Protein–RNA interactions for Protein: Q4QRL3

Ccdc88b, Coiled-coil domain-containing protein 88B, mousemouse

Predictions only

Length 1,481 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc88bQ4QRL3 Cox18-202ENSMUST00000118816 1307 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.99■■■□□ 2.87
Ccdc88bQ4QRL3 Rfx8-202ENSMUST00000151913 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.99■■■□□ 2.87
Ccdc88bQ4QRL3 Mpzl1-202ENSMUST00000111435 2285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.99■■■□□ 2.87
Ccdc88bQ4QRL3 Rell2-204ENSMUST00000163591 1057 ntTSL 5 BASIC32.99■■■□□ 2.87
Ccdc88bQ4QRL3 Cotl1-202ENSMUST00000168698 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.98■■■□□ 2.87
Ccdc88bQ4QRL3 Hoxa11os-201ENSMUST00000134512 1839 ntTSL 1 (best) BASIC32.98■■■□□ 2.87
Ccdc88bQ4QRL3 Romo1-202ENSMUST00000109597 550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.98■■■□□ 2.87
Ccdc88bQ4QRL3 Lgals7-201ENSMUST00000081457 754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.98■■■□□ 2.87
Ccdc88bQ4QRL3 Csnk1a1-207ENSMUST00000166990 1860 ntTSL 5 BASIC32.98■■■□□ 2.87
Ccdc88bQ4QRL3 A230052G05Rik-201ENSMUST00000050921 2302 ntBASIC32.97■■■□□ 2.87
Ccdc88bQ4QRL3 Gm14281-201ENSMUST00000121700 1294 ntBASIC32.97■■■□□ 2.87
Ccdc88bQ4QRL3 Dtnbp1-208ENSMUST00000222805 1231 ntTSL 1 (best) BASIC32.97■■■□□ 2.87
Ccdc88bQ4QRL3 Ddah2-201ENSMUST00000007255 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.96■■■□□ 2.87
Ccdc88bQ4QRL3 Phf12-202ENSMUST00000108360 3047 ntTSL 1 (best) BASIC32.96■■■□□ 2.87
Ccdc88bQ4QRL3 Spock1-204ENSMUST00000186271 2005 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.96■■■□□ 2.87
Ccdc88bQ4QRL3 AV026068-204ENSMUST00000186214 633 ntTSL 2 BASIC32.96■■■□□ 2.87
Ccdc88bQ4QRL3 0610038B21Rik-202ENSMUST00000184762 1524 ntBASIC32.96■■■□□ 2.87
Ccdc88bQ4QRL3 Hdhd2-206ENSMUST00000145634 1585 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.95■■■□□ 2.87
Ccdc88bQ4QRL3 Neurl1b-203ENSMUST00000183077 1084 ntTSL 5 BASIC32.95■■■□□ 2.87
Ccdc88bQ4QRL3 Gm38165-201ENSMUST00000191654 486 ntTSL 1 (best) BASIC32.95■■■□□ 2.87
Ccdc88bQ4QRL3 Pick1-204ENSMUST00000163571 2054 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.95■■■□□ 2.86
Ccdc88bQ4QRL3 Gm16076-201ENSMUST00000140116 480 ntTSL 3 BASIC32.94■■■□□ 2.86
Ccdc88bQ4QRL3 Cox7c-202ENSMUST00000078764 433 ntTSL 2 BASIC32.94■■■□□ 2.86
Ccdc88bQ4QRL3 Sebox-202ENSMUST00000125670 1300 ntTSL 1 (best) BASIC32.94■■■□□ 2.86
Ccdc88bQ4QRL3 Krtap5-3-202ENSMUST00000187512 1652 ntAPPRIS P2 BASIC32.94■■■□□ 2.86
Ccdc88bQ4QRL3 Fbxw2-201ENSMUST00000028220 2030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.94■■■□□ 2.86
Ccdc88bQ4QRL3 Ptpn12-201ENSMUST00000030556 3280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.94■■■□□ 2.86
Ccdc88bQ4QRL3 AW121686-201ENSMUST00000181049 2200 ntTSL 1 (best) BASIC32.93■■■□□ 2.86
Ccdc88bQ4QRL3 Stum-202ENSMUST00000179826 601 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC32.93■■■□□ 2.86
Ccdc88bQ4QRL3 Nfkbid-203ENSMUST00000108176 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.93■■■□□ 2.86
Ccdc88bQ4QRL3 Rem2-202ENSMUST00000164766 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.93■■■□□ 2.86
Ccdc88bQ4QRL3 Slbp-201ENSMUST00000057551 1906 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.93■■■□□ 2.86
Ccdc88bQ4QRL3 Irf2bp1-201ENSMUST00000053713 2734 ntAPPRIS P1 BASIC32.93■■■□□ 2.86
