhQ62226 Spcs1-201ENSMUST00000186131 1005 ntTSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
ShhQ62226 Gm42642-201ENSMUST00000200683 355 ntBASIC18.43■□□□□ 0.54
ShhQ62226 CT025689.6-201ENSMUST00000224991 1104 ntBASIC18.43■□□□□ 0.54
ShhQ62226 Lsm14a-201ENSMUST00000085585 2944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
ShhQ62226 Hck-202ENSMUST00000109799 2092 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
ShhQ62226 Hck-203ENSMUST00000189688 2090 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
ShhQ62226 Hck-201ENSMUST00000003370 2092 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
ShhQ62226 Nars2-202ENSMUST00000107159 1777 ntTSL 5 BASIC18.42■□□□□ 0.54
ShhQ62226 Thap11-201ENSMUST00000040445 1819 ntAPPRIS P1 BASIC18.42■□□□□ 0.54
ShhQ62226 Cacna2d2-201ENSMUST00000010210 5783 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
ShhQ62226 Faap24-201ENSMUST00000032704 1857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
ShhQ62226 Tsc22d1-203ENSMUST00000101618 1043 ntTSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
ShhQ62226 Pusl1-201ENSMUST00000097737 1243 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.42■□□□□ 0.54
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 30.4 ms