Ccdc88bQ4QRL3 Maf1-205ENSMUST00000160853 1651 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.93■■■□□ 2.86
Ccdc88bQ4QRL3 Spcs1-201ENSMUST00000186131 1005 ntTSL 1 (best) BASIC32.93■■■□□ 2.86
Ccdc88bQ4QRL3 AV356131-201ENSMUST00000206201 750 ntBASIC32.93■■■□□ 2.86
Ccdc88bQ4QRL3 AC137127.1-201ENSMUST00000213466 1078 ntBASIC32.93■■■□□ 2.86
Ccdc88bQ4QRL3 Hand2-201ENSMUST00000040104 2351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.92■■■□□ 2.86
Ccdc88bQ4QRL3 Gm11175-202ENSMUST00000211380 408 ntTSL 3 BASIC32.92■■■□□ 2.86
Ccdc88bQ4QRL3 Ccdc84-211ENSMUST00000217270 681 ntTSL 1 (best) BASIC32.92■■■□□ 2.86
Ccdc88bQ4QRL3 Myadml2-201ENSMUST00000026134 931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.92■■■□□ 2.86
Ccdc88bQ4QRL3 Slc9a7-201ENSMUST00000072451 2512 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.92■■■□□ 2.86
Ccdc88bQ4QRL3 Htr7-201ENSMUST00000099505 1606 ntTSL 5 BASIC32.91■■■□□ 2.86
Ccdc88bQ4QRL3 Ntf5-201ENSMUST00000058879 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.91■■■□□ 2.86
Ccdc88bQ4QRL3 Dennd6a-202ENSMUST00000203874 2677 ntTSL 1 (best) BASIC32.91■■■□□ 2.86
Ccdc88bQ4QRL3 B230217C12Rik-201ENSMUST00000054783 1189 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.91■■■□□ 2.86
Ccdc88bQ4QRL3 Hist1h2ao-201ENSMUST00000091745 480 ntAPPRIS P1 BASIC32.91■■■□□ 2.86
Ccdc88bQ4QRL3 Gm7102-201ENSMUST00000180168 1624 ntAPPRIS P1 BASIC32.91■■■□□ 2.86
Ccdc88bQ4QRL3 Baiap2-201ENSMUST00000026436 2394 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC32.91■■■□□ 2.86
Ccdc88bQ4QRL3 Tcerg1l-201ENSMUST00000160436 2565 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.91■■■□□ 2.86
Ccdc88bQ4QRL3 Pus1-203ENSMUST00000086643 1868 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC32.9■■■□□ 2.86
Ccdc88bQ4QRL3 Syap1-201ENSMUST00000033723 2087 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.9■■■□□ 2.86
Ccdc88bQ4QRL3 Dda1-202ENSMUST00000124745 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.9■■■□□ 2.86
Ccdc88bQ4QRL3 Rab20-201ENSMUST00000033900 1392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.9■■■□□ 2.86
Ccdc88bQ4QRL3 Slc39a7-203ENSMUST00000169397 2107 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.9■■■□□ 2.86
Ccdc88bQ4QRL3 Thap11-201ENSMUST00000040445 1819 ntAPPRIS P1 BASIC32.9■■■□□ 2.86
Ccdc88bQ4QRL3 Gpx4-202ENSMUST00000105372 959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.9■■■□□ 2.86
Ccdc88bQ4QRL3 Hes3-202ENSMUST00000218045 962 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC32.9■■■□□ 2.86
Ccdc88bQ4QRL3 E530011L22Rik-202ENSMUST00000216791 2007 ntTSL 1 (best) BASIC32.89■■■□□ 2.86
Ccdc88bQ4QRL3 Cpeb3-205ENSMUST00000126781 2095 ntTSL 1 (best) BASIC32.89■■■□□ 2.86
Ccdc88bQ4QRL3 Vax2os-202ENSMUST00000150233 595 ntTSL 3 BASIC32.89■■■□□ 2.86
Ccdc88bQ4QRL3 Reep6-207ENSMUST00000186864 2015 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.89■■■□□ 2.86
Ccdc88bQ4QRL3 Gnpnat1-201ENSMUST00000046191 2788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.89■■■□□ 2.86
Ccdc88bQ4QRL3 Spint1-202ENSMUST00000110816 1913 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.89■■■□□ 2.86
Ccdc88bQ4QRL3 Dvl3-201ENSMUST00000003318 2498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.89■■■□□ 2.85
Ccdc88bQ4QRL3 Zfp125-203ENSMUST00000208744 928 ntTSL 5 BASIC32.88■■■□□ 2.85
Ccdc88bQ4QRL3 Gm36210-201ENSMUST00000210663 1279 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.88■■■□□ 2.85
Ccdc88bQ4QRL3 Gm18671-201ENSMUST00000214826 683 ntBASIC32.88■■■□□ 2.85
Ccdc88bQ4QRL3 CT025689.6-201ENSMUST00000224991 1104 ntBASIC32.88■■■□□ 2.85
Ccdc88bQ4QRL3 Rras-201ENSMUST00000044111 995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.88■■■□□ 2.85
Ccdc88bQ4QRL3 Stoml2-201ENSMUST00000030169 1874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.88■■■□□ 2.85
Ccdc88bQ4QRL3 Best2-202ENSMUST00000209322 1944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.88■■■□□ 2.85
Ccdc88bQ4QRL3 Dpysl3-201ENSMUST00000025379 2106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.88■■■□□ 2.85
Ccdc88bQ4QRL3 Sh3bp1-204ENSMUST00000109698 1923 ntTSL 1 (best) BASIC32.87■■■□□ 2.85
Ccdc88bQ4QRL3 Spsb3-204ENSMUST00000119829 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC32.87■■■□□ 2.85
Ccdc88bQ4QRL3 AC133650.2-201ENSMUST00000217036 607 ntTSL 3 BASIC32.86■■■□□ 2.85
Ccdc88bQ4QRL3 Faim-201ENSMUST00000035038 1019 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.86■■■□□ 2.85
Ccdc88bQ4QRL3 Lmo1-201ENSMUST00000036992 1282 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.86■■■□□ 2.85
Ccdc88bQ4QRL3 Rasl10a-201ENSMUST00000037218 1110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.86■■■□□ 2.85
Ccdc88bQ4QRL3 Ypel1-201ENSMUST00000035682 3322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.85■■■□□ 2.85
Ccdc88bQ4QRL3 Memo1-201ENSMUST00000078459 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.85■■■□□ 2.85
Ccdc88bQ4QRL3 Ung-201ENSMUST00000031587 1985 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.85■■■□□ 2.85
Ccdc88bQ4QRL3 Wdr4-203ENSMUST00000167419 813 ntTSL 3 BASIC32.85■■■□□ 2.85
Ccdc88bQ4QRL3 Dlx6-203ENSMUST00000171311 1071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.85■■■□□ 2.85
Ccdc88bQ4QRL3 Gm27801-201ENSMUST00000184174 223 ntBASIC32.85■■■□□ 2.85
Ccdc88bQ4QRL3 Tmem42-202ENSMUST00000213514 631 ntTSL 3 BASIC32.85■■■□□ 2.85
Ccdc88bQ4QRL3 Gnl1-201ENSMUST00000087200 2848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.85■■■□□ 2.85
Ccdc88bQ4QRL3 Socs2-214ENSMUST00000172070 2153 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.84■■■□□ 2.85
Ccdc88bQ4QRL3 Gm26995-201ENSMUST00000182216 1306 ntTSL 1 (best) BASIC32.84■■■□□ 2.85
Ccdc88bQ4QRL3 Gadd45b-201ENSMUST00000015456 1284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.84■■■□□ 2.85
Ccdc88bQ4QRL3 Fcrlb-201ENSMUST00000094337 1284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.84■■■□□ 2.85
Ccdc88bQ4QRL3 Hck-202ENSMUST00000109799 2092 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.84■■■□□ 2.85
Ccdc88bQ4QRL3 Hck-203ENSMUST00000189688 2090 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.84■■■□□ 2.85
Ccdc88bQ4QRL3 Hck-201ENSMUST00000003370 2092 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.84■■■□□ 2.85
Ccdc88bQ4QRL3 Olfr94-201ENSMUST00000055324 1304 ntAPPRIS P2 BASIC32.83■■■□□ 2.85
Ccdc88bQ4QRL3 Snhg20-202ENSMUST00000149822 593 ntTSL 1 (best) BASIC32.83■■■□□ 2.85
Ccdc88bQ4QRL3 Reep4-203ENSMUST00000226563 1444 ntBASIC32.82■■■□□ 2.85
Ccdc88bQ4QRL3 Fam241b-209ENSMUST00000142821 1283 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.82■■■□□ 2.84
Ccdc88bQ4QRL3 Gm15298-201ENSMUST00000145916 1212 ntTSL 5 BASIC32.82■■■□□ 2.84
Ccdc88bQ4QRL3 Rab6b-202ENSMUST00000189134 716 ntTSL 3 BASIC32.82■■■□□ 2.84
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 18.3 ms